中和元年十一月，郑从谠接到朝廷赦免李国昌父子之罪的圣旨，不敢再拦阻，于是约会李克用前来太原和解。李克用接到郑从谠的和书，叹息说：“郑公既然给面子，我也不好率领大军前去，让他起疑。”乃命大军绕道岚州、石州一带，沿黄河南下，自己则率数百骑前往太原与郑从谠话别，郑从谠设宴招待李克用，李克用欣然赴宴。郑从谠拿起酒杯对李克用说：“将军忠义，吾一时误解，请不要放在心上。”李克用笑说：“咱们是不打不相识，过去的事情就一笔勾销了！”郑从谠大喜说：“既然这样我们就一起并力杀贼。”李克用大叫说：“好！”于是两人一干而尽。郑从谠赠李克用名马和器币。
黄巢听闻黄揆、黄思邺大败，连忙派朱玫领兵五万前去支援兴平。李铤听闻农民军增兵五万，连忙想诸行营都统郑畋求援。郑畋派行军司马李昌言带兵三万前去支援。朱玫听闻农民军连续大败，后悔当初投降大齐，于是与部将密谋归顺朝廷，并令亲信暗中送信给兴平官军。一来到兴平，黄思邺连忙出来迎接，朱玫施礼说：“末将来迟，让大将军受惊了！”黄思邺对朱玫说：“没事，将军乃河东名将，有将军相助，破官军必矣。”朱玫惭愧的说：“大将军威武，我们一起努力。”
明日，黄思邺再约会官军决战，李铤、巩咸和李昌言领军而出，双方一阵大骂，黄思邺立即领军冲杀，突然，朱玫一个反戈，把许建刺于马下，黄思邺大惊，以剑指朱玫说：“你这个反复无常的小人，既然敢临阵倒戈。”朱玫怒说：“我本是大唐的将领，何来反戈。”两人于是大战，此时，蜀兵正勇猛杀来，黄思邺连忙大喊：“撤退。”官军狂追滥杀，农民军死伤无数。朱玫立了大功，僖宗大喜，封朱玫为邠州节度使。
高仁厚听闻兴平大捷，本想一举拿下陈仓，无奈流星马突然来报：“西昌贼首阡能聚众数万攻略蜀中诸县，三峡将领韩秀升同时起兵造反响应阡能，陈节度使令将军速回军支援。”高仁厚大惊，连忙把当地的军队交给地方官，自己率领蜀军返回西蜀救驾。
高仁厚回到西川，陈敬瑄对高仁厚说：“阡能聚众为乱，韩秀升也反叛，我已令庄梦蝶前去三峡平叛，无奈官军屡战不胜，特召将军回来，望将军为国家分忧。”高仁厚说：“阡能等只是乌合之众，不足为患。”阡能，本为州衙吏，因公事误期，惧刑出逃，听闻黄巢已破长安，乃聚众起义，月得众万余，转战西昌、雅安二州间，连克城邑。蜀中农民纷纷响应，州县不能置。西川节度使陈敬瑄遣牙将杨行迁等率七千人前往镇压，蜀人罗浑擎、句胡僧、罗夫子各聚众数千应援阡能，大败杨行迁部于乾溪。七月，蜀人韩求亦率数千人响应阡能，阡能势力大增，称蜀王，置百官，众达十万。阡能听闻高仁厚率军将至，令罗混擎在双流西立五寨，令韩求在新津立十三寨，句胡僧在新津东北立十一寨为掎角，再令罗夫子在崇庆西南立九寨以抵御官军。
阡能与罗夫子谋说：“听闻高仁厚在陈仓小道以三千蜀兵大败黄揆三万大军，看来我们不可以轻敌。”罗夫子怒说：“高仁厚是个人才，不过黄揆是无能之辈，高仁厚只是运气好遇到了黄巢的浮夸侄子，遇到我们他就吃不了兜着走了。”阡能说：“知己知彼，百战不败，我们还是派人去刺探一下高仁厚的虚实。”于是派探子混入官军中，没想到其间谍既然被官军的将领杨茂言发觉，杨茂言将间谍交给高仁厚，高仁厚训斥间谍说：“汝为大唐子民，既然跟随贼寇谋反，难道就不怕连累父母妻子吗？”间谍哭说：“我也是被迫的，现在父母妻子皆为阡能的人质，阡能说‘如果我打听不到官军的虚实，他就先杀了我父母妻子。’”高仁厚哀之，说：“为我报你的农民军弟兄们，明日我且战，有能释甲迎我者，我会向朝廷说是归顺，皆得复农。”于是将间谍释放，命诸将毁栅，擂鼓而前。贼将罗浑擎领军而出，大叫说：“我乃擎天一柱罗浑擎，谁敢与我决一死战。”高仁厚大怒，挺枪而出，双方大战，罗浑擎大败，连忙躲进壁垒。晚上，其副将对罗浑擎说：“高仁厚勇猛，我们只能够智取，不可力敌。”罗浑擎思考了一下，对副将说：“明日你带领精锐埋伏在周围，我假装投降，等高仁厚一到，你立即带兵杀出，我们只要把高仁厚除去，官军无帅，必大乱。”副将大喜，连忙说：“将军好计谋。”
天一亮，罗浑擎向高仁厚下投降书，高仁厚看完罗浑擎的投降书后对副将杨棠说：“你敢不持兵入谕其众吗？”杨棠说：“为国家，上刀山下火海我在所不辞。”高仁厚大喜说：“好”。于是派杨棠入罗浑擎营接收罗浑擎部投降。罗浑擎见只有杨棠和两个侍卫到来，高仁厚没来，大失所望。杨棠对罗浑擎众将领说：“阡能聚众谋反，朝廷只拿阡能等人，尔等能够迷途知返，个个赦免。”众人大喜，皆真降。浑擎计穷，立即想逃，将士们一把将罗浑擎抓住，浑擎全身发抖。杨棠把罗浑擎带回见高仁厚，高仁厚怒说：“愚人不足与语。”于是下令将罗浑擎推出斩首。高仁厚令归顺朝廷的农民军们到贼营前不断高呼诸营说：“朝廷大军至矣。”贼帅句胡僧的将士不少人有意归顺朝廷也跟着大呼，句胡僧大惊，斩杀数人，还是不能禁止，众人大怒，执胡僧以降。韩求知胡僧已被擒，立即巡查训斥诸壁说：“敢出者斩。”众骂之，韩求见大势已去，扑水死，众用铁钩将其钩出，斩之以投降高仁厚，罗夫子大惊，带领众亲信上马而逃，奔阡能寨，阡能听闻罗浑擎被杀，句胡僧、韩求被擒，大惊，问智囊张荣：“何办？”张荣说：“三十六计，走为上计，留得青山在，不怕没柴烧，众将士屡败，已经无心恋战，我们还是撤回去，再做打算。”罗夫子怒说：“我们虽然屡败，但是还有五万大军，官军兵少，我们聚众与其决一死战。”阡能正在考虑的时候，将士突然入报：“高仁厚已经带领官军杀过来了！”众大惊。大家见走投无路，把阡能乱刀砍死，罗夫子拔剑自杀，阡能的将领把张荣抓住，带着阡能和罗夫子的首级和高仁厚，高仁厚重赏众人。
明日，高仁厚一把火把阡能的堡垒全部烧了，带着张荣和几个谋反首领的首级率军凯旋，僖宗大喜，封高仁厚为检校尚书左仆射、眉州刺史。张荣写诗哀求高仁厚说：“自己谋反是逼于无奈。”高仁后大怒，将张荣钉死在树上，其他人皆释放。
郑畋和农民军长久对垒，眼看粮草就要吃完，郑畋只好尽出家财、其妻子也帮将士做衣服。无奈自己的家财只是杯水车薪，郑畋只好克扣、减少对兴平军的粮草供应，李昌言见郑畋久不运粮草过来，大怒，士兵们个个也有怨言，李昌言于是对众将士说：“我们在前线与贼死战，郑畋既然克扣粮草，中饱私囊，大家跟我杀回凤翔去。”士兵们个个欢呼。
李昌言令其弟李昌符为先锋，气势汹汹的杀回到凤翔，宋文通已经令将士戒备，准备和李昌言死战。郑畋听闻后大惊说：“现在贼寇还没消息，我们就内乱，这不是自取灭亡吗?我如何对得起国家和先帝。”于是亲自登上城楼面见李昌言，郑畋对李昌言说：“我正要到西蜀跟随僖宗，你能够镇抚军队、爱护人民、为国家消灭反贼吗？如果能，你就任我这职位吧。”李昌言下马跪拜说：“为国家和人民我李昌言一定鞠躬尽瘁、死而后已。”郑畋大喜，于是把军队交给李昌言，李昌言自封为凤翔留后，派兵护送郑畋到西蜀。
唐僖宗听闻凤翔兵变，更以王铎为诸道行营都统，崔安潜副之，周岌、王重荣为左右司马，诸葛爽、康实为左右先锋，平师儒为后军，时溥督漕赋，王处存、拓拔思恭为京畿都统，处存直左，孝章在北，思恭直右。西门思恭为都监，杨复光监行营，中书舍人卢胤征为克复制置副使。于是王鐸以山南、剑南军营灵感祠，朱玫以岐、夏军营兴平，王重荣、王处存营渭北，杨复光以寿、沧、荆南军合周岌营武功，孝章合拓拔思恭营渭桥，程宗楚营京右，对长安实行战略包围。
诸葛爽见大齐大势已去，于是把黄巢派来的监军一刀砍了，再次归顺朝廷。王铎以惧内出名，他担任诸道行营都统征讨黄巢时，将妻子留在京城，只带姬妾随行。其妻见农民军已是瓮中捉鳖，连忙带领丫鬟逃离长安。王铎部下突然来报：“夫人离开京城前来，已在半路上了。”王铎故意惊慌的问道：“巢贼渐渐从南逼近，夫人又气冲冲自北方赶，旦夕之间，就要到达，这可怎么办？”幕僚开玩笑道：“不如投降黄巢。”王铎不禁大笑。
六月，黄巢听说朝廷大军四面围困长安，问计孟楷，孟楷说：“听闻前几天凤翔兵变，僖宗以王铎代替郑畋，临阵换帅，乃兵家大忌。现在唐朝各藩镇都想保存实力、迟疑不进，我们应该抓住这个机会，各个击破。”黄巢大喜，令尚让和朱温领兵出击拓拔思恭和孝章，朱温对尚让说：“党项兵虽然勇猛，但是勇而无谋，等下尚宰相与党项兵交战，我带兵从渭河下火烧渭桥，一定可以大破党项兵。”尚让大叫：“好”。整顿了兵马后尚让领兵杀出，两军在渭桥上对垒，双方一阵怒骂，拓拔思恭令其弟拓拔思忠出马，尚让亲自出马，两人大战五十回合，突然，朱温领兵从渭河上游杀来，对着官军一阵乱射，官军大乱。朱温乘机在官军的渭桥下放起火来，拓拔思恭大惊，连忙下令撤退。拓拔思忠想逃，被尚让一剑刺于马下。拓拔思恭大败。
黄巢听闻诸葛爽背叛，大怒。令朱温以兵三千掠丹、延南鄙，趋同州，刺史米逢出奔，朱温据州以守，黄巢以朱温为同州刺史。尚让寇河中，使朱温攻西关，朱温带领精兵来到关下，诸葛爽令老弱残兵守关，自己带领精兵偃旗息鼓埋伏起来，朱温一声令下，立即攻关，轻而易举就把西关拿下，正在哈哈大笑之时，突然，鼓声大震，诸葛爽带兵杀出，朱温连忙抵挡，两人大战五十回合，无奈诸葛爽兵多将广，朱温不敌，大败而退。王重荣听闻朱温大败，率领数千骑追赶朱温，朱温伏兵河上，大破王重荣。诸葛爽听闻王重荣大败，乃闭城不出，尚让遂拔郃阳，攻宜君垒，突然，天降大雨雪，不久雪盈尺，农民军兵冻死十之二三，尚让乃收兵回郃阳。
七月，天气转好，尚让攻凤翔，李昌言带兵出战，李昌言在涝水边列阵，两军对垒，尚让令米实出马，李昌言令其弟李昌符出战，两人大战四十回合，李昌符一刀将米实砍于马下。尚让大怒，拔剑而出，与李昌符大战七十回合，李昌符不敌，尚让一声令下，领军冲杀。李昌言对众将士说：“后面是涝水，你们想活命的话就给我拼死冲杀，不然个个去见龙王。”官兵们奋力死战，但是农民军人数众多，尚让和众将领个个不要命，李昌言大败，李昌符护着其兄长杀出重围，很多官兵度水逃命，不会游泳的直接被溺亡。尚让遣骁将刘瑭、张全强攻武功、槐里，泾、邠兵败退，李昌言带领凤翔兵固壁自守。
