李斯明白，不论是学术能力还是政治外交能力，自己都远不如韩非。现在秦王把他留下，韩非是否得到重用，还不得而知。不过一旦重用，自己就永世不得出头。为了个人的功名利禄，他必须首先除掉韩非。他对秦王说：“韩非是韩王的亲族。大王现攻打韩国，韩非自然不会同意，爱韩不爱秦，这是人之常情。”秦王说：“既然不能用，那就放走吧！”李斯的目的是要赶尽杀绝。他又对秦王说：“如果放他回韩国，他定会为韩出谋划策，对秦国十分不利。不如在他羽翼未成之时就将他杀掉。”秦王听信了李斯的话。李斯就送给韩非毒药，令他自尽。韩非深知李斯的为人，就饮毒自杀了。李斯知道从此没有了对手，就更加放胆大干了。
公元前221年，秦王政完全兼并了六国，使中国在经历了长期分裂割据的局面以后复归于统一。统一之后秦始皇面临的第一个问题，就是如何管理这个大一统的国家。丞相王绾首先提出，全国地方太大，难以管理，应像周代那样，分封诸子，裂土而治。在召集群臣讨论这件事时，博士淳于越向秦始皇上书说：“殷周所以能有千年的天下，其原因就在于把天下分封给了子弟和功臣。现在天下如此之大，宗室子弟没有封地，同于百姓，万一发生了像齐国的田常、晋国的六卿那样的叛乱，又有谁来相救呢？不以古为师而能长久的，从来没有听说过。”唯有李斯坚持置郡设县，遣官治理。他认为，天下之所以战乱频仍，全在于周朝分封以来诸侯各自为政，相互仇视，周天子也无力制止；如今天下一统，如果再立许多诸侯国，等于再次分裂，不利于中央集权管理。出于对当时情况的考虑，也由于个人生活经历，秦始皇接纳了李斯的建议，把全国分为三十六郡，郡下置县。李斯为中国封建社会建立成熟的统治形式，做出了积极的贡献。
李斯是一位政治雄才，也是一位为了权力而不惜一切的人，但问题是他还是一位学者；在封建官场，尤其是在秦末，稍有一点人的心肠，就难免败下阵来。
淳于越坚持实行分封制，激怒了秦始皇，秦始皇遂把他交给李斯处理，而李斯审查的结果，却是非常奇怪：认为淳于越泥古不化、厚古薄今、以古非今等罪状全是由于读书，尤其是读古书的缘故，竟建议秦始皇下令焚书。按照李斯的规定，凡秦记以外的史书，凡是博士收藏的诗、书、百家语等都要统统烧掉，只准留下医药、卜筮、种树之书。此后，如果有人再敢谈论诗书，就在闹市区处死，并暴尸街头；有敢以古非今的人，全族处死；官吏知道而不检举者，与之同罪；下令三十日仍不烧书者，面上刺字，并征发修筑长城。毫无疑问，这是对中国文化的一次大摧残。
在焚书的第二年，即公元前212年，秦始皇对书生进行了一次更大的迫害：他竟下令将咸阳的儒生460多人活埋，即为“坑儒”事件。
“焚书坑儒”是中国历史上的重大事件。不仅给中国文化造成了极大的损失，也是对人类文明的一次极大的污辱。是对人的尊严的严重践踏。这个事件固然与秦始皇的暴政主张分不开，但李斯的借题发挥乃至无中生有也确实起了推波助澜的作用。在今天看来，李斯之所以这样做，一方面是为了迎合秦始皇的心理，把秦始皇所要做的事情推向极端；另一方面恐怕也是为了从精神到物质上彻底消灭自己的竞争对手，使天下有才之士望秦却步。李斯也就可以独行秦廷了。李斯的目的应该说是达到了，但学者出身的李斯，竟能这样背叛文化，残害文化，实可谓天良丧尽。对这样的“读书人”，我们又能说什么呢？
公元前210年，秦始皇为了宣扬皇威，镇抚六国百姓，开始了他的第五次出游：从咸阳出发，经武关，沿渭水、汉水到云梦，再经长江东下直到会稽；登会稽山祭大禹，并刻石纪念。在北归咸阳之时，秦始皇得了重病，不久即病死在沙丘。
当时随行的有李斯、秦始皇的小儿子胡亥和胡亥的老师赵高。秦始皇临死之前，曾有书信召扶苏送葬。按当时的习惯，长子承位是天经地义的，况且扶苏又刚毅勇敢，较得人心。但赵高为了掌握大权，却极力想把胡亥推向皇位，就让胡亥扣留了秦始皇给扶苏的书信。
秦始皇猝死，李斯怕引起天下大乱，便令人在秦始皇的车内伪装成秦始皇，让人照常送水送饭。赵高趁此机会拉拢李斯，采取攻心战术，他们之间有一段精彩的对话。
赵高说：“皇帝临死前写了一封宣召扶苏来送葬的书信，未及发出，便死了，这您知道。但现在这封信在胡亥的手里，皇帝死了又没有人知道，决定由谁继位，全看胡亥和我了。您的意下如何呢？”
李斯说：“这是亡国的言论，这哪里是做臣子应该说的话。您这样做，不觉得太过份了吗？”
赵高说：“如果按始皇的意思去办，也未尝不可，对我毫无损害。我只想问您，您和蒙恬相比，谁更有才能呢？”
李斯说：“我不如蒙恬。”
赵高说：“那好。扶苏刚毅勇武，又曾坚决反对您和始皇帝焚书坑儒。他即位之后，必定任用他最为亲近的蒙恬做丞相，到那时，您怎么办呢？”
李斯默然。赵高就这样开门见山，紧紧抓住李斯贪恋权位富贵的心理，争取了李斯。于是，两人合谋，伪造秦始皇的书信，指斥扶苏“不孝”，蒙恬“不忠”，令其自杀。扶苏接信后自杀，蒙恬不肯自杀，后被囚禁，终于服毒而死。胡亥即位，是为秦二世。李斯是一个可以牺牲任何良知来换取和保住功名的人。秦二世胡亥十分昏庸，只顾享乐，不理国政。秦朝已如厝火积薪，十分危险，但李斯为了保全自己的名位，虽然看得十分清楚，也不规劝。一次，胡亥竟向李斯问道：“你的同学韩非在文章里说过，古代的帝王都是非常辛苦，难道做帝王就是为了受罪吗？如果帝王连自己都不能满足，又能如何治理天下呢？我看是臣子无能，才使君王受累。如今，我既想随心所欲，又想治理好天下。你能替我想个办法吗？”
李斯不仅不直言相劝，反而揣摸胡亥的心理，献上了一套“督责之术”。他说，贤主若能行“督责之术”，群臣百姓就不敢不勉力效劳，否则，那就比唐尧、虞舜还辛苦。所谓“督责”之术就是君王的独断专行加严刑酷法。胡亥一听这种哄小孩般的把戏，正中下怀。立即采用，结果弄得天下“忠臣”被杀，“明吏”遭戮，怨声载道。
赵高和李斯本是互相利用的关系，日后的勾心斗角、互相倾轧也就势在必然。胡亥整日在宫中淫乐，根本就不理朝政，所有大小事务，全委托赵高办理。一天，赵高往访李斯，故意谈及关东乱事，两人相对唏嘘。赵高说：“现在关东群盗如毛，警报频传，而主上恣意为乐，又征调役夫，修筑阿房宫，采办狗马等无用之物，充斥宫廷，不知自省。我们心急如焚，怎奈人微言轻，不如丞相德高望重，还望丞相进谏。”李斯说：“不是不愿进谏，实是皇上并不出朝视事，无由得见。”赵高则说等他探得主上闲暇，便来报告。李斯还以为赵高是个忠臣，就很高兴地答应了。
过了几天，正当胡亥玩得高兴的时候，赵高派一宦官急传李斯入见。李斯穿好朝服，疾趋人宫，没想到正碰在胡亥的兴头上，迎头遭了一顿训斥，只好回去。这样往复三次，胡亥就十分气恼李斯，怪他败坏了他的游乐之兴。赵高趁机谗毁李斯说：“假造诏书让您当皇帝的事，李斯参加了，他本以为功劳很大，皇上会封赏他的，现在未能如愿，就心怀不满。现在接连求见，恐怕不怀好意，要加提防。再说外边风传他与长子李由与盗贼合谋反叛，虽未有确实，但关东盗贼猖獗，李由并不奋力扑击，就是绝好的证据，请陛下下令拘捕，不要犹豫了。”胡亥虽然糊涂可笑，但毕竟还知道事情重大，就先派人调查。赵高暗地里嘱托使臣。让他们诬谄李斯。
到了这时，李斯听说有人在调查自己和儿子李由，才知道中了赵高的计。他立刻上书，历数赵高的罪状，妄图挽回败局。但胡亥看了奏章以后，十分气愤，说：“赵高为人清廉，下知人情，上适朕意。朕不任赵君，将任何人？丞相心虚，还来诬劾赵君！”当即把李斯的奏章掷回。
李斯见胡亥不听，就去联络右丞相冯去疾、将军冯劫联名上书。请胡亥罢修阿房宫，并有隐斥赵高的语意。胡亥这才真正动怒，在他看来。天子富有天下，无论怎样享乐都是应当的事情，而臣子不能平定盗贼，不能为君分忧，实属不该。李斯没想到自己献上的“督责之术”在这里“督责”起自己来了，再加上赵高在一旁怂恿，胡亥当即下令逮捕了三人，一并罢官，下狱论罪。冯去疾、冯劫不肯受辱而自杀，李斯却贪恋富贵，不肯就死，被赵高打了一千多杖，竞致昏去。李斯曾想上书申冤，但书信被赵高截留。李斯受不了严刑拷打，只好招供。长子李由又已战死，正好死无对证。于是赵高就轻而易举地罗织了一件谋反大案。胡亥见了案件材料以后，十分赞叹地说：“多亏赵卿破了这一大案，否则后果真是不堪想象了。”
胡亥令李斯受五刑，诛三族。李族的子弟族党一并逮至市曹。李斯哭着对次子说：“我想和你再牵着黄犬，出上蔡东门，赶捕狡兔，已不可能了！”
李斯先被在面上刺字，再割去鼻子，再截去左右趾，然后杀头，最后从腰中斩断，砍为肉泥。其余族党一并处斩。
纵观李斯的一生，为秦始皇统一中国出谋划策，为建立郡县制力驳群儒，其功劳确有不可埋没之处，但其原发动机却并非为了国家、百姓，甚至也不是为了哪一个朝代、君主，而是为了自己的权势名位，故他的一生也劣迹斑斑：害死韩非、阿谀逢迎等姑且不说，只促成“焚书坑儒”之一事，已够他万世不得翻身了。
李斯谋取名利富贵确有其术，只是抽身不及，弄个全族覆没，不免令人叹息！不过，似乎更值得叹息的还不在这里。为什么中国历史上很少有真正的忧国忧民之士呢？为什么学者的忧国忧民，一旦做了官，就变成了忧身忧家了呢？更何况到处都是李斯这样的不惜任何代价换取功名利禄的人！封建官场真是一口灵魂的大染缸，把一个民族都染换了颜色！
但说句公道话，李斯毕竟是读书人出身，还残留着一丝正直和诚实，否则，他就不会中赵高之计，前去劝谏胡亥了。与赵高相比，既可看出读书人的本色，又使人看到，真正的读书人永远成不了到家的权谋家。因为在他们的内心深处，总有一丝正义和善良不绝如缕，就是这一丝善良和正义，就足以使他们从封建官场上败退下来！
