交战不久，努尔哈赤才醒悟过来，但为时已晚。以致兵马损伤惨重，连他自己也身负重伤。
由于轻敌而不察战机，不选择天时，又不顾天寒地冻，强行攻城，更增加了失败的因素。
后金攻下辽沈之后，努尔哈赤实行屠杀和奴役广大汉族人民的政策，在汉族人民中播下了仇恨的种子。以致辽东汉民对后金政权。既怀着恐惧心理，又深藏着仇视情绪。
在这种情况下，袁崇焕振臂一呼，宁远城里老百姓衷心拥护。他们兵民一心，同仇敌忾，再加上袁崇焕指挥若定，临战不慌，又借助大炮的威力，使后金兵马攻城失败，努尔哈赤不得不退兵沈阳。
俗话说：胜败乃兵家之常。但是，对于常打胜仗，并享有很高威望的努尔哈赤来说，宁远之败是不可容忍的事情。
大半生的战斗经历，一系列的胜利纪录，后金的迅猛发展，已在这位常胜将军的思想上，培植了一种不可战胜的信念，而一旦遭受意想不到的失败时，他就变得垂头丧气。
人马的损失，在努尔哈赤看来并不重要，最痛心的是一世的英名，由于宁远的失败而受到损害。
努尔哈赤感到自己不可侵犯的自尊心，受到一种不可名状的意外撞击。加上他在指挥攻城时，身负重伤，内心实在难以平静。
养伤三十多天，真是烦恼极了。他愤恨，懊丧，陷入长时间的苦闷之中。
这时，他对于自己所做过的事情，也大生怀疑，深深地陷入反躬自省当中。他思前想后，对自己提出了一连串的问题：
是俺贪图安逸，倦怠懒惰，不留心治国吗？
是国势安危，民情甘苦，俺不省察吗？
那些战功卓著，为人耿直的人，是俺没有对他们重用吗？
在自己众多的儿子中，真有像俺这样舍生忘死、尽心为国的吗？
大臣们都能吃苦耐劳、勤勉于政事吗？
努尔哈赤又想到了蒙古、明朝等，周围各国的情形。各种问题，一时都涌上了心头，使他终日心绪不宁。昼思夜虑，却不得其解。
他希望能有一个启迪自己心灵的人，来开导自己，以排除内心的苦闷。
正当努尔哈赤思虑宁远兵败，反省治国得失时，忽然得到蒙古喀尔喀巴林部，背弃与后金的盟约，同明朝和好的消息。
于是，努尔哈赤为了转移和排除宁远兵败的苦闷，鼓舞士气，把广大将士的不满引向蒙古。便以巴林部背弃“若征明与之同征，和则与之同和”的盟誓，兴师问罪。
天启六年（1626年，天命十一年），四月初三日，努尔哈赤召开众贝勒、大臣们开会。他在会上向大家说：
“蒙古各部就像天上的云一样。云集聚起来，必然“致雨”。蒙古各部若是团结起来，形成一股力量，必然“成兵”。咱们要乘蒙古各部分散的时机，尽快消灭蒙古各部中反对咱的势力。为将来攻打明朝，消除身后之患。”
四贝勒皇太极说道：
“在蒙古的喀尔喀各部中，反对咱大金制度最坚决的是巴林部的囊奴克。先消灭了这个囊奴克，其他各部便可以各个击破。”
二贝勒阿敏说：
“他们以骑兵见长，采取突袭办法，让他们想跑也来不及才好。”
军师范文程说道：
“陛下的伤势稍好一些，还是不要亲去蒙古吧？让几个大贝勒去，就可以了。”
努尔哈赤说道：
“伤已基本好了。俺不去，放不下心来，还是去吧！”
四月初四日，努尔哈赤不顾大臣们的劝阻，在伤势稍好一些的情况下，坚持亲自率领众贝勒，领了两万精锐骑兵，出征蒙古。
初五日，后金大军到达十方寺，悄悄地渡过辽河，安营扎寨。
初七日，分兵八路向囊奴克驻牧的地方急驰而去。
担任前锋的四贝勒皇太极、二贝勒，以及阿济格、硕托等贝勒，带领队伍，猝然赶到囊奴克寨子。
这囊奴克的寨子，其实只是用土垒个圈堤，怎能挡得住后金的骑兵？
囊奴克事先又不知消息，没有准备。一见如狼似虎的后金骑兵杀上来了，只得匆忙上马，率领少数亲兵逃走。
皇太极与阿敏等带领兵马，髓后便追。囊奴克竭力打马奔驰，想摆脱后金追兵。但是后金骑兵紧追不舍，眼看就要追上。
再说努尔哈赤带领后继大队人马，赶到囊奴克寨，立即将其包围起来。寨里的牲畜，财物，全部夺来。男女牧民，一个也不放过，全部带走。
那囊奴克被追得无处藏身，只得且战且走。他未曾料到四贝勒皇太极，领兵绕道，转到囊奴克的身后，突然向他放箭，囊奴克当即中箭，跌下马来，丧了命。
消灭了囊奴克，努尔哈赤又于四月初九日，命令大贝勒代善、二贝勒阿敏、四贝勒皇太极和济尔哈朗、阿济格、岳托、硕托、萨哈廉等，带领精锐骑兵一万，向西喇木伦河一带进军。
沿途，皇太极等把所遇到的各部蒙古的人、畜、财物，全部掠走。
与此同时，努尔哈赤又派遣三贝勒莽古尔泰与八旗将领，统率二千轻骑，随后增援，也到了西喇木伦河，把一路掠来的牲畜，全都驱赶到努尔哈赤的大营。
经过半个多月的征讨，努尔哈赤统帅大军，胜利回师，返回沈阳。
在后金的兵威之下，五月初，原来古尔布什的属下，喀尔喀巴林部的首领拉班塔布囊和他的弟弟得尔格，率领一百多户部民，赶着牲畜，前来投靠后金。
经过查点，这次出兵蒙古，后金共掠取蒙古的牲畜、人口五万六千五百多，其他财物分别等级，分赏给众位将领和兵士。
这次出兵蒙古，努尔哈赤既挽回了宁远兵败的名声，重振了军威，也补充了财力方面的亏空，把喀尔喀部基本上征服了。
努尔哈赤对贝勒、大臣们说：
“物质上的收获能看得出来，这是明摆着的；还有一个更大的收获，那就是咱们清除了身后的隐患，对明朝作战的部分牵制没有了。”
不久，蒙古科尔沁诸贝勒的大首领奥巴，乘后金出兵囊奴克牧地、兵踏西喇木伦河，大获全胜的机会，前来朝拜后金国汗王努尔哈赤。
后金对奥巴前来朝拜很重视，特派遣三贝勒莽古尔泰、四贝勒皇太极等，远迎至中固城，设大宴款待。一路上，双方共设大宴三次。
五月二十一日，努尔哈赤出沈阳城十里，设立大帐，盛情亲迎。
奥巴进入大帐，叩拜努尔哈赤，互相赠送礼物后，被迎人沈阳城。
一连十多日，努尔哈赤带领众贝勒、大臣们，每日宴请奥巴，并把图伦的女儿敦哲，配给奥巴为妻，招为额驸。
努尔哈赤对奥巴说：
“如今，咱们身体都还好，能够欢聚一起，畅谈心里话，真幸运啊！”
六月初六日，努尔哈赤命令宰杀乌牛白马，与奥巴盟誓于浑河岸上。
二人各自对天盟誓，愿世世代代，永结和好，永不兴兵……初七日，努尔哈赤又大宴奥巴。席间，众人欢歌曼舞，热闹异常。
在这次酒宴上，努尔哈赤赐给奥巴以汗号，名为土谢图汗。奥巴的哥哥图为岱达尔汗，弟弟布尔塔齐为扎萨图都棱，和尔和岱为青单礼克图。
同时，努尔哈赤又各赐给盔甲、衣服、银器、雕鞍、绸缎、帛等。
初十日，奥巴告辞回蒙古科尔沁，努尔哈赤带领众贝勒、大臣长途相送，直到沈阳东北近四十里的蒲河。又命令大贝勒代善、二贝勒阿敏等，远送到铁岭城。
根据蒙古各部对后金的不同态度，努尔哈赤采取“有打有和”的政策，进一步奠定了后金政权对蒙古上层的基本政策，为攻打明朝时解除了后顾之忧。
六月二十四日，努尔哈赤将大小贝勒喊来，谆谆告诫他们说：
“你们一定要相互和睦。分配财物一定要坚持按八份分配，任何人不得擅自私取。一人有了过错，他人要直面提出来，不准迁就姑息。平日，应该勤理国政，八人必须协力同心。”
说罢．努尔哈赤又向八个贝勒讲述朱元璋创业的经历：
朱元璋是安徽凤阳人，出身贫苦，父母早死。为生活所迫，小时候便入皇觉寺当了和尚。
元朝末年，各地农民反抗压迫、剥削，纷纷起义。朱元璋也参加了郭子兴的起义队伍。
由于他作战勇敢，又能谋略过人，得到郭子兴的信任，视为心腹，并将养女马氏嫁给他。
不久，郭子兴病死，朱元璋便当了这支起义队伍的首领。以后，朱元璋带着这支队伍，转战大江南北，身历百战，用了近二十年的时间，才推翻了元朝统治，并消灭了异己，建立了大明王朝。
这个和尚出身的明朝开国皇帝，他经历了那么多的苦难，才创下了大明江山。他的子孙后代怎么样呢？远的不说，不久前死去的万历皇帝朱翊钧，你们都是清楚的。他当皇帝不久，便不走正道了。二十多年不上朝，整日躲在后宫里寻欢作乐，过着荒淫无聊的生活。
努尔哈赤说到这里，又对八个贝勒训诫道：
“俺从二十五岁起兵，如今已六十八岁了，四十多年来，过了几天的安稳舒心的日子，你们还不了解么？给你们留下的这分产业，虽然不能与朱元璋相比，但是，它是俺用血汗换来的呀！是俺带领众大臣们经历了南征北讨，拼杀出来的呀！你们要珍惜这一份产业，知道它来之不易，才能更加用心地管理好这份产业。说句心里话，俺不希望你们当中，有朱翊钧这样的人！因此，继承俺这份产业的汗王，应该推举出这样的人：
通达国事，洞悉民隐，勤谨秉政，笃行不苟。
在你们当中，果能有这样人承继俺这分基业，国将受其福，民将得其乐。俺也就放心了。”
最后，努尔哈赤又以金世宗的话，教导八大贝勒要努力治国，严格遵守和执行已经制定的成法，坚持倍赏必罚的政策。
这时，努尔哈赤又以不安的心情，幻想有那么一天，不用自己亲自管理国事，坐观众贝勒治理国政，以享晚年之乐。
努尔哈赤对于八个贝勒的训谕，表露了他晚年不顺心的悲苦，但又流恋尘世，心情是相当复杂的。
对蒙古问题的处置，他比较满意，一度精神比较振奋。但是，宁远的惨败一直冲击他的心扉，总是挥之不去。它像魔影一样，紧紧地跟着他，使他心神不宁，严重地损害了他的健康。努尔哈赤对范文程说：
“也许是年事已高的缘故，身上近来总是感到不舒适，觉得很累。”
范文程只得说道：
“陛下确实已很劳累。你从宁远归来，伤势未全好，又带兵征伐蒙古，在马上颠了半个多月。回沈阳还未能休息，又陪着奥巴近两个月。这中间，有点时间又给贝勒们说话。这些频繁的活动，有政治的、军事的，还有外交的，能不耗费精力么？望陛下珍惜龙体。”
努尔哈赤听了范文程的话，不禁感慨系之，叹了一口气，说道：
“这些事不干不行啊！对蒙古的“一打一和”，不仅解除了隐患，也扩大了兵源基地，增强了势力。这是王者之业啊！”
这时候．辽东又遇到百年未见过的大旱，后金社会呈现出一片不景气的景象。
不光是粮食缺乏，连人参、貂皮等特产，也没有地方出售。日用品又严重的不足，民心涣散，民族关系紧张……面对着这些难题，努尔哈赤怎么能心情舒畅呢？
于是，、他忧郁、焦躁，心情不舒畅，以至食不甘味，寝不安眠，肝郁不舒，积愤成疾。
此时，这位六十八岁的老人得了痈疽症。
七月二十三日，努尔哈赤的病势加重，不得不到清河温泉去疗养。
临走时，努尔哈赤让二贝勒阿敏护送。
大贝勒代善与众兄弟、以及后妃们，送走他们的父王努尔哈赤之后，各回自己的王府。
阿济格、多尔衮、多铎兄弟三人，随母亲乌拉纳喇氏一起回府。
努尔哈赤在养伤期间，又下诏让大妃乌拉纳喇氏回到自己身边，仍立她为大妃。
再说三贝勒莽古尔泰，见众兄弟与后妃们都回府里去，他径直去见皇太极。
莽古尔泰未坐下，就向他问道：
“父王指名让阿敏去护送，为啥不让咱兄弟们去？”
皇太极笑了笑说：
“管它去！阿敏去了，对俺也没什么妨碍的。”
莽古尔泰又说：
“父王的病不轻哩！绰尔济医生死了，若是他活着，父王的病就没问题了。”
皇太极听了，不以为然地说：
“你这话也不全对，有些病，不要说绰尔济治不好，就是真华佗在世，也不一定能治好。特别是老年人，这是没有办法的。”
莽古尔泰又继续说：
“刚才送父王回头走时，俺见大妃又转过头去，连看代善几眼，想是又要幽会不成？”
皇太极接着说：
“不错，俺也见到了。后来，她的三个宝贝儿子将她领走了，这次父王要是有个三长两短，他们俩胆子还不更大！”
莽古尔泰说：
“你不要小看这女人，她还有一个“聪颖异常”的多尔衮呢！他是父王特别喜欢的一个！”
皇太极听他一说，才又告诉他：
“本来，俺有心思想跟你说，怕你好饮酒，耽心你喝醉以后，什么都讲出去了，反会招来麻烦。”
莽古尔泰立即说道：
“你讲吧！俺以后不喝了，再也不喝酒了！”
皇太极看看他，似信非信地说：
“你能不喝酒？前次，你向阿敦说了些什么？你还记得吗？幸亏父王没有深究，否则，连阿敏一起，咱三人都要完蛋呀？想想看，二叔舒尔哈齐，还有褚英，他们的下场怎样？这可不是闹着玩的呀！”
莽古尔泰这次受到了震动，嘴里说：
“放心吧！以后俺戒酒了！等你做了汗王之后，俺再开戒！行了吗？”
皇太极听了他的话，有些哭笑不得，说：
“放心罢！俺有朝一日，真当了汗王，也要让你坐在俺的旁边，来个“二一添作五，逢二进一十”，行吧？”
莽古尔泰忙说道：
“还有阿敏和代善呢！”
皇太极立即说道：
“自然会有阿敏的。他嘛，那可不一定！”
莽古尔泰又赶忙问道：
“刚才你要讲什么心里话？快说呀！”
皇太极只得说道：
“那多尔衮虽然才十五岁，、但是，他确实机灵得很，父王不只一次说他“聪颖异常”。在父王生病之时，又处六十八岁高龄，咱们不能不防啊！不过，父王已经定了“八王共治”的方案，到时候，无人推举他，即使父王说了，也不能让他当！”
莽古尔泰连忙问：
“若是父王有了遗言，让多尔衮当汗王，咱们怎么办？”
皇太极说道：
