自NEST·S冒头后，世界各地的恐怖活动频频发生。哈迪伦所在的佣兵部队认为，这些活动与K’和麦克西姆二人的出现有关。就在海顿准备开始跟踪两人的时候，KOF大会的邀请函又一次来到了！
背叛了NEST·S的K’和马克西马，一直在各地的NEST·S研究所进行破坏，而军方也希望把二人捕获，因此再次举办K。O。F。大会企图引出二人;可是，这一次行动的指挥却不是哈迪兰(Heidern)上校，而是军方的高层”凌”(Ling)司令。
另一方面，一直留意著NEST·S的动向的草薙京得知今届K。O。F。大会并非由NEST·S举办，大感疑惑。K’和Maxima在军方派出的特务“Vanessa”的刻意安排下再次以种子选手的身份参加大会，而K’和马克西马的前队友红丸和真吾也联同红丸的旧友兼军方的特务“Seth”，和中国传说中的暗杀组织「飞贼」的四天王之一——「麟」组成「红丸队」参赛。
NEST·S高层对于这次K。O。F。大会的动机感到怀疑，同时也察觉有同等权力的Zero有异样的动静，于是，NEST·S派出本是为对抗K’而制作的改造人“AntiK”——KulaDiamond参加K。O。F。大会。
K’等人成功在大会中获胜，哈迪兰上校向凌司令请示捕获K’，凌司令却命令部下用枪胁持哈迪兰上校。在基地的显示器上，除了一直被监视的K’等人外，更出现了一个样貌和凌司令一模一样的人。这个人自称Zero，表示自己在暗杀了真正的凌司令后再把自己的复制人配置在军方，以凌司令的身份掌握军方的指挥权。
Zero此举的目的是想收集格斗家的力量转化为启动卫星兵器“ZeroCannon”的能量，再用ZeroCannon向NEST·S的总部发射，意图消灭NEST·S后再统治全世界。
凭著特殊战斗服的性能，Zero曾一度令K’等人陷入苦战;可是，Zero却低估了K’的潜能，落得惨败而逃的下场。虽然Zero在战斗中落败，但启动ZeroCannon所需的能量却已足够。
Zero按下起动钮，ZeroCannon却没有如想象中的运作。原来，ZeroCannon在Zero和K’等人决斗时已经被Kula所占据，Kula把ZeroCannon的目标改为Zero身处的基地。KOF2000的最终BOSSZero在绝望之中被自己的皇牌吞噬。
而谢道也在KOF2000中成功收获了一个妹子——冰女库拉。话说上次谢道跑到NEST·S的时间早了点，没有找到库拉，只好把福克茜、安琪儿等人掳走了。这是理所当然的事情，毕竟库拉是作为K的敌人改造而来的，而K是98年才可能出现，冰女库拉出现的时间就应该更晚，至少是在98至00年之间。
顺利入手小萝莉一只，谢道表示很高兴，将库拉扔给了安琪儿，Foxy照顾。不得不说库拉，安琪儿，Foxy还真是一见如故，三两下就关系好的像一家人了。
然后，在离开的时候，薇普找上门来，原来Whip在Zero的口中得知了自己和K’的姐姐异常的相像，于是找谢道去核实了，原来她是音巢制造的克隆人，本体为K‘的姐姐仙拉。而仙拉则是谢道在NEST·S掳走的小萝莉之一。然后，谢道很高兴的“收下”了送货上门的薇普。
NEST·S暴露了改造人体的罪恶，于是谢道开始以这个名义带着他的女士们去消除罪恶去了。
