就这样，因为一番话，48岁的司马迁就被关到了监狱里。在狱里，那些负责审理案件的官员揣测武帝的用心，不断严加审问，把司马迁折磨得喘不过气来。
过了一段时间，判决没有下来。司马迁在狱中听说，武帝派了人去安抚李陵的旧部，他的心里萌生了一丝希望。
原来，武帝经过一番考虑，觉得李陵事件确实处理得过于草率。他想到自己在李陵要求派兵的时候，昧着良心说无兵可派，这也是李陵失败的原因，如果自己当初多派些骑兵给李陵，他也不至于败得这么惨。而且想到当初自己说这些话的时候，旁边是有很多大臣的，他们心中都明白“无兵可派”是假，不想派兵是真，虽然当面不敢说什么，但背后他们会不会说自己坏话呢？于是武帝派一些使者，去安慰那些侥幸从匈奴包围中逃脱出来的李陵的部下。
可武帝对司马迁的态度却是另一回事了。他早就看司马迁不顺眼，想起读到他写的几篇记载本朝历史的文章，心中就生气。比如《景帝本纪》那篇，开头就是“孝景皇帝者，孝文之中子也。母窭太后。孝文在位时，前后有三男，及窦太后得幸，前后死，及三子更死，故孝景得立”。这段话，尽管你说得没错，可事是死的，人是活的，这段家史你就是不改也完全可以略而隐之嘛！照你这个说法，要是窦太后不得宠，三个异母兄弟不死去，孝景就当不了皇太子吗？
听密探汇报，司马迁还把武帝自己问仙求神的事都做了记录，要写进史书，这真让他如芒刺在背。只是，司马迁并不知道，这次被送入狱中，自己呕心沥血写的文章是一个重要原因，他旱已经得罪武帝了。武帝觉得他不自量力，不但在文章里乱写，还在朝堂上乱说，得让他尝尝乱写乱说的滋味！武帝根本不想把司马迁放出来。
过了几个月，武帝想派人救李陵回来，以弥补自己对李陵的愧疚。这样一来，天下人也会认定自己是爱惜李陵的，也不会说他故意不派兵了。武帝思考了一番，下令由公孙敖带领一支人马，出发前往北方边境，想办法救李陵回来。
公孙敖在匈奴那个地方转了几个月，始终没有得到李陵的准确消息。后来听信一个传言，说李陵正在某处帮助匈奴训练军队，于是，就回来把这个消息告诉了武帝。
武帝听完报告，勃然大怒，骂道：“叛徒，你被俘虏，丢尽大汉的脸不说，你现在帮助匈奴训练军队打我们！来人啊，马上把李陵的家给我抄了！把李陵给我诛灭九族！”
就这样，李陵父族、母族、妻族全部的亲戚都被抓了起来。武帝命人先在他们脸上刺字，割掉他们的鼻子，再切掉两脚的趾头。在一片呼天抢地的惨叫声中，李陵的亲人被执刑的人用棍子活活打死。这还不够，又把他们的头一个个砍下来，挂在旗杆上，把尸体剁成肉酱丢到集市。这一连串的举措，实在太残酷了。
武帝杀了李陵全家后，又想到司马迁还在牢里，马上把法官找来，命令法官立刻判司马迁死刑。皇帝说的话，法官当然照办。消息很快就传到塞外。
这时，由于单于很欣赏李陵的勇猛，所以给了李陵到处走动的自由，没有把他关起来，只派人监视他。李陵听说全家惨死，司马迁又因他受牵连，就找到汉朝派到匈奴的使节，问明原因。才知道是匈奴里一个叫李绪的小兵给捏造的不可饶恕的误会！
李陵一气之下就把李绪杀死了。杀死李绪以后，他心中熊熊的怒火还是无法平息。他下决心说：“哼！刘彻，我苦苦等待机会想再为你立功，没想到你杀了我全家。杀便杀，还用那种惨无人道的方法来折磨他们，我做鬼也不会放过你。”从此，李陵就换上匈奴的衣服，说匈奴的语言，并且娶了单于的女儿为妻，永远不再承认自己是汉人。
汉朝的使者得知李陵被误会的真相后，把这个消息送回了朝廷。武帝知道自己错了，心里十分后悔，却没表示什么。
48岁的司马迁被关进监狱，案子落到了当时名声很臭的酷吏杜周手中，司马迁忍受了各种肉体和精神上的残酷折磨。面对酷吏，他始终不屈服，也不认罪。他意识到自己为说几句公道话，付出了巨大的代价，已经置身于一个前途未卜的境况里。他对自己为李陵说话，或许将激怒武帝，确实是有心理准备的，但武帝对自己的处罚如此严酷，却没料到。监狱里四壁萧萧，饮食糟糕，司马迁不仅饱尝精神上的压力和痛苦，还经受着饥饿的折磨。
但他时刻告诉自己，他一定要坚持下来，完成父亲的遗愿，把《史记》写完。
司马迁琢磨武帝的喜怒无常，理不出一个清晰的头绪来。面对着黑暗的前途和寂寞的环境，他的心思牵挂着正在写作中的《太史公书》。
这部书才写了不到一半，就遭到这样的厄运，哪一天才能走出牢狱，重新接着写下去呢？要是这部书就这样半途而废，自己真是对不起父亲，也没有尽到自己的职责。
想到还没写完的《太史公书》，司马迁觉得：自己要做的事没完成，无论在什么样的处境里，都不应该把这件头等大事搁下。他在脑子里回忆自己整理过的历史资料，构思成为一篇篇作品，甚至尝试在脑子里“写”出一篇篇作品来，默记在心中。
历代的各色人物，各种历史事件，浮现在脑海之中，司马迁不再感到在狱中度日如年了，觉得充实起来。他想到周文王曾被殷纣王囚禁在羑里，而写出《周易》；孔子周游列国，在路上受到陈蔡两个国君的围困，差点饿死，后来却写就《春秋》；屈原遭受到放逐的厄运，创作《离骚》以明心志；左丘明一生坎坷，留下了历史著作《国语》；孙膑遭受了剜去膝盖的酷刑，完成了《孙膑兵法》；吕不韦担任过秦国宰相，后来被放逐到四川，他和门客写了《吕氏春秋》一书；写过《说难》、《孤愤》的韩非子，也曾经历过很不得意的时候；《诗经》中的三百篇作品，大都是些失意之人的发愤之作。想到历史上那些杰出的人物，他们在艰难的处境里不放弃自己的追求，司马迁受到很大的启发和鼓舞。他希望自己学习前人先贤的发愤精神，来完成自己的事业。
咀嚼历史，构思文章，司马迁的精神好起来，思维开阔起来。尽管狱卒不时前来骚扰，耀武扬威，但司马迁的精神世界是他们所不能侵扰的。他没命地挥刀，拼命地刻写，手上磨了泡，流了血，结了茧……简册也变得血迹斑斑。
司马迁相信历史是公正的，是无私的。想象秦始皇当年是何等威风，却被江湖侠客荆轲设计接近，“图穷而匕首见”，追杀在朝堂之上。尽管荆轲的刺杀行动最后没有成功，但在追杀过程中，刺客荆轲是何等英勇，秦始皇是何等狼狈。司马迁决定写一篇《刺客列传》，把荆轲这类普通的下层人写进历史。当然也要把郭解写进去，那位其貌不扬却很有号召力的侠客的最后下场，标志着侠客时代已经一去不返。
让侠客这样的下层人物进入堂堂的历史书。前人可是没有先例的。司马迁悟出了写作文章的一个真谛：那些感动过自己的人和事，不正是写作的好素材吗？何况，这些人也是历史的一个重要组成部分，以往的历史只写帝王将相，那些作者的视野太局限、太狭窄。司马迁觉得自己作的这部书在形式上属自创体例，在内容上也应该开阔视野，写进新的人物和内容。他为自己新的感悟和构想激动起来。
狱中的司马迁面壁而坐，有时半天一动也不动，狱卒以为他被关傻了，成木头人了。他们受上级的指使，还是不断地提审司马迁，让他写认罪书。司马迁不按他们的要求写，他们就拳打脚踢，施以酷刑。
司马迁经受种种折磨，心中却冒出了一个新的题材，他也要为历史上的酷吏写上一笔，就叫《酷吏列传》吧。正是这些酷吏，上下其手，狼狈为奸，辱没功臣，陷害忠良，制造了多少骇人听闻的冤狱！历史的视线也应该投到这黑暗的监牢之中，这里也是一个见证历史发展的重要场所。
