1899年2月，鲁迅改入南京江南陆师学堂附设的矿务铁路学堂。这个学堂是仿照德制建立的，外文教的是德语，课程以开矿为主，铁路为辅。
鲁迅进矿路学堂的时候，戊戌政变已遭到失败，但学校读新书的风气日益浓厚。那时来了一个新派人物俞明震当总办，他坐在马车上的时候，大都看着《时务报》。
考汉文时，俞明震自己出题目，与教员出得很不同。有一次，俞明震出的是《华盛顿论》，汉文教员反而迷惑地来问学生道：“华盛顿是什么东西呀？”对于这位新总办，鲁迅始终怀有好感，后来一直尊称他为“俞师”。
矿路学堂还设有阅报处，看《时务报》、《译文汇编》，这些期刊中带着感情的文字、慷慨的言辞，在鲁迅的心中引起了深深的共鸣。鲁迅觉得这里比水师学堂有意思多了。
因矿路学堂是新办的，不仅免费，学生津贴也多一些，这样鲁迅就可以多买一些书籍和文化用品了。鲁迅酷爱读书，当时正是西方文化引入时期，几乎每一月都有优秀的西方著作出版。为了买到这些书籍，鲁迅省吃俭用，节衣缩食，饿肚子现象时有发生。寒冷的冬季，他还穿着单薄的夹衣。
鲁迅是班里年龄最小的，但却是成绩最好的一个，他有着极强的理解能力和记忆能力，平时学习又刻苦，所以几乎回回考试得第一。
矿路学堂有着一套完善的奖惩制度，每次小考成绩优异的，都发给一个三等奖章；若干个三等奖章，可以兑换一个二等奖章；积够若干个二等奖章，就发给一个头等奖章。头等奖章是金质的，很值钱。
鲁迅是班里唯一一个荣获过金质奖章的人，他把奖章变卖了，换回许多优秀的图书。有些同学觉得不可理解，金质奖章在同学中可是无限的荣耀呀！在鲁迅看来，图书比奖章更有用，他不需要任何满足虚荣的物品。
在求学期间，鲁迅经常读《译学汇编》，还读了一些西欧的近代科学、社会学和文学的译著。其中，对鲁迅影响最大的是严复译述的英国赫胥黎的《天演论》。
《天演论》是鲁迅用500文钱，从城南的一家书铺里买回来的。鲁迅翻开一看，在他眼前立即展现出一个闻所未闻的新鲜的思想境界。他一口气读下去，“物竞”出来了，“天择”也出来了。
鲁迅如饥似渴地读着，明白了强者才能生存，是大自然的规律。因此，自己要努力学习一些先进的、新鲜的事物，这样才有可能找到振兴中华之路。
这还使鲁迅认识到现实世界并不是和谐完美的。一个人，一个民族，要想生存，要想发展，就要有自立、自主、自强的精神。不能甘受命运的摆布，不能任凭强者的欺凌。
于是鲁迅的热情被激发起来，他自称“戎马书生”，喜欢练习骑马。他从马上摔下来，弄得头破血流，但还是继续上鞍。他常常说：“落马一次，即增一次进步。”他的骑马技术还不错，敢于和精骑善射的旗人子弟竞赛。
然而鲁迅的叔祖周椒生逐渐感觉到自己招引来的这个本家孩子有被变法的潮流卷去的危险，他便郑重地开导鲁迅：“康有为是想篡位，所以他的名字叫有为，有者，富有天下，贵为天子也。难道这不是图谋不轨吗？”
鲁迅听后觉得非常可笑，叔祖竟然连康有为是什么人也全然不知，还把他设想成篡夺帝位的造反者。所以他对此并没有作任何的理会。
后来，他又对鲁迅说：“你这孩子有点不对了，拿这篇文章去看看。”随手递过来一张报纸。
鲁迅拿过来一看，原来上面登载的是顽固派许应骙弹劾康有为的文章。
那时鲁迅没觉得自己有什么不对，把叔祖的话全当成了耳边风。他一有空就一边吃辣椒，一边看《天演论》。以致《天演论》里的有些章节，他熟到能背诵如流的程度。
鲁迅后来幽默地说：“我不记得可曾抄了没有？现在是一句也记不得了。”
直至晚年，鲁迅还对许广平说起这件事，问她：“许应骙是你家什么人？”
当他知道是许广平族中的叔祖时，便半开玩笑地说：“我从小就吃过你们许家的亏。”
在以后相当长的一段时间里，鲁迅以进化论作为观察社会现象，进行反封建斗争的主要思想工具和武器。
鲁迅在南京矿路学堂期间成绩优异，使他在毕业后获得了官费留学的机会。
在南京的4年间，中国经历了触目惊心的剧变，戊戌变法失败，义和团运动遭到镇压，八国联军蹂躏国土，这促使鲁迅更加急迫地寻找新鲜的知识和救国的真理。
