“9·11”恐怖袭击发生当日，美国政府即迅速采取了一系列应对恐怖袭击的措施：
——9点20分，美国总统布什即发表讲话宣称，美国政府已采取适当措施保护美国人民，将追查并严惩制造爆炸事件的恐怖分子。
——9点21分，纽约市全部隧道及大桥关闭。
——9点40分，五角大楼发出最高国家安全警告。美国联邦航空局下令关闭所有机场，命令所有国内航班停飞。
——10点5分，白宫、财政部、国务院及其他主要政府机构内的人员开始撤离。
——10点25分，美国命令所有飞往美国的国际航班飞往加拿大。11点4分，联合国总部疏散。
——美国各地迅速进入戒备状态。特勤人员立即将在华盛顿的副总统切尼护送到总统的紧急作战中心坐镇指挥。当得知“空军一号”是下一个目标时，切尼立即电告在佛州刚刚登上总统专机的布什，要他千万不要立刻飞返华盛顿。洛杉矶处于全面战术警备状态；加州宣布处于高度戒备；关闭所有入境关口，关闭美国墨西哥边境；五角大楼附近布置部分军队；发现不明飞机，一律击毁；出动F-16战机负责拦截任何被劫持的客机，以阻止更大灾难的发生。“肯尼迪号”航母、“华盛顿号”航母等多艘军舰已经在美国东海岸严阵以待。美国在海外的军队也全面处于高度戒备状态。
——美国国务院授权美国在世界各地的大使馆关闭，并敦促他们采取一切必要的安全措施。
——美国联邦储备局已经向其他银行提供现金，并表示会维持正常运作，以防止出现挤兑。
——美国全国已经部署了数千名联邦调查局特工追查元凶。参与追查恐怖主义分子行动的机构有中央情报局、联邦调查局、移民归化局、美国司法部、监狱管理局和药品管理局。
应急归应急。“9·11”恐怖袭击对布什总统、对美国政府、对美国人民刺激太强烈了，他们必须拿出一整套反对恐怖主义、与恐怖分子作战的措施。
“9·11”恐怖袭击事件发生后，美国民众在彷徨，美国政府首先采取措施稳定人心。
在“9·11”恐怖灾难中，美国总统成为万众瞩目的焦点。总统布什感到展示自己的机会来了！从“9·11”恐怖袭击发生后的24小时之内，总统布什连续进行了4次紧急演说，而且以后每逢重要时刻，总统布什总要亲临讲话。总统布什出色的表演既赢得了民众欢迎，也稳定了民众心理，还诱导了民众意愿—美国不会善罢甘休，美国要报复。根据美国《新闻周刊》9月15日公布的民调结果显示，布什总统民意支持度高达八成五，比他的父亲前美国总统布什在海湾战争时的民意支持度还高，也超过珍珠港事件爆发当时的美国总统罗斯福。布什是美国历史上总统竞选中少有的“弱势总统”，而“9·11”事件使布什一跃成为“强势总统”。
布什认定：“这是针对美国的恐怖主义事件，如果不采取措施，针对美国的恐怖主义行径不会停止”，“联邦政府将全力去帮助遇难者和他们的家人”，“并对事件进行全面调查，寻找罪行的策划者”。
布什表示：“自由被侵犯了，美国会回击的”。联邦政府“已经采取一切适当的安全防范措施来保护美国人民”，联邦政府在全力“拯救生命，帮助遇害者”，“毋庸置疑，美国将会对此事件的肇事者穷追不舍，直至捕获凶手并将其绳之以法”。
布什承诺：“我们将尽我们的所能给予他们有力的还击”。恐怖袭击已经让“我们的自由受到了威胁”，但是“我们的国家是强大的”，“我们的人民是伟大的”，“恐怖不可能动摇到我们民族的根基、我们国家的根基”，恐怖袭击“可以摧毁钢铁的建筑”，但不能“摧毁美国人民钢铁般的意志”，也不能“让美国人心中的火焰熄灭”，美国将尽其所能“给予他们有力的还击”。
布什强调，美国“这个国家正处在不安全状态，它已处于战争状态”，恐怖分子“不仅不能永久地隐藏起来”，“而且不会永远的安全”，“美国会用所有的力量去打败这些敌人”，“这是一个非常有象征性的战争，是善良面对邪恶的战争，我们相信善良会战胜邪恶”，“我们会和我们的盟友在一起，我们会非常耐心，集中精力，以非凡的毅力，用我们所有的能量和意志，我们一定会赢得这场战争”。
布什向上帝祈祷：“灾难与悲痛成为我们团结的动力”。总统布什在“全国哀悼日”参加了华盛顿国家大教堂的祷告仪式，强调“我们的国家受到了有预谋的、沉重的、残忍的打击”，“密谋、欺诈和谋杀已经把一场战争摆到了我们面前”，“捍卫父辈承诺的任务已经交到了我们手里”，“我们对历史的责任已经明确：回应这些攻击，消灭世界的恶魔”，“这起冲突起于其他恐怖分子的策划，但将会以我们选择的方式结束”，“我们美国人民是慷慨、友善、机智和勇敢的人民”，“我们的团结来源于灾难，来源于悲痛，它同时又是我们战胜敌人的坚定信念”。
“9·11”恐怖袭击事件发生后，布什政府还积极开展救援行动，疏散人群，医治受伤者，营救幸存者，以减少伤亡，给国民一个满意的交代。9月14、15日美国参众两院分别通过一个紧急拨款法案，批准拨款400亿美元用于反恐怖行动、紧急救援以及灾后重建等。
“9·11”恐怖袭击世人关注，新世纪反对恐怖主义需要国际社会的协作，共同行动。“9·11”恐怖袭击发生后，一时间国际社会笼罩在迷惑、犹豫和等待气氛中。在这一刻，国际社会变得异常宁静，都在观察着美国的动向。对此，美国政府不得不对其外交政策进行重大调整，筹建国际反恐怖联盟，把打击国际恐怖主义作为其对外政策的重中之重。
“9·11”恐怖袭击发生后，布什政府迅速推出了新的对外关系准则，迅速理清了敌我阵营。9月12日，美国政府明确提出，将以各国对美反恐怖行动的合作态度来区分敌友，突出了美实施反恐怖行动的决心和处理国际关系泾渭分明的强硬态度，从而促使一些原本态度模糊的国家公开表明自己的立场，最大限度地扩大了反恐怖联盟的阵营。9月20日晚，布什在国会参众两院联席会议发表演说时正告全世界：“你们选择和我们站在一起，否则就是和恐怖分子站在一起”；“从今天起，任何国家继续庇护或支持恐怖主义，美国都将视为敌对政权”。
“9·11”恐怖袭击发生后，美国决意搜捕凶手，执意进行军事报复。为此，美国特别注意运用盟国的力量，要求盟国在外交支持、司法调查和军事报复上提供合作。美国的盟国也分别出于自身的利益考虑积极响应美国的要求，盟国成为美国反恐的核心支柱。
9 月12日，美国务卿鲍威尔要求北约启动共同防御条款，向美国提供军事援助。北约秘书长罗伯逊说，如果美国发生的恐怖袭击是在国外指挥的，那么这些恐怖袭击可以被认为是针对整个北约的袭击。那么北约将启动它的互相保护条款。这就意味着，如果美国决定采取军事行动以报复恐怖袭击，美国可以得到北约的支持和援助。9月20日，美国派副国务卿阿米蒂奇向北约盟国通报了美国在全球范围内向恐怖主义开战的计划。
10月3日，北约在美国召开执行委员会会议。美国在会上提出了有关集体防御的要求。10月4日下午，北约秘书长罗伯逊在布鲁塞尔北约总部宣布，北约已同意美国的请求，将“单独和集体”采取8项具体措施，以协助美国打击恐怖主义。这是北约在认定对美国的恐怖袭击符合《华盛顿条约》第五条的使用范围之后所采取的又一重大行动。这表明，《华盛顿条约》第五条已进入具体实施的阶段。
9月13日，美国总统布什与日本首相小泉通过热线电话联系，提出美国将建立国际反恐怖联盟，希望日本提供支援，小泉表示日本将根据“新合作指针”提供支援。9月25日，小泉对美国进行国事访问，小泉与布什在华盛顿就美国向恐怖主义宣战等问题展开会谈。小泉向布什承诺，日本将把美国遭受的恐怖袭击不仅仅当做是美国的问题，而把它当做自己的问题。
日本根据《美日防卫合作指针》向美国提供军事勤务支援。9月21日，美航空母舰“小鹰号”从日本横须贺港前往印度洋时，日本海上自卫队派出1艘宙斯盾级驱逐舰和1艘万吨远洋补给舰随编队同行。10月6日，日本再次派出6架载有援助阿富汗难民物资的日本空中自卫队运输机和140名自卫队员从爱知县小牧基地出发，前往巴基斯坦首都伊斯兰堡，帮助美国“安抚”巴基斯坦。
总统布什在与日本首相小泉进行磋商的同时，开启与澳大利亚总理霍华德的热线电话，提出美国将建立国际反恐怖联盟，希望澳大利亚提供支援。9月14日，澳大利亚内阁召开的一个特别会议决定，启动由澳大利亚、新西兰和美国签订的《太平洋共同防卫组织条约》。该条约类似于北约的共同防卫条款，规定一国受袭，另外两国有义务提供帮助。9月20日，应美国要求，澳大利亚在海湾地区同美国第5舰队执行对伊拉克的石油禁运任务的一艘“佩斯”级驱逐舰继续留守在波斯湾，准备向美航母战斗群提供作战支援。澳大利亚还向美承诺：如果必要，澳会派遣补给船支援美军。同时，澳大利亚政府决定派驻英国的澳大利亚军人在有需要时可与北约部队联合行动，支援美国的军事行动。10月4日，澳政府宣布，其特种部队将派出一支150人的小分队待命，随时提供帮助。澳还将派出加油机、侦察机等参加美国等国的军事集结。
“9·11”恐怖袭击以前，布什政府奉行“单边主义”，国际社会中大国协商与协调机制严重受损，大国合作机制名存实亡。美国政府在外交上既搞单边主义，又搞实用主义—在关乎美国长远战略利益时搞单边主义；在用得着别国时搞实用主义。“9·11”恐怖袭击后，布什政府认识到要建立国际反恐联盟没有中、俄的参与是不可想象的，因此被迫收敛锋芒，同中国、俄罗斯就反恐怖问题进行磋商。
美国政府的反恐举措在取得俄罗斯的支持的前提下，特别是在获得俄罗斯、塔吉克斯坦等国的空中走廊之后，积极争取中国支持。
9月13日晚，美国总统布什主动与江泽民主席通话，表示国际恐怖主义是对世界和平的威胁，他期待着与江主席以及国际社会的其他领导人一起，加强合作，共同打击国际恐怖主义。布什希望美中两国在联合国安理会加强这方面的合作。9月15日，为期两天的中美海上军事安全磋商专门会议在美国关岛结束。双方就中美海上军事安全问题充分交换了意见。会上，中方代表团对事件中遇难人员表示哀悼，对美国国防部遇难人员家属表示慰问。美方对此表示感谢。
9月21日下午，总统布什在白宫椭圆形办公室会见了中国外交部部长唐家璇，表示祝贺中国即将加入世界贸易组织，美中两国都是伟大的国家，他期待着与江泽民主席的会晤，感谢江泽民主席在纽约和华盛顿遭受恐怖袭击后即代表中国政府和人民向美国政府和人民表示深切的慰问。美国希望在反对恐怖主义问题上加强与中国及其他国家的合作。中国外长唐家璇与美国国务卿鲍威尔在21日举行会谈中达成许多共识：双方强调两国在反恐领域开展磋商和合作的重要性，同意于近日举行反恐问题专家磋商，并将在联合国安理会加强磋商与合作。
9月25日，美国与中国外交部的执法官员在华盛顿磋商加强反恐怖合作，美方认为这次会谈“认真且具有成效”，未来将再举行会谈。10月7日，美军向阿富汗发起军事行动后，总统布什亲自给江泽民主席打电话，向中国通报美军事行动已经开始，感谢中国政府就反对国际恐怖主义所发表的有力的声明。
“9·11”恐怖袭击后，美国基本锁定制造“9·11”事件的罪魁是本·拉登。但是，拉登在阿拉伯世界的民众中有相当的影响力，更何况美国对以色列的袒护一直就让阿拉伯世界深为不满。美国为了取得阿拉伯世界的谅解与支持，对阿拉伯世界做了大量的工作。一方面责令白宫发言人公开承认布什的一次讲话使用“十字军”一词不当，代表布什向阿拉伯世界表示道歉；另一方面，布什于9月17日亲自朝拜华盛顿使馆区内的一个清真寺，并发表讲话说：“我们现在都满怀愤怒与激动，但大家应该牢记：所有的美国人都应当互相尊重。”“那些想通过胁迫自己同胞发泄愤慨的人并不代表美国的精神，他们代表着人性中最卑劣的一面，对于这种行径，他们应当感到羞耻。对无辜者实行暴力违反伊斯兰信仰的基本原则，恐怖主义不是伊斯兰人的信仰。对于我的同胞们来说，知道这一点很重要。”出于对伊斯兰教的尊敬，布什、白宫和情报部门的工作人员在进入清真寺时都脱掉了鞋。9月14日晚，在戴维营举行国家安全委员会紧急会议上，将反恐行动代号被定为“雄鹰行动”，用以突出空中打击是这次战争的主要方式。但是，因为此名有违美国建立世界反恐联盟的初衷，便将代号改为“无限正义”。没料到“无限正义”的代号却犯了穆斯林的大忌。因为在阿拉伯国家只有真主安拉才可以称为“无限正义”，这样的代号必定会触怒整个穆斯林世界，于是再次改名。9月23日，美国国防部宣布行动代号改称“持久自由”。这个代号预示着美国反恐军事行动的持久性，同时又想表明美国是“自由世界”的捍卫者。这才消除了阿拉伯世界对该行动的不满。
为了安抚阿拉伯世界，布什准备支持巴勒斯坦建国。10月2日的《纽约时报》报道说，布什政府在“9·11”事件爆发前已经准备调整中东政策，准备支持建立巴勒斯坦国。布什2日在白宫会见美国国会两党领袖时说，只要以色列的生存权利得到尊重，美国中东和平计划中始终包括建立巴勒斯坦国。
鉴于巴基斯坦与塔利班的特殊关系以及巴基斯坦特殊的地理位置，美国特别关注巴基斯坦在打击恐怖主义问题上的态度。美国对巴基斯坦恩威并施，晓以利害，加以引导，最终迫使巴基斯坦同意支持美国打击塔利班政权。
至10月7日前，美国在外交战线的努力结束。通过恩威并施，9月22日、25日阿联酋与沙特先后宣布与塔利班政权断绝外交关系，包括沙特阿拉伯、乌兹别克斯坦、土耳其和巴基斯坦在内的主要阿拉伯国家都承诺，对美国的反恐怖行动予以支持，国际反恐怖联盟形成。
政治动员、外交调整与努力固然很重要，但要与本·拉登为首的恐怖组织作战，最重要的还是在军事上制定具体有效的措施。“9·11”恐怖袭击发生后，美国政府决意军事报复，加紧了军事打击的准备步伐，形成对拉登“基地”组织和塔利班政权的泰山压顶之势。
首先，突出反恐行动基调—“战争行为”。9月12日9时30分，美国总统布什在白宫召开国家安全紧急会议，与会人员包括副总统切尼、国务卿鲍威尔、国防部长拉姆斯菲尔德，以及参谋长联席会议主席理查德·迈尔斯空军上将等，磋商应对“9·11”恐怖袭击方案。布什明确提出恐怖袭击是“战争行为”。
其次，出台法案授权总统决策战争。9月14日，美国参议院以98票对0票的表决结果，通过了一个参众两院联合决议，授权布什总统动用军事力量对11日恐怖分子的袭击进行报复。决议说，为了防止今后美国遭到类似袭击，总统经授权可以使用“一切必要和合适的力量”，以打击9月11日“策划、指使、实施和帮助恐怖袭击的国家、组织和人员或这些组织和人员的包庇者”。9月15日，美国众议院以420票对1票的绝对多数表决通过战争授权法案，授权布什总统可以对恐怖分子发动战争。
再次，组建“战争内阁”并落实各自职责。9月17日，美国总统布什召集最高国家安全委员会会议，宣布组建一个“战争内阁”，全权负责指挥战争，正式向袭击美国的恐怖分子宣战。“战争内阁”主要由总统乔治·沃克·布什、副总统迪克·切尼、国务卿科林·鲍威尔、国防部长唐纳德·拉姆斯菲尔德、国家安全事务顾问康多莉扎·赖斯、司法部部长约翰·阿什克罗夫特、联邦调查局局长罗伯特·米勒、中央情报局局长乔治·特内特和美军参谋长联席会议主席理查德·迈尔斯空军上将9人组成。军事行动由弗兰克斯领导的美军中央总部总体负责实施。
此外，美国政府和美国军队还拟定了作战计划，对军队进行了调整和集结，征召了大量的预备役人员，进行了情报准备和战争经济动员等，这些内容将在下一章中具体介绍。
布什总统深知，要举行反恐战争，国内作为战争后方，其稳定和巩固程度如何将是至关重要的。据民意调查显示，82%的人认为美国还会遭受第二次恐怖袭击。而美国情报部门的情报也显示美国可能会面临第二轮恐怖袭击。
对此，首先是加强戒备。“9·11”恐怖袭击发生当日，美国军方就保持高度戒备。美国空军F-16战机出现在华盛顿上空，执行空中警戒任务。9月14日，美国防部下令空军战斗机和侦察机在纽约、华盛顿等7大城市上空巡逻，以保障美国领空的安全。华盛顿白宫附近的街道部署了装甲车，部分街头指挥交通的警察也换成穿着野战服的后备军人，上街的民众显然感受到战争逼近的气氛。9月16日，美国战机继续沿着美国东岸大城市间的空中走廊巡逻，由“华盛顿号”航空母舰及“肯尼迪号”航空母舰率领的两个海军战斗群部署在美国东岸外海，加强安全措施，由“斯坦尼斯号”航空母舰率领的一个战斗群则在西岸水域巡逻。
其次，中央情报局与联邦调查局联手，在全美与全球各地展开全面搜索。联邦调查局己经投入4000多名特别干探和3000多名调查助理进行广泛深入调查。其犯罪实验室已派出超过400名的工作人员前往4处飞机坠落现场搜证，希望能找到有助于破案的证据。试图通过调查揪出仍在美国境内与这次恐怖攻击有关的所有人员，并从调查逮捕这些相关人员中，铲除任何可能再次威胁美国安全的因素，同时搜集任何的可能资料，以揪出协助执行这次恐怖攻击的海外人犯。中央情报局在全世界发起总动员，并与各国情报单位密切联系，希望能取得破案的蛛丝马迹。中情局总部与各海外分部建立热线联系，分析前几周所截获的所有大小情报，海外情报员也开始与当地的线人频繁接触。与此同时，中情局开动所有间谍卫星，希望能找出恐怖分子藏身的地点。9月22日，美国政府宣布悬赏2500万美元捉拿制造“9·11”恐怖事件的凶手。
再次，美国司法部门也出台了一系列措施。一方面考虑解禁，“允许”暗杀行动。美国国务卿科林·鲍威尔说，政府正在重新审视1976年由福特总统签署的禁止美国人员参与、策划暗杀行动的行政命令。美国副总统切尼还表示，可以允许情报部门招募海外人员，对恐怖主义组织的通话进行窃听。另一方面，在全国组建“反恐工作队”。9月18日，美国司法部长阿什克罗夫特宣布，司法部决定成立一个由该部领导的全国性反恐怖工作队，以打击恐怖主义活动。他对新闻界说，这个反恐怖工作队将利用联邦和一些主要城市的执法资源，向恐怖活动发起协同一致的战斗，各地工作队将不需得到法院允许就可实施窃听活动。此外，司法部下属的移民和归化局已经在17日晚修改了拘留外国人的规定，新规定允许移民和归化局将违规外国人拘留48小时，而以往只能拘留24小时。
同时，布什政府筹组“国土安全办公室”，汤姆·里奇出任国土安全办公室主任。该部职责是负责协调联邦安全部门、司法部、军方、联邦紧急措施署等40多个有关机构，保障美国本土的安全，研究如何增强保护运输、能源、粮食等可能被攻击的目标，使其免受恐怖活动的攻击以及在遇到恐怖分子袭击时如何做出强有力的反应。
增设危机预警是美国国内反恐的又一举措。9月13日下午，美国联邦航空管理局（FAA）取消对国内部分机场起降飞机的禁令后，美国大部分主要机场都逐渐恢复了客运和货运飞行。但禁令取消几小时后，FAA又重新发布命令称，纽约地区的3个国际机场暂时停止所有飞机的起飞和降落。3个机场是约翰·肯尼迪国际机场、拉瓜迪亚国际机场和新泽西州的纽沃克国际机场。从葡萄牙首都里斯本和意大利首都罗马起飞的两架国际航班已经被迫折回。它们的目的地都是纽约。飞机停止起飞和降落的原因，是美国联邦调查局（FBI）在该地区发现了新的情况。
经过半个多月的准备与期待，美国对阿富汗动武的日子越来越近。为了给战争贴上一个“正义”的标签，美国政府大谈联合国秘书长安南在“9·11”事件第二天在联合国紧急会议上提出要塔利班交出本·拉登的要求，而阿富汗的塔利班政府偏偏不吃这一套，拒绝将本·拉登交给美国人审判。因此，美国总统布什于10月1日即宣称，塔利班若不交出本·拉登，美国将对阿富汗采取军事行动，美军已准备随时进行攻击。同日，国务卿鲍威尔说，在阿富汗周围正在进行一场导致塔利班末日的军事集结。国防部长拉姆斯菲尔德也表示，美国军事力量采取行动的时机正在迫近，美军将在适当时候发动攻击。10月2日，英国首相布莱尔在工党大会上发表演讲，他警告阿富汗塔利班当局尽快交出拉登，否则将面临“毁灭性的”军事打击。
至此，美英已向阿富汗发出最后通牒。
