李鸿章接到《议和大纲》，即寄呈西安，并在奏折中称：“宗社陵寝均在他人掌握，稍一置词，即将决裂，存亡之机间不容发”，请慈禧太后“迅速乾断，电示遵行”。慈禧见到《议和大纲》没有把自己当作“祸首”惩办，即“大喜过望”，说：“所有十二条大纲，应即照允。”即于12月27日批准，并发谕旨，表示今后要“量中华之物力，结与国之欢心”。同时，将载勋、英年、赵舒翘等赐死，毓贤、刚毅等议斩。
监国摄政王宝玺1901年9月7日，奕、李鸿章在《最后议定书》（即《辛丑条约》）上正式签字画押。这是一个丧权辱国的不平等条约，共12款及19个附件，仅赔款一项即达45000万两，39年还清，本息合计达98000万两。加上各省的地方赔款2000多万两，总数超过10亿两，这是中国历史上最大的一笔赔款，称作“庚子赔款”。按照条约，中国将海关（即新关）、盐税指归赔款，同时撤去沿江沿海通商口岸中的20处常关，业务统归海关管理，从而使英国攫取了梦想多年的海关管理权。中国因条约签订而丧失了除田赋以外的所有主要财源。这样一个条约慈禧竟然欣然接受，可见她为了自己的权位，不惜出卖国家和民族利益的丑恶面目。条约还规定，在北京设立使馆区，准许各国可以驻兵，中国人不准居住。拆毁大沽到北京沿线的所有炮台，从北京到山海关铁路12个战略要地，准许各国派兵驻守。还强迫清政府惩办在义和团运动中与帝国主义作对的官吏。永远禁止中国人成立或加入任何反帝组织。
《辛丑条约》是帝国主义强加给中国的一个严重的丧权辱国的不平等条约，它给中国社会带来严重的灾难。
条约签订后的这年秋天，慈禧太后回到了北京，她进宫做的头一件事，就是挖掘逃跑之前埋藏在地下的金银财宝，当她发现这些东西没有丢失时，高兴得手舞足蹈。几天后，她又接见了各国驻华使馆的夫人们，一边和她们说话，一边流着眼泪，表示今后要竭尽全力，与各国搞好关系。至此，清政府成为帝国主义列强的奴才。
在帝国主义列强和清政府的联合镇压下，义和团反帝爱国运动失败了，但它阻止和打乱了帝国主义列强瓜分中国的狂妄计划，也使清政府暴露了反动的真面目。经过义和团运动的打击，八国联军的总司令瓦德西不得不在日记中承认：“中国人民含有无限蓬勃的生气，无论是欧美各国，还是日本，都无法统治这天下四分之一人口，所以，瓜分中国实在是不可能的事情。”收起了瓜分的计划。
西太后回銮
《辛丑条约》签定后，列强在北京、直隶的占领军分别于1901年9月17、20日撤退，随后结束了“天津都统衙门”殖民政府，撤走了在上海的侵略军，列强的活动转向催促西太后回京，履行条约。
西太后以为和约已有眉目，在各方面催促下，于1901年7月间宣布将于9月1日动身回京，但后来又以种种借口推迟。究其原因，是和约未订，洋兵未撤，心存疑惧，不敢遽然北返。直到10月6日西太后才出潼关，打算经河南、直隶回北京。头一天，军机大臣们先行，起程当日，先是行李车、前导马队、太监和穿黄马褂大臣，然后是西太后等人，乘黄缎轿自宫中出，“士民皆伏地屏息”。其后是皇室贵族、扈从大臣和装档案的车辆。西太后发卒数万人，带着各省进贡的六七百万两私财，行李车就有3000辆，金银、绸缎、古玩尚不胜载。在出发前颁布的上谕指示“所经过的各州县，要竭力预备皇差”，凡打尖和住宿的行宫，必须房屋宽大，扮饰一新，悬灯结彩，并且摆上奇花异草达数百盆之多，其实在此只不过吃一顿饭而已。各州县供给伙食，一次就是数百桌。故此当时走到每个州县，见有支应局所搭的临时厨房席棚，就占了半条街那么大。所经之路称为御路，修成马路的样子，临时还需用“黄土垫道，净水泼洒”。30里设一行宫，驻跸之地，每晨须进燕菜一味。临潼县是接待的前一站，预备的皇差被前导王公仆从抢掠殆尽，西太后到达后补办不及，该县署县令在她震怒之下几遭灭顶之灾，后来还受降级处分。“于是郡县承风，各除道、缮治宫室、设厨传，修寺观神祠以待幸，作者数万人，费亦各数十巨万，大兴兵卫，道死者相望”。一站的费用，要高达5万两银子。洛阳沿途烽候堆房，皆一律新修，焕然耀目。
西太后于11月5日在巩县过洛河，“已造成浮桥，皆用民舟联属；上覆以板，板上更用土平筑，宛如周行大道，行宫即在河畔。”12月12日，两太后一行抵开封，省城全体文武官员到城外迎接，行宫设备极为华丽，“俨然有内廷气象”。西太后在开封滞留一个多月，表面上是为举办“万寿大典”，张张扬扬地活动一番，实际上是假做寿之名，行观望之实。1901年11月7日，清朝重臣李鸿章病死，这也使得慈禧太后对北京形势和各国对她的态度不甚了解，不敢贸然北行。
西太后在开封踌躇不前，引起各国公使的猜测和焦急。他们通过袁世凯向西太后表示“驻兵亦不足为虑”，并提醒她：“启銮既有定期，不可再改，恐生枝节”。她得了此信，又听取了奕的汇报，才动身回京。临行前，又“检束行李，全城纷扰，一如在西安启銮时，打捆者、扛抬者、传夫者、索马者，纷纷扰扰，喧呶不绝。地方办差人员，无法应给”。
1902年1月3日，西太后等人从河北正定乘火车赴保定，选定日子，于7日乘火车到达北京马家堡车站，下车后，乘舆经永定门、入正阳门，回到禁城。她进宫做的头一件事，就掘逃跑前埋藏的金银宝器。接着便大修颐和园，穷奢极侈，日费4万金，歌舞无休日。1月18日接见了各国驻华使节。2月1日，西太后“非常亲切地”接见了外交团的夫人们。
西太后返京后，根据帝国主义的意旨，惩办了“祸首”；废除了“大阿哥”溥亻隽；对镇压义和团有功，及与列强勾结有功的重臣如荣禄、奕、刘坤一、张之洞、袁世凯、盛宣怀等人，或加俸、或添衔，备极荣宠之恩，甚至连英国人赫德，也捞到了“太子少保”的头衔。
《苏报》案
光绪二十二年（1896年）胡璋在上海公共租界创办了《苏报》，内容多是市井琐事。光绪二十六年（1900年）由湖南人陈范接办，开始宣传改良，倾向革命。两年后增设了“学界风潮”一栏，支援不断高涨的爱国风潮，成为东南部学生界有影响的报纸。爱国学社和中国教育会成立后，学社及教育会中的一些教员轮流为《苏报》撰稿，《苏报》馆每月资助爱国学社部分经费。实际上《苏报》已成为爱国学生和教育会的机关报。光绪二十九年（1903年）五月一日，《苏报》聘请章士钊为该报主编，章炳麟、蔡元培等为撰稿人。章士钊就担任主编的第二天就写了《论中国当道者皆革命党》一文，引起舆论界注意。随后，《苏报》又刊载了邹容的《〈革命军〉自序》《客民篇》以及署名“爱读《革命军》者”所写的《读〈革命军〉一文》。说革命在于“去世袭之君主，排满汉特权，覆一切压制之尊”。推崇此书是“今日国民教育之第一教材书”。六月十日，《苏报》又刊登了章炳麟所写的《序·革命军》。尔后又摘录了章炳麟的《驳康有为论革命书》的主要部分，鼓吹革命，驳斥康有为的改良政见，并斥光绪帝为“载小丑，未辨菽麦”。这些论文和介绍文章，对当时的广大读者有极大吸引力，使清政府极为震怒。清政府商约大臣吕袁海，在四、五月间函告苏州巡抚恩寿；对上海租界内热心少年聚众闹事、希图作乱者要严查，并在一定时候密查严办。于是爱国学社和教育会及《苏报》馆都受到清廷的监视。《苏报》刊登邹容、章炳麟文章后，清政府官吏与租界工部局相互勾结，于七月一日，由租界的外国警探和清廷的中国警探到爱国学生逮捕章炳麟、蔡元培等人，同时去报馆逮捕陈范及其子陈仲彝、管帐的程吉甫，苏报馆办事员钱允生、龙积之等八人。蔡、陈躲过，只逮捕了章炳麟等五人。邹容出于义愤，自动投案。七日，《苏报》被封。
《苏报》案发后数日，各国领事与清朝官员频繁接触，清廷最初同意在租界内审判。由英租界会审组织额外公堂，于七月十五日对章炳麟、邹容、程吉甫、钱允生、陈冲彝、龙积之六人提起公诉。承担审判的清政府官吏为孙建臣、汪瑶庭、英国副领事迪比南。清廷律师为古柏及哈华托。章炳麟、邹容的律师为博易和琼司。清廷代言人指控《苏报》犯有如下罪行：自五月初五至初十报上报载的文章都是蛊惑民心，驱逐满人匡辅真主，污蔑今上的大逆不道之行。又指责章、邹二人的罪行是：故意污蔑清皇帝，抵毁挑拨政府，大逆不道，欲使国民仇视今上，痛恨政府，心怀叵测，行为不轨。章邹二人在公堂上坦然自若与之斗争。邹容慷慨陈词，说“因愤满人专制，故有《革命军》之作！”章炳麟在法庭上答道：“因见康有为著书反对革命，袒护满人，故作书驳之。……”最后清廷无故判章、邹极刑处死，并以重金贿赂租界当局，企图把章、邹引渡到南京杀害。消息传出后，上海及全国各地舆论大哗，连国外的一些报纸也发表评论，指责清廷判决有误。清政府和租界当局面对舆论，束手无策，被迫于八月重审，宣布陈仲彝、程吉甫、钱允生等人无关紧要而释放，而判处章炳麟、邹容永远监禁。这个判决当堂遭到博律师的据理反驳。此案于是处于停顿中。最终在国内外舆论的猛烈抨击下，清廷企图“引渡”的阴谋破产。光绪三十年（1904年）五月二十一日，上海租界额外公堂再次开庭复审，改判章炳麟监禁三年，邹容二年，自上年到案之日算起，期满逐出租界。
邹容在狱中不堪屈辱，于光绪三十一年（1905年）四月三日病死狱中。章炳麟在狱中坚持斗争，曾在狱中撰文答新闻报记者，斥责清政府，宣布代表四万万人民，“志在流血”。还绝食七天以示抗议。这年六月，章炳麟出狱，出狱后被孙中山派人接往日本。《苏报》案的发生，促使更多的人倾向革命，走上了反清革命的道路。
光复会成立
二十世纪初，清政府实行新政以后，东南沿海的出国留学人数逐年增加。这批青年出国后，眼界大开，思想十分活跃。光绪二十六年（1900年），江苏籍学生杨廷栋、杨荫杭等人在东京创办出版了《译书汇编》，用以介绍和宣传民主思想，这是留日学生倡导创办的第一种刊物。随后在日本留学的江苏、浙江籍学生纷纷成立了许多团体，宣传革命，从事反清斗争，声势越来越大。光绪二十九年（1903年），留日中国学生成立了军国民教育会。该会欲“养成尚武精神，实行民族主义”，主张以宣传、起义、暗杀为斗争手段，不久后该会成员陆续回国。浙江籍学生龚宝铨被派到上海从事反清活动。龚宝铨抵达上海后，便着手组建暗杀团。暗杀团的规章极为严格，由于人数很少，力量弱小，不宜开展活动，于是龚宝铨就想扩大组织，这时主持中国教育会的蔡元培听说此事，便要求参加。于是，在暗杀团的基础上，把原规章做了详细的修订，筹备成立新的组织。
光绪三十年（1904年）十月，江苏、浙江、安徽三省的学界人士在上海集会，成立了光复会，又称复古会。会上推选蔡元培为会长。当时，章太炎身在狱中，但也参与筹划了此事。光复会成立后，选择会员极为严格，人员不过五十人。会员入会，要选择一秘密地点举行入会仪式，并刺血对天发誓：“光复汉族，还我山河，以身许国，功成身退。”
为了扩大组织，蔡元培邀请陶成章入会。陶成章当时正在做浙江会党工作，有一定的影响力，他接受了蔡元培的邀请加入光复会，在他影响下，绍兴商学界革命志士和各属会党成员相继加盟入会。陶成章成为了光复会中起主要作用的中心人物。当年底，陶成章再赴日本，和王嘉秘密商谈，成立了光复会东京分部。
在此之前湖南成立了华兴会，推举黄兴为会长，宋教仁、刘揆一为副会长。华兴会成立后，就准备九个月后在长沙发动起义。光复会成立后，便同华兴会取得联系，准备在长江下游发动起义，配合华兴会。后华兴会起义破产，光复会也中止了起义活动。随后，光复会成员在浙东、浙西许多地方联络会党，扩展组织。光绪三十一年（1905年）八月二十日，在孙中山的组织倡导下同盟会在东京举行正式成立大会。同盟会把兴中会、华兴会、光复会联合起来，组成一个全国性的组织。光复会在并入同盟会后，部分会员仍保持着独立活动。
