1904年9月，鲁迅进入仙台医学专门学校学习。他立志学医，是希望用新的医学，来“促进国人对于维新的信仰”。
留日时期的鲁迅无论学什么，都认为可以用它来重塑国民性，即所谓“立人”，学医也是如此。不仅如此，鲁迅还希望现实生活中也能遇见具有令他满意的人性与观念的人。
仙台是东京北边的一个小城市，工商业不发达，偏僻而幽静，城内绿树成荫，景色秀丽。
鲁迅的这一选择成了仙台市的新闻，当地的地方报纸称他是“可自由使用日语，为一异常活泼之人物”，还说他“正在寻找经营中国饭菜的饭店”。有几个教职员也为他的食宿而操心。
在仙台，鲁迅开始学习解剖学、组织学、生理学和物理学等课程。这里的老师都很严格。鲁迅听几个留级的“原班生”说，他们之所以留级，是因为有两门课过不了关，其中一门是解剖学。
这些老师中，最先走入鲁迅心灵世界的则是衣着随便、教课认真的教师藤野严九郎。他是讲骨学的先生，黑黑瘦瘦的，留着八字胡，戴着眼镜。
当藤野先生得知鲁迅是从中国来的留学生时，他感到非常惊喜。他告诉鲁迅，他年少时曾经学过汉语，他尊敬中国，也就对中国人格外高看。
刚上了一个星期的课时，藤野先生让助手把鲁迅叫来，并问他：“我的讲义，你能记录下来吗？”
“可以记一点。”鲁迅回答说。
“拿给我看看。”
鲁迅交出用日文记录的讲义，过了两三天藤野先生便把它还给了鲁迅。鲁迅打开一看，讲义从头到尾，都用红笔给添改过了。这样的添改一直坚持到功课的结束，这使得鲁迅非常的感激。藤野先生改过的讲义，鲁迅将其装订并收藏起来。
正是藤野先生使得鲁迅在仙台刻苦求学的同时，原本孤独的内心还可以有一种让其留恋、让其温暖的人情交往。鲁迅学习勤奋，受到了藤野先生的热切关怀和帮助。
一天，藤野先生又把鲁迅叫到了他的研究室里，他翻出鲁迅所记录的讲义上的一个图来，手指着那图，和蔼地说：“你看，你把这条血管移了点位。当然，这样一移比较好看，但是解剖图不是美术，实际是怎样就怎样，我们不能改换它。我已经替你改好了，以后可要全照着黑板上那样画。”
期末考试成绩发表了，鲁迅在同年级142名学生中，名次排在68位，鲁迅对自己这个位居中游的成绩并不满意。
这时解剖实习开始了，一个星期后，藤野先生很高兴地对鲁迅说：“我听说中国人很信鬼，所以很怕你不肯解剖尸体，现在总算放心了，没有这回事。”
那时，出乎意料的流言出现了。学生会干事借故来检查鲁迅的讲义，接着又有人寄给鲁迅一封匿名信，开头便是气势汹汹的一句话：“你改悔吧！”信中污蔑鲁迅在上学期的解剖学考试之前，事先得到藤野先生泄露的考题，所以才能取得好成绩。
鲁迅在愤怒中体会到弱国国民的悲哀：中国是弱国，在别人眼中中国人只能是低能儿，如果考得好成绩，便不可能是自己的能力了，所以才被人猜疑。尽管这流言不攻自破，但是这件事情却深深地刺痛了鲁迅。
接着，鲁迅想通过医学启发中国人的觉悟的这种梦想并没有维持多久，就被严酷的现实粉碎了。不久之后的一件事情，让他发现正是自己的同胞，已经丧失了民族的尊严感。
有一次，在有关日俄战争的幻灯片上，鲁迅看见一个替俄国军队当侦探的中国人，被日本军队抓住杀头，而围观的中国人竟无动于衷。
课堂上的日本学生得意扬扬地欢呼：“万岁！”这叫声让鲁迅听起来显得那么的刺耳，更何况耳中又飘来一句窃窃私语：“只要看看中国人的样子，就可以断定中国必亡。”
鲁迅看到银幕上无论是被枪毙的中国人，还是作看客的中国人，体格都很强壮，但是他们的精神却是那样的麻木。这使鲁迅痛切地感到：医学并非紧要，如果思想不觉悟，即使体格健壮，也无济于事。
当时鲁迅认为头等重要的还是改变人的精神，而善于改变精神的是文艺。于是，鲁迅决定弃医从文。
鲁迅在日本留学期间，最尊重的老师就是藤野先生。藤野生活朴素，当时的教授上课，来回都坐人力车，而藤野则是步行。藤野住在空堀町，离仙台医专有步行三五分钟的距离。
鲁迅离开仙台前曾到他家去过，他送给鲁迅一张照片，背面写上：“惜别藤野谨呈周君。”
鲁迅为了安慰藤野，曾故意说：“我想去学生物学，先生教给我的学问，也还是有用的。”
1906年3月，鲁迅办理了退学手续，那时这一学年还没结束。他离开仙台，到东京开始了新的人生旅程。
