五月二十日，刑部司官再审张差，参加者有：胡士相、陆萝龙、邹绍光、曾曰唯、赵会桢、劳永嘉、王之、吴美源、曾元可、柯文、罗光鼎、曾道唯、刘继礼、吴孟登、岳骏声、唐嗣美、马德澧、朱瑞凤等十八人。供称：“马三舅名三道，李外父名守才，同在井儿峪居往。又有姊夫孔道住本州城内。不知姓名老公，于是修铁瓦殿之庞保。不知街道大宅子，乃住朝外大街之刘成。三舅、外父常往庞保处送石灰，庞、刘在玉皇殿商量，和我三舅、外父逼着我来，说打上宫中，撞一个打一个，只要打小爷，吃也有，住也有。刘成跟我来，把我领进去，又说：‘你打了，我救得你。’又有‘三舅送红票，封我为真人’等语。”刑部立即派人前往蓟州提解马三道等，疏请法司提审庞保、刘成。五月廿七日，神宗再下令法司严刑鞫审，速正典刑。当时人们多说与戚臣郑国泰有关。郑国泰自动出来进行自我表白。给事中何士晋奏：“陆大受疏内虽有身犯奸畹凶锋等语”，“而语及张差，原止欲追究内官姓名，大宅下落，并未直指国泰主谋。此时张差之口供未具，刑曹之侦查疏未成，国泰已不能从容少侍，辄尔具揭张皇，人于是不能无疑。”他一针见血指出：“若欲释疑，计惟明告宫中，力求皇上速将张差所供庞保、刘成立送法司考讯，如有国泰主谋，是大逆罪人。臣等执法讨贼，不但宫中不能庇，即皇上也不能庇。假设与国泰无干，令国泰自己呈上一疏，告之皇上。以后凡皇太子、皇长孙一切起居，都由郑国泰保护，稍有疏忽，即便坐罪。”“若今日畏各犯招举”，“或潜散党与使远遁，或阴毙张差使口灭，则疑复生疑，将成实事，惟有审处以消后祸”。何士晋、陆大受和王之等推断，梃击案是郑贵妃其兄郑国泰谋害皇太子的阴谋案，坚决要求穷追到底。神宗看出案情牵连到自己的宠妃及其国舅郑国泰，只得亲自出面，于五月廿八日在慈宁宫召见群臣，宣谕：“忽有风颠张差闯入东宫伤人，外庭有许多不同的说法，尔等谁无父子，乃欲离间我耶？”他拉着太子常洛手，向百官说什么“此儿极孝，我极爱惜。”又说“福王已赴封地，太子之位已定”，“今又何疑？”神宗下令立即将张差以“疯颠奸徒”之罪，斩首于市，又把郑贵妃宫内参与此事的两个内监庞保、刘成在内廷凌迟处死，草草了结了这件大案，并指出：“不许波及无辜一人”，保护了郑贵妃和郑国泰。而王之却遭到反东林党一派官吏的攻击，神宗也竟将他削职为民。
红丸案发生于万历四十八年（1620年）九月。万历四十八年（1620年）七月，神宗病死，皇太子朱常洛即位，是为明光宗。八月十日，光宗得病，召医官陈玺等诊视。八月十二日，他病情越来越重，“圣容顿减”。八月十四日，内臣崔文升进献泄药。光宗服后病情更重，一昼夜泄三四十起，有时来不及上厕，竟便在床褥上。八月十六日光宗病得无法上朝，夜不能睡，日食粥不满盂，头目眩晕，身体苏软，不能动履。刑部主事孙朝肃、徐仪世、御史郑宗周上书首辅方从哲，谴责崔文升给光宗进错药方。东林党人、给事中杨涟上言：“贼臣崔文升不知医，不宜以宗社神入托重之身，妄为赏诚。”
八月二十九日，光宗在乾清宫召诸臣，因问“有鸿胪寺官进药何在？”方从哲奏称：“鸿胪寺丞李可灼自云仙丹，臣等未敢轻信。”光宗即下令李可灼前来。李诊视后，不说病源及治法，进奉光宗两颗红丸，光宗服后不到两天，在九月初一日突然“驾崩”，于是廷臣哗然。对于光宗服红丸立即宾天，中外藉藉，认为李可灼误下劫剂，担心有情弊。而方从哲反而草拟背书赏赐李可灼白银五十两，这更加激起了朝臣的责难。御史王安舜认为崔文升、李可灼是“庸医杀人”。御史郑宗周上言：“应该”寸斩文升以谢九庙”。东林党人，给事中惠世扬、高攀龙等先后上书，指出故意用泄药的崔文升“素为郑氏腹心”，直斥“郑贵妃包藏祸心”，责问方从哲为何“必加曲庇？”还联系前事，声称“往者张差谋逆，实系郑国泰主谋。”由于郑氏集团和方从哲等人的阻挠，此案没有进行追究下去。直到天启四年（1624年），朝廷才判处李可灼遣戍，崔文升被贬谪到南京。
明光宗在泰昌元年（1620年）八月继位，郑贵妃为了进一步控制他，将自己宫中的李选侍送给光宗，李选侍深得光宗的宠爱。光宗死后，由其长子16岁的朱由校继位，是为熹宗。这时李选侍应立即迁出乾清宫。但是，李选侍企图挟持熹宗以擅权，仍与朱由校居住在乾清宫内，不肯迁出。她还让心腹太监窃盗宫中珍宝，以贿赂首辅方从哲。制造舆论，说皇长子年幼，需要李选侍以太后身份垂帘听政。东林党人杨涟、左光斗等指出，皇长子已经长大成人，“何必托于妇人女子之手？”并一针见血地指出，这是“借抚养之名，行专制之实”。惠世扬指斥“李选侍原为郑氏私人，丽色藏剑”，指责方从哲通过内监得到大量贿赂珍宝，同李选侍相勾结。在这场移宫案的争议中，郑贵妃、李选侍和方从哲一方面理亏，二方面当时还没有夺取最高权力，因此，东林党人后来占了上风，李选侍终于移出乾清宫，迫使廷至哕鸾宫。朱由校在东林党人支持下，摆脱了李选侍的挟制，于九月初六日正式即位。
宁远之战
天启二年（1622年），努尔哈赤亲统八旗劲旅，西征广宁，明军败绩。消息报至明廷，京师戒严，举朝岌岌。明以日讲官孙承宗为兵部尚书兼东阁大学士，管理军事，常向老兵询问辽事形势及险要阨塞，故通晓边事。至广宁兵败，廷臣知道承宗知兵，因此任他其主持辽东军事。孙承宗从辽阳、广宁失守之后，从中得出的前覆之鉴是，应当选良将，重将权。他经过仔细考虑，选袁崇焕是一位员杰出的将领，可协助他防御后金。
袁崇焕，字元素，广西藤县人。万历四十七年（1619年）进士，为邵武知县。他机敏、胆壮、喜误兵，善骑射。天启二年（1622年）正月，他单骑出阅塞外，巡历关上形势。回京后言：“予我军马钱谷，我一人足守此。”袁崇焕的豪言壮语，使同僚们极为赞叹其胆略。二月，明廷授袁崇焕为兵部职方司主事，旋升为山东按察司佥事山海监军。
袁崇焕在赴任前，前往拜见听勘在京的熊廷弼，二人为图恢复辽东，商酌竟日。辞别熊廷弼，策马驰至山海关，偕视辽东经略共商战守。袁崇焕主张积极防御，坚守关外，屏障关内，营筑宁远城，以图大举之计。八月，孙承宗自请督师天启帝赐尚方剑。承宗到达关外后，重用袁崇焕。
天启三年（1623年）春，孙承宗命袁崇焕前往镇抚蒙古喀喇沁。明失广宁后，宁远以西5城72堡被喀剌沁诸部侵占。袁崇焕亲抚喀喇沁诸部，收复自8里铺至宁远2000里国土。秋，孙承宗同意袁崇焕建议，决计戍守宁远。袁崇焕亲自制定营筑宁远城规划，亲自督责。宁远城的规制是：城墙高三丈二尺，雉高六尺，基宽三丈，墙上宽二丈四尺。第二年城建成，经过袁崇焕亲率军民经营，荒凉凋敝的宁远，立即变成明朝抵御后金南犯的关外重镇。孙承宗与袁崇焕商议，遣将率卒分据锦州、松山、杏山、右屯、大凌河、小凌河，修缮城廓，住扎军队，进图恢复辽东大计。但是，魏忠贤专权后，阉党凶陷更加嚣张，他们将不肯归附于魏党功高望重的权臣孙承宗罢去。天启五年（1625年）十月，以高第为兵部尚书代为辽东经略，辽东形势急剧逆转。
高第素不知兵，以附焰趋势，投靠阉党魏忠贤而受封疆重任。他畏敌如虎，只图守关、采取了不图进取的消极防御策略。同孙承宗不相融，折辱将士，撤防弃地。本来孙承宗和袁崇焕在关外辛勤经营四年，不仅营筑宁远城，而且前后修复大城九座，堡45座，练兵11万，立东营12，水营五，火营二，前锋后勤营八，造甲胄、器械、弓矢、炮石等合数百万，拓地4000，开屯5000顷，岁入15万，劳绩十分卓著。而高第却命令尽撤锦州、右屯、大凌河、宁前诸城守军，将器械、枪炮、粮草、弹药移至关内，放弃关外四面是大好河山。袁崇焕力争城不可弃，军不可撤，并反问道：“安有不守而撤之理？”高第以御赐“尚方剑”之势，执意要撤锦州、右屯、大凌河三城，还要传檄撤防宁、前，宁前道袁崇焕慷慨陈词：“宁前道当与宁、前为存亡！如撤宁、前兵，宁前道必不入，独卧孤城以当虏耳！”高第无可奈何，只撤锦州、右屯、大凌河及松山、杏山、塔山守具，尽驱屯兵、屯民入关，这种不战而退的策略，使军心涣散，民怨沸腾，哭声震野。宁前道袁崇焕得不到兵部尚书高第的支持，大批兵民撤回关内，袁崇焕铁骨铮铮，不畏强敌，不怕孤立，率领一万余名官兵拒守宁远。
努尔哈赤占领广宁后的几年间，加强整顿内部，训练军队，发展生产，积蓄力量，准备再次进攻明朝。这次得知孙承宗被罢去，高第庸懦，宁远孤城，认为时机已到，决计进攻袁崇焕，夺取宁远城。
天启六年（1626年）正月十四日，后金汗努尔哈赤亲率诸王大臣，统领13万大军，号称20万，向宁远方向推进。十六日到了东昌堡，十七日西渡辽河，八旗军布满辽河平原，旌旗如潮，剑戟似林，凶猛地扑向宁远。
袁崇焕率领士卒仅一万余人，驻守着孤城宁远。城中兵民，在袁崇焕爱国热忱的激励下，誓与宁远共存亡。袁崇焕在面临十倍于己的强敌，后无援师的情况下，临危不惧，指挥运筹若定。他召集诸将议守城之策：参将祖大寿力主紧关城门，奋力把守，不可与其争锋，避实就虚。诸将和袁崇焕均赞同祖大寿之议。于是袁崇焕作了如下的御城准备：
首先，“刺血炎书”，誓死守城。他偕总兵满挂，副将左辅和朱梅，参将祖大寿，守备何可纲，通判金启倧等集合将士召开誓师大会，他“刺血为书”，激以忠义，并为之下拜。将士们咸请誓死守城，誓与宁远道袁崇焕共存亡。
第二，画地分守，互相策应。袁崇焕命满桂守宁远城东面，左辅守宁远城西面，祖大寿守宁远城南面，朱梅守宁远城北面。总兵满桂提督全城，分将把守，相互支援。
第三，城上设炮，严明军纪。接受王喇嘛之议，撤西洋大炮入城，制作炮车，设于城上，备置弹药，由孙元化和罗立等教习燃放。原先茅元仪学会使用洋炮，炮弹可“平发十五里”之遥。遂用茅元仪议，在城上设置洋炮。同时，将得力官员巡视全城，下令对擅自行动者，违反军纪者和城上之兵随意下城者，即杀勿论。
第四，坚壁清野，严查内奸。令将城外房屋尽行焚烧，城郊商民全部转入城内。派专门人员稽查奸细，又派诸生巡守街巷路口，故宁远无内应之奸细。
另外，派专人负责带领城内商民鸠办物料、送弹药、运矢石，以供守城将士。令通判金启倧编民夫，供给守城将士饮食用水。袁崇焕的周密布防，于二十二日甫定，将士们同仇敌忾，准备迎击努尔哈赤的进犯。
努尔哈赤统率13万大军西渡辽河之后，长驱直入，于二十三日到达宁远城郊。努尔哈赤命令军队远离城五里，横截山海大路，安营扎寨。在宁远城北设大营。他在发起攻城之前，释放被虏汉人回宁远城，劝袁崇焕投降，遭到崇焕严辞拒绝。袁崇焕命孙元化、罗立等向宁远城北后金军大营燃放西洋大炮，一炮歼敌数百，迫使努尔哈赤西移大营，并下令准备战具，明日攻城。
二十四日，后金兵发起猛攻。步骑蜂拥至城前，万矢齐射城上，城堞箭镞如雨注。后金军集中攻打城西南隅，左辅率兵坚守，祖大寿率军支援，两支军队发西洋大炮下射，抛矢石、铁铳、后金兵死伤累累，只好移师南面。努尔哈赤命在城门角两台间火力弱处凿城，后金兵冒严寒、顶炮火，用斧凿城不止，明军掷礌石、飞火球，投药罐，炮击不断。后金兵前仆后继，冒死凿城，凿开高二丈余之大洞三、四处，宁远城危急。袁崇焕急中生智，缚柴浇油并搀火药，用铁索系下烧之。选50名壮士缒下，以棉花、火药等物烧杀挖城之后金兵。是日，自清晨至深夜，后金兵久攻不下，尸首堆积如山。
二十五日，后金兵再次奋力攻城。城上施放火炮，炮击之处，后金兵死伤一片。后金兵一面继续攻城，一面抢走城下尸体，至城西门外焚化。此日后金兵攻城仍不克，死游击二员，备御二员，兵500。
二十六日，后金兵继续围城，仍久攻不下。又下令武讷格率军履冰渡海，攻觉华岛，杀明将，焚营房，烧民舍以及船只，掠走粮货。
二十七日，努尔哈赤这位久经沙场“战无不胜、攻无不克”的老将，在久攻宁远不克，损兵又折将的情况下，“遂大怀忿恨而回”。后金军全部回师。袁崇焕守卫宁远城取得辉煌胜利。
宁远之捷，是明朝从抚顺失陷以来取得的第一个大胜仗，也是“辽左发难”，八年来第一次击败后金之大进犯。袁崇焕在宁远之战中，立下殊功，理应得到明廷的嘉奖。但是正由于他击败努尔哈赤所取得的奇勋，遭到敌仇众忌，加上后金反间，阉党诬陷和明帝昏暗，使之含冤被磔。
袁崇焕
