专业技术企业孵化器在培育和孵化企业过程中需要许多资源。这些资源中有些是专业技术企业孵化器具备的，有些是专业技术企业孵化器不具备的。对于自身并不具备的资源，专业技术企业孵化器必须从外部获取，即从外部寻找专业服务商。
在专业技术企业孵化器的发展过程中，这些专业服务商的角色不断发生变化。第一阶段，专业服务商接受专业技术企业孵化器的邀请，对在孵企业进行咨询与培训，被动地参与专业技术企业孵化器对在孵企业的培育和孵化过程。这一阶段，专业服务商与专业技术企业孵化器之间是合同关系，专业服务商与在孵化企业没有直接关系。第二阶段，专业服务商开始进入专业技术企业孵化器的服务体系，主动研究在孵企业的需求，与在孵企业建立长期服务关系，与专业技术企业孵化器合作，为在孵企业提供有针对性的服务。第三阶段，专业服务商与专业技术企业孵化器紧密结合，组成虚拟组织，结成战略联盟，成为合作伙伴。
专业服务商很多，专业技术企业孵化器需要从中进行选择，选择出合适的合作伙伴。专业技术企业孵化器可以采用博弈分析模型和四象限分析模型选择合作伙伴。
1.博弈分析模型
假定A为专业技术企业孵化器，B为任一备选的合作伙伴。专业技术企业孵化器与备选合作伙伴的合作策略都是两个：同意合作（Y）或者拒绝合作（N）。假定双方合作之前，专业技术企业孵化器的价值为RA，备选合作伙伴的价值为RB；双方合作以后，专业技术企业孵化器的期望价值为ERA，备选合作伙伴的期望价值为ERB，并且有
式中，ΔRA为专业技术企业孵化器参与合作后的价值增量；ΔRB为备选合作伙伴参与合作后的价值增量。
专业技术企业孵化器与备选合作伙伴之间的策略及其博弈结果。由于合作是双方的事情，只有双方都有合作的意愿，合作才有可能进行。因此，一方同意合作与双方都不同意合作的结果是一样的，都是不能进行合作，也没有进行合作，而其自身的价值保持原有的价值不变。只有在双方进行合作的情况下，其价值才会发生变化。
下面根据专业技术企业孵化器与备选合作伙伴之间是否存在转移支付两种情况分别进行分析。
（1）专业技术企业孵化器与备选合作伙伴之间不存在转移支付。
对于专业技术企业孵化器（A）来说，进行合作的条件是
对于备选合作伙伴（B）来说，进行合作的条件是
因此，在专业技术企业孵化器与备选合作伙伴之间不存在转移支付时，在专业技术企业孵化器与备选合作伙伴参与合作以后的价值增量ΔRA和ΔRB都大于零的条件下，双方可以进行合作；进行合作也是双方的均衡点。这样，专业技术企业孵化器可以将这个备选合作伙伴选为正式合作伙伴，这个备选的合作伙伴也有进行合作的积极性。专业技术企业孵化器可以按照这种方法进行多种合作伙伴的选择，并从中选择最佳合作伙伴。
（2）专业技术企业孵化器与备选合作伙伴之间存在转移支付。
在存在转移支付的情况下，专业技术企业孵化器与备选合作伙伴之间进行合作的条件是
ERA ERB>RA RB
即ΔRA ΔRB>0
即在存在转移支付的情况下，专业技术企业孵化器与备选合作伙伴进行合作的价值增量之和大于零；也只有在专业技术企业孵化器与备选合作伙伴进行合作的价值增量之和大于零的情况下，双方才能进行合作；进行合作是双方的均衡点。在这种情况下，专业技术企业孵化器与备选合作伙伴可以进行合作，或者说，这个备选合作伙伴可以作为专业技术企业孵化器的合作伙伴。同样，专业技术企业孵化器可以按照这种方法进行多种合作伙伴的选择。
2.四象限分析模型
大卫·福克纳提出了一个包括战略和文化因素的选择战略伙伴的二维模型（布里克J。，埃姆斯特D。，1993）。通过分析战略一致性和文化一致性来进行战略伙伴的选择。
我们在大卫·福克纳选择战略伙伴二维模型的基础上，提出一个专业技术企业孵化器选择合作伙伴的四象限分析模型。我们认为，专业技术企业孵化器在选择合作伙伴时应该主要考虑备选合作伙伴的业务能力和合作意愿。这样，根据业务能力和合作意愿的高低，可以建立专业技术企业孵化器选择合作伙伴的四象限分析模型。
处于第Ⅰ象限的备选合作伙伴，具有较高的业务能力和较高的合作意愿，应该选为专业技术企业孵化器的合作伙伴；处于第Ⅱ象限的备选合作伙伴，具有较高的业务能力，但是合作的意愿较低，需要专业技术企业孵化器进行一定的说服、动员等工作。如果愿意合作，则可以选为合作伙伴，否则，只能放弃；处于第Ⅲ象限的备选合作伙伴，业务能力较低，现在不能满足孵化和培育在孵企业的需要，不能作为合作伙伴。但是，其合作的意愿较高，可以等其业务能力能够满足孵化和培育在孵企业的需要时再作为合作伙伴；处于第Ⅳ象限的备选合作伙伴，业务能力与合作意愿都比较低，专业技术企业孵化器应该主动放弃，不将其作为合作伙伴。
在使用四象限分析模型选择合作伙伴时，专业技术企业孵化器需要确定评价备选合作伙伴业务能力和合作意愿的具体指标，并制定相应的评价标准。专业技术企业孵化器可以选择不同类型的合作伙伴为在孵企业提供各种不同的服务。评价某一个备选合作伙伴的业务能力时可以根据在孵企业的需要，仅仅考察备选合作伙伴某一方面（正是在孵企业需要的）业务能力，而完全没有必要进行全面的分析、评价和考察。由于在孵企业需要的多样性，对备选合作伙伴的评价也是多样的，这里不再细述。
