太平天国由于宗教信仰的原因，不仅没去网罗知识分子，反而采取排斥的态度和做法。从广西至南京，沿途名儒、饱学之士极多，却没有看到洪秀全、杨秀清潜心争取知识分子的行动。其中就包括著名的湘军名将左宗棠。当时还是失意举人的左宗棠曾往谒太平天国领导，进献攻守建国之策，却没有结果。其基督教宣传激起了传统士大夫阶层的反感。其骚扰政策，惹起了一辈安居乐业的农民的敌意，曾国藩的湘军因此而起。
冯友兰先生对曾国藩的评论如下：中国维新时代的主题是向西方学习，进步的人们都向西方学习，但不能倒过来说，凡向西方学习的都是进步的人们。这要具体地分析，要看他要学习的是什么。中国所要向西方学习的是西方的长处，并不是西方的缺点，洪秀全和太平天国所要学习而搬到中国来的是西方中世纪的神权政治，那正是西方的缺点。西方的近代化正是在和这个缺点的斗争中而生长出来的，中国所需要的是西方的近代化，并不是西方中世纪的神权政治。洪秀全和太平天国如果统一了全国，那就要使中国倒退几个世纪，这是我对洪秀全和太平天国的评价。
这个评价把洪秀全和太平天国贬低了，其自然的结果就是把它的对立面曾国藩抬高了。曾国藩是不是把中国推向前进是可以讨论的，但他确实阻止了中国的倒退，这就是一个大贡献。
清八旗建于入关前，23万左右，主要是满人，大部分驻京师，小部分驻各省主要城镇。绿营建于入关后，主要是汉人，驻各省。兵制，世兵制，即一人在任，全家编入兵籍，由兵部掌握，父死子为兵，世代相承，主要官职是满州人。总督巡抚，节制一省绿营，带兵是武官，以文治武，总督巡抚加提督衔，可以节制本省绿营，防止武官拔扈。绿营在清初是很有战斗力的，但随之而久，战斗力下降。太平天国兴起后，绿营没能阻止起义的爆发，统治者为了控制局面，下令各省举办团练。1853年，清任命十省在藉官僚为督办团练大臣，任务是团练乡兵，镇压土匪。湘军就是在此背景下建立起来的。
咸丰二年1852年，一介书生的曾国藩出山开始了练兵征战的后半生。曾国藩和湘军之前的团练武装，仅限于在各个地区清查户口、维系治安，不过是保甲制度在功能上的延伸，从来没有大规模招募和正规化训练的先例，更不用说独当一面、出省作战了。太平军在长江中下游地区对绿营主力部队的毁灭性打击，使曾国藩和湘军从战略助攻部队变成了战略主攻部队。
湘军的兴起，标志着以曾国藩为首的汉族地主经世派的崛起。他们的崛起，使清封疆大吏由权贵当权变为经世派当权。促使清地方官员中满汉比例的变化，1861年到1890年，任命的44个总督，汉人占34个，其中大半是杰出的乡勇领袖。巡抚117人，汉人104人，半数以上为勇营出身。就是说，他们中多数是通过军功取得权力的。他们中的曾国藩、李鸿章、左宗棠、刘铭传、刘坤一、郭嵩焘等，都成为晚清政治有影响的人物。
过去，皇帝严格限制和分散督抚权力。表面上，督抚统掌一省军政、民政、财政、司法诸大权，但督抚必须在皇帝和中央机构的严格监督下行使权力：重大政务奏请皇帝，请旨后方能行事，督抚政府职能部门的官员要由皇帝选派，这些人又各自向中央主管部门负责，可以有不经过督抚的上奏权，兵权、财政权、司法权仍在中央。而现在，随着湘淮军将领被任命为地方大吏，督抚自己控制一部分军队，这些军队“兵为将有”，非经本人同意，中央难以调遣，兵部除绿营之外，各省勇数不能知。各省督抚借口弹压，多招勇营。
财政方面原由户部总经管，地方将收支作预估，送户部，然后由户部在春秋两季拨款，省布政使司是户部的派出机构。战争中，国库无款可拨，清政府不得不同意督抚“便宜行事”，各省自己截留税收，自己等饷，厘金成为督抚的重要财政收入，督抚专门设局筹防，直接控制一部分财政权。中央被迫承认地方这种权力，把尽数报拨改为“按年定数指拨解部”。
清中期以前，行政人事权统于中央，总督综制文武，但其属下的布政使（掌行政、财政），按察使（掌刑名按劾）都是中央派出官员，而非省总督巡抚的属官，各自对上负责，互相牵制。咸丰以后，由于财政权、军权下移，布政使、按察使成了督抚的属员。原来，总督保举官员只能是文职道府以下、武职副将以下者。曾国藩担任四省总督以后，保举一批湘淮军出身者为巡抚总督，督抚扩大了官吏的支配权。
镇压太平天国以后，湘军成了新的烫手山芋。满清对汉族地主官僚士子是既鄙视又疑惧。咸丰同意汉官办团练兴私军，是在太平天国篷勃兴起时江南半壁眼看不保，江山可能易手，实在无法支撑的严峻形势下，两害相权之下作的权宜。一旦太平天国镇压下去，在清廷统治者看来汉族地主武装集团此时不但失去的存在的意义，反倒成为心腹之患，在满清权贵眼中甚么太平天国甚么湘、楚、淮军其实差不多都是一路货。
在太平天国兴起后满清政府和汉族地主官僚阶级就已开始貌合神离。满清需要汉族地主集团的支持以扑灭“长毛”、汉族官僚阶层则希望通过镇压太平天国运动摆脱清廷的歧视和部分控制以掌握实权。“发匪”扑灭后，这两个目的都完成了。此时，清政府和汉族地主武装集团之间关系很微妙。所以曾国藩作为这个集团的首领封不封王的无所谓（原本朝廷许诺浇灭太平军就封王），江南诸省的实际控制、官员任免必需掌握在手中，这是湘军为代表的汉族地主集团维护清廷江山形式统一的底线。
清廷开始当然是不太情愿的。也做了些努力和尝试试图收回这种权力，湘军集团（包括楚军和淮军）当然不同意。马新贻事件一般认为就是两者博挛的体现。两江是湘军地主集团势力的核心，清政府想来抢夺胜利果实，只能是死路一条。马新贻就是榜样。通过这场政治危机，清廷搞清楚了汉族地主武装的态度和底线，被迫承认太平天国运动之后地方督抚、汉族官僚势力上升的既定事实。
湘军将领与满清权贵派的大官僚有很大的不同。权贵派安享富贵，“但求苟安无过，不求振作有为”，而湘军阵营则原来的社会地位不高，所以他们从关心自己身家性命出发，进而关心本乡本土的安全，进而关心整个国家的命运。他们对清的腐败不满，但也不失去信心，要扶这将倾的大厦，他们比起腐朽的权贵来，具有新的精神。由于他们比较注意现实，所以在他们中出现了最早的洋务官僚。
1861年以前，外国人与清政府打交道，只能与总督巡抚进行，不能与中央直接打交道。外国商人对此十分不满。1861年1月，恭亲王奕欣适应这一要求，奏请设立“总理各国事务衙门”，简称总理衙门、总署、译署，1862年1月正式批准设立。总理大臣是由皇帝指派的，其职权范围主要是管理外交，但后来不断扩大，经管了通商、海防、军务、关税等事务，成了和军机处平衡的机构。其下属的南洋通商大臣，掌握长江以南对外交涉、通商事务，由两江总督兼任。北洋大臣管理北方通商口岸关税及海防等，实际权力重于南洋大臣，由直隶总督，主要是李鸿章操纵。所以清后期许多外交事务，都由李鸿章担任。
总理衙门管理的事情不仅是外交，还包括了一系列洋务活动，如矿务、机器、铁路、电线、购置军械、枪炮，被称为“洋务内阁”。总理衙门成立不仅仅是成立一个新机构的问题，也代表了清政府对外体制的变化：变拒斥外国人为不得不与洋人打交道。自总理衙门成立后，清政府结束督抚兼办外交的局面，才开始了真正近代意义上的外交活动。
而同期的日本也开始了现代化的进程，这就是明治维新。
明治维新将日本从一个封建国家改变为一个现代意义的民族国家，它既保留天皇，却又开议会，行宪法。建立起新的法理型政治权威。在四民平等中建立起近代化国民国家。在此基础上，明治十八年的官制大改革，日本现代官僚体制逐渐形成。拥有近代国家机器集权而高效的特点。
洋务运动是少数先进的“洋务派”发起的自救运动。在闭关锁国了千年的中国，还有更多的未开明的士大夫、官僚主义强烈的反对这种“崇洋媚外”的做法。洋务派和顽固派曾围绕要不要兴办“洋务”，发生过激烈的论争。不甘大权旁落和继续沉沦落后的中央政府和大部分依旧沉睡在“天朝上国梦”的士人形成了强大的政治合力，使洋务运动对原有社会的任何改动都阻力强大。
洋务运动其根本在于维护清朝统治，只是学习器物方面的，不学体制。日本已经认识到体制上缺陷才是真正的问题所在，建立君主立宪政体；学习欧美技术，进行工业化浪潮；并且提倡“文明开化”，社会生活欧洲化，大力发展教育等措施。日本明确提出要“脱亚入欧”，对比中国的“以夷制夷”，这种观念上的差距其实已经注定了甲午战争的结果。而一场成功的现代化改革，背后必然是整个社会的现代化。因为靠一个中世纪的底层社会，想撑起近代化乃至现代化的上层，是完全不可能的。
