“狼群”闻风而动
为了更好地管理S艇，德国在二战中数次变更指挥机构。1939年11月，德军成立鱼雷艇司令部，对S艇进行指挥，后来这一任务被驱逐舰司令部接管。不到一个月时间，鱼雷艇司令部又恢复行使指挥权。1942年4月，驱逐舰司令部再度接管，直到战争结束。
S艇的基本兵力单位是支队。战争中，德国先后编组了24个S艇支队，每个支队的标准编制是10艘S艇，最多的达到14艘。这些兵力分别活动于英吉利海峡、北海、波罗的海、黑海以及地中海。二战初期，S艇部队的全部实力是第一和第二支队，共有18艘。第一支队组建于20世纪30年代中期，指挥官为库特·施特姆上校，基地设在基尔。第二支队于1938年8月成立于威廉港，由鲁道夫·彼德森上校指挥。另外，第一支队和第三支队是转战海域最多的支队。第24支队是德国最后组建的支队，专为地中海战区而设。
S艇从港口出发后，一般采取6艘一组的编队纵队行进，同时随时接收发自岸上的情报信息。1944年，德军装备了新式的T3D鱼雷后，在这样的6艇编队中一般由其中3艘负责攻击，另外3艘则扮演鱼雷运输艇的角色，其中装备有40毫米火炮的S艇往往负责殿后警戒。当接近目标时，S艇往往慢速而安静地滑行，有时可以借助海峡中某处的浮标固定停止在海面上。目标选定后，支队的S艇会集中向其发射鱼雷，攻击过后分散撤离战场，避免招致对方炮火回击。二战时，英国的军舰很想捕捉这些S艇，但非常困难。因为S艇各支队在执行任务前会指定一个海面坐标为紧急会合点，所以当艇队遭遇攻击时，在四散逃离的情况下却总能在不久后重新集结编队。盟军惊讶于德国鱼雷艇的冷静与有序，其实这是和德国海军缜密的战术分不开的。而正是由于S艇武器和战术思想和潜艇部队相仿，它们被称为“海面上的狼群”。
1939年8月，德军S艇第一支队从基尔港出发，于9月1日开战当日进入但泽港示威。在那里，S艇赢得了二战中的首次胜利。在克里斯蒂安森中校的指挥下，S－23艇用艇上的20毫米炮打沉了一条准备扮演阻塞船角色的波兰拖网船。1940年5月，随着西线闪击战的打响，S艇迎来了真正的战斗。5月10日凌晨，第二支队的4艘S艇与一支英国皇家海军编队不期而遇。在悬殊的火力差距下，S－31艇发射的鱼雷成功命中英军“凯利”号驱逐舰，后者在夜色中缓慢下沉。返回的S－31艇高兴地宣称击沉了敌舰，事实上，“凯利”号后来被拖回了英国。
由于这一时期的德国拥有空中优势，因此S艇敢于在白天高速出击，频频对英国和法国的驱逐舰展开突袭。5月23日，S－23联手S－21艇，把法国驱逐舰“美洲虎”号送入大西洋海底。5月26日，英法联军的敦刻尔克大撤退开始。28日夜，S－30艇艇长齐麦曼中尉发现了一个目标并判断其为英国驱逐舰，遂命令开足马力攻击。29日0点过后，S－30艇一举射出4枚鱼雷，至少有2枚击中了这艘满载士兵的英国军舰“不眠”号。经过一番挣扎后，“不眠”号最终长眠海底。5月31日，S－23和S－26艇成功击沉法国驱逐舰“非洲热风”号。第二天，S－34艇又击沉了两艘武装拖船。
7月份，S艇创造的“辉煌”还在继续。它们开始游猎英吉利海峡的盟军货船队。7月25日，倒霉的法国运输船“梅克涅斯”号被S－27艇逮个正着，满满一船法国士兵伴随着它徐徐沉没。数月间，一支又一支护航队遭到S艇的进攻。到1940年年底，被S艇击沉的货船已经达到23艘，由于损失严重，从苏格兰东北到伦敦的一段航线被称为“E艇小道”。
1941年上半年，德军4个S艇支队一起出击，总共击沉了盟军1艘驱逐舰和16艘货船。从5月份开始，S艇主力为配合即将开始的“巴巴罗萨”行动而向东移入波罗的海，仅剩的第四支队表现平平。另两个支队从波罗的海返回后，在下半年里共击沉了14艘货船。这样，S艇在当年的成绩就是30艘货船，超过了上一年。
1942年2月12日，纳粹德国海军发起了“雷霆·瑟布鲁斯”行动。此时在北海作战的是第二、第四和第五支队。3月13日，S－104艇击沉了英国驱逐舰“沃提根”号，7月9日，由克劳斯·费德特上校指挥的第二支队的7艘S艇围攻一支护航船队，取得了击沉6艘船员的战果，其中包括4艘货船和1艘吨位达6766吨的油轮。10月7日，第二和第四支队共出动9艘S艇袭击货船队，击沉了总吨位7576吨的3艘货船。S艇的活动在最后两个月里达到了高潮。第二和第五支队表现突出，共击沉了包括1艘驱逐舰在内的13艘各型舰船。其中12月2日，对FN889护航队的攻击，一次就击沉了5艘货船。整个1942年，德国海军S艇共击沉了盟军20艘货船、2艘驱逐舰及其他一些小艇。
风光不再
德国S艇的不断告捷，使英军大为头疼，不过，这种局面在1943年有了较大改观。因为经过数年周旋，英国海空兵结合新开发的战术，已经能够在相当程度上遏制S艇的活动了。S艇被迫以夜晚出击为主，损失数字也开始大幅上升。1943年一年中，德军有13艘S艇被击沉，这13艘鱼雷艇中，除了被英军水雷和军舰击沉外，还有3艘是在港口被英军空袭而倾覆。这表明，德军已经开始失去北海上空的制空权，S艇的活动日益暴露在英军空中打击之下。事实上，S艇在荷兰的基地已成为英国飞机最喜欢的攻击目标。它们从东安格里亚的机场出发，荷兰海岸线正好在皇家空军战斗轰炸机的理想航程之内。另外，影响S艇部队战斗力的另一个原因是当时有6艘S艇被调往西班牙，暂归西班牙独裁者佛朗哥海军调用。
1943年2月26日夜，德国海军第二支队的7艘S艇出击FS1074护航队，但在英军护航军舰的打击下一无所获。4月13日，第五支队袭击了PW323护航队尽管用尽全力，也只打掉了1艘汽船。10月24日夜，德国海军来自4个支队共28艘S艇的大规模编队出击FN1160护航队，却连靠近货船队都做不到，有两艘S艇被击沉，第四支队指挥官维尔纳·吕佐上校当场阵亡。德军几次不成功的出击表明，加强了护卫力量的盟军货船队再也不是德军鱼雷艇可以任意攻击的对象了。
4月13日夜，大概算是德国S艇在1943年运气最好的时候。第五支队的4艘S艇疯狂地挑战一支拥有强大护航兵力的英国船队，在击沉其中1艘货船的同时，还击沉了英国驱逐舰“埃斯克戴”号。但是这一年，被S艇击沉的货船数已经下降到令人汗颜的5艘。
1944年初，德国鱼雷艇部队的兵力构成发生了如下变化：第六支队北赴波罗的海，第二、第四和第五支队不变，新加入的是第八和第九支队。第二和第八支队为一群，第五和第九支队为一群，以法国港口为基地，第四支队则单独从鹿特丹出击。虽然德军鱼雷艇部队有5个支队之多，但其战绩在2月份却只有28艘而已。从2月到5月所击沉的商船数就降到2艘，而S艇自身的损失却多达7艘。不过，他们却在4月28日意外取得了一次大胜，这也是S艇部队在二战中的最大胜利。
4月28日清晨，德军第五和第九支队的9艘S艇离开了瑟堡港，当行驶到里梅湾附近时，领头的S艇发现了目标，但是训练有素的观测哨报告称对方不是商船，而是由1艘巡洋舰护航的8艘坦克登陆舰。一次为历史上最大登陆作战而采取的秘密演习，就这样阴差阳错地被S艇遇上了。这批登陆舰搭载着美国第四步兵师的官兵，前往地形极像诺曼底的斯拉普顿滩头，进行为期8天的“猛虎训练计划”。这些部队预定参加对犹他海滩的攻击。面对这次绝好的机会，S艇毫不犹豫地发起了猛攻，短短几分钟内，美军LST531号和LST507号登陆舰就被击沉，LST289号也受到了重创，他们的这次袭击共使749名美军士兵丧生，这是除日军偷袭珍珠港之外，美军在二战中伤亡人数最多的一次。由于担心影响士气，这一事件在当时秘而不宣。诺曼底登陆战成功后，人们才知道那一天的惨剧，而具体的阵亡数字直到1974年才解密。
虽然德国鱼雷艇部队取得了一次空前的胜利，但是，德国S艇的狩猎季节已时日不多，S艇遭受到的最重大打击随着盟军在诺曼底的登陆接踵而来。6月5日当天，包括刚从挪威调来的第六支队在内，德军能使用的在登陆海域的S艇共有34艘。它们纷纷出动，击沉了盟军的3艘登陆舰、4艘货船以及护卫舰和炮艇各1艘。但是S艇也付出了7艘沉没的代价。更糟的事情发生在6月14日，这一天无疑是S艇部队的受难日。白天，第二支队首先遭到盟军两个中队“英俊战士”飞机的攻击，有3艘S艇被炸沉；夜里，盟军出动超过200架轰炸机，向勒阿弗尔扔下了1230吨炸弹，结果第四支队的6艘、第五支队的5艘、第九支队的3艘，总计14艘S艇全部被炸沉。第五支队的指挥官库特·约汉森上校也在空袭中丧生。
剩余的S艇还想尽力一搏。但是，从8月份开始换装新型的T3D鱼雷的表现却不尽如人意，头两周里发射的77枚鱼雷，击沉的船数仅有1艘，到了9月又有5艘S艇被击沉。随着陆上局势的急剧变化，德军不得不把仅存的S艇撤到了荷兰，在那里编成了一个第十支队的番号。这些S艇在那里一直待到战争结束。从10月到12月，它们取得的战果仅有1艘小型货船，而自身却损失了3艘。1945年1月，北海的S艇总共包括第二支队7艘、第四支队5艘、第六支队6艘、第八支队5艘、第九支队4艘，另外第五支队7艘则刚从波罗的海调动而来。而此时的S艇战损率之高几乎到了一艇换一船的程度。1月22日的一次行动，他们击沉了一艘登陆舰和一艘货轮，但同时有两艘S艇沉没。2月21日的情况也差不多，他们虽然击沉了两艘货轮，却损失了两艘S艇。
3月18日晚，S艇攻击了盟军FS1759护航队，取得了它们在3月份的唯一胜利，也是整个S艇部队对盟国商船队的最后一次胜利。1097吨的“克里奇顿”号和2871吨的“罗盖特”号成为最后两艘被S艇用鱼雷击沉的货轮。而S艇在二战中的最后一次行动终结于4月7日凌晨，在和英国护航队的交战中，第二支队的S－176和S－177艇双双被同级英国鱼雷快艇击沉。对于德国鱼雷艇来说，这真是一个具有讽刺意味的结局。
尽管S艇的命运和二战时的德国一样，都是以失败而告终。但是，它仍然是德国海军水面兵力中最具威力的部分。实际上，从1940年中期开始，S艇就已经成为德国海军水面攻击的主力。它们和U艇一起，构成了对盟国海上运输线的重大威胁。据统计，德国海军共建造246艘S艇（含未完工），在战争中损失146艘，占59.3％，可以说战损率非常高。但是，它们也击沉了盟军商船101艘，总计21.4万吨；击沉12艘驱逐舰、11艘扫雷艇、8艘登陆舰、7艘鱼雷快艇、2艘炮艇、1艘布雷舰、1艘潜艇及许多其他军用小艇。由S艇布下的水雷也“成绩不俗”，共有37艘船舰触雷沉没，包括14.9万吨的商船、1艘驱逐舰、2艘扫雷舰和4艘登陆舰。
二战中，S艇部队共产生了23位骑士十字勋章得主和112位金质德意志十字勋章得主，其中8位更是获得了橡叶十字勋章。1941年5月30日，在海军元帅雷德尔的动议下，德军特设了一种专门针对鱼雷艇官兵的S艇战功勋章。战争时期，每当S艇返港，水手们往往会在本艇的无线电天线杆上升起代表击沉船舰的小旗，上面写着战利品的估计吨位数。在战争年代，这是每艘S艇最值得骄傲的时刻。然而，这些水兵的所有努力从一开始就是没有意义的，因为在德国发起的非正义战争中，他们是不可能胜利的一方。
战后，同盟国对德国幸存的S艇进行了瓜分，其中英国34艘、美国29艘、苏联28艘。1957年，英国把2艘S艇交还给德国，其余的则送给了北欧国家。其中服役于丹麦海军的一艘S艇直到1965年才退役，从而结束了整个S艇的历史。
