不久之后，努尔哈赤又攻打沈阳。后来，他便把都城迁到了沈阳，并且称沈阳为“形胜之地”。从此，沈阳便开始被命名为盛京。同时，阿巴亥等众福晋及众贝勒又被接到了这里。天命十年（1625年），沈阳城开始修建宫殿，不久后便已初具规模，并经不断的扩建，宫殿越来越壮观。这一切，阿巴亥都看在眼里，她非常高兴努尔哈赤有这样的成就，而且她知道，在不久的将来后金必然会打倒大明，从而统一江山。也正是在这样的逐渐转变中，阿巴亥的命运便仿佛在向着更好的方向发展。
天命十一年（1626年）正月，努尔哈赤在宁远（今辽宁兴城）城下与明将袁崇焕进行殊死决斗。打了一生胜仗的努尔哈赤毕竟是老了，在明军猛烈炮火的攻击下，努尔哈赤身负重伤，自己的军队也遭到了罕见的惨败！努尔哈赤打胜仗已经成了一种习惯，如今却在一个青年将军的手下败得如此之惨，心中十分沮丧，他反复思考着失败的原因，可是却百思不得其解。他的自尊心不断地受着煎熬，日子一久，终于积愤成疾。后来，他转到清河汤泉疗养，却毫无效果，心中知道大限已到，便想回沈阳，希望能再见到自己喜欢的大福晋阿巴亥。
到了距离沈阳四十里的福陵隆恩门时，阿巴亥终于与努尔哈赤相见了。阿巴亥痛哭不止，努尔哈赤也万分留恋自己戎马半生的尘世，可是却终究敌不过天命。这一年的八月，努尔哈赤永远地离开了人世。这一年，他六十八岁。
保护伞最终消失了！阿巴亥与皇太极的斗争也到了最后的时刻！
权控与阴谋的最后决战
当努尔哈赤去世后，阿巴亥悲恸欲绝。她不但因为失去了心爱的大汗，同时也感到自己少了一个大的靠山，自己的处境也开始显得危急起来，心中更是痛苦。当努尔哈赤的灵柩被运回沈阳后，一场争夺汗位的斗争便在众贝勒之间正式展开了。阿巴亥知道现在已经没有了努尔哈赤的直接保护，她只能积极地投入权力控制，这样才能保证汗位落到自己儿子的手里。
代善因那次风流案后，再也没有了争夺汗位的能力，于是汗位之争便正式在阿巴亥的儿子跟皇太极之间展开了。阿巴亥认为现在自己的三个儿子各掌一旗，多尔衮又立过战功，她知道只要自己把握好局面，控制住形势，自己的儿子很可能继承汗位，其中最有可能继承的便是多尔衮。精明的阿巴亥在心中已经算计好了一切，因为努尔哈赤去世时她就陪在他的身边，所以可以任意伪造他的遗命。她认为已经胜券在握，皇太极已经完全处于下风。
可是她却仿佛忘了上一次的教训，皇太极的阴险与心计是远在她的想象之上的。她虽然策划完备，仿佛一切都在自己的掌握之中，可是皇太极却不走常规的路子，而是直接以毁灭她为目的。上一次如此，这一次亦然，阿巴亥焉能有机会获胜？皇太极明白阿巴亥现在所处的位置以及所拥有的权力，于是，他仔细地分析着目前的局势。
这时，阿巴亥正式宣布了努尔哈赤的临终遗命，即“多尔衮嗣位，代善辅政”。四大贝勒并没有承认她宣布的遗命，因为这份所谓的“遗命”除了阿巴亥外并无一人能够证明，所以他们无法接受。而这份“遗命”虽然未被承认，却也引起了几个贝勒的不满。于是，皇太极终于有了主意。
皇太极明白，虽然与他争位的是力量已经超过四大贝勒的阿巴亥的几个儿子，但真正威胁他权位的，其实正是阿巴亥本人。只要除去了阿巴亥，他就有能力分散她几个儿子的势力，使之无法联合成一股力量。这样一来，自己才能顺利夺到汗位。经过仔细的筹划，皇太极买通了代善、阿拜以及莽古尔泰三个兄弟，四大贝勒同时进行了计划安排，然后在努尔哈赤去世后的第二天，皇太极、代善跟莽古尔泰三人共同来到后宫，由莽古尔泰向阿巴亥宣读努尔哈赤的“遗诏”。
“遗诏”里称，阿巴亥心怀妒忌，如果留之，则国必生乱，待自己去世后，必令其陪葬。
阿巴亥大惊失色，她万万没料到皇太极居然能走出这样一步棋。她当然不想就此屈服丧命，便抗辩说先皇在世之日对自己喜爱有加，从未对自己有过什么异想，而且临终的所有遗言自己都听得很清楚，并没有让自己陪葬一说，同时她直斥这是皇太极编造的谎言。
皇太极不为所动，只是心平气和地表示这确实是先皇的遗言。阿巴亥怒斥皇太极，说这完全是他的阴谋，为了自己争夺汗位，不惜如此陷害他人。她虽然知道现在说这些已经没有任何用处了，可又不愿轻易束手待毙，她不断地申辩先皇不可能有如此遗命，这只是皇太极的诡计而已。
皇太极当然不可能松口放她一条活路，他以强硬的语气称这是遗命，必须执行。莽古尔泰也从旁说，先皇让阿巴亥陪葬，是舍不得离开她，归天后也希望她来陪伴自己，所以希望她不要再拒绝，她可以因此永远跟先皇在一起。
还剩下一个代善未说话了。阿巴亥曾经跟代善的关系非常不错，不然也不会出现当年的风流案。于是，她把唯一生存的希望放在了代善身上。可惜代善却始终低着头，任两个兄弟不断地软硬兼施，自己却并不发言。而在后金政权时有这样一个规定，如果殉者不肯殉，则要被众人群起扼死。阿巴亥知道自己已无生路，终于准备面对现实了。
阿巴亥知道，如果自己一死，自己的几个孩子立即会成为众矢之的，不久之后必会遭到皇太极的迫害。她便说，她一生追随先皇，获得了许多其他人都没有获得的权力与光荣，所以自己也满足了，可以接受陪葬。可是她最不放心的是自己的几个儿子，希望他们在自己死后能够平安地活在世上。她要几个贝勒发誓，在她死后一定要好好照顾自己的儿子。
代善首先发誓，他一定会保护并照顾好她的儿子。阿巴亥虽恼他不念旧情，不救她的性命，但此时代善有如此保证，倒也让她心里宽慰了几分。她又将眼睛盯向另两个贝勒，皇太极便与莽古尔泰同时发誓，表示一定会保护她的儿子。
阿巴亥心中已没有了顾虑，便终于一咬牙，待沐浴盛装并佩戴上努尔哈赤赏赐的珠玉后，于努尔哈赤去世的同年同月的十二日辰时自缢而亡，终年仅三十七岁。
终于以完败告终！阿巴亥不算一个平庸的女子，但她碰到了皇太极，心思总是逊了一筹。争储之战就此告一段落，局势终于稳定了下来。可惜这稳定的背后却有着那么大的牺牲。惜哉！
阿巴亥一死，皇太极再无障碍，在所有贝勒的拥戴下，他顺利地登上了大汗之位。他登位后，遵守了自己的承诺，没有为难阿巴亥的儿子，甚至于后来还把多尔衮当成了自己的心腹之臣。但他对外所称阿巴亥的死因却与他编造的遗诏略有不同，只说阿巴亥是心念先皇，以身相殉，自愿陪同先皇共葬于沈阳的福陵。他这样说，大概是想掩盖他阴谋里折射出的罪行吧！而皇太极并没打算就此罢休，因当年帮她告发阿巴亥及代善风流案的妃子德因泽知其曾设的阴谋，便也一同令其殉葬了，同时殉葬的还有另一位庶妃阿济根。德因泽落得如此下场，不知她是不是后悔自己当年的种种举动。由此可见皇太极手段之狠，令人心惊。
直到顺治七年（1650年）时，多尔衮总摄朝政，便将其母追谥为“孝烈恭敏献哲仁和赞天俪圣武皇后”。一年后，多尔衮病故，孝庄太后与顺治立即将其列为罪人，同时，其母阿巴亥也被除去了谥号，其牌位也被从太庙中移了出来。
阿巴亥本可以成为受后人纪念的大妃，可惜其子却偏偏做了大清的罪人角色，连累她屈死后也终不能受后世皇族人尊重。只能说其时运不济也！
★人物点评
阿巴亥的结局是悲剧性的。但是，她的悲剧恰恰又是因为享有无比的幸福而导致的。如果没有此前的幸福，她的悲剧也许不会出现。可是，为什么会出现这么矛盾的情况呢？
阿巴亥的大半生都是伴随努尔哈赤在金戈铁马中度过的。阿巴亥跟随他四处征战时，虽然她在努尔哈赤的身边显得比较突出，但却并没有显示出她非常出众的一面。不过也并不奇怪，有努尔哈赤这样的男人，即使有实力的女人恐怕也乐得去图一份轻闲，不去更多地操一些心了。阿巴亥嫁给这样的男人，可谓是极为有福了。但这福也有限度，因为她有几个对汗位非常有竞争力的儿子，而恰恰皇太极又是一个心机深沉，对储位志在必得的野心家。所以，她与皇太极之间便不可避免地会发生冲突。努尔哈赤在世时，有努尔哈赤为她提供庇护，而努尔哈赤一死，她的屏障消失了，加之她在朝廷里并没有更加根深蒂固的基础，所以，在与皇太极的较量中，她不仅输掉了权力，甚至输掉了性命。实际上，她是输在了追求权控与施展阴谋的较量之中。因为她只是在权力上打主意，而皇太极却施展诡计，在遗诏上做手脚，不管愿不愿意承认，正大光明之道好像总是斗不过阴险卑劣之途。这种例子其实也不仅仅发生在阿巴亥的身上，在我国封建史上这样的事情也比比皆是。
从阿巴亥被努尔哈赤弃后又被召回的过程来看，颇像杨玉环两次被驱又两次被请回的过程。二人都有着非凡的魅力，只是杨玉环凭借的完全是自己的美丽，而阿巴亥或多或少还因为她的能力也为努尔哈赤所欣赏。但两个人的这种“召回”却有了同一种效果，就是最终因为她们过于受宠而成了政治斗争中的牺牲品。杨玉环从某种意义上说就是死在了太子李亨之手，而阿巴亥则死在了皇太极之手。看来红颜多薄命，倒不是什么偶然的事了。
阿巴亥只是一个牺牲品，她不幸成为了汗位争夺战中的突出人物，所以才有此一劫。但从另一个角度看，如果她真的在这场较量中胜出了，即她的儿子多尔衮继承了汗位也未必是好事。皇太极何许人也，他必然不会甘心屈服于别人的统治，仍然会图谋夺权，造成国家的混乱。而由皇太极执政，多尔衮一时之间却无力与他抗衡，他只是在许多年后当顺治登上帝位后才做上摄政王，那时江山已经趋于稳定，没有大的外患。所以从这个角度看，皇太极的胜利也属于历史的选择，而阿巴亥却不幸地出生在了这个时代，所以她的去世便也显得有了一定的“积极”意义。
