据说是伽利略通过望远镜观测证明了地球运动，从而使哥白尼的日心说体系得以建立起来。然而，前者对于天体的观测，特别是对于金星的观测，发现的并不是地球的运动，而是金星有如月亮一般的相位变化。对观测到的这一相位变化所进行的几何学分析表明：该种变化只能用金星环绕太阳运转，而不是环绕着地球运转，才能得到最为合理的解释。但是，这并不等于说是伽利略证实了地球运动理论或日心说，因为当时还存在第谷提出的第三类模型。第谷的模型认为地球是静止的，五大行星围绕着太阳运动，太阳则围绕地球运转。因此，伽利略对金星相位变化的观测及论证，只证明了金星围绕太阳运转的事实，无法证明日心说的正确性——第谷模型同样可以说明该现象。人们认为是伽利略证实了哥白尼学说的习惯性观点并不对。
人们认为开普勒借助于第谷对火星运动的逐日记录数据，采用三角函数拟合法确定了火星的轨道，拟合出火星运行的曲线，进而发现了行星轨道的椭圆特征。然而这种说法是一个伪陈述。因为第谷并未针对火星的运动做出连续性观测，因此也就不可能存在这样的历史性数据。此外，开普勒喜欢用物理原理来解释观测现象，而不是用几何学方法。他是通过将第谷的数据与他自己提出的行星运动第一定律，也就是所谓面积定律相比较，进而发现只有承认行星运动轨道是椭圆的，前人观测数据才能得到合理解释，因此提出了行星运动遵循椭圆轨道这一特征。开普勒这项工作的重要性在于：只有对行星运动轨道的正圆模型加以适当修正，才能使其更好地说明观测的现象。
创造历史的人总会被后人赋予太多不真实的光环，尤其是“击溃宗教独裁的科学巨匠”。然而还原历史真相是每一名知识分子的责任，即使这些行动将“指向某些近代科学家伪造历史的肮脏”。有关于日心说革命的“造假”，其实远远不止对哥白尼一个人的“重新包装”。
3．百花广场的烈士之谜
公元1600年2月17日，罗马百花广场。
一名犯有“严重渎神罪”的前天主教牧师被绑上火刑柱。罗马宗教裁判所为防止这名重要政治犯在其临死之前喊出什么异端口号，甚至将此人的舌头死死钉牢。尽管如此，这名受刑者还是留下了一句流传四百年不朽的“赴死宣言”：
你们在宣读判决时所亲身感受到的恐惧比我聆听这份判决时能够感受到的还要多！
（Perchance you who pronounce my sentence are in greater fear than I who receive it.）
这名慷慨赴死的勇士就是着名的乔尔达诺·布鲁诺（Giordano Bruno）。
若提起布鲁诺的名字，人们几乎会下意识地将其和“为了哥白尼学说甘愿以死相随”或“英勇就义的科学烈士”等教科书上的概念联系到一起。然而，这类常见的“标准答案”并不符合目前已知的历史。这场火刑的时间、地点、人物甚至是情节都对，但是其中最重要的问题，即布鲁诺是不是因为支持哥白尼学说而遭受火刑等核心内容，却被科学家以及自称“尊重客观史实”的现代科学教育工作者所歪曲。
1592年5月23日晚，罗马宗教裁判所正式批捕了布鲁诺。此后八年，罗马教廷的宗教仲裁官们先后施展出了浑身解数，尝试说服这位前天主教的神职人员“重新皈依”。而这位仁兄的“前卫思想”也确实超越了梵蒂冈教廷所能够忍受的异见极限：布鲁诺居然宣称基督教的一整套理念，包括圣母玛丽娅的童贞、三位一体、万物有灵，甚至是耶稣生前事迹都是些“莫须有”的荒诞故事！布鲁诺还曾经辱骂教皇、在修道院里肆意纵火、参与研究甚至是“公开传播古代巫术”（这点倒是和“最后的炼金术士”牛顿颇为相似）。
当然了，布鲁诺也确实毫无保留地支持哥白尼的日心学说。他在自己的天文学着作《论无限宇宙和世界》（On the Infinite Universe and Worlds）中明确指出：我们所在的宇宙有无数颗太阳般巨大的炽热恒星，在永不停息地环转运动；每颗恒星的周围都布满像地球这样的行星与卫星；智慧生命不仅存在于我们的地球上，还遍布太阳系以外那些遥远的天体；人类所能够看到的只是无限宇宙当中的渺小一景！
事实上，布鲁诺阐述的天文学理论较之哥白尼日心说体系要完善得多！人家不仅仅讨论了地球和太阳的关系，还进一步推广到了宇宙的高级秩序！就连开普勒等一批堪称当时最顶尖的天文学巨匠也难以理解布鲁诺这套远远超越时代的深奥理论。
布鲁诺的“创新思想”在四百多年前不啻是标准的痴人说梦。而在今天，稍微具备点天文学常识的人都能理解该理论体系的正确性。然而问题在于：布鲁诺为何会在连地球绕着太阳转都没能搞清楚的“愚昧年代”就提出了如此完善细致的科学理论，甚至还极端自信地认定其掌握的这套理论“凌驾”于基督教的种种荒谬言辞？
难道说布鲁诺也如同哥白尼一样，通过某些秘密宗教组织而接触到传承自古埃及的天文学知识？难道说因为他直接理解了基督教背后的科学真相，才会对于被君士坦丁、圣奥古斯丁、圣阿奎纳等人反复篡改的宗教原理感到异常失望？难道说他不是哥白尼的勇敢追随者，而反倒是比哥白尼掌握更多古代知识的玄学术士？要知道布鲁诺曾经在其多部作品当中猛烈抨击过哥白尼体系，称其“过分拘泥于数学因而无法把握哲学真理”：
将人们从普遍接受的一些错误以及偏见中解放出来确实要归功于哥白尼，尽管他并未超越这些错误偏见。与其说哥白尼是自然的学生，倒不如说他是数学的学生，他没有通过分辨这种思想方法的所有困难，深入到消除错误的根源或是误入歧途的原因，因而他不能引导自己和其他人从空洞问题中解脱出来，以至将注意力转向事物的永恒以及确定性。
非常有意思的是，布鲁诺曾撰写过一本类似于基督教原理的神秘专着《原因、本质和太一：魔法论文集》（Cause， Principle and Unity： And Essays on Magic）。在这部玄妙作品里，布鲁诺详尽地描述了自己所虔诚信仰的宗教哲学体系。而令人大跌眼镜的地方在于这一套哲学恰恰是传统基督教义的理论基石：源自埃及亚历山大的新柏拉图主义！
然而布鲁诺认为：基督教无耻地剽窃了古埃及人那套近乎于自然科学的宗教信仰，甚至还通过一系列自以为是的宗教纯化运动错误地保留了糟粕，却“遗忘”了其中精华。布鲁诺在其一首散文诗当中还毫不掩饰地抨击了教会对其古埃及宗教本源的“背叛”：
古埃及人一度拥有过各种各样的寓言，以使人们的头脑更好地认识某些自然奥秘，使得那些凭借直观感觉没办法理解的事物能够借助于符号或是形象更好地被人类所认识。但是后来基督教给人民杜撰了荒唐的神话，于是出现了野蛮时期，肇始了罪恶的世纪。
宗教裁判所对布鲁诺施以火刑，完全是因其反对基督教义，尤其是经圣奥古斯丁和圣托马斯·阿奎纳“修改”过的教义。布鲁诺的英勇献身更像是致力于恢复某种古代知识——已然被基督教视为仇寇的知识。而在科学史的研究领域里，被普遍接受的观点就是乔尔达诺·布鲁诺信仰着古老神秘的赫尔墨斯主义（Hermeticism）。而所谓的赫尔墨斯其实就是古埃及宗教体系中的月亮与智慧之神透特，即牛顿所宣称的日心说的始创者。一位牛顿极其推崇的高阶炼金术士、德国着名外科医生米歇尔·梅耶（Michael Maier）甚至在其《圣坛光晕之象征》（Symbola Aureae Mensae）一书中写下了这样的“诳语”：
古往今来所有真正精通科学的人，其知识莫不来自古埃及的这位月神！
一幅充满着悬疑的历史藏宝图铺展在科学史研究者的面前。似乎在中世纪能够做出科学突破的思想家多多少少都带有着赫尔墨斯主义的崇拜情绪。研究布鲁诺的权威学者弗朗切斯·艾米莉娅·耶兹（Frances Amelia Yates）在其作品《乔尔达诺·布鲁诺及其赫尔墨斯传统》（Giordano Bruno and the Hermetic Tradition）当中亦十分肯定地写道：
布鲁诺是一位拥有着强烈宗教改革意识的赫尔墨斯主义者。此人追随赫尔墨斯传统的行为非常激进。他本身就是一位古埃及宗教玄学法术的信仰者，一位彻头彻尾的魔法师。他试图通过炼金术等方式探索和发现自然的奥秘，以便于控制和利用自然。其所有哲学，以及科学层面的学术探讨其实都从属于宗教使命。不论流行着怎样的思想，只要与其尝试复兴古埃及宗教玄学法术之使命能做到相互契合，他都愿意将其为己所用。为此，他不惜触犯基督教会的种种禁忌：高调坚持新柏拉图主义哲学，强烈反对当时已经与基督教融合为一体的亚里士多德思想，讽刺其为“只懂文法却不会深刻思考自然本质的学究”。他甚至还更进一步地宣称：基督教是种伪造历史的作恶的宗教。毫无疑问，正是这些做法在很大程度上，最终导致了宗教裁判所对布鲁诺的反感。而赫尔墨斯传统及与之相连的新柏拉图主义以及希伯来神秘主义在布鲁诺光辉的一生中，在其思想超越于同时代人及其传奇式的人格命运之塑造上，占据着令人惊奇的重要地位。
哥白尼革命或许并非人们通常理解的“科学诞生记”，而恰恰是某种以宗教为伪装的古典自然哲学激发的一场气势恢弘的卷土重来。哥白尼、布鲁诺、伽利略都领略过这套思想的深刻和伟岸，而其中理解最透彻、成绩最杰出的是艾萨克·牛顿。
4．最后的炼金术士
“自从地理大发现以来，海量的新知识淹没了西方世界。这些新知识皆表达出了一定的真理。面对这种情况，有两位我们通常会从完全不同的视角来看待的人物值得仔细瞧瞧。对于古典炼金术来说，他们两人不是没有代表性：天文学大师第谷·布拉赫与牛顿先生。有关牛顿钻研炼金术已有许多猜测，特别是在1936年经济学家凯恩斯将其称为‘最后一位古埃及魔法师’以后。而另一方面，牛顿还被人们理所当然地视作启蒙运动的代表性人物，正如18世纪的英国诗人亚历山大·蒲柏（Alexander Pope）歌颂的那样：‘自然和自然之法则，在夜色中隐藏。神说：让牛顿降生！于是一切都被点亮。’”（这首诗其实是蒲柏为牛顿所创作的墓志铭。诗歌原文是：Nature and nature’s laws lay hid in night； God said： let Newton be！ And all was light.）
“从这种两难困境当中摆脱出来的方法有两种。要么假定尊敬的牛顿虽然对炼金术极富兴趣，但是其始终持有批判的态度；要么干脆认为他令人遗憾地精神错乱了——如果不是仅仅在一段时间内发疯的话。当然，假如我们拒绝给‘发疯’设置一个准确的概念定义，我们确实可以按照以上的话来表达。但若是按照习惯的解释，即认为‘合乎理性的’就是精神健康的，而‘不合乎理性的’就是精神失常，那么我们几乎可以把历史上所有伟人都宣判为疯子。不过认为他们都是精神分裂症患者，并不能证明这些人的精神确实存在某些显着的问题，却只能反映出当今世界的精神状态。”
以上这段文字源于柏林理工大学化学教授汉斯·魏尔纳·舒特（Hans Werner Schütt）发表的科学史名着《寻求哲人石：炼金术科学文化史》（Auf der Suche nach dem Stein der Weisen： Die Geschichte der Alchemie）。
汉斯·魏尔纳·舒特教授曾经担任过德国科学史研究学会主席、德国国家科研基金会自然科学及技术史专业委员会主席等职，现为德国化学家协会化学史专业研究分部主席。作为一名职业化学家兼化学史研究领域的顶尖学者，汉斯·魏尔纳·舒特认为有必要纠正长期以来人们对“最后的炼金术士”牛顿，甚至是炼金术本身所产生的重大误解。人们恰恰是因为不了解炼金术是什么玩意儿，才会被现代教育误导而对炼金术的盲目否定。事实上，今天所谓的化学正是源于炼金术。而炼金术所包含的内容，却远远不止是化学那样简单。近现代科学史上最伟大的炼金术士牛顿曾这样写道：
据说炼金术不仅与早期的时代相契合，而且与神学相契合。前一点似乎完全是人类的事情，后者是神的业务。基于此我们可以把它看作一个令人惊奇的新悖论。这个通过神灵影响的神圣炼金术是时间的开端，以及地上所生之一切的开端。通过这门炼金术，所有的生物皆开始运动并且获得其存在。这是确定无疑的，因为全能的上帝在万物开始时就按照重量、数量和大小以完美的比例及和谐创造了天上和地上存在的事物，以便他们能在分给他们的时间之内完成他们的任务。
炼金术并不仅仅从事金属的研究。只有无知而头脑简单者才会这样看待事物。所以，他们才会怀疑这门最高尚的科学。炼金术还能研究物质的性能。上帝根据物质特性创造了女人并使她们接受上帝的创造物，生出神的创造物。这种哲学并不会被导向空洞和错误。通过引导人们认识上帝，通过帮助寻找药物，这种哲学既能够使用也有利于教育。柏拉图说过，这种哲学是对于神的模仿，当然也是在人力所能及的范围之内。这既是一种理论，也是一种实践性的哲学。不仅可以在自然这本书里见到其踪影，且还隐含在《圣经》里，比如《创世纪》、《诗篇》以及《以赛亚书》等篇章。
牛顿所说的炼金术似乎并不是一门能够演变成化学的学科，却像一种用于理解宇宙及人类文明起源的古埃及和古希腊的哲学思想。而受过良好教育的中国人和印度人或许能够方便地理解这一套哲学，因为这些有关于“开端”、“和谐”以及“物质终极属性”的深邃观念简直就像是中国文化里的“道”抑或是古印度宗教中所反复强调的“梵”（Brahma）。无论是中国的“道”还是古印度的“梵”，都是机械唯物主义者不屑一顾，却又从未能理解的传承了至少五千年之久的“科学奥秘”。
而牛顿亦正是被这种传承了数千载有余的隐秘学问所吸引。他研究炼金术的目的就是为了寻找“深藏在已知文明历史背后的足迹”。而汉斯·魏尔纳·舒特在其《寻求哲人石：炼金术科学文化史》当中指出了牛顿“误堕炼金术泥淖”的原因：
