１９９５年战场的形势开始发生了很大的变化。近４年的内战共造成２０多万人的死亡，１００多万人沦为难民和逾千亿美元的损失。不仅塞族，而且穆族和克族也都精力耗尽，无力再战。该年１０月，在美国的主持下，南联盟总统米洛什维奇、波黑总统伊泽特贝戈维奇和克罗地亚总统图季曼经过２０多天的艰苦谈判，终于在美国俄亥俄州的代顿空军基地达成一项旨在结束波黑内战的和平协议。同年１２月１４日，三国总统又在巴黎正式签署了《波黑和平协议》，其主要内容为：占５１％领土的穆克联邦和占４９％领土的塞尔维亚共和国共同组成一个统一的波黑国家，由穆克联邦的两名代表和塞尔维亚共和国的一名代表组成中央执行主席团，三人轮流主持主席团工作，设有中央政府、宪法法院、中央银行，两个实体均可保留自己的军队。北约在波黑部署６万名的维和部队，以监督和平协议的执行。
１９９５年后，波黑局势渐趋平静，但１９９９年爆发的科索沃战争使巴尔干局势又骤然激烈动荡起来。科索沃面积约１万多平方公里，９０年代时人口约２００余万，其中９０％为阿尔巴尼亚人。最初科索沃在南联邦内享有高度的自治权，１９９０年被取消，引起阿族居民的强烈不满。
１９９１年，阿族居民经过全民公决，宣布科索沃成为一个“独立的国家”。科索沃虽宣布脱离南联盟而独立，但只得到一个阿尔巴尼亚的承认。
自１９９１年起，科索沃的阿族组成非法武装，不断进行恐怖活动，自１９９１年至１９９８年初共逾２００余次。１９９８年春，非法武装“科索沃解放军”
四出活动，燃起激烈的战火。南联盟政府遂调动２.６万名军警在重武器和武装直升机的掩护下在科索沃境内进行清剿，猛烈打击阿族非法武装，取得了一定的战果。但此时，以美国为首的北约却采取偏袒科索沃阿族非法武装的政策，向南联盟政府施加粗暴的压力，直至无视南联盟的主权，在１９９９年初竟然提出北约部队进驻科索沃的要求，在遭到理所当然的拒绝后于３月２４日对南联盟实施大规模空中打击，给南联盟造成巨大的人员伤亡和物质损失。经国际社会多方斡旋，６月９日，南联盟和北约代表签署协议，南联盟军队被迫撤出科索沃。６月１１日，联合国通过关于解决科索沃问题的决议。一场大规模的流血战争至此才告一段落，南联盟蒙受重大损失：平民死１８００人，伤６０００人，军人阵亡５００余人，物质损失２０００亿美元。经过克罗地亚、波黑、科索沃三场战争，巴尔干又分裂了，除原有的罗马尼亚、保加利亚、希腊、阿尔巴尼亚，又出现了南联盟、克罗地亚、斯洛文尼亚、马其顿、波黑５个国家。国家越变越多，而且还越变越小，出现了比阿尔巴尼亚还小的斯洛文尼亚，只有２０２５１平方公里。
虽然三次战争的硝烟已经消散，但巴尔干的局势并未完全平静下来，动荡的潜流依然存在。
科索沃战争结束后，大批北约维和部队进驻，然而种族冲突却时有发生，暴力事件层出不穷。从１９９９年６月１２日至２０００年１月１３日便发生阿族极端分子制造的恐怖事件３６８８起，造成６８４名塞族人和黑山人死亡，５万余间房屋被毁，同时还有１５万塞族人和黑山人外逃。以致法国的《新观察家》杂志指出，科索沃依然在进行种族清洗，不过角色变换了，现在是阿尔巴尼亚人在残杀塞尔维亚人。而某些美国学者则指出，科索沃所面临的主要任务是停止对塞族人使用暴力，如果这个问题得不到解决，那么科索沃也就永远不会有民主，不会有光明的前景。尽管５年过去，大批维和部队仍驻扎在科索沃，但种族迫害仍继续存在。
２００４年３月，阿族极端分子杀害了１２名塞族平民，另有４０００名塞族人被驱逐出境，１０００多座塞族居民住房和３０多座东正教堂被毁。
２００１年１０月和２００４年１０月，科索沃已举行过两次议会选举，塞族居民绝大多数都采取抵制态度。第一次１０万塞族居民中仅有１０００人登记选举，而第二次塞族登记选民只占其总人口的０.３５％。南联盟政府和塞、黑政府都不承认选举的结果。
在两次选举中获胜的民主联盟都宣布将全力争取科索沃的独立。西方大国虽口头上表示反对，但美国却在科索沃租借了一个名为邦德斯蒂尔的军事基地，可驻兵２０００人，为期５０年，看来准备在那里长期留下去，根本不考虑科索沃未来的地位如何。再加上南联盟已在２００２年６月改称塞尔维亚和黑山，难道科索沃真还可能去和它们再组成一个统一的国家吗？但是，无论科索沃独立也好，还是和阿尔巴尼亚合并也好，都将给巴尔干带来很大的麻烦。
事实上，梦想建立一个大阿尔巴尼亚的阿尔巴尼亚极端分子已经给巴尔干造成很大的威胁，因为他们曾在２００１年把马其顿搞得天翻地覆，一时无法安宁。
马其顿在１９９１年独立时面积仅有２.５万平方公里，人口仅有２００余万，其中马其顿人占６７％，而阿族人则占２３％，其余则为塞族人和吉普赛人，在南斯拉夫解体的过程中一直保持着平静，被人誉之为“巴尔干的绿洲”。但２００１年夏，对马其顿人掌握治理国家大权素来心怀不满的阿族人在来自科索沃的阿族非法武装的支持下频频闹事，甚至多次制造流血冲突。后在国内各派政治力量和北约的调解下，通过修改宪法扩大阿族人的权利的途径才使紧张的局势逐渐平息下来。然而马其顿人和阿族人的冲突仍时有发生并造成人员伤亡。阿尔巴尼亚人在科索沃和马其顿闹事，再加上阿尔巴尼亚自１９９７年金融危机后局势一直不稳，大批武器流入民间，走私和贩毒现象极为普遍，已成为匪帮的天堂，因此阿尔巴尼亚问题也更形突出。科索沃战争后，南联盟也经历了巨大的变化。米洛什维奇在２０００年９月的总统选举中失败下台，随后又于２００１年被送往海牙去接受“前南战犯国际法庭”的审判，从而开创了一个国家将自己的国家元首送往国外受审的先例。所有这一切都是在美国和其他西方大国所施加的粗暴压力下进行的，严重地损害了塞尔维亚人民的民族自尊心。
然而面临最大的威胁则是新的分裂，也就是黑山要求独立的问题。黑山面积仅１万多平方公里，人口约６０余万，其中黑山人约３８万，其余则为塞尔维亚人、阿尔巴尼亚人和穆斯林，１９９２年与塞尔维亚共组南斯拉夫联盟。自１９９６年起，由久冈诺维奇领导的“黑山胜利”党要求黑山独立。
１９９７年，久冈诺维奇当选为黑山总统，与塞尔维亚的关系急剧恶化。此后黑山加速向西方靠拢，采用马克作为国家货币以取代南斯拉夫的第纳尔，科索沃战争爆发后离心倾向进一步加强。
科什图尼察取代米洛什维奇出任南联盟总统后力图改善双方关系，表示两国关系既可以通过民主对话，也可以通过在两个共和国分别举行全民公决来加以解决，甚至宣称不会采取任何措施来阻止黑山独立，因为必须尊重黑山人民的意志。２００２年３月１４日，塞尔维亚和黑山签署了一个建立名为《塞尔维亚和黑山》的松散联合国家的协议，它规定这两个处于半独立状态的共和国将在国防和外交上分享权力，如将轮流向联合国派代表，同时保持经济、货币、海关的独立性，不仅如此，３年后双方都可组织全民公决，选择独立或退出。
这一协议固然缓解了两国紧张的关系，但也给未来增添了不少悬念。
如果３年后黑山一旦通过全民公决决定退出，那么岂不剩下了一个孤零零的塞尔维亚。不仅如此，到那时，谁又能阻止匈牙利人群居的伏伊伏丁那也脱离塞尔维亚呢？无怪乎它引起了各方面的批评和指责，塞尔维亚激进党认为它是极其愚蠢的：“像这样一个畸形的国家还从来没有过，这样的协议是在美国、北约、欧盟鼓动下才拿出来的”。而在黑山，久冈诺维奇则被自由党指责是“叛徒”。
塞尔维亚是个民族主义情绪很浓的国家，尽管在２０００年发生了政权更迭，但民族主义依然存在。正如一位南斯拉夫政论家斯泰万诺维奇所言：“塞尔维亚人头脑中一直活跃着民族主义。许多人希望摆脱米洛什维奇是因为他没有成为他们所希望的救星。而他们现在衷心呼唤的是另一个救星。”
美国权威刊物《大西洋杂志》也在“塞尔维亚，民族主义罪恶”的标题下指出，米洛什维奇被赶下台，并非因为他带领国家打了４场战争，而是因为他打输了这些战争。塞尔维亚人真的开始迷惘和痛苦了，在２００２年１０月和１２月的两次总统选举中，均因参加投票的选民未达登记注册选民的５０％而宣告无效，而在１２月的议会选举中，身在海牙受审的米洛什维奇却当选为议员。直到２００４年６月，民主党的塔迪奇才当选为塞尔维亚总统，结束了这个国家长期无总统的历史。
如果还要分裂，那么在巴尔干就会出现一个国土仅有１万多平方公里的最小国家。然而真如马其顿总统特拉依科夫斯基大声疾呼的那样：绝不能按种族的标准来建立越来越小的国家，如果这样巴尔干就无法作为一个地区再存在下去。看来巴尔干地区的稳定与安全不能仅依靠该地区四分五裂的国家了。
１９９９年６月１０日，根据德国的倡议，在德国举行的巴尔干国际会议上通过了《东南欧稳定公约》。该公约的目的是通过在巴尔干地区加快市场经济发展及建立地区性安全协作关系等措施来实现该地区的长期稳定与安全。
该年７月３０日，《东南欧稳定公约》首次首脑会议在波黑首都萨拉热窝举行。除南联盟以外的巴尔干国家、欧盟国家、美国、俄罗斯、加拿大、日本等共４５国领导人及国际组织代表参加了这次会议。这次会议的筹委会主席、波黑主席团轮值主席耶拉维奇称，《东南欧稳定公约》将加快该地区所有国家加入欧洲-大西洋一体化进程，尤其是加快该地区国家成为欧盟成员国和北约和平伙伴关系国的进程。南联盟在米洛什维奇下台后也加入了《东南欧稳定公约》。
目前，斯洛文尼亚已加入欧盟；罗马尼亚、保加利亚、斯洛文尼亚已加入北约。此后还有更多的巴尔干国家将加入上述两个组织。看来，只有在这些组织里，巴尔干国家才能实行自己的联合。
欧洲有４个半岛，其中的亚平宁半岛只有一个意大利，在伊比利亚半岛有着两个国家西班牙和葡萄牙，它们之间虽有纷争，但自进入近代以来一直和平相处。斯堪的纳维亚半岛存在着挪威、瑞典和芬兰３个国家，尽管它们的民族、历史和文化有着很大的不同，但彼此间却能友好相处，开展合作。
二战后，在冷战和美苏对峙的复杂情况下，瑞典、挪威、丹麦和冰岛仍顶住压力于１９５３年２月１３日成立北欧理事会（芬兰在１９５５年１０月加入），不仅在社会、经济、立法和文化方面展开紧密的合作，而且还在防务方面相互支持，从而在国际事务中发挥巨大的作用。然而回顾巴尔干半岛近一个多世纪来的历史，我们却会发现一种迥然不同的情况。正如上述，尽管巴尔干国家也力图联合，建立某种地区性组织，开展合作，但结果却都失败了，人们所看到的依然是一个分裂的半岛。
在整个２０世纪，巴尔干合在一起的时间少，而分的时间则长；合是相对的，而分则是绝对的。究其原因，大致有以下四个方面：
第一，民族杂居，民族概念混乱，民族关系复杂。巴尔干民族可分四大支：希腊人、罗马尼亚人、阿尔巴尼亚人、南部斯拉夫人。其中南部斯拉夫人又可分塞尔维亚人、克罗地亚人、斯洛文尼亚人、马其顿人、黑山人、保加利亚人……他们无论从血缘上还是文化上都是如此相近，以至于很难区分，于是塞尔维亚人把马其顿人称为南方的塞尔维亚人，把黑山人称为大山中的塞尔维亚人；克罗地亚人把斯洛文尼亚人称为阿尔卑斯山区的克罗地亚人，把塞尔维亚人称为信奉东正教的克罗地亚人……如此既紧密而又混乱的民族关系极易导致民族矛盾和民族冲突。
第二，宗教和文化的割裂。１１世纪基督教分为天主教和东正教，其影响波及巴尔干，以其中部为界，西部的克罗地亚和斯洛文尼亚接受天主教和拉丁字母，落入西欧文化圈；而东部的塞尔维亚、保加利亚、马其顿则接受东正教和基里尔字母，归属东欧文化圈。随着土耳其人的来到，伊斯兰教也被引入，带来了东方文化。三种不同的宗教、三种不同的文化圈把巴尔干各国深深割裂开来，很难形成统一的局面。
第三，小国竞圆大国梦。巴尔干国家虽领土狭小，人口稀少，但却都欲割据一方，称霸于半岛。自１９世纪７０年代起，大保加利亚主义、大塞尔维亚主义、大克罗地亚主义、大阿尔巴尼亚主义……先后显现，相互交替，引发出无穷无尽的领土之争：保加利亚和罗马尼亚争夺多布罗加，希腊和保加利亚争夺色雷斯，塞尔维亚和保加利亚以及希腊争夺马其顿……往往为此而大动干戈，在此情况下何来联合？
第四，大国的争夺与控制。１９世纪末２０世纪初，土耳其帝国、奥匈帝国和俄罗斯帝国竞相争夺巴尔干。一战后，意大利、法国、英国和德国取而代之，逐鹿于半岛。二战后，巴尔干又成为两大阵营较量的一个重要场所。
在大国的阴影下，巴尔干四分五裂，无法长期形成一个联合的局面。
