在柳川平助擅自做出向南京方向追击的决定的当天，日本陆军省军务课课长柴山兼四郎和陆军参谋本部谋略课课长影佐祯昭从东京赶到上海，与松井石根就战事作了沟通。后者同样向东京来人表达了“占领南京势在必行”的愿望。其实，早在离开东京时，松井就已经向近卫首相表示：“别无他途，我只有陷落南京，彻底打垮蒋介石**。”在内心深处，松井的想法和柳川是一样的：他认为，向中国首都进军，将是光耀日本史的大事件。虽然他已苍老，而且有病在身，但仍计划享受这一“前无古人”的荣誉。11月18日晚，松井获悉柳川的第10军已经抵达陆军参谋本部画出的限制线；19日，他接到第10军突破限制线的消息。松井和他的参谋长饭沼守少将遂命令上海派遣军“决断地扩大战果”。11月22日，陆军参谋本部接到松井石根来自上海的电报，在电报中，松井暗示上海派遣军的士兵们要求“向南京进军”，认为此时占领南京“具有重大价值”，只有这样才能迫使中国投降，一举解决中日问题，松井说：“当前形势对我深为有利，如错失时机，势必给中国人以喘息之机，使之恢复战斗意志。”
在此之前，柳川平助第10军的行动已让陆军参谋本部的稳健派感到吃惊。在早些时候，日本外相广田弘毅在议会演讲中说：“为了使这种国家反省它的错误，决心予以决定性打击。”但淞沪会战开始后，陆军参谋本部内部很快出现两种倾向：一种主张战事止于上海周边，通过占领上海、控制华北，迫使中国政府妥协；一种主张扩大战争，“一劳永逸”地解决中日问题。主张战事止于上海的代表人物是石原莞尔。石原自1928年起任关东军参谋，“九一八事变”的直接策划者。1935年起任职于陆军参谋本部，战争爆发时任作战部部长。石原是“北进”的代表人物，主张以苏联为最大敌人，著有《世界最终战论》。后因作战思想与当时主张“南下”的东条英机相背，退职归隐，1949年郁郁而死。有军事史专家认为：日本军当中素以战术家多而战略家少著称，在极少的具有战略目光的人物中，石原算是一个。当时，石原认为：从全局来看，不宜广拉战线与中国全面作战，而应慢慢蚕食，同时经营好满洲，把主要精力放在苏联身上。上海是中国的经济和金融中心，也是远东最大的港口，攻陷上海后诱逼南京方面签订和约，进而促使华北自治是有可能的。而且，以蚕食的方式对付中国，对日本来说更为现实。如果占领上海后，对蒋介石穷追猛打，一路攻击到其首都南京，置其于“完全绝望”的境地，从而形成全民抗战的局势，对日本深为不利。石原的观点得到陆军参谋本部次长多田骏和板垣征四郎的认同。但以上观点受到陆军参谋本部作战部作战课课长武藤章大佐、军事课课长田中新一大佐以及第三部部长塚田攻少将的坚决反对。以上三人是陆军参谋本部内的强硬派，主张给南京政府致命一击，完全征服中国。作为“大陆政策”的坚定执行者，他们认为“西安事变”的和平解决，实际上对日本已十分不利，一点点地蚕食只能慢慢积蓄中国的抗日能量，因而是断不可取的。
在争论中，强硬派一方表现出咄咄逼人的姿态，不断在东京的一些场所进行演讲，要求进一步向中国增兵，给中国致命打击。这时候，陆军大臣杉山元大将和陆军参谋本部总长闲院宫载仁亲王，乃至天皇昭和，实际上是倾向于武藤一派的。在他们的支持下，强硬派不断向稳健派施压。在这种情况下，石原莞尔辞去陆军参谋本部作战部部长这一重要职务，继任者为下村定少将。这是一个变数。作战部又称第一部，是陆军参谋本部最重要的部门，该部部长直接负责战事的筹划。作为“巴登巴登名单”上的一员，新任部长下村定，是日本陆军中的强硬分子，一向主张扩大对华战争。他命令组建第10军远线迂回登陆，夹击中**队，并将在华北作战的中岛今朝吾的第16师团调赴华东战场。当日军向南京进军成为既定事实后，陆军参谋本部内主张扩大战争的强硬派完全占据了上风。
1937年11月28日，日本陆军参谋本部追认了前方部队进攻中国首都南京的行动。以松井石根为司令官，全权指挥攻略南京的战役。上海派遣军司令官一职，则由以残忍、冷酷著称的朝香宫鸠彦亲王接任。这一天晚上，身在上海的松井石根在日记中写道：“（命令）让人感到无上欣慰。”
南京战至此正式拉开序幕。
南京战开始后，日本陆军参谋本部的两名强硬派人物塚田攻和武藤章被派往前线：塚田攻担任华中方面军参谋长、武藤章担任副参谋长，带着强硬派的信息，协助松井筹划南京战事。
这时候，还需要提及一个人，这个人就是日本昭和天皇裕仁。在1937年初冬，当裕仁得知他的士兵正在向南京进军时，表现出少有的兴奋。这个在公众场合喜欢紧张、个人兴趣为海洋生物而对军事并不摸门的天皇，一下子把地图拿了过来，饶有兴趣地对着南京指指点点起来。
1937年12月1日，在昭和天皇的密切关注下，日军大本营正式发布命令：令华中方面军司令官松井石根辖上海派遗军和第10军，在海军第3舰队的配合下攻占中国首都南京。
