虽然陇南市灾后重建工作总体进展比较顺利，但还存在许多困难和问题，有的问题是由当地经济社会发展水平所决定的，有的则是政策问题，有的是时间问题。解决这些问题和困难，必须坚持规划在先、统筹兼顾、资金保证、重点突出、政策扶持和生态环保的原则，努力建设长效发展机制，提高自我抵御自然灾害的能力。
（一）规划落实问题
1.总体规划和专项规划确定的部分项目于实际需求不符。一是项目存在批准项目规模小，但实际建设需要资金量大；二是规划下达项目存在缺项、漏项问题。如农村集中重建点配套基础设施没有安排项目和资金。三是规划下达后，由于多次强余震造成的新的灾损，未再安排项目和资金。
2.规划调整没有落实。根据突出重点、轻重缓急的原则，根据实际情况，陇南市政府在规划范围内对项目进行了调整，增加了急需实施的新建项目，对已安排的项目资金缺口进行了增加，调出了暂缓实施的项目。已上报省重建办审批，建议能够迅速批准。
3.规划落实很难到位。例如在徽县，个别重建户没有及时入住。有的县未入住的重建户主要集中在重建点上。基础设施配套量大面宽，存在的共性困难多，加之群众期望值过高，本来通过自身努力就能解决的问题，自己不积极努力和克服，等政府、靠干部的等、靠、要等现象比较突出，影响了及时入住。
4.宕昌县的困难和问题。宕昌县是地震之后陇南市唯一没有被列入重建重点县的县，困难更大。主要表现在：一是由于该县没有被列入国家灾后重建重点县，国家也没有确定对口援建城市，导致县上灾后恢复重建资金总量少，集中安置点基础设施配套建设资金缺口大，灾民后续生产生活安排的任务十分艰巨。二是教育、卫生、交通、水利等基础设施建设资金缺口大，特别是城镇基础设施建设没有安排重建项目，致使重建工作面临很大困难。三是全县受灾面大，且大多数群众居住的房屋是土坯房，抗震能力极差，需要重建的群众多，但重建指标不能满足农村灾民的重建需要。四是重建户与廉租住房配套建设上级没有明确的政策规定。五是城镇居民重建户贷款没有优惠政策，贷款难的问题突出。六是项目建设进展不平衡，建设进度仍然偏慢，尤其是教育、卫生重建项目要全面完成建设任务，压力较大。七是各类工程专业技术人员缺乏，专业技术力量十分薄弱，省发改委选调的挂职专业技术人员目前还没到位。
（二）项目建设问题
1.灾后重建项目地方配套难。一是征地配套落实难。一些投资项目仅安排了基建投资，一些县（区）由于无法解决征地款，致使项目迟迟不能开工建设。二是前期费用落实难。一些项目由于无力筹措资金开展前期工作，导致项目迟迟得不到实施。三是资金配套难。相当一部分灾后重建项目要求市、县（区）财政配套资金，市、县（区）财政基本处于保吃饭、保运转的状态，难以完成地方配套任务。
2.有些项目没有在国家总体规划中体现出来。例如两当县在5·12汶川大地震后，在充分调查论证的基础上，编制了《两当县地震灾后恢复重建总体规划》，规划项目794项，总投资33.75亿元，目前，仅落实项目488项，中央重建基金80866.14万元，还有234项没有挤入国家规划，在国家专项规划中没有体现出来，造成一定的项目缺口。
3.行业部门、直管部门与发改部门衔接不上。有些项目是行业部门或直管部门立项的，给发改部门反馈太慢，造成项目统计上有出入。有的配套的保障政策不够完善。比如项目建成后的使用管理及后续发展等，没有引起足够的重视。
（三）资金保证问题
1.资金缺口大。根据国家批准的灾后重建规划，陇南市灾后重建投资总需求约为660亿元，但目前落实的财政性资金仅有236.6亿元（中央重建基金185.8亿元，特殊党费9.3亿元，深圳援建24.2亿元，世行贷款13.6亿元，红十字会和慈善总会3.7亿元），银行贷款约171亿元（其中农村居民住房贷款41亿元）、企业、群众自筹68.4亿元。综合考虑其他因素估算，全市灾后重建资金缺口达169亿元，主要集中在农村基础设施、城镇功能恢复等方面。其中：城镇建设资金缺口23亿元，农村建设资金缺口81.7亿元，公共服务资金缺口46.7亿元，生产力布局及产业调整资金缺口2.8亿元，生态修复资金缺口3.8亿元，市场服务体系资金缺口7.9亿元，地震、气象监测预警系统、市县灾害救援救助设施、综合减灾设施资金缺口3.9亿元。
2.部分县区资金缺口非常大。例如成县，目前重建就面临很大的资金缺口。一是在农村居民建房方面，由于多次强余震影响，导致新增重建户296户，资金缺口515.2万元。按照下达的农村居民住房重建维修计划，需中央、省上补助资金47879.1万元，目前已到位47025.5万元，其中：中央重建基金23037万元（不含农村住房重建贷款贴息405万元），省级财政7472万元，援建7110万元，特殊党费7482万元，红十字会援助资金1924.5万元（视为到位）。资金缺口为853.6万元。以上两项农村居民建房资金缺口为1368.5万元。二是在城镇居民住房重建方面，市上下达该县城镇居民住房重建400户，维修1737户，下达重建维修资金1958万元。经县上核查，城镇居民住房重建为786户，维修2705户。按照国家补助标准，资金缺口为2086.35万元。三是在农村集中重建点基础设施建设方面，仅农村供水、挡土墙护坡、道路硬化修复等建设，资金缺口为2903.65万元。综上所述，该县灾后重建项目资金总缺口为6358.8万元。
3.资金使用结构不合理。重建资金的估算没有充分考虑市场供求关系的变化，致使资金缺口越来越大。比如，在资金使用上对非公经济项目资金的使用等方面没有具体的政策规定，非公有制经济恢复和发展基本游离于重建之外。某县在灾后重建列入国家规划资金15.05亿元，而该县中央灾后重建包干基金仅5.79亿元，加上省行业部门的达8个多亿。缺口资金达5个多亿；加之原材料涨价因素造成的资金缺口更大。
4.上级拨付重建补助资金速度比较慢，影响了重建工作进度。例如在礼县，目前，全县已开工重建26190户，原址重建户已将原有房屋全部拆除，大多数往年外出务工的农民等在家里准备建房，但市上尚有13789万元未拨付到礼县，致使县乡无法兑现“按工程进度拨款”的承诺，造成个别群众频繁上访，请求省市帮助协调落实礼县农村居民住房重建补助资金。
（四）基础设施问题
1.公共基础设施项目重建资金缺口较大。例如在武都区，全区公共基础设施项目规划总投资47.45亿元，而中央重建基金只落实了8.89亿元，加上深圳援建、特殊党费、社会援助等资金目前落实资金来源渠道的只有18.73亿元，仅占39%，特别是教育、公路等恢复重建资金缺口较大。加上建材价格的上涨，更加剧了资金缺口的问题。全区规划学校213所，规划投资13.31亿元，而目前落实重建资金的学校只有109所，落实筹资计划6.75亿元，占50.7%；公路项目规划投资16.07亿元，而中央基金省交通厅切块后，给武都区三年只下达了2.07亿元，占12.8%。
2.整村重建村基础设施未完善。据调查全市551个整村重建村（其中：就地重建村308个、异地重建村243个）基础设施配套资金需求为11.36亿元。虽然在国家、省上的大力支持下，通过各方面努力已解决了4.05亿元，但仍有7.31亿元的资金缺口无法落实。一些整村重建村道路、排水、垃圾处理等设施未能配套建设，已成为影响重建户入住新居、恢复到灾前正常生活水平的一大难题。
3.城镇居民住房重建进展慢。城镇住房存在产权关系复杂，重建对象核定难度大，拆迁任务重、住户意见难统一、各种利益矛盾突出等问题，加之规划、鉴定费用落实难、重建技术力量短缺、异地重建用地难落实、社会筹资和市场融资渠道狭窄等诸多实际困难，重建工作启动较迟，进展缓慢。截至目前，全市重建户开工数、竣工数分别占规划重建户数的26.1%和11.9%。
4.征地和拆迁安置难度大。陇南山大沟深，可利用的土地面积有限，由于建设用地十分紧张，征地难度大，影响了一些项目的建设进度。灾后重建项目，只安排了项目建设资金，没有考虑征地费用。同时，部分项目因征地拆迁补偿费偏低，特别是油路工程、供水工程等项目，由于补助标准低，按计划完成困难较大。拆迁户不接受，难以达成协议等原因，工程建设受到阻挠，施工进展较慢。据调查，全市目前未开展前期工作的灾后重建项目多数是因为征地或拆迁安置难以解决导致的。
5.集中重建点基础配套设施建设资金缺口较大。例如在徽县，全县31个集中重建点的水、电、路、河堤、护坡、电话及有线电视等配套基础设施共需投资2277.73万元，实际到位资金1666.21万元，资金缺口611.52万元。特别是全县11个非省市列集中重建点配套基础设施建设由于缺少上级补助资金和帮扶支持，建设进度比较缓慢。
6.暴洪灾害对恢复重建造成了新的困难。例如，2009年7月17日，武都区发生特大暴洪灾害，造成直接经济损失1.16亿元，不仅给该区造成了重大经济损失，而且对部分乡镇特别是洛塘片的道路交通、堤防工程和供水供电设施造成了严重破坏，致使恢复重建工作进度严重受阻。
（五）易地搬迁问题
1.易地搬迁、生态移民、灾后易地重建涉及内容多，是一项复杂的工程，通过搬迁切实能够改善群众生产生活，但也存在着一些困难和矛盾。例如在两当县存在的主要问题有：一是边远山区群众向川坝区搬迁后，住房解决了，但基本农田无法落实，以土地为生的群众，观念落后，很难接受。二是搬迁群众大部分都是困难群众，住宅建设方面群众自筹资金很难落实，贷款落实的部分资金，群众无力偿还，同时也造成很大压力和负担。三是搬迁群众大部分文化程度较低，培训难度大，短期培训效果不佳，长期培训既缺乏经费又缺乏专业机构。
2.整村组搬迁缺乏配套项目资金。例如在礼县，目前共确定129个整村（组）重建项目，其中，搬迁村为71个，原地重建58个，而省市只认可50个整村搬迁和1个整村原地重建项目。在省市整村（组）搬迁配套项目资金未下达的情况下，礼县整合包括干部职工捐款在内的资金，全面启动了第一二批整村（组）搬迁配套项目，有效地解决了新安置点群众面临的生产生活方面的困难，加快了群众入住速度。但整村（组）搬迁的配套项目由于没有投资来源，而无法进行，电力、供（排）水、道路、护坡、河堤等成了影响重建进度的最大问题，且因所需资金甚至超过了安置点农民建房补助资金总额，县上无力解决，请求省市予以协调解决。
3.在灾后恢复重建新疆移民安置工作中问题多。存在的问题和困难主要是：新疆安置住房建设缓慢，方案迟缓，致使受灾群众至今居住帐篷或搭建的简易住所。本地无法开展重建，移民又搬不动，群众情绪很大。希望省上相关部门加强协调，加快工作进度，力争尽早搬迁。特别是移民重点县区宕昌县和武都区，这方面问题很多，需要也很迫切。实际上，根据对新疆的调查，向那里移民现在困难也很大。一是新疆移民安置空间逐年缩小。据了解，新疆兵团于2007年1月下发了一份文件，对各团场招收劳动力作出严格的限制，除兵团统一分配的劳动力之外，禁止各团场私自招收劳动力。此文件的下发等于封死了向新疆各团场输送安置移民的口子。二是其他省市国家计划内向新疆的移民的介入，致使该县新疆移民空间越来越小。三是户口迁移难度大，影响了移民的稳定和正常的生产生活。四是现在新疆移民落户和转职工身份问题。例如，宕昌县目前在疆的许多移民，面临着子女高考、当兵、本人录用职工、承包土地、危旧房改建、合作医疗等现实问题。
4.重建农户的民生仍然很困难。由于农村受灾群众后续生产生活困难多，全市农村有22.79万户重建户，户均建设成本约8万元。由于农村贫困面宽、贫困程度深，2009年农民人均纯收入仅有1995元，剔除生产生活、医疗卫生支出，震前户均积累不足1万元，虽然国家省上对重建户户均给予2万元补助，并提供了2万元优惠贷款，但要完成住房重建任务，户均资金缺口仍有3万元。大部分农户为了完成住房重建倾其所有，后续生产投入乏力，同时还面临着巨大的还款和生活压力。据调查，有70%左右的农户，难以在规定的三年内还清国家贷款。
