开初，满朝官员都以逆案事攻击阮大铖，阮大铖恨透了。及至见到北京投降过李自成的大臣有靠近清流的，便倡言道：“他们攻讦逆案，我就搞一个‘顺案’和他们作对。”因为李自成的国号叫“顺”。于是马士英便上疏追纠投降李自成的光时亨等人；因为光时亨名列东林党中，所以狠狠攻劾。阮大铖又诬陷顾杲及左光斗的弟弟左光先，逮捕入狱；奏劾周镳、雷纟寅祚，杀害了他们。当时有个叫大悲的疯和尚，说话很不正常，被总督京营戎政赵之龙所逮捕。阮大铖企图借以谋锄东林党人和平素与自己不合的人，于是编造“十八罗汉、五十三参”之名目，写下史可法、高弘图、姜曰广等人姓名，放进大悲和尚的衣袖中，海内有名望的人，无不包罗其中。钱谦益已经上疏颂扬马士英，并且与阮大铖修好了，阮大铖冤气不解，也把他的名字列上，准备穷究其事。狱词写得很诡秘，朝臣人人自危，但马士英不想兴大狱，只是以妖言律判斩大悲了事。
张缙彦以兵部尚书首先投降李自成，李自成失败，张缙彦窜归河南，自称召集义勇，收复数城，马士英便授以原职，总督河北、山西、河南军务，便宜行事。其他投降过李自成的大官，只要送来贿赂，就官复原职。诸如白丁、隶役，送进重赂，立刻可以位至大帅。都城中的人编成歌谣说：“职方贱如狗，都督满街走。”其刑赏颠倒混乱到如此地步。大清兵抵宿迁、邳州，不久退走。史可法奏闻，马士英大笑不止，坐客杨士聪问起缘故。马士英道：“你以为真有这事吗？这是史公打的绝妙算盘呀。快到年底了，防河的将吏应该叙功，耗费的军资应该稽算，他这不过是为了叙功、稽算先做安排罢了。”侍讲卫允文兼给事中，监高杰军。高杰死了，卫允文揣摩马士英的意图，弹劾史可法督师只能累赘军队。马士英便提拔卫允文为兵部右侍郎，总督高杰旧部将士，以分割史可法的军权，史可法更加不能施展自己的方略了。
开始，左良玉接到监国的福王诏书，不肯拜受，袁继咸强行要求，他才按礼仪开读。但他安排承天府守备何志孔、巡按御史黄澍入朝祝贺，暗中窥伺朝廷动静。黄澍依仗左良玉的势力，在陛见福王时，当面责数马士英奸贪不法，并说他曾接受张献忠伪兵部尚书周文江的重贿，为其题请授官参将，此罪当斩。何志孔也劾论马士英欺罔君上以行奸私等罪。司礼太监韩赞周叱令何志孔退下，马士英跪下请求处分，黄澍举起笏板击他的后背，道：“愿与奸臣同死！”马士英大声号呼，福王摇头不语了很久，韩赞周便揪住何志孔等候福王的命令。福王听了黄澍的话，心中颇有震动，夜间谕令韩赞周，想让马士英避位。马士英佯装告病，而贿赂福王藩邸时的旧阉官田成等，向福王哭泣道：“皇上没有马公就不会被立，驱逐了马公，天下将议论皇上忘恩负义了。况且马公如去，还有谁顾念皇上呢？”福王默然，便慰留马士英。马士英也怕左良玉，请求释放何志孔，而命黄澍立即返还湖广。故都督掌锦衣卫刘侨，曾因罪流放戍边，通过周文江行贿张献忠，接受伪朝任命，担任锦衣指挥使。及至左良玉收复蕲州、黄州，刘侨便削发逃掉了，黄澍追查得很严急。而马士英收纳了刘侨的贿赂，让他攻讦黄澍，于是恢复了刘侨的官，却削去了黄澍的职。不久又以楚王府中尉的话为借口，逮捕了黄澍。左良玉命令部将哗变，准备沿江而下到南京索取军饷，借以保救黄澍。袁继咸为左良玉上疏，代黄澍申理，马士英不得已，只好释放了黄澍。黄澍便隐匿在左良玉军营中，左良玉与马士英从此有了裂痕。及至伪太子案发生，左良玉便借以为起兵的理由。
黄釉吹笙女乐俑太子来到南京，有见识的人认定是假的，但都城的士民却哗然认为是真的。当时又有个童氏，自称是王妃，也被下入牢狱。督抚、镇将纷纷上奏章，争辩太子和童妃的事。福王赶快拿出狱中供词，遍示中外，但众人更加藉藉有言，说是马士英朋比为奸，导引福王灭绝伦理。黄澍在左良玉军中，日夜讲说太子被冤之状，请求率兵诛除君侧奸恶。左良玉也上疏请求保全太子，斥马士英等为奸臣。他又因为马士英裁减他的军饷，非常恼恨，便向远近各处传送檄文，声讨马士英之罪。他又上疏言道：“自从发生先帝之变，马士英利用灾难擅夺大权，事事与先帝为难。逆案是先帝亲手所定，马士英首先翻案。《要典》为先帝亲手焚毁，马士英重新修复。越其杰因贪婪而戍边，滥授以节铖。张孙振因赃污而判绞，骤升为京卿。其他如袁弘勋、杨文骢、刘泌、王燧、黄鼎等，或品行如猪狗，或罪恶等叛逆，皆用之于要职。自己为首辅，用心腹阮大铖为添注尚书。又招募敢死之士潜伏皇城，伪立名目曰禁军，实为控制皇位之废立。陛下即位之初，恭俭明仁，马士英百计诳惑，呈进优童艳女，损伤盛德。又引用阮大铖，以睚眦之怨杀人，如雷纟寅祚、周镳等人，锻炼周内，株连蔓引。最为甚者，借‘三大案’为题目，凡属平生不快意之人，一网打尽。令天下士民，重足而立，纷然解体。目前皇太子至都城，交代分明。阮大铖一手控制，对认识太子的方拱乾全然抹杀，而信赖朋比为谋的刘正宗，忍心将十七年的嗣君，付诸幽囚。凡有血有气之人，都想寸磔马士英、阮大铖等，以谢先帝。乞请立刻处死于市朝，传其首级，以抒公愤！”疏奏递上，便引兵而东下。
马士英大惧，便派遣阮大铖、朱大典、黄得功、刘孔昭等抵御左良玉，而撤回江北刘良佐等人的军队，相随西进。当时清军日益南逼，大理少卿姚思孝，御史乔可聘、成友谦请求不要撤回江北兵，要加紧守卫淮、扬。马士英厉声叱道：“你们东林党，还借口防御长江，想纵使左逆入犯京师吗？清兵来到，还可以议款求和；左逆如至，则你辈得了高官，我们君臣就只有死路一条了！”坚决排斥姚思孝等的建议，淮、扬的防御力量更加削弱了。正好左良玉病死，其子左梦庚连连攻陷州县，卒兵抵达采石。黄得功等与之相持，阮大铖、刘孔昭正在虚张捷报，以邀爵赏，清兵已经攻破扬州，直逼南京了。
五月三日，福王出逃至太平，奔入黄得功军中。刘孔昭斩关而逃。次日，马士英奉福王母及妃子，以贵州兵四百人为护卫，逃往浙江。路经广德州，知州赵景和疑其有诈，闭门拒守。马士英攻破州城，捉住并杀死赵景和，大掠而去。逃至杭州，守臣把总兵府充作王母、王妃的行宫。没过几天，阮大铖、朱大典、方国安全都仓皇逃来，原来黄得功已经兵败战死，福王当了俘虏。次日，请潞王朱常淓监国，被拒不接受。没多久，清兵来到，潞王率众投降，很快就同王母、王妃一起逃往北方去了。这就是吕大器等人所议论要立为皇帝的人！
杭州既已投降，马士英想去投靠已经监国的鲁王朱以海，鲁王的诸臣坚决拒绝。阮大铖投奔朱大典于金华，也为士民所驱逐，朱大典便送他到严州总兵方国安的军中。马士英是方国安的同乡，已经先在他军中了。阮大铖掀髯抵掌，整日谈论兵法，方国安很是高兴。而马士英认为南渡朝廷的败坏，一半是由于阮大铖，而恶名却落到自己身上，很是恼恨。不久，清兵击败马士英、方国安。接着马士英、方国安率军渡过钱塘江，窥伺杭州，又被清兵击败，淹死在江中的难以计算。马士英率残兵想进入福建，在福州称帝的唐王朱聿键因其罪大，不肯答应。明年，清兵剿灭“湖贼”，马士英与长兴伯吴日生俱被擒获，有诏俱被斩首。阮大铖偕同谢三宾、宋之晋、苏壮等奔至长江沿岸请求归降，随从清兵攻仙霞关，阮大铖僵仆于石上而死。而野史中记载，说马士英逃到台州山寺中当了和尚，被清兵搜查捉获，阮大铖、方国安先后归降。不久唐王朱聿键逃往顺昌。清兵赶到，搜查龙扛，发现马士英、阮大铖、方国安父子请求唐王出关，而他们做内应的书信，于是并排斩杀马士英、方国安于延平城下。阮大铖当时正在游山，自己触石而死，仍为清兵戮尸。
张献忠的大西政权
在明末农民起义军中，最强大的两支力量是张献忠军和李自成军。张献忠是陕西今肤郡人，天启末年起义，号八大王。崇祯年间，张献忠率所部转战于黄河以及江淮流域。崇祯十一年（1638年）春，张献忠降于明，几个月以后再度起事。此后，张献忠部曾破武昌、长沙等重镇，并占领了湘、赣的广大地区。张献忠于崇祯十四年（1641年）在武昌称西王，设置官职，建立政权。至崇祯十六年，张献忠已经拥有数十万百战之师，力量十分强大。
崇祯十七年（1644年），李自成军自陕西向明朝的统治中心北京进军。而张献忠为了同李自成争夺霸业，决定以四川为根本，然后北伐并征讨天下，因而率重兵自荆州入川。这年年初，张献忠部沿长江两岸夹江上行，先后攻克今四川奉节、万县等他。六月，张献忠率师接连攻占今涪陵、江津、重庆，紧接着又亲统水陆两师长驱成都。八月初九日，张献忠攻陷成都，成都附近的各州县也相继被占领。九月，张献忠部同此前进入川北地区的李自成大顺军展开激战，大顺军失败退回汉中。至此，张献忠的农民军基本控制了整个四川。
张献忠在扫平四川后，于十一月十六日在成都正式称帝，国号大西，改当年为大顺元年，改成都府为西京，诏民间称其为老万岁。大西政权以汪兆麟为左丞相，严锡命为右丞相，并设置六部尚书；颁布新历，铸造“大顺通宝”钱；在各地方也设置府、县官员，并派兵镇守。张献忠还任命孙可望为平东将军，李定国为安西将军，刘文秀为抚南将军，艾能奇为定北将军，分掌大部分部队，孙可望等人都是张献忠的义子。
大西政权建立后的最初阶段，采取了一些安抚民众的措施。为了网罗人才，又于顺治二年（1645年）两度开科取士。同时还把各处生员及家属集中在城里，以防止他们在乡间造谣生事。在这段时间里，大西政权是较稳定巩固的。
张献忠在称帝之后仍把大顺军作为主要敌手，曾派李定国领兵进攻大顺军占据的汉中，还亲自率军接应。但这时四川各地的官绅武装和南明的军事力量却由东、南、西三面向大西政权发动进攻，顺治二年（1645年）三月，明副将曾英等部在重庆、今四川宜宾等地击败大西军；南明督师王应熊、总督樊一蘅在遵义誓师，命令各路明军会师攻击大西政权。各地对大西政权不满的缙绅和民众趁机起事，刺杀大西政权的地方官吏，甚至有一县之内在三四个月内连杀十几个县官的。还有的地方用马粪涂抹大顺年号，改成南明的弘光年号。到这年年底，南明军队已在重庆、内江、嘉定、大渡河所一线集结了数十万兵力，在成都以北的茂州也有军队屯驻、形成夹击成都之势。
张献忠张献忠性情暴燥，称帝后更发展为残忍嗜杀，常因小事屠戮身边近侍和朝廷官员。对于四川到处出现反叛，张献忠异常愤怒，认为四川“百姓等已暗通敌人”，不但杀死了许多归顺的官员和缙绅，还屠杀了许多居民。顺治二年七月，张献忠在成都残杀了大批居民。领兵在外的孙可望听到消息后愤闷感叹说：“吾侪数年辛苦，是为百姓受之，今付东流，可不惜哉！父王为此，实不思已甚。父王为百姓之首，如一身之肢体然。今手足已去，其头安能独存哉？有王无民，何以为国？实不啻空有王名而已。”言毕痛哭不已。由于执行这种错误的屠杀政策，大西政权迅速衰落。
顺治二年（1645年）底，清廷在初步平定江南之后，也开始腾出手来对付大西政权。这年十一月，顺治帝发布劝降诏书，要求张献忠率众来归，“自当优加擢叙，世世子孙，永享富贵。”这次招降遭到拒绝。于是清廷于顺治三年（1646年）正月任命肃亲王豪格为靖远大将军，统大军入川征剿张献忠部。此时张献忠仍在全力对南明军作战。三月，南明杨展部在成都以南大败大西军，占领川南各县。大西军十余万人向东欲开辟入楚道路，再次战败，只得退还成都。五月，南明总兵曾英等部开始向成都方向进攻，而清军豪格部也已达汉中，大西政权受到南北两方面的巨大威胁。
这年七月，张献忠决计放弃成都，向北插入陕西，再同清军周旋。于是放火焚烧了蜀王宫殿和城中民房，把各种金珠珍宝投入江中，并且乘醉将自己唯一的幼子扑杀，而后弃城都北走。孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等率重兵从行。
十一月末，张献忠的大西军主力行至川北西充县境内，而清军主力也到达了今四川仪陇的南部县，两军相隔不过百里。大西军并不了解清军情况，而清军则因有大西军保宁守将刘进忠投降，对张献忠的实力和营地了如指掌。二十七日凌晨，清军以刘进忠为向导，兼程奔袭至西充大西军营寨。其时大雾迷漫，大西军哨兵报告近处有盔甲声，张献忠以为是煽惑军心，立斩哨兵数人。但不久后又有探兵入营急报，满洲骑兵已在对面山上。张献忠闻讯带亲兵和太监数人到营外凤凰坡探察虚实，被清军的弓箭射中，当即死亡，时年41岁。
