柳生“新阴流”剑术，主要是夺取敌方武器，尽量让双方保全性命，平安无事，因此又称“活人剑”。这是石舟斋自身钻研所得。这种剑术，运用在兵法上，便是心理战，也是《孙子兵法》中所说的“知己知彼，百战不殆”。当时日本所谓的兵法家，指的是类似宫本武藏那种剑豪或者是武田流派军事学中的军师，但是精通“如何不战而屈人之兵”这一精髓的兵法家，似乎只有柳生宗矩一人。
柳生宗矩的长子十兵卫，13岁时当上家光的随身家童，20岁时误触逆鳞，回到奈良“柳生之里”老家，专心研究兵法，写出了《月之抄》等兵书，更把本派剑术传授给从全国各地慕名而来的门徒。32岁时，家光原谅了他，让他回到身边当亲信护卫。有些小说或是漫画将十兵卫描写成“独眼龙”，说他在离开幕府之后，浪迹江湖。这些绝非事实，都是作者编造出来的。因为他晚年留有画像，双眼正常得很。十兵卫44岁时，据说在京都南部山中放鹰捕鸟时意外身亡。他的死，到底是被人暗杀，还是意外所致，众说纷纭，至今仍是个谜。
十兵卫过世后，遗留下的领地全部由柳生宗矩的三子柳生宗冬（小名“又十郎”）继承。五味康佑的《柳生武艺帐》中，描述宗冬于15岁时，蒙住双眼，绑住双手、双脚，动了拔牙手术，之后装上一副黄杨假牙。这是事实，因为身为忍者，有时候必须假扮成女人，所以需要动这种手术。（1927年时，东京练马区广德寺柳生家祖坟，不但出现了当时的刀剑、印笼、烟管等陪葬品，也出现了一副黄杨制的假牙。据说以牙科技术来判断，那副假牙可以说是当时全球最精致的假牙。）
但此时的“草”已受幕府控制，不再直属于伊贺组织，这是幕府畏惧伊贺忍者的威力从而施行的实力瓦解手段。伊贺忍者的头目称为服部半藏（服部半藏只是个代号，伊贺历代头目均称为服部半藏，受聘德川家康这一代最强），因帮助德川家康打败甲贺忍者及丰臣秀吉、取得天下而得到了家康赐予的京都大权。服部半藏命人构筑了一个称为“半条藏”的大市集，让所有伊贺忍者搬出伊贺峰，到此居住。这样一来，伊贺忍者也就自然受到幕府无形中的控制了。
到第三代将军家光时，伊贺忍者逐渐减少，终至沦为地下组织，暗中行动，除奸扶弱。这种忍术也成为家族式的秘技。现今日本伊贺忍术尚有迹可寻，而寻找甲贺忍术就相对困难了。
§§§第六节九字箴言
“临、兵、斗、者、皆、阵、列、在、前。”相信任何对忍者有兴趣的朋友都不会对这九个字感到陌生，这就是被忍者手口相传数百年的“九字箴言”。
在动画中可以看到，作为一名忍者，战斗前口念九字箴言同时用双手摆出各种印契似乎是个必不可少的过程。印的连接方法是按“临”、“兵”、“斗”……的顺序，一边口颂印名，一边将双手在胸前合拢，不放下，手指交叉连续变换手势。从侧面看，手腕从上至下运转，像画圆弧。并且，做第八个印“在”时，双手向前推出，最后一个印“前”时，收回胸前，九印即成。（不过，不同的忍者流派心法各有不同，例如伊贺忍者的九字箴言“临”字诀，其印诀是双手手指向内缚住，两个食指竖起；甲贺忍者则是双手手指向外交叉，两个食指竖起。）
一、九字箴言的由来
如上所说，他们口颂手结的东西就是九字箴言或九字密印（九印）。密印来自于密宗，而忍者也与密宗颇有渊源。
所谓密宗是相对于佛教显宗而言的，是古印度后期佛教的特色，是佛教与印度教结合的产物。流派方面可分为代表印度和中国汉地密宗的杂密、由中国密宗流传到日本后改良演化形成的东密和西藏的藏密。唐玄宗时代，善无畏、金刚智、不空三藏三位印度密宗大师来到中国，他们传下了密宗的教门。宋末元初，由蒙古人带入西藏的密教，经过和当地喇嘛教的融会后形成了藏密。明朝永乐时期，朝廷认为密宗过于怪异，便下令废除，故杂密在中原势渐衰微，而晚唐时期由空海大师带到日本的东密箴言却得到了广泛传播。
密宗视毗卢遮那（即大日如来，著名的镰仓大佛就是毗卢遮那）为最高统帅和创教之主，推崇传承、箴言和密咒。密宗的一大特点就是认为人的身体有许多奥秘和潜能，只要通过密宗法门的不懈努力就能使修行者发挥全部潜力，让身体与宇宙沟通达到天人合一的境界，这和忍者追求的极限体术不谋而合。
“三密加持”是密宗修行的一个重要组成部分。包括身密（手结印契）、语密（口颂箴言）和意密（心观尊佛）。
身密的主要修行就是“结手印”。简单地说就是通过两手十指相互交叉结成不同的形状，并配合想象意念形成的修法。密宗手印的种类可谓数以千计，每种都有特殊的含义和作用，例如：吉祥印、金刚大惠印、大轮坛印、摧伏诸魔印、宝冠持宝印、光焰火界印、缚思等仙印、准九头龙印等等，而且虽然有些手印名字相同，但其结出的形状却大相径庭。
至于忍者九印，则依次为：独钴印、大金刚轮印、外狮子印、内狮子印、外缚印、内缚印、智拳印、日轮印和隐形印。
据东密的理论，通过人体双手十个指头，配上心理的意念，契合某一修法，互相结成各个不同的“手印”，便可产生加强修习密法者的效力。密宗理论认为双手十指对外与法界佛性相通，对内与五脏六腑相通，所以修习密法时，结成“手印”，便可得到法界中已经成就的佛、菩萨的感召，增加速成效果，自身也如同获得了佛的神通。
除了结手印以外，忍者还有各种坐姿，它和手印一样种类繁多且各具意义，全跏趺坐中的“吉祥坐”与“降魔坐”是忍者常练习的两种。忍者平时经常要配合“忍者五道”中的“香”进行吉祥坐、降魔坐的精神集中修炼。
语密又称箴言，据说修习者通过口诵某段咒文可以促使自己的身心改变。箴言的数量和手印一样也是种类繁多，例如：火天箴言、阎魔王箴言、四天王箴言、金翅鸟王箴言、罗刹众箴言、罗刹王箴言、加持句箴言、三昧耶箴言、不动尊箴言、金刚甲胄箴言等，另外还有五字箴言、藏密六字箴言、文殊八字箴言等等。
如果从密宗念诵咒语的修习原理来讲，据说利用这种特殊的音符可以震动身体中的气脉，将心血凝于一处，从而形成超乎寻常的潜能并启发高度的智慧与神通。
同时，忍术的九字箴言也许属于一种自我催眠的密术，正如现代魔术表演中魔术师对一位助手施以催眠说“你是块石头”，此时即使有人站在助手悬空的身体上他也浑然不知。忍者利用结手印、颂箴言的过程集中意念、自我麻痹，使全身热血沸腾并变得兴奋异常，以至在战斗中可以暂时忘却痛苦，激发潜能，完完全全成为一部全功率运行的杀人机器。
作为从事忍者这种特殊职业的战士来说，每一次战斗都生死攸关。既然是以性命相搏的战斗，当然希望能发挥自己的全部潜力为生存而战，这时就需要一种能够激励自己的精神依托和让身体充分展现机能的催化剂，九字箴言正好满足了这种需求，因此受到忍者们的推崇。
二、抱朴子
九字箴言中的“临、兵、斗、者、皆、阵、列、在、前”这九个字，始出于中国东晋的道教典籍《抱朴子》。《抱朴子》分内篇与外篇两部分。内篇主要介绍的是道教的丹法、禁术与养生，外篇则是兵略、政论等相关内容，九字箴言就出自《抱朴子·内篇·登涉》。
中国道教有许多禁术，禁术又称“禁法”，道教认为用此可遏制鬼物、毒虫和猛兽。禁术大概是由早期气术、符法派生而来，始见于东汉末年，可分为“气禁”与“咒禁”两类，其涉及内容五花八门，从行云求雨、驱虫避灾到请鬼送神无所不有。
《抱朴子》中关于九字箴言的这篇属于咒禁，原文是：“入山宜知六甲密祝。祝曰：‘临兵斗者，皆数组前行，常当视之，无所不辟。’”这句话还有一个版本：“祝曰：‘临兵斗者，皆阵列前行。’凡九字，常当密祝之，无所不辟。”意思是说，常念这九个字，就可以排除一切邪恶。（唐代佛教密宗吸收道家文化，在抄录《抱朴子·内篇·登涉》时，误抄成“临兵斗者皆阵列在前”。日本人再照抄的时候，便变成了现在的九字，而沿用至今。）
三、九字箴言与手印
临
（りん）身心稳定
表示遇事不动容，保持不动不惑的意志，表现坚强的体魄。
结合天地灵气——降三世三昧耶会
手印：独钴印
咒语：金刚萨埵心咒
兵
（びょう）能量
表示延寿和返童的生命力。
行动快速如镖——降三世羯摩会
手印：大金刚轮印
咒语：降三世明王心咒
斗
（とう）宇宙共鸣
勇猛果敢，遭遇困难反涌出斗志的表现。
破除一切困难——理趣会
手印：外狮子印
咒语：金刚萨埵法身咒
者
（しゃ）复原
表现自由支配自己躯体和别人躯体的力量。
万物之灵气，任我接洽——一印会
手印：内狮子印
咒语：金刚萨埵降魔咒
皆
（かい）危机感应
表现知人心、操纵人心的能力。
解开一切困扰——四印会
手印：外缚印
咒语：金刚萨埵普贤法身咒
阵
（じん）心电感应与隐身
表示集富庶与敬爱于一身的能力。
透视、洞察敌人心理——供养会
手印：内缚印
咒语：莲花生大士六道金刚咒
列
（れつ）时空控制
表示救济他人的心。
分裂一切阻碍自己的障碍——微细会
手印：智拳印
咒语：大日如来心咒
在
（ざい）五元素控制
表示更能自由自在地运用超能力。
使万物均为平等——三昧耶会
手印：日轮印
咒语：大日如来心咒
前
（ぜん）光明与佛心
表示佛境，即超人的境界。
我心即禅，万化冥合——根本成身会
手印：宝瓶印（或隐形印）
咒语：摩利支天心咒
