忽必烈奠定了元朝这个前所未有的多民族王朝的制度框架，但也为后代遗留下了诸多问题。
例如汗位的继承问题，多民族和谐相处的统治问题，货币制度与税收制度的完善等等。而在忽必烈以后，从成宗到顺帝继位这三十九年里，汗位的转移往往伴随着阴谋、弑夺，甚至发展为大规模的内战。元朝政局动荡，帝位更迭九次，在位最长者十一年，最短不过五十三天，使得元朝中后期，缺乏一位真正的守成之君来解决忽必烈遗留的众多问题，将元朝引入长治久安的道路。
忽必烈逝后的三十九年里，蒙古的制度与中原儒学思想不断发生冲突。蒙古人将天下视为成吉思汗子孙的共同财产，新帝即位常常都要花费巨额的钱财赏赐宗亲贵族，造成了元朝财政的重大负担。武宗海山即位后，就因大肆赏赐宗亲贵族，出现了赏赐“未及一半”而两都（大都与上都）府库尽空的局面。这就出现了政府大量印钞，弥补亏空的事情。乱发纸币的结果，又导致了财政系统紊乱，成为元朝后期农民起义的一个原因。在这种情况下，伯颜加深了民族分化政策的力度，更使得蒙古、色目人与汉族人民之间始终存在的巨大的鸿沟愈加明显。元朝的最高统治阶层，与他们所依赖的统治基础经常发生冲突。在中原地区，占优势的儒家思想与回族以及游牧文化间的冲突，形成了贯穿元末始终的矛盾。
顺帝十三岁即位，在二十岁前，他受权臣的控制，不能亲政。二十多岁时，顺帝在脱脱的帮助下铲除了权臣伯颜。掌握朝政的最初九年，他励精图治，应该还算是一个不错的君主。而后期，顺帝却生活腐化堕落，在天灾人祸不断、九州大乱的情况下他不理朝政，只知淫乐，最终加速了元朝的灭亡，成为了一个不折不扣的昏君。元朝宫廷也终于没能摆脱忽必烈以后内乱不断的局面。
