珍珠港事件爆发后，巴顿担任了美国第一装甲军军长。
1942年11月，美国和英国在法属北非实行“火炬”作战计划，巴顿的部队作为西面特编军直接被从美国送往摩洛哥登陆。在战斗之前巴顿对部队下达了作战命令：“我们要进攻、进攻，直到精疲力竭，然后我们还要再进攻。”
在巴顿的率领下，西面特编军同巨浪顽强拼搏，于11月8日凌晨开始登陆。
这支部队进攻的目标是卡萨布兰卡，当地的法国长官是贝图阿尔将军，美国方面已事先对他做了工作，他同意巴顿的部队登陆。但作为德国法西斯傀儡的法国维希政府新任驻北非全权代表诺盖以叛国罪逮捕了贝图阿尔，并下令法军阻击美军登陆。
法军炮兵与美军护航舰队进行了激烈的炮战。巴顿于9日上午冒着敌人飞机的扫射到海滩视察部队补给品的卸载情况。他看到装运援兵、弹药和补给品的船只靠岸后，士兵们为躲避敌机扫射而隐蔽起来，无法将船只推开，船上的物品不能卸下来，而这些物品都是附近正在作战的部队所急需的。巴顿观察几分钟后跳下吉普车冒着危险与士兵们一起推船，在滩头呆了近18个小时，浑身也湿透了。他的行为极大地鼓舞了士气，使这批物资顺利送到了战斗部队手中。
11月12日，诺盖得悉另一支美军已在阿尔及尔登陆，只好同意停火。巴顿的军队占领了卡萨布兰卡，巴顿成了美国驻摩洛哥的总督，他率军驻扎在这里，防止佛朗哥的军队从西班牙南下。
1943年初，在阿拉曼战役后败退到突尼斯的德国将领隆美尔为了阻止盟军的反攻，保证自己的“非洲军团”北撤时的右翼安全，指挥轴心国军队向美军第2军抢先发起进攻。美军大败，死伤惨重，被迫退到卡塞林隘口，但在这里又遭到隆美尔军队的袭击。德军趁势向前推进了150英里。美第2军的官兵们情绪萎靡不振，军长因指挥无能被撤职。
巴顿奉命接替他的职务。艾森豪威尔责成巴顿必须立即恢复第2军战士们的士气。巴顿到该军后，以雷厉风行的气概迅速整顿了全军的纪律和作风。他发布了着装规定，对违规者进行处罚；下令必须在7点30分吃完早餐，使那些平时懒散惯了的参谋人员能按时上班；他把不断进攻的战斗作风灌输进第2军，使全军的战斗风貌焕然一新。
1944年8月26日，巴顿将军乘坐吉普车从浮桥上胜利跨进塞纳河。在巴顿的率领下，第2军在接到战斗命令后对敌人发起了反攻，结果连战皆捷，收复了全部失地，而且有力地配合了英军将领蒙哥马利率领的盟军在突尼斯南部对轴心国军队发动的总反攻，最终导致突尼斯的25万德意军队于1943年5月13日向盟军投降。
巴顿因战功而被提升为中将，并被调回摩洛哥策划西西里战役，第2军交给他的副军长布雷德利指挥。
1943年1月，罗斯福总统和丘吉尔首相在卡萨布兰卡会议中达成了进攻意大利西西里岛的方案。
担任直接进攻西西里岛任务的是巴顿率领的美第7集团军和蒙哥马利率领的英第8集团军。
这次战役的作战方案是蒙哥马利制定的，军事目标是夺取西西里岛东北角靠意大利本土的墨西拿，由英军在西西里岛东南登陆，沿东海岸向北直趋墨西拿，这个进攻点较为隐蔽，进军路线很短。
巴顿率领的美军起着掩护英军侧翼的配角作用，在地形开阔、易遭伤亡的西西里岛南部登陆，先向西北再折向东进行路线很长的迂回作战。
巴顿对这种明显歧视美军的方案十分气恼，因为以前英军就对美军在北非战役中的失利有过嘲讽，所以他在战前就憋足了劲要与蒙哥马利一比高低。在西西里登陆前夕，巴顿对全集团军发布了命令：“我们必须迅速地、无情地、勇敢地、无休止地进攻，才能保持优势。不论你们多么疲劳、多么饥饿，也要坚持出击，因为敌人只会比你们更疲劳、更饥饿。”
1943年7月10日盟军登陆后，巴顿率领部队向敌军发起了暴风雨般的猛攻，很快占领了岛西北的西西里首府巴勒莫。这时蒙哥马利率领的英军在东海岸的卡塔尼亚受到德军增援部队的顽强阻击，进展艰难。巴顿则率美军沿着岛北岸向东边墨西拿方向推进，轴心国军队受到英美两个方向的夹击，决定将主力部队撤回意大利本土。为了掩护主力的撤退，德军在西西里东北的山地对向东推进的美军进行了顽强的防御。巴顿的部队进攻受阻，他曾3次使用小型两栖攻击舰在海上配合，企图阻止敌军主力的撤退，但因未能得到盟军飞机的援助而失败。但第7集团军在巴顿的指挥下，经过顽强奋战，最终于8月16日攻占了墨西拿。美军在英军面前终于可以扬眉吐气了，巴顿也由此名声大振，在一片赞扬声中他开始有些飘飘然了。
然而，当蒙哥马利和美军另一将领克拉克指挥盟军在意大利本土作战，布雷德利调往英国组织军队准备“霸王战役”（即诺曼底登陆战役）时，巴顿却因打了一个勤务兵耳光而引起舆论哗然，至使他未受到重用。
1943年下半年，巴顿带领了一些参谋人员在马耳他、科西嘉等岛屿游荡，以迷惑敌人。
直到1944年1月，巴顿才接到新的任命，担任第3集团军司令，其任务是在即将开始的“霸王战役”中，负责在先头部队发动进攻后继续扩大战果。但巴顿到英国就职时，第3集团军的士兵基本上还在美国，巴顿仅在英国西部面临爱尔兰海的小城克纳兹福德建立了集团军的司令部。同时盟军首脑为了不让敌军知道登陆的实际地点，在离法国加来港最近的英国一侧的多佛尔设立了一个假司令部，大名鼎鼎的巴顿扮演了假司令，以吸引德军的注意力。这一任务使巴顿很不高兴，但却达到了预期的目的，使德国将重兵布置在加来港附近，减轻了诺曼底登陆的压力。
1944年6月6日，第二次世界大战中的关键战役诺曼底登陆开始。布雷德利率美第一集团军迅速登陆，占领了滩头阵地。巴顿虽于7月6日飞抵战场，但因第3集团军仍未集结完毕，无法投入战斗。7月25日布雷德利又发动了“眼镜蛇战役”，继续扩大战果，他命巴顿为第一集团军副司令，到前线指挥第8军向阿维兰斯穿插。巴顿以装甲兵为先导，于7月底夺取了阿维兰斯，打通了前往布列塔尼的大门。8月1日布雷德利晋升为第12集团军群司令，下属第1和第3两个集团军。
巴顿指挥的第3集团军这时已集结完毕投入战斗。在行动之前巴顿召开了军官会议，号召大家要一往无前，不要担心侧翼缺乏保护而踟蹰不前，也不要占领一个地方就先考虑如何坚守，而是要无畏地前进，他对大家说：“记住，从现在起直至胜利或牺牲，我们要永远无畏！”
本来第3集团军的任务是向西攻占布列塔尼地区，但巴顿认为用如此庞大的兵力去占领该地区既是一种浪费，也会贻误向其他地方进攻的战机。于是仅派了一个军向西发展，攻占了布勒斯特，派另一个军去攻占东面的布列塔尼首府雷恩，接着又夺取了东南方的翁热。还有一个军挥师东进，占领了翁热东北的勒芒。这样巴顿的军队以猛烈的进攻和迅速的推进，打破了德军在诺曼底灌木篱墙地区的防御，把局部性战役变成了全面的运动战。当巴顿乘坐吉普车与胜利的部队一起向东进发时，他望着尸横遍野的辽阔战场激动地高喊：“难道还有别的什么东西比这更壮观吗？”
8月9日，德军派出一支部队企图夺回阿维兰斯，巴顿得知后，立即向布雷德利建议第3集团军向北推进，以切断敌人的退路。8月13日巴顿攻到阿尔让唐时，向布雷德利请求，越过与蒙哥马利率领的英军第21集团军的界限继续向北推进到法莱斯地区。但布雷德利却命令巴顿停止进军，等待蒙哥马利的主动邀请。而蒙哥马利认为加拿大集团军能迅速从康尼南下到法莱斯，于是便没向美军发出邀请，以免功劳全被巴顿抢去。结果等3天后加军到法莱斯时，德军已从阿尔让唐和法莱斯之间逃走。为了弥补这次未能全歼敌军的损失，巴顿又说服了布雷德利让他率军向东去堵截这股逃敌。当德军逃到巴黎后面的塞纳河时，意外地发现巴顿的军队阻挡在前面。德军被迫往下游去渡河，打算过河后凭借塞纳河重筑防线。但巴顿早已派一个师先渡河，使德军的这一打算落空。
此后盟军的其他部队向北推进，进攻比利时和卢森堡，夺取沿海城市，巴顿则率领第3集团军从巴黎与奥尔良的缺口向东突进。他用装甲师为先锋，一刻不停地进攻，逃跑的残敌留待后续的摩托化步兵师去解决，8月底抵达马斯河。这时巴顿向上司建议立即突破德国西部的齐格菲防线，强渡莱茵河进入德国本土，提前结束战争。但英军的蒙哥马利强烈要求在北部发动一场大规模攻势，艾森豪威尔便命令巴顿率第3集团军作为侧翼配合英军行动，同时减少了该集团军的卡车和油料供应。
在这种困难的条件下，巴顿虽然很苦恼，但仍坚定地命令部队快速推进。他下令将坦克燃料集中起来供1/4的坦克部队高速前进，后勤人员尽自己的能力去想法搞汽油，他亲自驾驶着缺乏汽油的吉普车到布雷德利的指挥部去要汽油。这样到8月31日，巴顿已率军渡过了马斯河，跨过了凡尔登并逼近梅斯。但因推进速度太快，后勤补给跟不上，集团军的推进被迫停顿下来。希特勒下令集中了13.5万军队重新加固了齐格菲防线，巴顿于9月再次发动了进攻，但未能突破防线。
12月16日，德国又集结了25个师在阿登地区对盟军发动了突然反攻，即所谓“悲哀之战”。美第1集团军猝不及防，被德军突破了防线，使德军推进达50公里。对于德军的这种反击，巴顿早已根据获得的德军集结的情报，察觉出其行动的大致方向。他事先已命参谋部拟定了一个计划，让第3集团军放弃向东的推进，准备向北方的卢森堡进攻，以打击德军的侧翼。12月20日，艾森豪威尔在凡尔登召开会议，部署如何对付德军的这次反扑。当艾森豪威尔询问巴顿的部队何时可以对德军侧翼发动进攻时，巴顿回答说48小时以内便可向北进攻。与会者都大吃一惊，因为要把一个军从东向北转移是一件非常复杂的工作，对道路的使用和补给系统都必须做重大变更，这在短时间内是不可能做到的，所以艾森豪威尔听了巴顿的保证后也不太相信地说：“乔治，别胡闹！”但巴顿因早有准备，很快便调动了部队，于12月22日凌晨向德军发起进攻。他用一个军加强卢森堡城的美军阵地，另外两个军去解救被围困在巴斯托尼的美国伞兵师。巴顿不顾天气恶劣，驱使部队全速前进，拼命狂奔。12月26日，第一批装甲部队就已率先突入被德军围困的巴斯托尼城，击退了德军对该城的围攻，保住了这个重要的交通枢纽。这时天气开始好转，盟军出动大批飞机对德军及其交通线进行轰炸。到1945年1月底，由于苏军在东线的进攻，使德军首尾不能相顾，“悲哀之战”以德国的悲哀而宣告瓦解。美国的两大集团军的战线重新联结起来，巴顿的这次奔袭解围也成为军事史上的杰作。
德军的反攻被粉碎后，盟军司令部决定让蒙哥马利率英军在北部向德军发起主攻，巴顿的集团军在原地防御。巴顿对这种安排又是一肚子的气，认为是对自己作战能力的不信任，同时也认为这样不利于对德军的全面进攻。于是巴顿仍然命令部队在南线与北线的英军平行向东推进。3月12日，当北线的英军攻陷德国西部的特里尔时，巴顿将军的部队也在南部攻到了莱茵河畔，消灭了河西的德军。
为了突破齐格菲防线、深入德国腹地以扩大战果，巴顿急需增加一个装甲师。3月16日，艾森豪威尔的飞机因风雪在巴顿的机场短暂停留时，巴顿尽自己的能力盛情款待这位盟军最高总司令，使他在非常高兴的情况下答应给巴顿再增派一个装甲师。在兵力增强之后，巴顿立即沿莱茵河向北进军，目标直指美因兹和科布伦茨。在这次迅雷不及掩耳的进军中，巴顿的第3集团军突破了德国的齐格菲防线，击溃了德国的两个集团军并将其大部歼灭。3月22日夜，巴顿乘胜追击德军并渡过了德国人视为防守屏障的莱茵河。第3集团军抢在英军之前过河并建立了两个桥头堡，巴顿再次为比赢了英军而兴奋异常，他在击退了德军反扑，巩固了桥头堡后给布雷德利通电话时大叫：“快向全世界宣布，我们已经渡过了河！”“我要让全世界知道，第3集团军在蒙哥马利之前就渡过了莱茵河！”
美国总统亲自给巴顿授勋1945年4月，德军的防御已陷于全面崩溃，盟军司令部部署了对德作战的最后行动，布雷德利的集团军群继续向东北进攻，深入德国内地，直趋易北河和穆尔德河，一直打到莱比锡和德雷斯顿与苏军会师。巴顿率领第3集团军很快推进到了捷克斯洛伐克西部边境，但根据同盟国达成的协议美军不能进入捷克境内。这时盟军司令部获得情报，一些纳粹分子正在阿尔卑斯山建立所谓“全国防御堡垒”，集结军队和物资企图继续进行战争，便命令巴顿改变进军方向去消灭那里的敌人。4月17日巴顿在报纸上得知自己晋升为四星上将，他感到很高兴。4月20日，按照盟军司令部命令，巴顿率领第3集团军向西南发起了强大的攻势，结果发现这个“全国防御堡垒”只是一个不堪一击的军事要塞。
5月2日苏军攻进柏林后，巴顿再次希望能率军攻入捷克首都布拉格，但布雷德利接到艾森豪威尔的命令，坚决制止巴顿的这种违反与苏联达成的协议的行为，尽管巴顿大声抗议也毫无作用。5月9日欧战结束，巴顿成了德国巴伐利亚州军事长官。他因为战功卓著而在欧洲各地受到赞扬，他一度返回美国时又成为仅次于艾森豪威尔的最受美国人民欢迎的将军。
巴顿在军事上勇敢而睿智，但在政治却显得盲目和幼稚，二战结束后，他在政治上的幼稚又开始抬头，其表现为对苏联的敌视和对纳粹分子的宽容。一次在招待会上，一名记者问他，德国人参加纳粹党与美国人参加共和党或民主党是不是差不多，巴顿给予了肯定的回答。这件事在舆论界引起轩然大波。巴顿的这种言论，使美国军方非常被动，艾森豪威尔在舆论的压力下，免去了巴顿的第3集团军司令和巴伐利亚州军事长官的职务，任命他为第15集团军司令。这个集团军实际上是一个有名无实的单位，只有一些军官、宪兵和后勤人员，其任务是整理和编写欧洲战场军事史。
巴顿军事上的强悍和政治上的幼稚，反差如此之大，令人匪夷所思。这种反差使他丢掉了第3集团的司令的职务，也结束了他在军队里那一幕幕惊天地、泣鬼神的壮举，提前离开了他所钟爱的事业，黯然回国。
