清朝末年，正是西太后慈禧把持朝政大权之时。湘南耒阳郡有个叫石金星的小伙子，在外学了几年医，便在家坐堂问诊。由于医术平平，前来诊治的病人便不多。不过，石金星是个非常机巧的人，凭着一张能说会道的嘴巴和一双察言观色的眼睛，每天也能混个一日三餐。
城西有个杏林老前辈，叫赛华佗。赛华佗熟读医书，精通医理，无论什么病，既知治表也能治里。换句话说，患者哪怕病入膏盲，他也能以毒药攻之，再施以针灸、推拿和按摩，徐徐化解病情，进而愈之。平日里，他不以坐诊为主，而是赤脚遍行乡里，遇到患者，他一眼就能切中病灶，然后开出药方，服之便除。有贫穷患者，他不收分文，还倒贴药费。正因为此，赛华佗收入不多，家境清苦，几乎与贫民无异。
一天晚上，石金星正在家里看医书。忽然，门外跌跌撞撞闯进一个浑身是血的老人，门外传来一片追杀之声。老人急切地向他求救，石金星迅速将他隐藏起来。一眨眼工夫，就进来一群凶神恶煞的黑衣人。为首一个厉声问道：“有没有看到一个老家伙跑进来？”石金星使劲摇了摇头，黑衣人胡乱搜了搜，又全都急急出了门。
石金星悄悄跟至门口，见他们没走多远，便纷纷失去了踪迹。再望天空，却黑压压多了一群疾飞的秃鹫。石金星赶紧关上门，把老人扶出来，仔细一查，幸好都是一些皮外伤。石金星给他敷上药，留他住了几天。痊愈后，老人从怀里掏出一颗小巧玲珑的冰蓝色琉璃珠，递到石金星手里，说：“送你。日后若想找我，只须对着琉璃珠喊三声‘琉璃’，我就会出现。切记，不到万不得已，千万不能用。”说完，就走了。
石金星手里的琉璃珠有着淡蓝的光晕，晶莹剔透，似要滴出水来，真是一块少见的宝贝。他小心收藏了起来。
老人走后，石金星照常问诊看病，医术虽不济，却勉强还能度日。
这一年，耒河发大水，大水过后，瘟疫流行，人人相染而殂，遍地哀鸿，谁也控制不了疫情。郡府贴出告示，称有能控制瘟疫者，拜为郡医。这郡医也算一名医官，常年出入郡府，不仅有相当的地位，还有可观的俸银。一时杏林中人，个个争先，人人踊跃，都拿出了看家本领，使出了浑身解数，却还是有不少患者死去。
石金星看了告示后，知道凭自己这点医术是不可能有作为的。他记起那个老人留给自己的琉璃珠，赶紧拿出来，对着琉璃珠大喊了三声“琉璃，琉璃，琉璃——”
霎时，就见老人出现在自己面前。老人深施一礼，问道：“恩人，有何指教？”
石金星说：“老人家，如今本郡瘟疫流行，您可有治瘟疫的药方？”
老人沉思一会，说：“老朽无能，不懂医理。不过我家主人会有办法，你跟我来。”
说着，老人化作了一只白鹤，石金星身不由己地坐上鹤背。白鹤展翅翱翔，石金星只觉眼前白云大片大片往后退，一片迷茫，待到睁开眼时，已处在一座不知名的山上。
石金星从白鹤上下来，只见眼前耸立着一座流光四溢的“琉璃宫”，整座宫殿用水晶砌成，辅以五彩琉璃做为装饰，大殿正中悬有一颗浑圆的夜明珠，把“琉璃宫”照得澄澈透明，玲珑剔透，在阳光下熠熠生辉。
白鹤又化作老人，老人说：“你稍候片刻，我进去见我家主人。”
说完，就走进了宫殿。
石金星举目仰望，紫气弥天。山峦古木，犹似水墨画一般，却似又有时时的变化，犹如蜃景，影影绰绰。若有若无的亭台楼阁，好象隔着一层薄薄的雾气一样，在虚无飘渺中，幻化成一个五光十色、光怪陆离的迷离仙境，令人目眩神驰，心旌摇荡，惶惶不知天上人间。
就在石金星惊叹不已之时，老人陪着一个美丽异常的姑娘站在了宫殿门口。老人说：“恩人，这是我家主人，你就叫她琉璃姑娘吧！”
石金星赶紧过去施礼，便问道：“请问琉璃姑娘，此处是哪里，仿佛仙境一般？”
琉璃姑娘说道：“这里是昆仑山琉璃宫。也不瞒你了，你救的这位老人是我宫里的一只仙鹤，那日外出遭到秃鹫的追杀，幸喜得你搭救。如今你有何要求，尽管说出来。”
石金星这才知道自己遇上仙人了，忙又施一礼，说：“在下有个小小的请求。如今本郡瘟疫流行，民不聊生，我恳请琉璃姑娘教我一个药方，普救众生。”
琉璃姑娘点点头，说：“这个好办，我有一头琉璃兽，它可帮你找到药方。”
说话间，老人牵来了一头似犬非犬、似虎非虎的怪兽，只见它周身透明得能看清五脏六腑。老人说：“这是能辨药味药性的琉璃兽。恩人，咱们下山去采药，然后熬成汤药给它吃进去。吃下药后你从外看药走筋脉肺腑的情形，就可取得药方了。”
石金星大喜，马上跟着老人下山采来了百种药材。熬成汤药后，给琉璃兽吃下去，从外看药走经脉肺腑的情形，很快得到了专克瘟疫的药方。
临走的时候，琉璃姑娘又送给石金星一颗小巧玲珑的琉璃珠，说：“希望你回去之后，为民造福。日后若有什么疑难，你尽可再来此地。”
石金星连连称是，老人又化作白鹤把他送回了家。回到家石金星立刻给病人诊治瘟疫。由于药方灵验，瘟疫很快平息了，石金星顺理成章成了一名郡医。
赛华佗听到消息，长叹不已，怎么也不明白一个20来岁的小伙子的医术为何会超过自己？
这天傍晚，赛华佗坐在自家的草堂里自斟自饮，以酒浇愁。一会，门开了，走进了衣着华丽的石金星。石金星笑呵呵地一拱手，说：“明日去郡府报到，今晚特来拜访老前辈。”
赛华佗闻言，赶紧让坐，又给他倒上一杯酒。两人对饮了几杯，赛华佗终于禁不住问道：“石郡医，你说句实话，咱俩的医术，到底孰高孰低？”
石金星哈哈大笑道：“这还用问吗？当然是老前辈的医术高了。”
赛华佗摇摇头，叹口气，说：“我行医几十年，治过的疑难杂症也有上百例，可我怎么就治不了这场瘟疫？”
石金星说：“我也只是机缘巧合，得到药方而已。其实这场瘟疫便不重要。老前辈医术高明，我等杏林中人早已心中有数，心服口服，只是……”
说到这里，石金星顿了一顿，四下打量了一下赛华佗室内空空如也的草棚土壁，轻叹口气，说：“只是老前辈行医的作风，我可要说几句。为医之道者，有病医方生，无病医自无；医生既要治病，也要造病，病不绝医方久。老前辈为人忠厚，切莫作茧自缚……”
赛华佗惊愕地张大了嘴。石金星继续说：“老前辈也不想想，你行医几十年，住的还是这么破旧的草棚。哪像我，仅仅控制了一场瘟疫，不仅美名远扬，还得到了朝廷俸银，下辈子吃喝不愁了，真可谓是名利双收……”
赛华佗闻言，连连叹息。石金星临走之时，已是满脸醉意，跨出门的一刹那，怀里掉出了那颗琉璃珠，他浑然不知，步态蹒跚地走了。赛华佗捡起琉璃珠，按他以往的性情，会马上追出门去还给石金星。可是这次，一丝贪婪在他心里滋长起来，他犹豫了。终于，赛华佗缓缓地把琉璃珠放入了自己怀里。
从此，赛华佗不再出门行医，而是端坐家中。每当有病人前来求诊时，病情轻微者，他就故意以普通草药拖之；病情加重后，才胡乱开些名贵草药熬服；待到病情进入晚期，病人生命垂危时，他才拿出看家本领，使出真本事，病人方才真正痊愈。病人几经折腾，死里逃生，自然对他感激涕零，多以厚礼相报。至此，赛华佗不仅名声远扬，还日进斗金。不到半年，就推倒草屋，建起了新房，过起了锦衣华食的日子。
这一年，慈禧的屁股上长了一个疖子。这本来挺好治的，只消用刀把疖子挑破，挤出脓水，包扎好就行了。可太后看病能把屁股露出来吗？所以这病就难到了宫里不少御医，看病的御医只敢给慈禧开一些很普通的清热去火的汤药，这当然不管事。慈禧一怒之下，杀了好几个御医，也就更没人敢给她看病了。
这天，有人给大太监李莲英推荐了已是声名远扬的赛华佗，李莲英立马派人把他请到了京城。赛华佗拿出一个软垫，请慈禧坐在上面，伸出手去诊了诊脉。然后，便让人把她搀回去了。慈禧走后，赛华佗拿起她刚刚坐过的软垫，只见上面湿了一块。赛华佗便心知肚明判断出了疖子的具体位置。
第二天，赛华佗又拿了个软垫对李莲英说：“你把这个拿给太后，这垫子里有药，太后的病让里面的药一熏就会好。”李莲英赶紧给慈禧送了过去。慈禧闻言，想都没想就坐了上去。屁股刚一挨到软垫，立马感到一阵剧痛攻心。“嗷”的一声惨叫，人就蹦了起来。回头一看，垫子上居然露出一把刀尖。慈禧大怒，再一细看，那刀设计得挺巧妙，刚好割开了她屁股上的疖子，却并未伤及骨肉。慈禧顿时心里明白了，原来赛华佗是软垫里藏刀给她割疖呀！不由转怒为喜，说：“传我的懿旨：把这位赛华佗留在宫里。”
就这样，赛华佗成为了御医。
一年以后，郡医石金星由于没有真本事，遇到疑难杂症，束手无策。再加上丢失了琉璃珠，去不了“琉璃宫”，也就治不了那些疑难杂症。接着，又把一个官家老爷的小儿子治瘫了，被主家打断了腿，赔偿了全部家产。不久，被郡府解聘了。回家以后，得了一场怪病，死了。
御医赛华佗由于慈禧的喜怒无常，因一点小事，被打入死牢。处斩的头一天晚上，赛华佗从身上摸出那颗琉璃珠，看了半晌，终于大彻大悟，叹道：“愿我来世，得菩提时，身如琉璃，内外明澈，净无瑕秽。”
最后，自吞琉璃而死。
