莫高窟北魏洞窟壁画内容丰富，故事画是主体，在故事画中，尤以本生故事和因缘故事最为突出。北魏洞窟中第254窟和第257窟的壁画比较丰富。其中第254窟的《尸毗王本生故事图》、《萨埵那太子本生故事图》和第257窟的《鹿王本生故事图》是有名的北魏代表作。
《萨埵那太子本生故事图》讲述的是一个劝人舍己救人的故事。说是古代一个国王有3个太子到山林中游猎，看见母虎生了7只小虎，才7天，饥饿不堪。最小的太子萨埵那是佛的前身，他大发慈悲的心肠，劝走了两个哥哥以后，就脱了衣服跳下山去，打算牺牲自己救助饥饿的老虎。但饿虎已经没有力气去接近他，于是他又攀上山头，用干竹刺自己脖颈出血，再跳下去，饿虎舐了血，然后食其肉。
萨埵那的两个哥哥回来看见了，悲痛地收拾了他的骸骨，并将这件事告诉了国王，于是国王为萨埵那修了一座塔。这幅画是把主要情节连续地布置在一幅构图之中，另外在色彩运用上，以深棕为主调，错综着青、绿、灰、黑、白等冷色，表现出一种阴暗凄厉的气氛。
《九色鹿经图》绘于敦煌第257号洞窟的西壁中部。是根据佛家“鹿王本生”这个故事而绘的。鹿王本生这个故事是这样的：古印度恒河边，有一只美丽的鹿，它身上的毛色由9种不同的颜色组成，名叫九色鹿，非常美丽。
一天，九色鹿在恒河里奋力救起一个失足溺水者，当溺水者要报答它时，九色鹿只是要求他不要把今天自己救他的事说出去。溺水者满口答应，谢恩而去。
在豪华的宫殿里，王后梦见美丽的九色鹿，她一心想用多彩的鹿皮做褥子，用鹿角做佛柄。在王后一再的恳求下，国王爱妻心切，最终答应了她昭告天下寻找九色鹿。
重金悬赏之下，那个溺水者禁不住向国王透露了秘密，并给国王和他的军队带路去猎杀九色鹿。九色鹿虽有好友乌鸦的报信，终还是没有来得及避开。当它见到那个溺水者时，悲愤的眼泪流下了眼角。
九色鹿用人语向国王说明一切，被感动的国王从此下令不许任何人伤害、捕捉九色鹿。而那个溺水者因为自食其言，顿时浑身长疮，满口腥臭，得到了惩罚。
《九色鹿经图》描绘了故事的8个情节部分：救人、溺水者行礼、国王与王后、溺水者告密、捕鹿途中、休息的九色鹿、溺水者指鹿、九色鹿的陈述。这样的情节处理，摒弃了传统的依序式安排，而是将故事的高潮，即“九色鹿的陈述”放在画面的中心位置，画作的左面自左而右是救人、溺水者行礼、休息的九色鹿3个情节，右面则是国王与王后、溺水者告密、捕鹿途中和溺水者指鹿，画面被处理得极富感染力。
九色鹿虽为9种颜色，画家却用白色作为鹿的主色，再用石绿、赭石在鹿身上点彩示其9色，所以整体上，鹿的白与国王的黑马形成强烈的对比，而国王与马表现出的姿态多样和富有动态，又与九色鹿的纯净安详相衬托，使画面张力十足。
因缘故事主要有《须摩提女因缘图》、《难陀出家因缘图》等。
《须摩提女因缘图》讲的是须摩提女笃信佛教，她的夫家却信外道。她的公公满财听说佛祖神通广大，让须摩提女请佛到家里“赴宴”。
佛得知其中的意念，带弟子“赴宴”。佛弟子各显自己的神通，坐着各自变化的动物来到满财家，释迦牟尼和许多侍者最后到达。满财一家看到佛及弟子的种种神通，惊叹不已，最后都皈依了佛教。
第257窟北壁和西壁的“须摩提女因缘”以连环画和组画相结合的方式，描绘了17个场面，特别是对腾空飞来的乘骑的刻画，别具匠心，意趣各不相同。图中以“五”代表“五百”之数，众弟子结跏趺坐于所现化身之上。浩浩荡荡地赴会的形象，虽然出于想象，但在各种不同动物性格特点的描写上颇得其神。
《难陀出家因缘图》说的是释迦牟尼的弟弟难陀，出家后仍迷恋世俗生活，常偷偷回家与妻子相会。释迦为让他割断尘世中的一切因缘，先带他到天堂，使他看到了美好幸福。后带他到地狱，等待难陀煎煮，使他看到无数苦难，最后使难陀去掉了一切杂念，专心绝世进行苦修。
《难陀出家因缘图》画面为释迦坐于草庵之中讲说戒法，草庵两侧为镇禅力士和执剃刀的剃发戒师，两侧中层绘有修禅僧众和听法菩萨，上层绘有飞天，下层绘难陀与妻子难分难离的缠绵情景。
整幅壁画虽只用两个小小的角落来绘制难陀与妻子恋恋不舍的情景，却画得十分传神，表现出了人物内心的矛盾。
北魏时代洞窟中表现这些本生故事和因缘的壁画一般是比较简单的，除了在内容上曲折地反映了深受痛苦的人民生活以外，便是一些传统绘画的形象。一些新创造的人物在动作体态上具有生活的真实感，而在构图上，充分展开情节的能力不高，但形象之间已经具有了一定内容上的联系，而不是单纯的排列。
此外，这一时期开始出现大量的场面宏大说法图，而且其位置显著。第251窟、第206窟、第263窟等窟的壁画布局，都是南北壁中间或偏东画佛说法图，左右上三面画千佛。
这些千佛虽然千篇一律，但它们四五个一组，以红、绿、蓝等色有规律地交错配置，组合成霞光万道的效果，使窟内的宗教气氛异常浓烈。
到了北周，石窟中的壁画得到了全面发展，故事画种类多样，情节丰富，形式完美，较之以前，都有了较大的发展。
第290窟的佛传图是一幅长达25米的连环画，北周之前的佛传图均为断面画，而这一窟的佛传图从乘象入胎，直到出家、成道和说法一共画了80个左右佛传中的主要场面，在东披和西披共分6列，每披上下共分3段，全图互相衔接紧密地连成一气，内容丰富完整。
第290窟的佛传图在风格上也进一步民族化，图中人物的衣冠多为汉晋遗制，而且，在内容表现上不再直接，而采用了一些含蓄的手法，如路遇死人，并不直接摆出死人，而只是画出殡丧车来。
在题材上，北周时期也出现了符合中原伦理的宣传忠孝、慈爱的故事画。如第296窟的《善事太子入海求珠》描绘的就是善事太子为了救济国内的穷人，率领500勇士到大海中寻找如意宝珠的故事。
这个故事画以二段横卷式画面，由右至左的顺序表现，共描绘了42个情节。整个故事在善与恶两个象征性的对立人物矛盾中发展。
第299窟的《睒子本生》也是宣扬儒家忠孝思想的故事画。画在窟的顶部北侧，沿藻井边缘的一条长画卷形式的壁面上，故事由两头向中间叙述，左侧由左至右，右侧则由右至左，分别描绘连贯的故事情节。故事的结尾放在画面的中央，突出了睒子的形象。整幅画充满着儒家“忠孝”思想，宣传的目的鲜明昭然。
这一时期，除了这些丰富的故事外，开始出现了经变画，如第296窟的《福田经变》。这幅画描写了一些独立的生活片段，生活气息浓郁，而宗教气氛明显淡薄。
北周时期的壁画在画面结构上也有了新的面貌，有的故事画多达80多幅画面，也有的呈现“凹”字形、波浪形、“之”字形等。
这一时期的壁画出现了相对较多的世俗化内容，这无疑为壁画增添了人间生活气息。另外，北周后期再绘画技法上，已经逐渐将外来的晕染法同本土的线描法等结合起来，为此后隋朝的进一步融合奠定了基础。
北周时期莫高窟洞窟的艺术风格，已经开始了外来与本土相结合的道路。在造型上，中原式“秀骨清像”与外来的丰圆脸形互相结合而造就了新形象。在晕染技法上，中原式与外来式互相结合而产生了既染色也体现明暗的新晕染法。在人物造像上，淳朴庄静与潇洒飘逸相结合产生了温婉娴雅，富于内在生命力的新现象，从而更加使人感受到浓厚的生活气息。
