乾隆时期，居住在大渡河上游大小金川两支流的藏民有数万人。其中大金川地区，纵约二、三百里，横约数十里，口不足万人。大小金川地处青藏高原，峻岭矗立，山深林箐，羊肠小道，交通极为不利，沿河地带以竹索为桥，皮船作渡。
藏民垒石为屋，号“住碉”，分布在半山腰或山顶。
大小金川土司均是明金川寺演化禅师后代。顺治七年（1650 年），清代授小金川头人卜尔吉细为土司。康熙五年（1666 年），大金川头人嘉勒巴庶，清授予演化禅师印，各司其职。雍正元年（1723 年），嘉勒巴庶孙莎罗奔以土舍将兵从将军岳钟琪进藏平叛立下汗马功劳，清正式授予大金川安抚司印。从此，大小金川土司分立，小金川土司势力减弱。莎罗奔并非人名，据那时当地人说：“莎罗奔、扎勒达克都不是人名。番人称出家为莎罗奔，掌管印信为扎勒达克。”又说，“莎罗奔，番语为诸酋之长”。可见，莎罗奔是土司头人称呼。雍正末至乾隆初，任大金川莎罗奔的，名叫色勒奔。
与大小金川接壤的，有杂谷、瓦寺、沃日、木坪、明正、革布什咱、巴底、巴旺、绰斯甲布等土司。此地深寒多雨雪，惟产青稞、荞麦，藏民们生活困苦。
据清朝官府报告，“杂谷等土司辖蛮民，家口数万有余，山多地少，一年产谷，仅够吃半年的，每于九月收获后，约计五六万口人内地各州县佣工。”可见这里藏民与内地经济联系甚密。为了争夺土地与权力，各土司之间常互相攻杀。如大金川土司与革布什咱土司有恩怨，乾隆二年（1737 年），大金川首领色勒奔霸占革布什咱土司辖地，双方各聚众打杀。乾隆四年七月，杂谷、梭磨、沃日等土司又三次攻劫小金川；与此同时，大金川土司也三次发兵攻打革布什咱。
为此，川陕总督鄂弥达奏请，“土司性嗜报复，若不慑以兵威，愈无忌惮”，要求“勒兵化海”。清朝作为中央政府，担有维护地方稳定的责任。乾隆在鄂弥达奏疏上批道：“卿其相机料理。总之，待此等人，不可不使之畏天朝兵威，亦不可但以兵威压制而不修德化也。”这道谕旨，虽含有乾隆对藏民的歧视，但他没有把维护地方稳定单方面寄托在“兵威”之上，希望以“修德”化之，即要求
以较温和的方法，从政治上感召藏民。这显然是较为明智的政策。
乾隆七年，大金川土司色勒奔病故，次年十一月，清朝任命色勒奔细袭职，这位新任莎罗奔野心勃勃，为掌控小金川，把侄女阿扣嫁给小金川土司泽旺。泽旺性情怯懦，受制于妻。阿扣私通泽旺弟土舍良尔吉。乾隆十年，莎罗奔勾结良尔吉，袭取小金川，生擒泽旺，小金川土司印信归良尔吉执掌。
此时，清政府对川西瞻对的战争刚刚结束，正需喘一口气，对大小金川的矛盾与斗争，川陕总督庆复和四川巡抚纪山部无心派兵介入，仅檄谕和息。庆复还向乾隆上奏：“因地势极险，运粮无路，且伊自在土司内相扰，并非侵犯内地”，建议采取“以番御番之法”，不派兵干预。乾隆认同，批道：“瞻对甫完功，加兵不详，卿所见极是。”莎罗奔虽迫于朝廷压力，释放泽旺，交还土司印信，但扩张野心不死。十二年正月，他发兵攻打革布什咱上司的正地寨，二月又发兵攻击明正土司的鲁密、章谷，藏民望风逃避，坐汛把总李进廷不能抵御，退保吕里。
此时，乾隆仍无意出兵。二月，他降谕：“如但小小攻杀，事出偶然，即当任其行消释，用不着遽兴问罪之师，但使无犯疆圉，不致侵扰，于进藏道路塘汛无梗，彼穴中之斗，竟可不予理睬。”至三月，当乾隆获大金川攻取鲁密、章谷，李进廷退保吕里，就一改不发兵的态度。三月二十一日，他连降二道谕旨。第一道谕旨是调庆复回京，任命张广泗为川陕总督。第二道谕旨是宣告派兵进剿大金川：……看此情形，则贼酋恃其巢穴险阻，侵蚀诸番，张大其势，并取扰我汛地，猖獗已甚。张广泗到川之日，会同庆复，将被地情形，详加审度，其进剿机宜，作何布置，一切粮饷，作何接济，妥善办理。再瞻对甫经平定，即有大金川之事。
揆其所由，因渠魁班滚未曾授首，无以示威，使之闻风丧胆。即报班滚焚烧自缢之处，情节可疑，焉知不诡诈免脱，潜往大金川勾结致衅，张广泗到彼，正可详细访察。
这里，乾隆把大金川土司的扩张骚扰行动，与瞻对首领班滚潜逃联系在一起。
三月十九日，乾隆又接到报告，说莎罗奔纠集手下，攻打霍耳、章谷，杀千总向朝选，进迫到打箭炉附近的毛牛地方，伤清军游击罗于朝。乾隆等不及了，下旨张广泗即速赴川，与庆复、纪山“一同商酌进兵，迅速剿灭”。
乾隆自己沾沾自喜、夸耀于世的“十大武功”中第一功——金川之役，就这样拉开了序幕。
乾隆对张广泗在贵州处理苗疆事务所获的成功，十分赏识：“西南保障，实卿堪当”。张广泗由贵州总督改任川陕总督，乾隆指出说：“大抵番蛮与苗性相似。
今莅川省，即以治苗之法治蛮，自能慑服其心，消弭其衅，务须一通盘计算，为永远宁谧之图”。即是说，要求张广泗用处置苗疆的方法、经验来解决金川问题。
十二年（1747 年）四月下旬，衔命人川的张广泗雄心壮志，企图再建盖世神功。
他随即向乾隆报告，现有汉、土官兵二万余，但士兵各怀二心，非逡巡观望，即逃匿潜藏；而官兵单弱，攻守难以支持，请于近省再调兵 2000 名。乾隆同意。
张广泗入川之初，军事上也的确有很大进展。他收复了毛牛、马桑等地。小金川土司泽旺更是闻风投诚。张广泗自以为胜券在握，他向乾隆报告：“征剿大金，现已悉心筹划，分路进兵，捣其巢穴，附近诸酋输诚纳款，则诸业完成，酋首不日可以殄灭”。乾隆也以为战争可以速胜。他说：“从来兵贵神速。名将折中，未有不以师老重费为戒者”。要求张广泗“指期克捷”。
但不论张广泗还是乾隆，对战局的估计都脱离了实际，过于乐观。
大金川有两个主要据点：一是勒乌围，又叫勒歪，由莎罗奔亲自把守；另一是刮耳崖，由莎罗奔侄儿郎卡父子把守。这两个据点都在大金川河东部，相距120 公里。为了攻打这两个据点，张广泗分兵两路。西路军又作四小路：第一，由松潘总兵宋宗璋带领土汉官兵 4500 名，从党坝进攻勒歪；第二，由参将郎建业等带领官兵 3500 名，从曾头沟、卡里攻勒歪；第三，由威茂协副将马良柱率领汉土官兵 3500 名，从僧格宗攻打刮耳崖；第四，由参将买国良、游击高得禄率兵 3000 名，从党坝进攻刮耳崖。
南路军由建昌镇总兵许应虎率领，又分三小路：参将蔡允甫率众由革布什咱攻取正地、古交，然后与西路宋宗璋、郎建业碰面，夹攻勒乌围：泰宁协副将张兴、游击陈礼率部由巴底、娘尽前进，与西路军马良柱、买国良会合齐力攻打刮耳崖。另一路派游击罗于朝，会同土司汪结率领由绰斯甲布进军，攻取河西各寨。
西南二路七军共有三万余名。张广泗自己也从杂谷闹移驻小金川美诺寨调度指挥。
七月末，西路军打到距刮耳崖仅二十里地；南路军得大金川守卡三处，金川兵退守独松碉寨。八月，在大金川构筑的战碉面前，清军束手无策。张广泗向乾隆汇报：臣自入番境，经由各地，所见尺寸皆山，无比陡峭。隘口处所，则设有
碉楼，累石如小城，中峙一最高处，状如浮图，或八九丈十余丈，甚至有十五六丈者。四周高下皆有小孔，以资嘹望，以施枪炮。尤其险要之处，设碉倍加坚固，名日战碉。此凡属番境皆然，而金川地势险要，碉楼更多。至攻碉之法，或穴地道，以轰地雷；或挖墙孔，以施火炮；或围水道，以坐困之。
各种设法，本皆易于防范，可一用而不可再施。且上年进攻瞻对时，已尽为番夷所悉，逆酋皆早为准备，或于碉外掘壕，或于碉内积水，或护碉加筑护墙。
地势本居至险，防御又极为坚固。营中向有子母、劈山等炮，仅可御敌，不能攻碉。据臣纪山制有九节劈山大炮二十余位，每位重三百余觔，马骡不能驮载，雇佣长夫抬运，以之攻碉，若击中碉墙腰腹，仍一动不动，惟击中碉顶，则可去石数块，或竟有穿者，贼虽颇怀恐惧，然却补如故种种办法均不能奏效。乾隆得知，有些动摇。
九月，谕张广泗，要张就二种方案提出建议。首先是以京兵更换绿旗兵作战。
乾隆说：“朕意兴师已久，尚未奏凯，绿旗兵丁不足取胜，与其日久而师老，不如送京师旗兵之精锐，以一当十，汰绿旗之闲冗，以省无用之费”。第二是将大金川划归西藏管辖。乾隆说：因思彼处邻近西藏，来往之所必经，若即归人西藏，令王子未尔默特那木札勒就近管制，受达赖喇嘛化导，其一应铃辖稽查，知道后可使王子派头目前往经理，以专责成，现有驻藏大臣总辖董率，足资弹压。如此则西炉藏路，俱可永远宁谧，不致劳动官军。
此外，据四川巡抚纪山报告，一到九月份，大金川地方已是冰雪严凝。乾隆顾虑到官兵“艰于取捷”，又传谕张广泗，要他估计形势，暂且移师向阳平旷之地，稍为休息，俟春气融和时再战。但是，张广泗建功心切。他拟制新作战方案，向乾隆报告：“查有昔岭山梁可以俯瞰勒乌围，直下刮耳崖。拟于九月中亲往督率指示进攻，务于九、十两月内进取贼巢”。此时，莎罗奔及其兄就吉日父子面对着大军压境，也是心虚，多次遣人乞降，都被张广泗拒绝。乾隆得悉张广泗新的作战方案和莎罗奔求和消息，态度也就变得强硬起来，下旨说：况此番官兵云集，正当犁庭扫穴，痛绝根株，一劳永逸，断无以纳款受降，草草了局之理。著传谕张广泗，务将莎罗奔擒获，明正典刑。
这时，前方形势突变。九月九日，本已就抚的土日恩错再次叛乱，带领大金川兵抢占游击陈礼驻的马邦山梁，阻挡清兵粮道。十一月底，大金川兵围击副将
张兴营盘。十二月十八日，张兴所部粮尽，被大金川兵诱至右山梁沟底。包括张兴、陈礼在内五六百名官兵全都被诛。张兴所部败溃，驻扎河东及其山梁的郎建业失去犄角之势。十三年正月二日，大金川兵又攻打江岸噶固碉卡，七月再夺取郎建业所立的卡伦七处，次日杀游击孟臣。二十日，在大金川兵追打之下，参将郎建业退至巴底，而总兵马良柱所部也撤退纳贝山下喇布碉内居住。张广泗损兵折将，进攻计划彻底破灭。
这些军事失利，张广泗逃脱不了责任。当大金川兵攻打马邦时，马良柱等请张广泗调兵支援，皆被张广泗斥之为悖谬。自十二月七日至十三日，张兴部队断粮七日，以饥饿困疲之卒，迎击强悍之敌，当然非败不可，但是，事后张广泗向乾隆报告中，全都委讨于张兴“昏懦无能”，仅假惺惺承担所谓“不能早为觉察”
之罪，请求乾隆将他“敕部严加议处”。与此同时，他又要求增兵一万名增炮 100位，增饷 100 万两，保证于夏秋之时结束战争：四月内正当塞外雪融之际，彼时兵力已足，攻具已备。计贼现存不过四五千人。我兵汰其伤病及无用士兵，可存三万令人。以六击一，臣虽愚懦至极，而天威所临，贼人断不能支，以理势揆之，夏秋之间，如期竣事。
乾隆十三年春，乾隆对张广泗尚未完全失去信心，但对张指挥战争的才能已有所怀疑，一方面批准张广泗增兵添炮拨饷的请求，同时又说：“为此大兵云集，各部进剿头绪繁多，虽张广泗才猷素著，而独力支持恐难”。他正在思考着如何加强前方的指挥力量。
此时，兵部尚书班第正衔命筹备粮食，查勘进入川西粮道。二月，班第根据所了解情况，密奏乾隆：“张广泗自去冬失事后，深自愤懑，亟图进攻。第番情非所熟悉，士气积疲”。他推断增兵不如选将，建议起用时为四川提督的岳钟琪。
然而，岳钟琪在征喝尔丹策零时，就是因为张广泗等的弹劾被捕下狱，时为乾隆二年才被释放，他与张广泗有仇恨。乾隆对此有些顾虑，在批复班第奏疏中说：
“此见亦可。但不知张广泗与彼和否？若二人不和，又于无益”。尽管如此，乾隆还是着意于起用岳钟琪。二月，他下旨道：朕思岳钟琪久官西蜀，素为川省所服。且夙娴军旅，熟谙番情，伊虽获罪西陲，亦缘准噶尔夷情非所深知。若任以金川之事，自属人地相宜。伊三世受国厚恩，自必竭力报称，以盖前愆。著张广
泗会同班第商议，如有应用岳钟琪之处，即著伊二人传朕旨，行文调至军营，以总兵衔委用。
张广泗不愿起用岳钟琪，又不敢违抗圣旨，复疏中对岳的评价满含贬意，反对任为大将军，仅同意用以提督：岳钟琪虽将门之子，不免纨绔之习，喜独断自用，错误不肯改正，闻誓则茫无所措，色厉内荏，言大才疏。然久在戎行，遇事风生，颇有见识。以为大将军则难胜任，若用提督，尚属武员中不可多得者，且闻为大金川所服，诚如所谕，人地相宜。
乾隆必须考虑张广泗的态度，且对岳钟琪才能也缺少实际了解，因此降旨岳钟琪以提督衔赴军前效力。此外，降谕班第，暂停查勘粮道，留驻军中辅助张广泗。乾隆要班第留军协助张广泗，还有更深远的考虑。原来，他曾预想平定金川后，将金川划归西藏王子朱尔默特那木札勒管辖。班第在雍正年间曾办理过西藏事务，对西藏甚为熟悉。可是，班第自量无论见识与欲望都难以影响张广泗。因此他又提议遣一员“能谙练机宜，识见在张广泗之上”的重臣赴军前料理。乾隆经过深思熟虑，决定派领班首席军机大臣果毅公讷亲为经略，前往川西指挥战事。
岳钟琪在雍正期间进攻西藏时，曾统率过金川兵，在金川有很高的威望。乾隆用岳钟琪是正确的，任讷亲为经略，却是重大失误。讷亲，姓钮祜禄氏，满洲镶黄旗人，清朝开国元勋弘毅公额亦都曾孙，祖父遏必隆是康熙四辅臣之一。雍正五年，讷亲袭公爵，当年十一月入军机处，十三年授白旗都统，旋进一等公。
乾隆元年，迁镶黄旗都统。次年任兵部尚书、军机大臣，三年迁吏部尚书，四年加太子太保。九年，衔命巡查河南、江南、山东各省营伍，并检查海塘、河工，十一年授保和殿大学士，鄂尔泰逝世后，任首席军机大臣。
讷亲，作为行政长官是相当称职的。乾隆正是看中讷亲这些优势，委以经略重任。他认为，“惟讷亲前往经略，相机调度，掌控全师，其威略足以震慑张广泗，而军中将士亦必振刷归向，上下齐心协力，从前被玩之习，可以更改，成克期进攻之效”。此时此刻，乾隆把抚定金川的希望寄托在讷亲身上。但乾隆错了。
作为文官，讷亲缺少指挥战争的军事经验，又由于勋戚后裔少年早贵，身上有骄娇二气。
五月二十日，讷亲到成都，第二日出发赴川西，六月三日到达张广泗驻扎的小金川美诺地方。讷亲到达的第二天，张广泗就离开美诺前往卡撒。可见二人并
未仔细商议破敌之策。史称讷亲“自恃其才，蔑视广泗”，看来这种说法有其道理。六日，讷亲也赶到仁撒美沟军。营。九日，他会合张广泗察看腊岭等处山势之后，就决定集中万余兵力从色尔力山梁进军，“限二日克刮耳崖，将士有谏者，动以军法从事，三军震惧”。这固然是军事躁进。
六月十四日，署总兵任举、副将唐开中、参将买国良分兵三路进攻腊岭。买国良率众上岭抵木城左右，金川兵一同出击，城内矢石如雨，枪炮交加，买国良阵亡。第二天，任举、唐开中攻石城东部，哈攀龙攻南面。十六日，任举中伏兵阵亡，唐开中身负重伤。战斗失利，打掉了讷亲的骄气。他立刻改攻碉为筑碉，要效法敌方的方法，以碉逼碉：“贼番因险据碉，故能以少抵众。今我兵既逼贼碉，自当亦令筑碉与之共验，兼示以筑室反耕之意。”
乾隆接到讷亲奏报，立刻意识到此策不妥，批谕中详析筑碉之策不宜，内容可以概括为三点：第一，违反了攻守异用原则。“彼之筑碉以为自守也，我自宜决策前行，奋力攻取”。第二，兵力财力不允许。“今因彼守险，我亦筑碉，微特劳费加倍，且我军已深入贼境，地利、气候素不相习，而守碉势须留兵，多则馈运难继，少则单弱可虑”。第三，后患无穷。“且将来大金川扑灭之后，此地不过仍归之番，是今兴师动众，反为助番建碉之举，恐贻灾于国，跃治于番部矣”。
乾隆还说“昨批此折，即以为不妥。今思之夜，终非善策，不如速罢之为宜”。
对讷亲以碉逼碉的办法，张广泗不表态。乾隆在批谕中指出：“可见彼有推托之意，殊添朕忧，讷亲不可不知也。”讷亲在筑碉战术被裁掉之后，束手无策。从此，他不敢自出一令，临战则避于帐房之中，遥为指示。此等主帅，自然受人耻奖，军威日损。尚书班第、内大臣傅尔丹、提督岳钟琪均是“未发一谋，未出一策”。即史王显绪建议“以番制番”。乾隆听说王显绪父子熟知金川情形，命王显绪征询乃父王柔破敌之策。王柔到军营竟向讷亲提议请终南山道士用五雷法术以击贼碉。这荒诞不经的插曲，反映清朝上下对金川战碉无计可施。闰七月，乾隆接到讷亲，张广泗奏疏；二人意见各异。张广泗认为：（大金川）目下已日食不继，以后必益无以为生，可以坐待其毙，……今冬明春不难扫穴；讷亲以为：
我兵果能争夺数处，贼必内溃。然贼巢食用果否匮乏，究难臆揣，而我兵攻剿无可乘之机。至冬寒春冷，恐益不扬。冬间似裁剪久役兵丁，令留驻官兵时用炮击碉卡，俟明岁调遣精锐三万，于四月进巢，定能成功，最迟亦不逾秋令。
两位主帅对敌情的预测各异，对战略选择和战争进程的看法各不相同。更可奇怪的是讷亲提出上述增兵建议后，随即又在另一奏疏中否决自己的方案，说：
来岁加兵，计需费数百万。芳酌留兵万余，据守要害，相机用炮击碉，今接壤土司各为防备，狡寇亦能坐团。第久驻终非长策，若俟二三年后，再调兵来因进捣，自必一举胜利。此二三年内，或有机可乘，亦未可定。臣为民力国用起见，故计虑及此。若以迅奏肤攻而论，仍不如明年接替之速。谨将所见并陈。
讷亲前后所奏不一，可见方寸大乱，胸无谋略。在奏疏中，讷亲还告发张广泗。说张广泗回护贵州籍将领，“好恶不公”，而且兵虽四万，分路太多，势单力薄。他强调说：且因分路太多，应进之路，每苦兵力不足，是则失于筹备，昧于地形，顿兵老师，诚难辞咎。臣奉旨经略，理应参奏，但若此，则臣与督臣势难共事。
这样一来，“顿兵老师”的责任，就全都落到张广泗头上。乾隆看过奏折后，既恼又忧。他批道：“岂有军机要务，身为经略，而持此两议，令朕遥度之理。……不如明云臣力已竭，早图归计，以全始终”。又说：“览所奏军营现在情形，几于智勇俱困。金川小丑，谁料负固难于剿灭遂至如此。官兵攻扑，进不能前，退不能守。即小小获胜，尚未伤彼毛发。”他的必胜之念动摇了，对讷亲更失去信心，说：“大学士心膂重臣，诸务资其赞襄，怎能久留边徼。即如所云需俟至一二年后即使成功，亦无在彼坐待一二年之理，应即返朝办事。”对于讷亲所揭发的张广泗问题，乾隆批示说：“朕亦闻其如此，但金川军务，究当赖伊筹办，今亦不用论矣。”
八月八日，乾隆接到岳钟琪二份告发张广泗奏折。其一，说张广泗选取刮耳崖为进攻对象的决策失误：“今刮耳崖虽系战略要地，但地险碉多，不易攻占。
非若勒乌围贼巢，路径甚多，如卡里山、固噶沟二处路小甚险，可出奇兵，直捣勒乌围。勒乌围一破四路自溃。”岳钟琪还说，他曾向张广泗建议，应该集中各路兵力，“归并党坝，首尾夹击。且党坝至勒乌围不过五六十里，只须康八达一破，便可直捣巢穴”。张广泗以“不便更易”为理由加以拒绝。
其二，说张重用小金川叛逆良尔吉和汉奸王秋。岳指小，良尔吉向来勾通莎罗奔侄女小金川土司泽旺之妻阿扣，勾结莎罗奔夺取小金川土司印，还率众烧毁沃日各寨。张广泗到达之后，不仅没有将良尔吉及其亲信汉奸王秋正法，反而今
良尔吉率兵，以致土司“各俱怀疑，不惟不肯用力，且恐良尔吉暗通金酋，更生他变”。乾隆阅后，降谕讷亲调查落实。
就在此时，乾隆又接到前方打败仗的上奏。闰七月下旬，讷亲、张广泗为摆脱尴尬，巴结皇帝，组织了一次军事行动。二十三日，进军康八达。二十七日因卡撒屡攻不下，改攻喇底二道山梁。清兵分左右二路进兵，右路军抵至沟口，数十名金川兵从山梁上呐喊压下，3000 余清兵抱头鼠窜，拥挤奔回，多有损伤。
八月十七日，清军失败的战报到北京，乾隆批道：“即不能以一当十，亦何至三千之众，不能敌贼番数十人，而至闻声远遁，自相蹂躏，此事不在情理之中，闻之骇听。”他对讷亲、张广泗完全失望。九月十日，谕讷亲、张广泗驰驿来京，面议机宜，川陕总督印由傅尔丹暂行护理，所有进讨事宜，会同岳钟琪伺机行事。
继而，又命令尚书班第立即奔赴军营同办军务。
九月十九日，乾隆又接到讷亲、张广泗报告，说八月二十四日大金川兵二三十人夜袭杂谷营卡，趁士汉官兵熟睡之间，偷袭营垒，杀伤兵丁，抢去炮位。乾隆看后怒气冲冲地指出：“则其平日毫无纪律，视同儿戏可知。大金川自用事以来，大约失之严者少，失之懈弛者多，总因军纪不明，以致无一人合宜，殊非朕本意所及料也”。从乾隆十一年（1746 年）六月以来，金川用兵达二年有余，所费几及 2000 万两，而对付不了一个土司，乾隆彻底震怒了。他决定惩罚讷亲、张广泗。九月二十九日，乾隆以“玩兵养寇，贻误军机”罪名将张广泗革职，拿交刑部审查，令侍卫富成押解至京。十二月七日，乾隆御瀛台亲鞫张广泗。五日后，以“狡诈欺妄，有心误国，情恶重大”，立决张广泗。十四年正月，乾隆以“退缩偷安，老师糜饷”罪，下旨将讷亲缚赴军营，以乃祖遏必隆之刀斩决于军前。
罢撤讷亲、张广泗之后，乾隆将平定金川的重任委托傅恒。十三年九月二十八日，乾隆下旨：自御极以来，第一受恩者无过讷亲，再次莫如傅恒。今讷亲既旷日持久，有参重寄，则所为奋身致力者，将惟傅恒是属。
当日，乾隆帝著傅恒暂管川陕总督印，前赴军营处事。第二天，授经略，统领所有军务。十月六日，傅恒又从协办大学士升为大学士，九日定为保和殿大学士兼户部尚书。
傅恒，字春和，姓富察氏，满洲镶黄旗人。乃祖米思翰在康熙时曾任户部尚书，对平息三藩之乱作过贡献。傅恒的姐姐是乾隆的妻子孝贤皇后，乾隆十三年
三月在东谒孔林的回京路上，死于德外。傅恒作为皇帝妻舅，很受皇帝的宠爱和信任。乾隆十年被授命在军机处做事，二年后授户部尚书。傅恒受命任经略金川军务时，是一位未满 27 岁的血气方刚青年。
为了配合傅恒出征，乾隆决定再次增兵添炮拨饷，以巩固军事力量。他降谕从陕甘、云南、湖北、湖南、西安、四川以及京师、东北增派三千五百满汉官兵，加上原来的共计六万人。除了在金川军营铸造重两千多斤的铜炮多位之外，乾隆还催促从京城运去很有威力的冲天炮、九节炮、威远炮等。十月，乾隆命令从广储司运银十万两给傅恒带往军营犒赏官兵外，又从户部库银和各省拨银四百万两以供军需。
乾隆还下旨整治从京师至成都的四十八驿站，以及从成都至军营的马步二十四塘，以期交通顺畅，便于快速运兵和传递军情。十月九日，乾隆下旨前方将士，指出“金川用兵几及两年，尚未成功”，这是由于讷亲、张广泗“措置乖方，毫无胆识，不身亲督阵，畏缩不前，且号令不明，赏罚不当”所致。两年来，士卒重罹锋镝饥冷之苦，兵不用命虽法律不容，但“咎归主帅”。现经略大学士傅恒赍往内帑银两，分别赏予汉士军士，“以示投醪实惠，激励士心，务令踊跃向前，锐师深入，迅奏肤功”。乾隆颁布这个谕旨，目的在于提高前方士气。
十月十日，乾隆接到岳钟琪战况，说九月十二日他指挥清兵进攻康八达山寨，击毁大战碉 2 座，小战碉 3 座，平房 40 间，木石卡各 10 座，石洞 2 座，焚粮仓12 座。十四日，又夺取石洞 1 座。十八日夜攻取葛布基大碉 8 间，小平房 6 间，木城 1 座，石卡 4 处，砍破大皮船 4 只，前后杀敌甚多。乾隆大为振奋，说“良由岳钟琪调度得宜，是以有此克获”，希望他乘此机会，假如能在经略到达之前，“岳钟琪自行出力奏捷”，“岂不更于颜面有光也”！
十一月二日，乾隆在重华宫赐宴傅恒。三日，傅恒出征。乾隆亲至堂子行祭告礼，在堂子大门处亲祭吉尔丹纛、八旗护军纛后，又来到东长安门处幄次，亲赐傅恒酒，令傅恒在御幄前上马。皇子及大学士来保送傅恒至良乡。傅恒受此殊荣，万分感动，在途中上疏抒怀，“此番必须成功。若不能殄灭丑类，臣实无颜以见众人”。他有时日行竟达三百二十里，“带星就道，薄暮尚未解鞍”。从成都到达军营，途经天赦山，路途陡险，又遇雪冰滑，十数匹马坠入山涧。傅恒下骑与官兵一起步行七十里。十二月十八日，到达金川军营。
傅恒入川后，下令诛杀良尔吉、阿扣和汉奸王秋，解除了隐患。十二月二十一日，他到达卡撒军营，视察地形，立即向乾隆报告合战碉专捣贼巢的作战方略：
（卡撒）所有左右山梁，不过两坡相对，地非甚广，贼人所守各碉，俱在目前，亦不甚大，似乎攻克非难，不知为何用兵一二年尚不能进取……臣细度情形，前此之误，在于专攻碉卡，每攻一碉，历时长久，兵力大伤，所得不过尺寸。贼境坚碉林立，且闻大兵将至，守御益严，毋论攻其有备，克取为难，即使数日而克一碉，恐几年不能竣事。今惟奇正兼施，见机行事。或以奇兵绕出其后，或以偏师另行取径。彼出则直挫其锋，并力斩杀；不出则听其坐守空碉，而以锐师深入，专捣贼巢。又令各路齐进，使之双方受敌，左右不能兼顾，昼夜不息，寝食无暇，自必至于内溃，而酋首可擒矣。
所谓“锐师深入，专捣贼巢”的作战方案，即从卡撒出征，避开战碉，直捣刮耳崖。对于这一作战方案，乾隆不赞成：“卡撒一路，尤属险要。……不若由党坝一路，擗奇险之坚碉，乘可用之兵力，尚可连之获胜，歼丑执馘以为纳降奏凯之地。”乾隆不同意直取刮耳崖的作战方案，显然受岳钟琪影响。如上所述，岳钟琪曾向乾隆状告张广泗选定刮耳崖为进攻对象的决策失误。他担心傅恒重蹈张广泗覆辙。更重要的是，当傅恒抵至川西军营之时，正是乾隆考虑对金川重大战略转变的关头。
十三年（1748 年）十二月，乾隆已意识到金川战事之难。十七日，前任四川布政使高越报告，现有驻军营官兵夫役，每月需米二万余石，今添满汉官兵，加上运夫等，月月约添二万石，累计从现在起至明年五月途中需米二十五万石，加上其他所有需要，约需要银八百七十余万两。乾隆看了高越奏折后说：“据高越上奏，‘蜀中挽运军需，全资民力，轮流更替，即村曲乡民，亦多征发不已。近添新旅，募夫尤众。一出桃关，山路险竣，雪深冰结，艰苦视内地倍甚。成都米价昂贵，民食艰难，请将常平仓谷碾米平粜，竭力办理，据实直奏’等语。观此，则川省物力费耗，大概可观。高越虽称据实直奏，恐困惫情况，尚有未尽形之章牍者。内地民情可虑，奏凯宜速。夫以江南富庶，米价偶翔，刁民辄乘机肆恶，况川省以险僻之区；值军兴旁午之会，意外易惹事端，诚不可不亟为筹虑。前所传谕，以四月初旬为期，盖深有见于此也。”
乾隆清楚地估计到，战争给四川省造成“物力虚耗”的影响，高越是不敢全
部如实具奏。他从成都米价昂贵，联想到当时江南各地粮价上涨和此起彼伏的抢米风波。为了金川区蛮荒之地，耗费如此庞大物力与人力，又影响了国家稳定，而战争胜利希望却是那样渺茫。乾隆后悔打这场战争了。接到高越奏折的当天，他就说：“朕若早知如此，并此番调遣，皆可不必。此皆讷亲、张广泗贻误，不据实人告之咎也。眼下既有为山九仞之势，则一篑之势难于中止。”十八日又说：
“金川小丑，初不意糜费如此物力。两年之中，所用几及二千万。”二十二日，在下旨杀讷亲的同时，说“设令讷亲、张广泗早行奏闻，朕必加以裁酌，不必多此一番劳费矣。今朕于此事颇为后悔。但办理已成，无中止之势。仅此而论，讷亲、张广泗误国之罪可胜诛耶”！二十三日，当他看到傅恒奏折中说“此番必其成功，若不能殄灭丑类，臣实无颜以见众人等语”之后，“辗转思之，竟至彻夜不寐”，马上下旨撤兵。
这位对藏民有异议的封建帝王，此时已感到心力交瘁，无可奈何了。所以，他对自己内弟一心一意要建功成名的雄心壮志，以皇太后名义加以劝导：“经略大学士此行，原为国家出力，非为一己成名。如为成名起见，岂有费如许帑顶，如许生命，专供一已成名之理。”
十四年正月一日，乾隆下旨：“今朕已洞悉形势，决定收局。”接着，又连续降谕，要求傅恒在四月底五月初班师还朝，并说：“或得一二阵连胜，俾贼酋穷蹙乞命，即可因势纳降。”为了促使傅恒回师，乾隆还引用康熙亲征噶尔丹时，“因挽运稽迟，不得已下诏班师”的例子，要傅恒效仿。正月十五日，因傅恒的姐姐孝贤皇后丧服将次“小样”，即期年之日，乾隆又以皇太后名义，要求“大学士理应奔赴行礼”为理由，令傅恒于正月初旬起程回京。
乾隆还在谕旨中说，“朕于今年正月初三日始定撤兵之计，今日皇太后圣母慈谕，此即朕新运顺畅之机”。十六日，乾隆还非常恳切地对傅恒降谕说：“是贼据地利，万无可望成功之理。朕思之甚熟，看之甚透。去年办理实属错误，及早收局，信泰来之机。朕改过不吝，经略大学士当恢宏见识，为国家的长远大计。”
为劝导傅恒回师，乾隆可谓苦口婆心。十八日，他正式下令，召傅恒班师还朝，“其纳降善后事宜交四川总督策楞办理”。
此时，大金川在清军围困之下，抵抗了一年零八个月，已到粮尽兵疲的境遇，无力把战争持续下去。莎罗奔屡次在战场上喊降。正月十二日，他又遣人到军营
具禀求降。十五日，再次派人来军营恳切求情。傅恒却坚持要莎罗奔和郎卡叔侄“亲缚赴辕”，其实是企图趁这二人求降之时，将其逮捕，“还朝献俘”。乾隆获知傅恒这一意图后，坚决反对，他要傅恒“不若昭布殊恩。网开三面”，如果“必加诛戮，岂朕覆载包容之量所能忍出也”！
傅恒是很不乐意撤兵的，多次上奏要求延期还朝。但是，皇帝不断催促，圣旨不可违。在这样情况下，他同意莎罗奔乞降。正月二十日，莎罗奔派人呈献求降甘鲒六款：
1、永不侵扰诸番；
2、供役比各司勤勉；
3、尽还所掠诸番土地；
4、擒献以往“误犯天兵”元凶；
5、送还以前侵夺的人民马匹；
6、按数献出枪炮军器。
但是，傅恒以“元凶未经面缚”为理由，拒绝受降。莎罗奔通过绰斯甲布土司，求岳钟琪出面代为求情，傅恒同意了。经傅恒批准，岳钟琪带随从四五十人进勒乌围。莎罗奔迎接甚恭。当日夜晚，岳钟琪解衣酣寝，莎罗奔完全放心了。
第二天，岳钟琪至经堂，要莎罗奔、郎卡于佛前礼誓。随后，岳钟琪回答将这所有情况禀告傅恒。二月五日，莎罗奔、郎卡于寨门外除道设坛，率领喇嘛、头目多人，焚香顶戴鼓乐来到傅恒军营投降。傅恒宣布皇帝圣旨，“示以德威，宥以不死”。莎罗奔感激涕零，永誓不再违犯，并呈献佛一尊，银万两。傅恒纳佛却银，受降成功。当天，远近土司观者如堵，人们以息战和平而万声欢呼，衷心庆贺。
乾隆自吹为“十大武功”的第一武功金川之役，就这样急急忙忙地收兵。战争虽然以大金川投降告终，而清军在战场上实无取胜。但是，急功近利的乾隆却御制平定金川文勒石太学。他居然论功奖赏，一等忠勇公傅恒，已进公爵。“更无殊典”，赐四团龙补褂，宝行帽顶，著于朝贺典礼之处时常服用，还另赐豹尾枪二杆，亲军二名，又敕建宗祠，春秋致祭。岳钟琪复三等公爵，赐号威信，授予子兵部尚书衔。由于之前西征准噶尔时，岳钟琪获罪令罚赔补银七十万两，现全数豁免。莎罗奔出于感恩，要进番童番女各十名给乾隆，并在刮耳崖建祠供傅
恒长生禄位。乾隆同意建祠供长生禄位，但拒收童男童女。乾隆还答应岳钟琪请求，剩下的军粮不再运回内地，以七千石半补给小金川士兵，半为恩赈，又以一千石救济小金川穷苦百姓。
三月，四川总督策楞奏请金川善后十二条：1、在巴底、巴旺各立千户，责令革布什咱管制；2、扎什诺尔布从军出力，由他沿袭革布什咱土司，给予号纸；3、金川既还之前侵占诸土司地，杂谷、革布什咱、沃日、小金川等土司应联合起来，息事宁人；4、小金川土司泽旰与沃日女土司泽尔吉联姻；5，泽尔吉仍管理沃日土司印务；6、小金川被毁碉房宜督修；7、小金川副土司大小郎素宜分别安插；8、郎卡异母弟土舍汪尔吉，先前投诚清军，现事竣不能回寨。应交其母舅扎什诺尔安插；9、加衔奖励梭磨、竹克基、党坝等土司；10、各部土司应加级以示鼓励；11、严汉奸出入番地之禁；12、赎回夷民所典买汉地，此后禁止汉人将土地私售番民。逐条规定，乾隆一一批准。
大金川战火刚刚平熄，西藏又发生叛乱。
西藏古称唐古忒，又称土伯特，隋唐时改称吐蕃。唐贞观年间，文成公主带释迦牟尼佛像入藏，佛教从此在西藏广为流传。西藏于元代正式归属中国版图。
明末，统治西藏地区的是佛教中“噶举派”，也就是“白教”的噶玛政权，其首领藏巴汗对另一教派“格鲁派”即“黄教”进行了残酷的迫害。崇德四年（公元1639 年），清入关建立全国统治权前夕，皇太极派遣使者致书西藏黄教僧俗领袖土伯特汗和五世达赖罗桑嘉措，表达了清朝支持黄教，愿意“延致高僧，宣扬佛教”的诚意。从此，双方交往渐多。
崇德六年（公元 1641 年），五世达赖和四世班禅罗桑曲结联合密招厄鲁特蒙古和硕特部顾实汗率兵入藏，推翻噶玛政权，建立了和硕特蒙古和西藏黄教共同统治的噶丹颇章政权。达赖和班禅至此成为西藏的最高教主，而具体政务则由达赖委任的第巴——藏民习惯称为藏王来掌管，实权则掌握在顾实汗手中。顺治九年（公元 1652 年），五世达赖至北京朝觐，清帝隆重接见，并以金册印封“西天大善自在佛所领普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。此后达赖这一封号及其在西藏法王的政治地位，才由清中央政府正式确定下来。可以说，在崇德顺治时期，清朝主要是通过实施崇佛以及册封赏赐等手段，笼络西藏高层人物，以维系中央与地方的关系。
康熙二十一年（公元 1682 年），五世达赖在布达拉宫逝世，享年 66 岁。第巴桑结嘉措秘不发丧，企图乘机假借达赖名号控制西藏，削弱和硕特蒙古势力。三十五年（公元 1696 年），康熙亲征蒙部准噶尔部噶尔丹时发现达赖已死及第巴隐瞒丧的阴谋，降旨责罚，但未处分第巴。四十年，统治西藏的顾实汗孙达赖汗去世，其子拉藏汗即位。拉藏汗与第巴关系更加紧张。四十四年，拉藏汗率部击败藏兵，杀第巴，废除桑结嘉措所立六世达赖喇嘛仓央嘉措，改立伊喜嘉措为六世达赖。桑结嘉措余党逃往新疆，求助准噶尔蒙古，策妄阿拉布坦遂于康熙五十六年（公元 1717 年）率兵入藏，攻打布达拉宫，杀死了拉藏汗。
为平定西藏之乱，康熙挥师入藏，于五十八年把准噶尔蒙古驱回伊犁，留兵4000 名驻扎西藏。清兵驻藏始于此年。康熙还封平乱有功的西藏第巴阿尔布巴、康济鼐为贝子，另一第巴隆布奈为辅国公，授颇罗鼐为扎萨克一等台吉，任康济鼐管理全藏政务，是为藏王，又封阿尔布巴、隆布奈，颇罗鼐、札尔鼐四人为噶隆（意即西藏地方政府主管官员），建立西藏地方政府噶厦。
雍正元年（公元 1723 年）驻藏清军撤退。五年西藏内乱，阿尔布巴、隆布奈、札尔鼐三噶隆联合袭杀康济鼐，密谋投奔准噶尔。颇罗鼐率兵进入拉萨镇压叛乱，擒获阿尔布巴等。雍正闻讯，发兵 15000 人进藏，继续平叛，并封颇罗鼐为贝子，继尔晋贝勒，总管全藏。雍正还策封驻藏正副大臣各一人，留兵 2000 名，分别前后驻藏，归驻藏大臣管辖。康雍时期驻兵西藏以及驻藏大臣的设立，表明清中央政府对西藏地区的统治有所加强。
但是，颇罗鼐统治时期，西藏地方军事力量发展迅速。颇罗鼐深得雍正信赖，为御防准噶尔进犯西藏，他受命训练骑兵 10000 名、步兵 15000 名，分驻各要塞。
雍正十一年（公元 1733 年）清朝却把驻藏军队减至 500 人。乾隆对颇罗鼐的信任不次于雍正。四年（公元 1739 年），乾隆晋封颇罗鼐为郡王，封其长子珠尔默特车布登为辅国公，次子珠尔默特那木扎勒为札萨克一等台吉。十一年，乾隆又命颇罗鼐在两个儿子中挑一个任其为“长子”，以便日后继承王爵，总理藏务。在军事力量壮大的同时，颇罗鼐家族又取得藏王世袭权，其在西藏的统治地位得以巩固并且提高，但是也埋下了大农奴主贵族势力割据作乱的祸根。
十二年颇罗鼐病逝，先前立作“长子”的珠尔默特那木扎勒袭封为郡王。乾隆此时传谕驻藏大臣副都统傅清，列出有几件事令人担忧。一是珠尔默特年幼新
袭，未必能服众；二是新郡王与达赖有不和之意，希望傅清“善为和解”；三是今年正逢准噶尔“人藏熬茶”，应提防准部乘颇罗鼐病逝，借端生事。总之，乾隆担心颇罗鼐之后，西藏会再次发生动乱。这种顾虑不无道理。果然，颇罗鼐病故，珠尔默特那木扎勒拒绝达赖来吊奠诵经。经傅清与之斡旋，此事才妥善解决。
乾隆闻奏，说“可释朕西顾之忧”。
但是，乾隆高兴太早了。珠尔默特那木扎勒怀有割据西藏的野心。他匿谋扩充军队，于十三年向驻藏大臣索拜报告，在阿哈雅克地区发现准噶尔“贼人”，要求前往喀喇乌苏练兵。索拜同意。乾隆责备索拜“乃竟不察虚实，堕其术中矣”，然后逐步意识到珠尔默特那木扎勒外表恭谨，“究未必能安静奉法”。
十四年金川战事结束后，乾隆因不满纪山在金川战争期间的表现，将他从四川巡抚降至担任驻藏大臣。纪山抵藏一个月后，珠尔默特那木扎勒才出来会见，显然存有轻忽之意。纪山向乾隆报告：“到藏以来，留心访察珠尔默特那木扎勒，看来性情乖张，属下俱怀有怨，且伊又有疑忌达赖喇嘛之心，恐日久众怨愈深，达赖喇嘛亦不能忍，以致生发事端”。纪山建议，从后藏调珠尔默特车布登协同珠尔默特那木扎勒办事，“以分其权”，并将达赖移兵驻入泰宁。乾隆斥责纪山“此奏甚属舛谬”。他说，纪山的任务是“察看”珠尔默特那木扎勒“见朕谕旨时是否真切感到畏惧，伊之行止能效法伊父颇罗鼐否？或当教育，或当防范”，“并非即有办理之意”。“至日后生事与否，本难意料”。这里，乾隆给纪山规定的任务只是“观察”，不是“办理”。他怕一有行动，“显露情形，引起启土伯特疑心”。
在乾隆这一方针政策下，纪山自然无所作为。为了便于“观察”，纪山设法接近珠尔默特那木扎勒，与之“相对盟誓，甚至具折请安奏事，皆与一同列名”，还命令兵丁演戏，与珠尔默特那木扎勒“宴会观剧，日醉他乡”。十月，乾隆见纪山无能，于是命傅清担任驻藏大臣，与纪山一同驻扎。
十二月，乾隆又接到纪山奏折，说珠尔默特那木扎勒称，阿里克地区的伊兄珠尔默特车布登派人抢其买卖货物，派兵把守通藏要道，扬言要发兵来攻，为此不得不调兵防范果尔弼。乾隆不相信，认为珠尔默特车布登向来没有叛动端倪，珠尔默特那木扎勒为人暴戾，安知非捏词陷害其兄，欲兴兵构衅！为慎重起见，乾隆一面责令纪山派遣人员赴阿里克，亲自会见珠尔默特车布登，察其动静，并劝告他如果有委曲，应禀明驻藏大臣，代为剖分曲直，不可擅动干戈；另方面传
谕四川总督策楞、提督岳钟琪密为筹划调度，以备后用。
此时，策楞见驻藏清兵减少到仅有百人，奏请增至原额 500.乾隆不同意，说藏地数十万众，官兵即使增至 500 名，既不足以资防范，反而引起对方怀疑。
不久，乾隆撤纪山驻藏大臣，以侍郎拉布敦代之。
十五年正月，乾隆接傅清、策楞等奏折，他们认为，珠尔默特那木扎勒“由于与兄不和睦，架捏诬陷，决不致于有侵犯之事”。乾隆断定傅清等看法“大约近是”。这时，乾隆君臣把珠尔默特那木扎勒在西藏的所作所为，都看作仅仅是为了对付其兄，并没有危及清中央政府对西藏的统治。不久，乾隆获悉珠尔默特车布登病故，甚感怀疑。但果真病死与否，既无从致诘，也不必深究。他说，“虽明知为彼所愚，亦不妨姑且从计，置之不问”。
更重要的是，乾隆认定珠尔默特那木扎勒与兄不和，伊兄死，“既无与相敌之人，也亦无可构衅，或从此安静，未尝不可”，因此，对拉布敦等请求准许珠尔默特车布登一子承袭，乾隆坚决不答应，说珠尔默特那木扎勒既不容其兄，又怎能容忍其兄之子。承袭一事，乃是徒生枝节。二月二十日，他传谕军机大臣；“今车布登已死，藏地无事，若更议派兵驻守，多作张皇，适足动其疑虑”，宣布添兵一事，毋庸办理。乾隆竟然把珠尔默特车布登的死，看作西藏从乱到治的契机，一代英君竟糊涂至此。
十五年（公元 1750 年）夏季，西藏局势急度恶化。五月五日，乾隆接傅清、拉布敦奏折，报告说珠尔默特那木扎勒往萨海调动部队，搬运炮位等情形。但是，乾隆仍不相信这是图谋不轨的行动，列举珠尔默特那木扎勒不至于叛乱的原因：
“从来有异谋者，非有所贪图希冀于所不当，则必祸患逼身，出于不得已。以珠尔默特那木扎勒言之，伊身为藏主，操生杀而擅富贵，俸赐所欲，贸易所入，而且倚借中朝声势，众蒙古皆与之往来，可得厚利，伊更何所贪图希冀？若叛去，则全无所得，伊何所利而反耶？至伊远在天末，虽有大臣驻守，并不监制其行为，分夺其声势，伊又何拘束困苦，而以逆谋自救耶？利无可图，害无可避，而谓其将有异谋，甚过虑也！”乾隆断言，珠尔默特那木扎勒调兵搬炮，或者是为威胁伊兄部队的人，或因清朝接连更换驻藏大臣心存疑惧。他要傅清等人不必急于释疑，等到冬季，当珠尔默特那木扎勒“深知天朝德意”，积累的疑惧自然冰释。
乾隆对形势估计如此不切实际，是因为他那过份的自信。他自信“天朝”给
珠尔默特那木扎勒那么多恩惠与权力，对方何必要避利趋害搞叛乱？这种过份的自信心，蒙蔽了乾隆的视线，使他看不见珠尔默特那木扎勒割据称王的野心。
入秋之后，珠尔默特那木扎勒谋叛行为开始公开。他扬言“我已设计撤回汉兵四百名，其余若不知机早日撤回，必诛戮”，并下令封锁塘汛，“沿途汉土兵民及文书俱不许往来”。又派人潜入准噶尔都，求其发兵至拉达克地方，以求声援。
对于拥护清中央政府的上层人物，珠尔默特那木扎勒残酷迫害，他派兵抄没了噶隆班第达，布隆赞等人的家，驱赶追逐珠尔默特车布登之人，杀害颇罗鼐旧人。
傅清、拉布敦见情况危急，决定等候珠尔默特那木扎勒从打克萨返回拉萨接见之时，将其擒获。他们上奏乾隆，并要求“不待请旨，即行乘机办理”。乾隆见奏，忧心忡忡，认为二人孤悬在藏，轻率冒险，必酿大祸。十月八日，乾隆明谕傅清等“不可妄动”，又密令策楞、岳钟琪等筹集川兵，用以防剿之计，同时命班第即速进藏更换拉布敦，协同傅清见机办事。
接到乾隆诏书，傅清、拉布敦就决计动手去除逆乱。他们商量：“徒为所屠，乱既成，吾军不得即进，是弃两藏也。不如先发，虽亦死，乱乃易定”。十月十三日，他们以接旨为理由，将珠尔默特那木扎勒召进通司冈驻藏大臣衙门。珠尔默特那木扎勒登楼下跪接旨时，傅清从背后挥刀砍下其首级，并杀其随从四、五人。珠尔默特那木扎勒党羽罗卜藏扎什跳楼逃走后，纠集同伙进攻衙署。傅清遣人向班第达求援。班第达力薄，奔向告诉达赖。达赖遣僧众救护，被围不能进。
叛军放火烧房，加紧进攻。傅清身中三枪，立即身亡。拉布敦为叛军所杀，同时被害者还有主事策塔尔、参将黄元龙、通判常明，以及 2 名千总、49 名士兵和77 名商民。罗卜藏扎什等将粮务衙门库银 85000 两抢掠一空后，带兵潜逃。叛乱发生后，七世达赖喇嘛噶桑嘉措一面委托班第达代理藏五事，维持局面，一面传令各地藏民，不得伤害汉人。达赖同时派人追查被劫饷银，并于二十三日擒获罗卜藏扎什等叛逃分子。
十一月十四日，乾隆从策楞、岳钟琪奏折中，得知傅清、拉布敦平叛捐躯。
第二天，他宣布几项重大决定：
第一，命策楞、岳钟琪率兵 3000 人藏，总兵董芳统兵 2000 名随后备应，陕甘总督尹继善驰驿赴川，处理相应军机。后来，见西藏局势稳定，罗卜藏扎什已被擒获，改令策楞率兵 800 人藏，岳钟琪驻守打箭炉，董芳返川。
第二，宣布兴师入藏，“主要任务搜除逆党，以安地方。凡非逆党亲信，一无株及，被难番民，优加恤赏。至塘汛番人，将官兵捆绑，本应只罪，但皆听从珠尔默特那木扎勒所使，概置不问”。
第三，对傅清、拉布敦以及其他捐躯官兵，加恩优恤。后来，追赠傅清、拉布敦一等伯，子孙给一等子爵，世袭罔替，又在拉萨通司冈及北京崇文门创建“双忠祠”，合祀二人，春秋致祭。
第四，不同意再立藏王。他说：“若准达赖喇嘛所奏，即将班第达立为藏王，将来又成另一个颇罗鼐，日后伊子又思世袭，专据其地，滋惹事端。”他传谕说：
“以藏地多立头人，分杀其势，正当乘此机会，全盘筹画，务必彻始彻终，为万全之计”。叛乱过后，乾隆认真思考致使西藏致乱的祸根。他认为问题关键在于第巴与办事噶隆事权太大，驻藏大臣毫无实权：“也就是如珠尔默特那木扎勒一言而塘汛断绝，班第达一言而塘汛复通，信息往来，只听藏王之言，而驻藏大臣毫无把握，如此即使驻兵万人，何济于事！”又说：“由此观之，办理噶隆之人，不使权势太专，是朕所加恩永辑藏地亿众生灵之要遁也”。乾隆还检讨了以往对藏王只“加恩”不“裁抑”的错误，说：“珠尔默特那木扎勒凶悖肆恶，恣行无忌，是因向来威权太盛，专制一方，致酿此患。乃朕加恩过重，有以纵之，不可不追悔从前之不早为裁抑”。
西藏叛乱，是清朝前期治理乏力所造成的恶果。乾隆未能看出珠尔默特那木扎勒一伙割据分裂野心，未能采取有效措施防范于未然，酿成事端，导致两位大臣平叛捐躯，是他治国前期的一大败笔。他既觉察及此，断然采取政策，予以纠正。十一月十六日，传谕议政大臣、亲王、郡王以及满汉大学士、尚书会同军机大臣，就西藏善后事宜进行商讨，并且命侍郎兆惠赴藏，偕同策楞等共同办理善后事宜。
十六年（公元 1751 年）三月，策楞、班第等根据乾隆的指导，提出《酌定西藏善后章程》13 款。其中主要的有：应查照旧例，添放噶隆 4 名，其中 1 名由深晓黄教的僧侣担任，对于僧俗均有裨益；噶隆办理公务，应在公所，不得在私宅，凡地方的一些小事务，众噶隆秉公共同会商办理，应具折奏事重务，须遵旨请示达赖喇嘛及驻藏大臣酌定办理，钤用达赖喇嘛印信及钦差大臣关防；西藏各级官员补放，噶隆等应公同禀报达赖喇嘛及驻藏大臣酌定，俟奉有达赖喇嘛和钦
差大臣印信文书遵行。
全藏民人均为达赖喇嘛所属，禁止私自占有及滥发免差文件。
乾隆基本同意章程内容，宣布按照所定执行，但指出“藏地关系最要者，乃在台站，此乃往来枢纽所在”，以前被藏王控制，今于章程中未曾谈及。但既甫经定议，不必马上更改，应于一二年后再办理。
根据《酌定西藏善后章程》13 款规定，藏王制被取消，噶隆权力受控制，重大问题须经达赖喇嘛及驻藏大臣核准酌定，从而提高了达赖喇嘛及驻藏大臣的地位与权力，削弱了农奴主贵族势力。这是西藏政治体制的重大改革，它强化了清中央政府对西藏的统治，也有利于西藏政局的稳定。自此乾隆从以往失误中清醒过来，为维护国家统一又做了一件好事。
乾隆十八年十月，清定边左副将军、蒙古喀尔喀赛音诺颜部扎萨克、和硕亲王成衮扎布，在塔密尔军营里，听到哨探禀报，杜尔伯特大台吉车凌、车凌乌巴什、车凌孟克（通称三车凌）派遣巴颜克什克等前来，呈报叙述准部内乱，征战不停，要求归顺，恐怕三千余户在额克阿喇勒待命。成衮扎布立遣守讯将士去往侦查。因准部首领一向善用计谋，他怀疑车凌之来恐怕有诈，恐其借此率兵入侵，便调遣军营的喀尔喀士卒，严加防范，并派使者飞速上奏朝廷。
乾隆皇帝阅完奏折后，于十一月二十三日谕告军机大臣：朕观车凌等来降，似非叵测，何也？达瓦齐与讷默库济尔噶尔构兵不已，都命令车凌等相助，两家胜败既难预定，即幸而所从者胜，亦仍受其约束，自不若归降大国，冀得安生。
伊等既经来至边卡，将实情转告，应即令其人内休息。……从前准噶尔台吉阿喇布坦、丹济拉等投告以诚意，俱封以显爵，优加赏赉，其宰桑及部落人等，皆授官分产，至今安居乐业。伊等人见后，朕自格外加恩，此时先令成衮扎布动用官项牛羊，赏给伊等，以为接济，其驻牧处所，另行酌定。因准噶尔素称狡诈，固宜派兵防范，但伊等天性好疑，亦不可引起其猜嫌，倘车凌等愿留卡外居住，我虽预备，不要宣露，若已入卡内，则更无可疑，不须过分防范。
乾隆帝的这道谕旨异常重要，是清政府改变对待准噶尔部态度的一个重要标志，对西北地区形势的剧变产生了强烈影响。乾隆帝敏锐地察觉到准部大变，准确地把握住这一至关重要的实质问题。谕中所指“达瓦齐与讷默库济尔噶尔构兵不已”，就是对准部长期混乱局面的很好归纳。乾隆帝虽然在即位后积极争取与
准部议和，双方建立起朝贡的正常的友好关系，但他并未把它置之脑后，而是密切关注着准部形势的变化。
乾隆十年三月，西藏郡王颇罗鼐遵旨派人前往准部刺探消息后，向清政府报告，准部人员“出痘死者甚众”，噶尔丹策零连续对属下台吉及邻近部落用兵。
十一月，乾隆帝获知噶尔丹策零于九月病故，“恐伊部落内，彼此心离，易生变乱，或潜至边境，偷盗牲畜”，谕令西北两路将军“固守边疆，严谨卡伦”，作为防范。
乾隆十六年九月，达瓦齐率众投清受到阻挠，不得不避居哈萨克，由于喇嘛达尔扎的紧紧追索，哈萨克阿布赉汗不敢久留他们，他们只好悄悄回到过去的旧游牧地。面对生死存亡的挑战，达瓦齐显得沮丧消沉，“计无所出，日夜涕泣而已”。他的盟友阿睦尔撒纳鼓励其振作起来，“与其束手待擒，何不铤而走险，兵法所谓往呃其吭者也”。达瓦齐采纳阿睦尔撒纳的冒险计划，果然成功。他们仅凭借 1500 多名士卒偷袭伊犁，却使整个局势发生了戏剧性的变化。
阿睦尔撒纳的才能、胆识远非达瓦齐之辈可比，却居然把垂手可得的汗位宝座拱手让人。
据史学家说，乾隆十九年以前，他不仅对达瓦齐登汗位没有异议，而且千方百计帮其夺位，把达瓦齐的敌人看作是自己的敌人。如果这种说法成立，那么证明阿睦尔撒纳与达瓦齐的感情非同一般。但是，根据阿睦尔撤纳的为人及当时复杂社会背景来判断，事情显然不是那么简单。阿睦尔撒纳不能自立，一定有难言之隐。
在重门第出身的准噶尔社会中，阿睦尔撒纳因身世较低微，身价不如达瓦齐。
阿睦尔撒纳的祖父曾是当时显赫一时的和硕特拉藏汗，父亲丹衷由西藏入赘于准部，成了准噶尔王室的倒插门。当策妄阿拉布坦入侵西藏杀死丹衷父子时，阿睦尔撒纳仍然还在母亲的腹中。不久，他母亲作为封建政治的牺牲品又被嫁给辉特台吉纬征和硕特，所以他一出生就成了辉特部的人，长大后游牧于雅尔一带。他的身世既不幸又复杂。与他相比，达瓦齐幸运得多，他与喇嘛达尔扎是近族，同出台吉巴图尔辉世系，又恃祖父大策零有功，“为国人所向”。
达瓦齐所拥有的支持者及手中掌所的实力明显超过阿睦尔撒纳。达瓦齐原在额尔齐斯沙喇泰地方游牧，地险人众，是很有根基和力量的人。后来小策零敦多
布之孙讷默库济尔噶尔又率领归附，使其力量又增。因此，当攻下伊犁夺得汗位时，一般准噶尔人都认为立达瓦齐为台吉是理所当然的事。
哈萨克阿布赉汗及沙皇俄国对达瓦齐的支持声望，使阿睦尔撒纳在心理上又加了一层压力。哈萨克汗与达瓦齐一直保持友好的关系。达瓦齐亡命哈萨克时，曾得到阿布赉汗的帮助。沙皇俄国虽远离准部，但一向很“关心”清朝西北所发生的事。乾隆十七年（1752 年）八月，沙俄政府在给奥伦堡涅普留耶夫和捷弗凯列夫将军的命令中指出：要竭力争取前者（指达瓦齐），因为他是目前最有希望控制全准噶尔的人，而跟他在一起的另一个人（指阿睦尔撒纳），因为是准噶尔统治者的叔伯兄弟，为了往后的事，……应尽可能加以抚慰和召至奥伦堡。毫无疑问，当时的形势于内于外都对达瓦齐有利，阿睦尔撒纳只好暂时收敛夺权欲望。
胜利后最要紧的事情，就是如何分配共同得来的利益。过去在攻打喇嘛达尔扎时，达瓦齐曾许诺事成之后，将伊犁以北地区交由阿睦尔撒纳来管理，卜罗塔拉以南由他自己管理，乾隆十八年十月，阿睦尔撒纳派人要求兑现，“因达瓦齐不允”，双方发生争执，承诺矛盾公开化。
达瓦齐一方面忌恨阿睦尔撤纳，担心他的权势大到自己无法控制局面，而另一方面他又离不开阿睦尔撒纳，“每遇急难，必邀阿逆至，与之调停”。基于这种情形，两者显得若即若离，达瓦齐也只有在私下里与人大发牢骚：肯愿为其仆？
而且往昔噶尔丹在时，优待下属，亲如骨肉，其宰桑有功者，噶亲酌酒割肉食之。
每秋末行围，争较禽兽，弯弓驰骋，一点也没有君臣之别，故人乐为之用。今达尔扎狂妄自大，仿效汉习，每召对时，长跪请命，声咳之下，死生以之。故故旧切齿，其危亡指日可待也。
萨喇尔所言不久即被应验，但乾隆此时对西北用兵并不动心。十八年八月，他曾对军机大臣们说：达瓦齐本系别支，胆敢叛乱弑君，自为台吉。若系属国，尚可兴师问罪，但我大国无乘乱兴师之理。
同年十二月，乾隆再谕军机处，重申“堂堂天朝”，“不肯乘衅发兵攻取”的立场，并命令边关将士做好两件事：一是接纳“穷蹙来降之人”，二是严密注视边卡动静，“一劳永逸”。然而，时隔数月，当阿睦尔撒纳来降的消息传人京师时，他也有些按捺不住。十九年五月初四日，乾隆对廷臣宣布：“朕意机不可失，明岁欲拟两路进兵，直抵伊犁”。他选择这个时机表达戡定准部的意向并不是偶然
的。
西北准噶尔部众，能耐劳苦，勇猛异常，天山以南，葱岭以西，阿尔泰山以东各部畏之如虎，一闻其至，无不奔走。故自噶尔丹始，内外兼并，横行于厄鲁特各部及回疆、唐努乌梁海、青海、西藏、哈萨克、喀尔喀蒙古各地，赫然成为西域霸主。清朝西北地区能否安定，关键在于能否遏制准部割据势力的膨胀，所以康、雍两朝多次用兵，然而各有胜负，问题亦未能彻底解决。乾隆也想寻找机会，以完成祖上“积年未成之功”。但光有这种心愿还是不够，康熙、雍正两朝未竟之事，说明难度不小，所以他必须耐心地等待。噶尔丹策零之死引起准部汗位之争，西北边陲大乱，乾隆认为此为戡定西北的大好时机。另一方面，准部对其他蒙古诸部侵扰连年不断，使安排蒙古诸部的问题越来越突出。乾隆历来以“天下共主”自居，对周边归附来者不拒。十五年，萨喇尔归附，安排在察哈尔一带。
十八年杜尔伯特部三车凌举族内徙，乾廷为此大费脑筋，派人前往黑龙江等处勘地安插。十九年三月，阿睦尔撒纳要来的消息进宫，又一个安插问题接踵而至。
此时乾隆无路可走，最明智的选择是出兵西北，以求一劳永逸。
尽管乾隆自认为征准时机难得，朝中支持者却不多，惟有大学士傅恒不“牵于浮论”，赞同出兵。应该说，不赞成者，也有自己的理由。达瓦齐对清朝并没有恶意，对改善与中央政府的关系还很有热情。十八年八月，舒赫德建议派使臣与达瓦齐修好，结果遭乾隆斥责。
次年，达瓦齐主动派贡使到北京，极力表现恭谨的态度，希望获清政府认可，享受和平时代噶尔丹策零同样待遇，允许赴藏熬茶等。乾隆说，“堂堂大清，内外一统，而夷部乱臣，不要妄想视同与国”，断然拒绝。达瓦齐的恭顺态度，在某种程度上却引发了部分清朝大臣的支持。他们希望不引发边衅，要求维护与准噶尔部的和议。但在乾隆内心中，达瓦齐既是“夷部乱臣”，已失人心。准部内部斗争激烈，这正是勘定西北边陲的大好良机，岂可错失？因此，一切要求维持和平局面的建言，均被拒绝。
从十九年五月开始，清朝加紧备战。乾隆指出，由阿尔泰山与巴里坤分西、北二路进兵，其中北路军三万名，西路军二万名，分别调入自京城满州兵、黑龙江兵、索伦巴尔虎兵、绥远城右卫兵、西安满洲兵、西安绿营兵、宁夏兵、察哈尔兵、新降厄鲁特兵、归化城土默特兵、阿拉善蒙古兵、哲哩木兵、昭乌达兵、
喀尔喀兵、和托辉特兵、宣化大同绿营兵、甘肃各营兵等。所需战马达十五万匹。
乾隆还谕各地，筹集粮饷，并且踏勘进兵路途。他还接连赏赐、开宴蒙古各部王公、台吉、宰桑，特别是刚刚率部内附的杜尔伯特部台吉车凌、车凌乌巴什和车凌孟克等，以促使他们齐心协力进讨达瓦齐。
不管阿睦尔撒纳降清如何迫不得已，有一点乾隆很清楚，即此人将是这次征准不可或缺的人物。十九年七月，他对前去办理边务的大臣策楞说：“阿睦尔撒纳乃最重要之人，伊若来降，明年进兵大有益处”。对阿睦尔撒纳颇为了解的前准部宰桑萨喇尔也及时进言指出：“其为部众所畏服，正可资以前驱，迅扫残孽”。
是年十二月，乾隆匆匆赶往热河，急召阿睦尔撒纳一行到行在觐见，共商进兵权宜。十二日，降清者在避暑山庄御行殿受到隆重的接待。乾隆命王公大臣皆往陪宴，亲自慰问，“并赐上驷舆之乘，亲与其分较马射，并以蒙古语询其变乱始末，赐宴而退”。清朝皇帝的雍容气派和威严，让异乡客人大开眼界。对阿睦尔撒纳降清的诚意，清朝中有人持猜疑态度。办理北路军务的户部尚书舒赫德及定边左副将军策楞，向乾隆提出两条处理建议：一是不宜将阿睦尔撒纳的部众留居乌里雅苏台附近，因为“军营粮饷军器马匹牲畜，俱在附近，又连通准噶尔大路，恐将明年进兵之事，向准夷泄漏”。二是“将阿睦尔撒纳等大台吉，一并留在军营等旨，其老少子女，全部命令携带接济口粮，移至所指地方”。
乾隆指责他们见解“实属错误”，认为：远方归顺之人，尚未知内地作何安插，还没有等到命令，即将其父母妻子发遣，留伊本身于军营，伊心岂有不生疑惧？当然，乾隆此番言论并不说明他对阿睦尔撒纳就深信不疑。因为，早在本年五月，他就谈过阿睦尔撒纳为人“诡诈反复，不可全信”。但乾隆早已胸有成竹，他对阿睦尔撒纳与其说是信任，不如说是从策略上考虑。他需要的是一名进军准部的引路人。
十九年八月，清政府修改派兵计划，喀尔喀兵由 6000 降至 2500，以新降阿睦尔撒纳、讷默库等所率 2300 名厄鲁特兵替补。另外，绿营兵丁原定 1 万名裁至 6000，宣大两镇炮手减去 1000 名。同年十一月，闽浙总督喀尔吉善主动请命，酌派短小精悍的福建藤牌兵随征，结果也被拒绝。乾隆此时的指导思想相当正确，“即满洲兵丁亦不多用，仍以新归顺之厄鲁特攻厄鲁特”。围绕“以准制准”的原则，乾隆还决定两路先锋均委以准部降人。阿睦尔撒纳任定边左副将军，率其
部众出北路；萨喇尔为定边右副将军，率所部出西路。乾隆还特别称赞阿睦尔撒纳沿用昔日旧旗的请求，以使“彼处人众，易于识认”。此年年底，阿睦尔撒纳提出，原定二十年秋季出兵不是十分妥当，应该提前：塞外秋时，我马肥彼马亦肥，不如春月乘其不备，且不能远遁，可一战擒之，永无后患。又准部东境以额尔齐斯河与中国交界，本杜尔伯特原屯地，近接阿尔泰山，可屯田备饷，据形势宜先遣兵万人，而大兵二万整队继续前进。
乾隆最后采纳这个主张，定于二十年二月大军开拔。
清政府在积极备战的同时，还发起政治攻势，以分裂达瓦齐的部置。十九年十一月，乾隆亲拟诏书宣告准部，其文如下：……逮策妄多尔济那木扎勒，本性暴戾，不恤其众，喇嘛达尔扎，因而篡弑，于此时曾欲代天申讨，歼此逆乱，念噶尔丹策零后嗣，惟有喇嘛达尔扎一人，于是恩施格外，未加剿除。达瓦齐以噶尔丹策零臣仆，敢行篡弑，致使噶尔丹策零后嗣灭绝、且又残害同人，酷虐其下，败坏黄教，命令他们还俗。……今为尔众两路兴师，北路命将军班第、阿睦尔撒纳，西路命将军永常、萨喇尔，率兵前进，平定准部、以为车凌、阿睦尔撒纳人众复业之所。尔夷众有车凌、阿睦族属有想内附者，朕亦一体施恩，不想内附者，如谓达瓦齐既弑其主，又绝人嗣，思念大义，不甘为彼臣仆，慕朕德化，抒诚来降者，朕亦同车凌、阿睦尔撒纳等一体抚恤，使居民游牧处，不命令他们迁徙。
总之先来者先受朕恩，后来者后蒙朕惠，即使达瓦齐能痛改前非，输诚投顺，朕亦一体封爵，不令他有所损失，尔等若不知晓朕怜念夷众丧亡，溺于左道，拯救你们于水火之中，不知大义所在，仍怀观望或敢抗拒者，大兵所至，必尽歼除，尔等其详思朕谕，熟思利害，善自裁择，勿遗尔悔，特此相告。
诏书措词气势雄伟，语气软硬兼施，既阐明出兵准部的原因和目的，又表明清政府对准部政策的倾向，乾隆的态度和立场都极其明确，不愧为一篇非常出色的战斗檄文。
清军一切准备完毕，北路定于乾隆二十年二月十五日由乌里雅苏台拔营。因哈萨克人先行抢掠达瓦齐辖区，阿睦尔撒纳奉命提前三天也就是二月十二日动身，随行的还有参赞大臣额驸色布腾巴尔珠尔、郡王品级青滚杂卜、内大臣玛木特、奉天将军阿兰泰等。随后二十四日抵达库卜克尔，三月一日到达齐齐克淖尔。
将军班第紧随其后，于三月三日带大队人马抵达库卜克尔，与先头部队仅差九天
的行程。十九日，当后续官兵抵额尔齐斯之西喇托辉时，前后之师已旌旗相望。
这时乾隆反而担心起阿睦尔撒纳的作用能否得以充分发挥，“一则阿睦尔撤纳系准噶尔人众知名之人，令其带哨探兵前行，人多认识，于收服准夷人众比较容易。再前队既有哨探，复有将军随后带兵继进，声势庞大，军威益振。如将军副将军合并一处，则众人惟知有将军，不复更知有副将军，反而使阿睦尔撒纳于无用之地，不足以展其所长，对于军行无益”。乾隆对阿睦尔撒纳的利用，由此可见。
阿睦尔撒纳的前锋进展顺利，基本没有遇到有力的抵抗。第一批降人是达瓦齐手下的大宰桑阿巴噶斯、乌斯木济、哈丹等人，乾隆特别吩咐要另行处理安插事宜。四月九日，额米尔河集赛宰桑齐巴汗迎清军于途中，十七日，噶克布集赛宰桑达什车凌率 2000 户望风归顺。二十一日，阿睦尔撒纳听说达瓦齐驻兵察布齐雅勒地方，遂轻骑前往二十八日，抵达尼楚滚，正好与西路前锋萨喇尔互为协同。
西路军虽比北路晚十三天起程，但进展速度并不慢。萨喇尔于三月七日抵准部边界扎哈沁游牧地，木齐巴哈曼集率所属三百户迎降。九日，宰桑敦多克以一千二百余户前来归附。十日，阿尔噶斯旧宰桑德济特之弟普尔普及子衮布带六十余户叩首迎接。十二日，准部最有势力的大台吉之一噶勒藏多尔济投降清军，乾隆非常欣慰，封他为绰罗斯汗。十三日，布鲁特之得木齐巴拉、诺海奇齐等三十余台吉，辉特台吉托博勒登族弟巴朗、噶勒杂特得木齐博勒坤、车凌们绰克俱接连相继归附。十四日，巴尔玛得木齐伯克勒特、收楞额库鲁克等率领旧宰桑噶齐拜之子图尔塔默特属户归顺。二十九日，萨喇尔途中经过罗克伦，新降噶勒藏多尔济请求随营效力。四月五日，招抚吐鲁番回民一千户。二十七日，尾随达瓦齐踪迹，驻登努勒台地方，与阿睦尔撒纳军营距离仅二十余里。清军自进入达瓦齐辖地，两路直插准部腹地，如人无人之境，甚至天天都可不战而胜，其建功之易乃是乾隆没有想到的。
达瓦齐没有意料到清军会提前行动。当清军进入准部，其部下不战而降使得他阵脚大乱。为了减轻西、北两路锋线的压力，不得不移师抵达伊犁西北格登山地区。四月三十日，阿睦尔撒纳、萨喇尔齐头并进，“沿途厄鲁特、回子等，牵羊携酒，迎叩马前”。五月五日，渡过伊犁河，逼迫达瓦齐退守格登山。达瓦齐
此时虽拥有众万余人，然军械不整，马力疲乏，人心离散，仅凭地势险要乃是作困兽斗。十四日夜，阿睦尔撒纳派遣使翼领喀喇巴图鲁阿玉锡、厄鲁特章京巴图济尔噶勒、新降宰桑察哈什等带兵二十余名前往刺探敌营。阿玉锡出敌不意，左冲右突，达瓦齐大惊失色，以为清军发起总攻，率二千令人遁去，其余辎重及人员皆为阿睦尔撒纳所缴获。格登山告捷，此来证实乾隆用人恰当，指挥无误，所以他自己也为此感到得意万分，事后高兴赋诗：
敉宁西极用偏军，天马人归敬受欣；
每至夜分遥檄问，所希日继喜相闻；
有征已是无交战，率附常称不变芸。
达瓦齐逃出格登山，越过奎鲁克岭，南走回疆，身边只剩百余骑。六月八日，以乌什城阿奇木伯克霍集斯素与之善而来投奔，结果误入罗网。十四日，班第派人提解达瓦齐，二十五日，遣哈达哈押送他人京。是年十月十七日献俘京师。随之论功行赏，傅恒以襄赞之力，加封一等公，班第封一等诚勇公，萨喇尔封一等超勇公，阿睦尔撒纳晋双亲王食双俸。达瓦齐因对清廷并没有直接冲突，免死加恩封亲王，人旗籍，赐第京师，得善终，充分展示乾隆怀柔远人的宽阔胸怀。随后，乾隆御制平定准噶尔告成太学碑，以永远昭告后世，是为第一次平定准噶尔之役。
乾隆鉴于准部强盛，曾对抗清朝很多次，故平准之后，欲“众建而分其力”，重新建立厄鲁特四部的统治秩序。当达瓦齐手下大宰桑噶勒藏多尔济来降时，即被封为绰罗斯汗，另外又封策凌为杜尔伯特汗，阿睦尔撒纳为辉特汗，班珠尔为和硕特汗。
乾隆这样的安排明显不能满足阿睦尔撒纳的野心。他志在统辖准部全境，以为在征达瓦齐战役中数次立下战功，清朝会“以己为珲（浑）台吉，总管四卫拉特”。
他对班第说：“因我四卫拉特，与喀尔喀不同，如若没有总统领，恐人心不一，不能外御诸敌，又生变乱。”他还命令亲信大造舆论，四处宣称说乾隆必封阿睦尔撒纳为总汗，而且仿效噶尔丹策零时期行文俱以专用小红钤记，不用清廷颁给的副将军印信，不用乾隆所赏黄带孔雀翎，甚至私自占有达瓦齐拥有的马驼牛羊，擅杀投诚台吉宰桑，逼迫不听他指使的宰桑远离伊犁。
二十年（1755 年）五月，乾隆降谕，待擒获达瓦齐之后，阿睦尔撒纳赴热河觐
见，再行加恩。接到班第、萨喇尔进呈的关于阿睦尔撒纳不法行为的密折后，遂以阿睦尔撒纳忘恩负义、叛逆昭彰，决定先发制人。六月，乾隆催促阿睦尔撒纳驰赴热河，同时密令班第，如果阿睦尔撒纳不肯动身，就以图谋防范哈萨克为由，诏萨喇尔，鄂容安设计将他一举擒获，就地正法。班第认为兵力单薄，不敢贸然下手。乾隆又密令阿桂等带兵赶往塔尔巴哈台地方将阿睦尔撒纳的妻子及亲信捉拿押解京城。
六月二十九日，阿睦尔撒纳在扎萨克亲王额琳沁多尔济陪同下，动身人京朝会。尽管他本人并不知道乾隆的意图，却早已经有心理准备。六月中旬，被派往监视阿睦尔撒纳的额驸色布腾巴尔珠尔奉诏先回皇宫，阿睦尔撒纳与额驸看法相似，甚是投机，故私下以总统厄鲁特四部之意乞其代奏，并约定若得皇上允许，便于七月下旬前往见面。其实，阿睦尔撒纳对觐见之事并无兴趣，他关心的是，托付色布腾巴尔珠尔的事情能否得到批准。因为有约在先，所以在与额琳沁多尔济同行时，格外小心，沿途慢慢前进。八月，阿睦尔撒纳到乌隆古，仍未得到额驸消息。这时他已经明白将要发生什么事。乌隆古邻近阿睦尔撒纳旧游牧地区。
于是他便留下乾隆所赐予的定边左副将军印，不辞而别。
据后来昭裢裢记载：迨八月中尚无信，恐怕事情已有变故，入境且得祸，遂阴召其众，张幕请额宴。酒数行，起谓额曰：“阿某非不臣，但中国寡信，今入其境，如驱牛羊人市，大丈夫当自立事业，安肯坐以待毙？”遂命呼酒者再四起，旌旗耀目，拥护阿逆出营去。阿逆徐解副将军印组，掷与额曰：“汝拿着这个交还大皇帝可也！”于是据鞍驰去。额琳沁多尔济瞠目视之，拿之没有办法。
阿睦尔撒纳逃走的消息，重新引起准噶尔地区的骚动，许多不甘心失败的宰桑及其旧人随风附和，攻击准备进入准部地区的清军。八月二十三日，伊犁宰桑克什木、都噶尔、巴苏泰率兵攻打伊犁，班第、鄂容安等不敌，于次日带守军朝崆吉斯方向退守，二十九日，被围困于乌兰库图勒。班第、鄂容安战败自杀，副将军萨喇尔虽突出重围，却又立即被乌鲁特宰桑锡克锡尔格擒拿送交阿睦尔撤纳处。
当时定西将军永常拥兵 5000 驻扎穆堡，听说伊犁不守，本可派兵接应北路幸存官兵，但他害怕遭到阿睦尔撒纳暗算，疑惧不敢向前，从而造成严重后果。
乾隆降旨追究其失职怕事之罪，拿押来京，结果其病死于途中。刘统勋以协理总
督转运军储驻巴里坤，因轻信谣言，退守哈密，失去惟一的救人机会，乾隆念其一介书生，军旅之事非他所长，不再追究，仅拈诗嘲讽：
集赛伊犁历一过，珠崖请弃竟如何？
我非勤远惟观火，卿误养奸作止戈。
究胜寒蝉原所谅，堪称老马无可讹。
犁牛骑进阳关矣，只恨难为叩角歌。
准部得而复失，清军西、北两路损兵折将，乾隆不得不重新进行人事安排，加封额驸策楞为定西将军，富德、玉保、达瓦党阿为参赞大臣，又命兆惠驻巴里坤处理事务。二十一年（1756 年）正月，玉保担任先锋，追寻阿睦尔撒逃跑的踪迹，沿途进展颇为顺利。一日。清军抵特克勒河，距阿睦尔撒纳营地不远，玉保正准备下令追击，侍卫福昭突然传来报告，说台吉塔尔布、固尔班和卓、伯什阿噶什、巴图尔乌巴什等已将阿擒获。
这本是一个未经证实的消息，玉保却信以为真，并且驰报策楞。策楞亦因立功心切，不审属实，飞章京师告捷。事实上，这是阿睦尔撒纳计划的一个政治攻势，借此迷惑清军，赢得脱身时间，率残部越库陇癸岭，逃往哈萨克。二月十三日，乾隆在动身赴孔林前，获此消息，非常激动，立刻更改行程，去泰陵感谢祖先的“默垂庥佑”，并降谕封策楞为一等公，玉保为三等男。二十六日乾隆又获策楞奏折说，前报擒阿逆，“子虚无有”。乾隆大为恼火，降旨将玉保、策楞革职，解京治罪。是年五月，乾隆任命达瓦党阿接替策楞定西将军之职，富德副之，授予巴里坤办事大臣、兆惠以定边右副将军衔协助处理军务。
达瓦党阿按照命令排出西路，哈达哈出北路，阿睦尔撒纳与西路清军相遇，败北后立即逃入哈萨克人的军营。这时他故伎重演，遣哈萨克人前往达瓦党阿军营，假称阿睦尔撒纳“即欲擒献，但需汗至，乞暂缓师待”，结果再一次金蝉脱壳。同时，北路出击的哈达哈遇阿布赍汗哈萨克兵千余，也无心追剿，听到他逃走的消息，两路清军遂无功而返。
阿睦尔撒纳逍遥遁去，使准部形势进一步复杂化。喀尔喀亲王额琳沁多尔济由于阿睦尔撒纳逃走，被乾隆下旨自尽。当地人众对此很反感。郡王青滚杂卜趁机大做文章，擅自撤回所守台站卡座，使清政府北路台站从第十台到二十六台全部处于瘫痪状态，联络暂时中断。受清朝册封的准噶尔绰罗斯汗、辉特汗、杜尔
伯特汗都因为家属被留在热河，实际上相当于人质，心怀不满，相继作乱。阿睦尔撒纳一看各地台吉宰桑纷纷从中作乱，便从哈萨克出山，与他们会盟于十罗塔拉河畔，幻想做梦寐以求的四部总台吉。
二十一年九月，定边右副将军兆惠曾奉乾隆之命驻扎伊犁。当时阿睦尔撒纳复叛，伊犁势单力薄，乾隆唯恐兆惠能力有限，密令他火速退回巴里坤，同时立马调拔察哈尔、吉林兵各 1000，索伦兵 2000，阿拉善兵 500，前往巴里坤待命等待前去支援。十一月二十五日，兆惠从济尔哈朗东行，经鄂垒、库图齐、达勒奇等地，于次年正月五日抵乌鲁木齐，惨遭遇噶尔藏多尔济、扎那噶布尔、尼玛、哈萨克锡喇等叛乱宰桑联合攻击。二十二日，筋疲力尽的官兵在特讷格结营自保，以等待救援。三十日，自巴里坤间道接应兆惠的侍卫图伦楚及时赶来给他们解围。
二月二十三日，清军抵达巴里坤。
兆惠没有归来之前，乾隆就调兵遣将集结巴里坤，准备随时反扑。成衮扎布因熟悉蒙古事务，授定边将军，其弟车布登扎布精明能干，暂署定边左副将军印务。授予舒赫德、富德、鄂实为参赞大臣，色布腾巴尔珠尔、阿里衮、明瑞、额勒登额、侍卫什布图铠、巴图鲁奇彻布等为领队大臣进行行走。三月，将军成衮扎布出北路，右副将军兆惠出西路。
根据乾隆指示，清军做好长期打恶战的准备。但在进军途中，情况显然迥异。
原来准部地区却在这时发生了两件重要的事情：一是叛乱的台吉噶尔藏多尔济被他侄子扎那噶尔布袭击杀害，而宰桑尼玛又接着密谋擒杀扎那噶尔布；另一件事是厄鲁特各地痘疫流行，染疾者甚众，幸存的开始四处逃亡，叛军不战自溃。兆惠进入厄鲁特地区的第一件任务，就是打探阿睦尔撒纳的踪迹。五月一日，他派奇彻布、达礼善、努三、爱阿隆，图伦楚等带兵去额布克特地方进行侦察，终于从游牧人口中得知阿睦尔撒纳已潜逃至巴雅尔。六月，哈萨克阿布赍汗请降，派遣使者纳贡，且誓言帮助擒获阿逆。
这样一来，阿睦尔撒纳唯一能安身隐匿的处所就只有偷越边境从而逃往俄罗斯。清军在境内搜捕阿睦尔撒纳不见行踪，兆惠等也猜测到他可能已进入俄罗斯，于六月中旬，遣顺德讷前往俄罗斯铿格尔图喇，会见俄方官员。但是俄方一口否认阿睦尔撒纳的到来。二十七日，驻扎在阿尔察图的阿布赍汗派人告知，本月十九日阿睦尔撒纳前来投靠，阿布赍“告以明早相见，因先散其马匹牲只”。阿睦
尔撒纳知情况可能有变，于是同数人步行遁去。兆惠等据此更加肯定阿睦尔撒纳藏身俄境。俄方为搪塞清政府，谎称阿睦尔撒纳已淹死于额尔齐河。顺德讷一行便沿河打捞十几日，谎言最后是被揭穿。
八月十五日，顺德讷往见西伯利亚总督玛玉尔，提醒俄方必须遵守双方约定，引渡逃犯。俄方再次否认，但兆惠、富德已从俘虏的口供中证明阿睦尔撒纳在俄罗斯。
据目击者伊宛供述：七月初旬，曾看见阿睦尔撒纳带领八人步行至俄罗斯，被割草人擒获，我因认识阿睦尔撤纳，前去观看，阿睦尔撒纳问我为谁，答以达瓦属人，阿睦尔撒纳于是进入玛玉尔室内，是夜立刻送往察罕汗处，其八人又于次日解送。
乾隆获知阿睦尔撒纳潜入俄罗斯，缉拿叛匪的态度仍十分明确，说“是逆贼一日不获，西路之事一日不能告峻”。他下谕命令理藩院行文萨纳特衙门，要俄方“遵照原先规定不匿逃犯之条，将阿睦尔撒纳送来”。但沙皇俄国仍无视中国政府的合理要求，拒绝交出叛匪。
沙皇俄国之所以庇护叛匪，是希冀以阿睦尔撒纳作为分裂中国、笼络西北的工具。但是，乾隆二十二年（1757 年）九月，阿睦尔撒纳这位民族的叛匪因患痘疫结果暴死他乡，结束可耻一生。沙俄当然不愿为一个死人而与清朝闹翻。十一月一日，西伯利亚总督将阿睦尔撒纳的尸体运到恰克图。
次年正月，俄罗斯毕尔噶底尔差图勒玛齐、毕什拉等到中俄边界检验尸体。
经乾隆派人前往验看，断定阿睦尔撒纳确死无疑。
乾隆于是放心地说：“俄罗斯将阿睦尔撒纳之尸解送与否，均可不必深论”。
戡定回部叛乱
乾隆二十年四月二十四日，清定边右副将军萨喇尔呈上击败准噶尔汗达瓦齐的消息时报告：领兵前进，加上陆续招降各部人员，共四千余户，“内和卓木原是叶尔羌、喀什噶尔回部之长，因策妄阿喇布坦时羁留伊父为的人质，至今没有放回，将属下三十余户，率领来归。”
萨喇尔提到的原“叶尔羌、喀什噶尔回部”之长和卓木，是指大和卓木（亦称大和卓）布拉呢敦（布那敦、博罗尼都）与小和卓木霍集占两弟兄。
《清实录》、《圣武记》等书中所指的“回部”、“回人”，在唐朝叫“回纥”，
宋、辽、金时写为“回鹘”，在元、明两代叫畏吾、畏兀、畏兀儿，清人称为“回部”、“回民”、“缠回”、“回子”，所指的就是今天新疆的维吾尔族，主要聚居在天山以南的广大地区，也有部分居住在北疆和伊犁。
维吾尔族曾经建立过非常强大的回纥汗国，但从十三世纪初蒙古兴起以后，就降为蒙古汗王的属人，在相当长的时间内，由元太祖成吉思汗之次子察合台的后裔进行分别控制，形成了若干王国和地面。
明末清初，回疆有大小回城数十个，回庄小堡上千，统一隶属于叶尔羌汗国，汗依然是察合台的后人。这时伊期兰教中出现了“白山”、“黑山”两个教派，两派互相争夺，“黑山”派在叶尔羌汗伊斯玛业勒的支持下，将白山派首领伊达雅图勒和卓赶出境内。
康熙十九年准噶尔博硕克图汗噶尔丹同意和卓伊达雅图勒的请求，发兵十二万，消灭了叶尔羌汗国，尽执元裔诸汗迁居天山以北，扶持伊达雅图勒为阿帕克和卓（意为世界之王），经由他及各城伯克统治回疆。康熙三十六年噶尔丹兵败暴卒，阿帕克和卓之子玛哈木特在喀什噶尔、叶尔羌的伯克（封建主）支持下，趁机兴起，欲图建立一个新的伊斯兰教汗国，从而完全摆脱准噶尔贵族的统治。策妄阿拉布坦出兵征服南疆，拘禁玛罕木特于伊犁，以其二子布拉呢敦、霍集占为人质，常常令其率数千维吾尔族人员垦地输赋，并曾将他俩囚于地牢数年。
乾隆帝看过萨喇尔呈述和卓木来归的奏折后批阅说：“投诚之和卓木”，原系叶尔羌、喀什噶尔回部之长，“羁留准噶尔为质”，未经放回，“情甚可怜”，“著萨喇尔即将伊派令前来入觐”，至回营时，“仍令复回原部，并将此预行告知，俾知感戴”。时日不久就生变乱，二人未曾至京朝觐皇帝。清政府遣兵送大和卓布拉呢敦回叶尔羌，“使统其旧部”，驻留小和卓霍集占于伊犁，“掌回务”。
乾隆帝对“投诚之和卓木”的处理，由此可见他已确定了对回部（回疆）的基本方针，把它和哈萨克部区别开来，实行不同的民族政策。
对哈萨克，乾隆只要求其朝贡，允许互市，保持与对安南等国同等的朝贡待遇，基本上是国与国之间的外交关系，只不过清朝是大国，是天朝，哈萨克、安南等是小国，是“属国”，而对回部，则是把它当作与喀尔喀四部蒙古一样的“藩部”，将其纳入清朝的版图，征收赋税，责令按期朝贡与入觐，重大问题要听从清政府裁决。虽然清廷没有说明为什么要这样做，但道理也很简单，因为，从十
三世纪以来，回部就是蒙古察合台汗后裔及准噶尔汗的属部，归其统治，遵其命令，缴纳赋税，充当苦役，佥兵从征，甚至将和卓、伯克成为人质，听从准汗的差遣和奴役。
现在既然准汗臣服于清朝，清政府当然有权接管回部，当然对回部拥有统治之权，清帝与回部和卓、伯克和一般人民之间当然存在着君臣之分、君民之分。
所以，乾隆帝得知和卓归来时，即令其入觐，既表示予其以目睹龙颜的恩宠，让其“俾知感戴”，也清楚地表明从此以后双方就是君臣关系，和卓成为清帝属臣。
乾隆帝在二十年四月进攻准汗达瓦齐时就决定了要统一回部，并在此时还基本上确定了以“招抚”为主的战略，通过使遣使宣谕，让各和卓、伯克率部归来，以便和平统一回部。他的这一想法，是与当时厄鲁特四部台吉、宰桑纷纷归来的事实分不开的，骁勇剽悍的准部台吉，宰桑都不敢与清朝对抗，都自动降服，那么，一听准军到来就四处逃亡的回部子民，当然会仿其所为争先归来。所以，他便遣兵护送大和卓回叶尔羌，“使统其旧部”，而不将其羁为人质，又令定北将军班第遣人招抚大伯克霍集斯等来归和人觐。直到二十二年四月他还谕告军机大臣：大兵征伐阿睦尔撒纳及其他叛乱的台吉、宰桑，进展十分顺利，“即可剿灭贼众。厄鲁特等既皆翦除，则回部自可降服。”
但是，随着回部形势的发展，以及陆续吸取了阿睦尔撒纳权大生变和厄鲁特台吉、宰桑降而复叛的经验，他逐渐修改了政策，修改为抚剿兼施，力擒首领，招抚多数，而且就在招抚各和卓、伯克来归时，也十分警惕，尽力防止他们揽权割据独占回部。
在其期间，乾隆帝特别注意大、小和卓的动向，极力争取他们归顺清朝。他这样做的原因，是不难理解的。由于广大维吾尔族人信奉伊斯兰教，因此教主大、小和卓在回部中威望甚高、影响很大，说服了两和卓，统一回部之事就易如反掌。
何况，两和卓之所以能脱离地牢之苦，靠的是清军，清军不打败达瓦齐，他俩还得在牢中苦苦挣扎，他俩怎能不为有救命之恩的清帝尽忠效劳？退一万步说，就算是不理会恩德之事，单就实力来考虑，拥有信徒上百万的大、小和卓，既然斗不过噶尔丹策零与达瓦齐，被拘于狱，那么，他俩又怎能和生擒达瓦齐的清军交战，怎敢拒绝“天下之共主”的大皇帝的招抚？因此，乾隆帝多次下达谕旨，处理招抚二和卓之事。
乾隆二十一年四月十六日，定西将军策楞岂奏：阿底斯等禀报：布拉呢敦、霍集占等“向与叶尔羌、喀什噶尔有隙”，现将回人和我的妻子移往库车、赛哩木、济木萨一带居住，若遣使招抚，“自必投诚”，移往吐鲁番。“查回人素受准夷奴役”，今舍伊犁而去，必不愿回，应即派员到阿底斯等地招抚，将他们移往吐鲁番。阿底斯的报告，真假难辨，说二和卓带领回人离开伊犁，前往回疆，此事属实，而言其与叶尔羌、喀什噶尔有仇有怨，则系谬误。
此二城为回疆中的大城，二和卓及其祖、父在此有很大的影响，亲友属员众多，是他俩依靠的重要基地，怎能说“有隙”而不前去？的确，阿底斯这样说有其个人打算，那就是试图利用清朝的威力“招抚”一大批“回人”，带到吐鲁番，使他们成为自己的属民，听从差遣和纳赋，这样一来，不仅增加了属民，扩大了租赋收入，加强了个人势力，而且也可讨好于清朝，得到赏赐，封授爵位，大大提高自己的政治地位。策楞可能是由于不了解二和卓的情况，故听信了阿底斯的话。并派员随其前往招抚。乾隆帝则由于早有统一回部的想法，故未加核买而任其行动。
四月二十七日，策楞再次呈报：布拉呢敦、霍集占等两次遣人至军营，“俱未得达”，今又遣厄鲁特策勒伯打探清兵抵达伊犁的消息，“欲来投诚”。乾隆帝明谕军机大臣：布拉呢敦等“屡次遣人探信，如投诚之意属实”，策楞应立刻派兵前往晓谕，他们如若亲至军营，“即准其归降，其如何安插纳贡之问题，奏闻请旨”。
起初，布拉呢敦与霍集占对怎样处理与清朝的关系，意见有所分歧。布拉呢敦比较谨慎，不愿得罪于清政府，原意接受清朝的辖束；霍集占则“奸诈异常”，不甘为人下，力图独立回部。乾隆二十年秋阿睦尔撒纳叛乱后，霍集占不顾清帝救命之恩，“率众助逆”，在乾隆二十年十二月与阿会合，“兵势颇盛”，击败了萨喇尔和协助清军平叛的厄鲁特台吉、宰桑之兵，使阿在这次战争中免于失败，进入伊犁。
第二年清军收复伊犁时，小和卓始率部逃归回部，与兄长住在一起，他对清朝始终抱有怀疑之心。两弟兄意见分歧，霍集占势力大，能言善辩，对兄长的态度和行动，逐渐产生了很大的影响，因此自二十年夏被清军从地牢释放后，在相当长的时间里，他们始终没有正式向清朝臣服和归顺，但也未采取公开敌视行动，
而且还故意作了一些表示友好之事。
起初，大和卓对弟弟的行为颇有疑惑，规劝说“从前受辱于厄鲁特，非大国兵力，安能复归故土？恩不可没，即兵力亦断不能抗”。小和卓木不以为然说：
“你我兄弟二人被准噶尔禁锢，历有年数，今始得归故土，若听大皇帝谕旨，当与禁锢何异？”其实，这位民族分裂分子小和卓木真正担心的是，乾隆会追究其“率众助逆”之责，于是决心与清朝闹独立：“莫若与清朝抗拒，地方险远，内地兵不能即来，来亦者皆疲惫，粮运难继，料无奈我何。且准噶尔己灭，近地并无强邻，收罗各地，可以自立”。
对于小和卓木的反叛行为，乾隆渐有所闻，于是耐心逐渐消失，二十二年正月，指示军机处：“令波罗泥都（大和卓木）等酌定贡赋章程，前来陈奏，伊等遵行则已，倘若有拒犯，俟剿灭厄鲁特后，再派兵前往办理”。
同年四月，乾隆再谕军机大臣：“伊等不立即前来投顺，明系别生异心，即应派兵擒拿”，他还特别强调：即使两和卓此时降服，“亦即擒拿来京，否则，即派兵剿灭”。
同年五月，发生副都统阿敏道在南疆被杀害事件。二十一年秋，阿敏道遵循右副将军兆惠的命令，率索伦兵一千名、厄鲁特兵二千名及投诚的回部伯克（意即总管）鄂对等（回部汗的部属），前往南路招抚两和卓木。由于侍卫托伦泰的文书报告内容严重失实，导致兆惠误认为“回城地方并无事故，毋庸多带兵前往”，而阿敏道也因此失去警惕，随行的伯克鄂对也曾提醒他注意小和卓木的阴谋，但他不听，仅以满兵百人驰入库车城内，结果被囚禁。二十二年五月，小和卓杀害阿敏道，正式反清。
阿敏道被杀，清朝招抚策略宣告失败。乾隆愤怒地说，绝对不能“忍心于死事之臣，而不为之复仇也”，遂即刻命雅尔哈善为靖逆将军，统兵征讨。
叶尔羌和喀什噶尔是大小和卓木的叛乱的两个基地。这二大回城，都有他们祖父阿布都实特的党羽与亲戚故旧。小和卓木说服了哥哥叛清，两大回城云集响应。他们还派员传示各城准备鞍马器械，听命两和卓木。除叶尔羌、喀什噶尔、和阗等所属数十万回族户外，库车、阿克苏、乌什、拜城、赛里木等所属一些回人亦受其感。一时间，天山南路黑云压城，大有分裂割据的情势发生。
乾隆低估了叛军力量，以为“厄鲁特等既皆消灭，则回部亦可招服”。正是
由于轻敌，导致他平叛初期犯了用人不当、主观冒进的严重错误。二十三年（1758年）四月，他竟下旨调平准主帅兆惠返京休息调整，同时令雅尔哈善代兆惠总理回部一些事务。
雅尔哈善，全名觉罗雅尔哈善，是位儒雅之将。在征准战役中，因剿杀降人沙克都尔曼济立下大功，曾授参赞大臣、兵部尚书等职，然后又以靖逆将军挂帅征回京师。《啸亭杂录》中记载：“雅固书生，未娴将略，惟听偏裨等出策，令不画一”。对雅尔哈善的不足之处，乾隆并非无所知，只因他忽视回部现有力量，以为凭借雅尔哈已经足够，一念之差，带来严重后果。
二十三年五月，雅尔哈善率满汉官兵大概万余在旧库车阿奇木伯克指引下，由吐鲁番进攻库车。和卓木兄弟收到消息后，带鸟枪兵万余由阿克苏戈壁捷径来援。六月，领队大臣爱隆阿遭遇半途截击，先后于和托鼐、鄂根河畔斩杀数千。
和卓木兄弟召集余众退保库车城中。雅尔哈善竟然自以为敌人自投罗网，用兵紧围，等待其力竭而降，自己则终日棋弈，不巡视堡垒，亦不出击。
阿奇木进谏说：“贼必不株困围城，势必遁。遁有两条道路：一由城西渭干河涉浅渡；一由北山口向阿克苏戈壁。请求在两个重要通道各伏千兵以待”。雅尔哈善置之不理。二十四日凌晨，索伦兵听到城中驼鸣负重之声，潜告雅尔哈善，雅尔哈善仍不相信。两和卓木及伯克阿布自西门而出，由北山口逃走。把守西门副都统顺德纳听到报告，以昏夜不利发兵为理由，及天亮始遣百余人追之，为时已晚。
事件发生后，雅尔哈善将责任全部推给顺德纳，上书参劾。乾隆降旨将顺德纳革职，并训斥雅尔哈善身为将军难辞其咎，要他一面加紧围攻库车，一面着手追击小和卓木。库车城墙以沙土、柳条筑成，十分厚实坚固，且依山傍水，易守难攻。提督马得胜令绿营兵穴地为隧道，可惜操之过急，让守城回兵知道情况，反堑其外，实藁焚之，600 余名清军一下子化为灰烬。雅尔哈善这次又把失败的责任推给马得胜。
库车之役从五月持续到八月，没有丝毫进展，乾隆忧心忡忡。当他再次接到雅尔哈善弹劾他人的报告时，愤怒地指出：“前后奏报，情词矛盾，惟图左枝右梧，先开始参顺德纳以卸过，继参马德胜以推卸责任，并无一语说自己的罪过，殊不思身任元戎，指麾诸将者，谁之责欤？此而不置之于法，国宪安在！”然后
下旨命兆惠就近前往库车一带处理回部，雅尔哈善、哈宁阿、顺德纳都皆被革职，“兆惠至军营日，即著拿解来京，将此先行通谕知之。”二十四年正月，雅尔哈善以失职罪在京就地处决。
库车之败，给头脑发热的乾隆泼下冷水。他不得不收回成命，让兆惠重新出山。事实上，兆惠在接获回京谕旨之前已经动身进入回部地区，返京之事并未付1
令兆惠移师回部，小和卓木早已选择放弃库车，撤退至阿克苏。
二十三年八月二十日，兆惠军抵达阿克苏城下，回众头目颇拉特、和阗伯克霍集斯先后请求投降。兆惠办理回务不久，各地回城伯克受到抚慰的消息不时进京，乾隆此时又错认为征回大功告成在即，无须多烦兵力，故下旨停止续派清军，同时又命车布登扎布将喀尔喀土兵自阿济必济带回游牧地休息调整，厄鲁特汗罗布藏多尔济所领厄鲁特兵丁亦奉命返回原地驻地，副将军富德则奉命等候兆惠消息，不需前往协助。就在兆惠带兵四千名，兼程向叶尔羌突击时，因为清军停止后续增援，使兆惠陷入两难处境。
时小和卓木已坚壁清野，割田禾敛民众入城，使清军一无所获。又于叶尔羌城东北五里掘壕筑土台，让大和卓木据喀什噶尔相犄角。十月六日，兆惠兵临城东，派两翼夺据土台，共同击败回军从东、西、北三门出动的数百名骑兵。由于叶尔羌城周十余里，四面十二个门，兆惠兵少因此不能攻城，只得在城东隔河有水草处结营自卫，待援师到来。
葱岭北河流经喀城外，而葱岭南河流经叶尔羌城外，当地一些回人称北河为赤水河，南河为黑水河。兆惠屯营处即南河岸边，他决定一方面派副都统爱隆阿分兵八百守住喀什噶尔来援之路，另一方面努力谋求物资以充军实。
十三日，侦查得知奇盘山下有回人牧群，遂率兵千余由城南夺桥过河。清兵刚通过四百余，桥突然断。敌方先出四五千骑堵截，万余步兵随后，对清军进行前后夹击，两翼冲杀，使清军散落成数处，各自为战，阵亡者数百，受伤者不可计算。总兵高天喜、副都统三保、护军统领鄂实、监察御史何泰、侍卫特通额当场阵亡。
兆惠经过此次打击，不敢轻易复出。十七日夜，派五名精明强干者分路奔赴阿克苏告急。舒赫德将紧急军情飞章入奏呈报乾隆。回军数倍于清军，且团团围
住“黑水营”，但他们早就听说兆惠带兵凶悍勇猛，故不敢轻易强取，只是沿清军营垒别筑土台，以为长久围困之计。回人向来有掘地藏粮之俗，据说过去是为了避过准噶尔人的搜刮。兆惠令清军在营地作中林地挖掘，果真意外得粟数百石。
回军又引水灌营，反而供给清军水源。回军鸟枪所射铅子夹于树枝间，清军伐树得数万并给予回击。清军就这样奇迹般坚持了三个月之久。
时值布鲁特人掠喀什噶尔城，清军趁机纵火攻烧回军大营，大和卓木怀疑布鲁特人是应清军之邀前来夹击，所以派人会见兆惠议和，兆惠提出必须以缚献小和卓木为条件，和议自然不成。
副将军富德在北路闻黑水营之警，即率新到的索伦、察哈尔兵二千名及北路厄鲁特兵总共一千余名冒雪奔救。二十四年（1759 年）正月六日，攻打回部骑兵五千名于呼尔满日渡叶尔羌河，距黑水营尚有三百里，但因沿途均有叛军阻击，所以行动缓慢，不过正好碰上巴里坤大臣阿里衮带兵六百名，合爱隆阿之兵一千余连夜赶到，三路共同奋进，直驱黑水营。大小和卓兵败遁走，兆惠与援军合师，兴师退回阿克苏休整。
黑水被围，清军反而取胜，功归兆惠。他在一定程度上把乾隆不当部署所带来的损失减少到最低。但他不以此为功，反主动上奏以轻敌引咎请罪。这与雅尔哈善推责诿过形成明显对比。乾隆以兆惠忠诚勇敢，下令晋升武毅谋勇一等公，加赏红宝石帽顶，四团龙补服。
黑水营解围之后，兆惠准备雄厚兵力，由阿克苏、和阗两路联合出击。他与阿里衮及参赞大臣巴禄等领兵驻候马驼粮饷外，分兵一半，令参赞大臣爱隆阿前往乌什驻扎，减轻口粮，兼防喀什噶尔一路。又由于回酋鄂斯等进犯和阗，侍卫齐凌扎布等请兵相应支援。
兆惠因当前马力疲乏，先拣官兵数百名，令瑚尔起、巴图济尔噶勒前往，沿途抓住路人询问军情。若和阗守御依旧，即会同守军内外合击；如已被占据，则俟粮饷马匹到后，派富德、巴禄即领兵前去接济。而兆惠自己等到办足五千兵粮马，再策应富德，并从和阗往取叶尔羌。
二十四年二月，乾隆获悉兆惠等人计划，很不满意，指责三点：一、兆惠身为将军，为何自己不救援和阗，反而命令瑚尔起、巴图济尔噶勒前往？二、巴禄得到和阗被围消息，因支援兆惠，没有马上前往，今黑水围既解，何以不速驰和
阗？三、兆惠、富德所议两路进兵，均以叶尔羌为目标，回部两和卓木另一个根据地——喀什噶尔为什么没有谈及筹备？因此，乾隆要兆惠从阿克苏取叶尔羌，富德由特穆尔图诺尔或乌什取喀什噶尔。
四月，富德抵额里齐，和阗所属六城阿浑、伯克及回民数千携酒跪迎，和阗之危急解除。由于这时各路清军位置已有变更，乾隆更改命令使兆惠往取喀什噶尔，富德就近攻叶尔羌，巴禄由巴尔楚克向叶尔羌方向移动，在一定期限内与富德相呼应。此年闰六月二日，小和卓木自知孤城难守，放弃叶尔羌，逃往英吉沙尔。城内以喀玛勒和卓为首的大小伯克愿意请降，富德即派遣鄂博什等人率兵五百名持檄往谕。
十四日，鄂博什抵叶尔羌城内。十八日，富德整顿旗鼓，自南门进城，城中百姓观者塞道，争相献上果饵，对清军态度极为友好。叶尔羌和平收复，没有遭战火之劫，大部分居民相安无事。与此同时，另一路兆惠于当月十四日带兵抵喀什噶尔城，当地回民“献牛羊果饵，歌舞庆幸”。攻下大小和卓木两个叛乱基地，乾隆表示十分满意：“逆贼兄弟虽畏罪先逃，而两大城市回部著名之地，既欢迎恐后，则二贼就擒计日可待”。
小和卓木放弃叶尔羌，遣阿布都克勒木传信大和卓木，将喀什噶尔属下各城回民迁往巴达克山，并约定六月二十四在提斯哀会师。清军从俘获的回人口中得知他们去向，参赞大臣明瑞率前锋一千余骑追至霍斯库岭，杀敌共计五百名。七月十日，清军在阿尔楚山与回军决战，富德以火器锐利营居中，明瑞、阿桂为左翼，阿里衮、巴禄为右翼，别列奇兵、援兵二队，如墙而进。奇兵夺下左右两山，左翼、右翼、中间三线同时出击，戮贼一千余，获兵械器不可计算。
三天以后，两和卓木抵至巴达克山界之伊西洱库河。大和卓木护送家属先行一步，小和卓木以万众据北山及迤东诸峰负隅抵抗。富德令阿里衮由南岸趋西岭追大和卓木，自己全力攻东峰小和卓木军。是投降回众一万二千余人，牲畜万计，两和卓木携妻孥及三、四百人逃入巴达克山。富德一方面派遣伯克霍集斯、侍卫额勒登额等带兵一百名向巴达克山汗索勒坦沙追索两和卓木，一方面将上述情况迅速上奏。
乾隆闻知，对富德仅派遣侍卫额勒登额和伯克霍集斯一行赴巴达克十分不满，下旨斥责。富德遭到斥责后，于八月二十五日，以十分强硬口气限巴达克汗
索勒坦沙在三十天之内将两和卓木交出，生者缚送，死者检验，逾期不至，即行加兵。为杜绝后患，索勒坦沙将两和卓木暗自诛杀，并通知清军。九月初九日，通过熟悉小和卓木兄弟的右卫满洲纳达齐前往巴达克山检验属实，十月初二日，富德自巴达克山凯旋。征回战役正式宣告结束。
戡定回部叛乱之后，西北局势基本稳定。乾隆戡定准部与平定回疆，时间正好衔接，目的都是为阻止西北分裂，以维护国家统一。他归纳平准、征回两役，得意之情喜形于色，十月二十四日，颁《御制开惑论》宣告中外。十一月五日，又作《御制平定回部告成太学碑》、《御制平定回部勒铭叶尔羌碑》、《御制平定回部勒铭叶什勒库勒诺尔碑》等，将用兵准部、回部原因及成功始末刻石志之。
乾隆二十四年十月二十三日定边右副将军富德报告捷音的奏折送到京师后，乾隆帝非常高兴，立即下旨，宣告天下，封赏有功官员，定边将军、一等武毅谋勇公兆惠，加赏宗室公品级、鞍辔，授一子为三等侍卫；富德从一等成勇伯晋升为一等靖远成勇侯，赏戴双眼孔雀翎，授一子为三等侍卫；参赞大臣一等公明瑞、阿里衮，赏戴双眼孔雀翎；参赞大臣舒赫德等官员，交部从优议叙，参战士卒赏给两月钱粮，叶尔羌等城兵丁赏一月钱粮。贝勒霍集斯伯克，抒其所见，竭力协助将军、大臣成功，加封为郡王品级，贝子鄂对伯克亦加封贝勒品级。
第二天，乾隆帝以西师成功结束，颁《御制开惑论》，宣示中外，十一月初五日，宣读《御制平定回部告成太学碑文》。这两道文书详细描述了乾隆帝用兵准部、回部的原因、争议、取得的效果及大致过程，现将部分内容摘录如下：
巴达克山素勒坦沙等归诚。逆贼霍集占授首，于办理回部因告成功，而平定准噶尔全局亦于此大定。……而朕于颁师奏凯时，回念前事，转深祗惧，非仅为履满思谦之虚语也。准噶尔一部，久外生成，自我皇祖、皇考时，屡兴挞伐，未既厥绪。前杜尔伯特车凌、车凌乌巴什等方款关内附，在庸庸无识之徒，生际升平日久，方皆狃于便安，谓可拒而不纳，殊不思堂堂天朝，抚驭方夏，……岂有俨然视如敌国，至不敢受其降人之理。……且上苍赐祚垂禧，予以经画边陲之事，俾朕继述我祖宗未竟之志事，而朕敢惑于浮议，不勉思敬以承之乎。今统计用兵，不越五载，内地初不知有征发之劳，而关门以西，万有余里，悉入版图，如左右哈萨克、东西布噜特，及回部各城，以次抚定，现在巴达克山诸部落，皆知献俘自效，捧檄前驱，以亘古不通中国之地，悉为我大清臣仆，稽之往牒，实为未有
之盛事，即朕始愿，亦不敢望其遂能至此也。此番遐方绥靖，我将军、参赞，以及一介执戈之士，无不得娴行阵，于国气人才，深有裨益，然非朕力为振作，信赏必，以淬励之，其谁不畏难苟安，而坐希无事之福乎！今即饮至告功，而日有万机，宵肝畴咨，又何能自释敬事之怀，有一日之可逸者，即前此军务方殷，运筹乙夜，曾不废令节燕响之文。……
乾隆帝的这两道文书，是其对五年来用兵准、回二部的重要总结，主要涉及了六个方面的问题。其一，勇于进取，坚主用兵。乾隆帝又一次重申，对准、回二部需要征讨，有两方面原因：一是杜尔伯特三车凌来归和阿睦尔撒纳归附，需予安排，身为堂堂天朝之“天下共主”的一国之主，岂有畏惧准部小汗达瓦齐而拒绝受降之理。二是准部之事乃皇祖、皇考“未竟之志事”，不办妥此事，无以告慰祖宗在天之灵，无法安定西北局面，减少危害社稷的隐患，也不能洗刷和通泊惨败的耻辱。
其二，浮议屡起。从一开始准备征准之日起，普通大臣反对用兵的“浮议”
就屡次发生。一征准部，号称天朝人才充足的八旗满洲王公大臣，除大学士傅恒一人赞同皇帝以外，余“皆畏怯退缩”，反对用兵。阿睦尔撒纳反叛后，又有“无识之人”认为“此事原不当办”，既然办了又会另生变化，“何如不办”，直到阿睦尔撒纳已败死俄国时，不同的议论仍然很多。甚至到了嘉庆以后，一些不谙典故的官员，仍以乾隆帝对于开辟新疆岁增兵饷三百万两的错误说法，对此加以贬低。
其三，因势利导。乾隆帝统征准部时，本来只想在擒获达瓦齐后，将厄鲁特的绰罗斯（即准噶尔）、和硕特、杜尔伯特、辉特四部分设立四汗，按喀尔喀四部之例，实施扎萨克制，不屯驻官兵，不派驻将军、大臣。不料，阿睦尔撒纳图谋做总汗，兴兵叛乱，因而在二征准部时，随之改变了原来的设想，筑城驻兵，屯垦田地，设立将军、大臣，招民人居。对于天山南路的辽阔回疆，乾隆帝最初也仅是准备沿袭其臣服于准汗的以前制度，通过收贡赋，仍让伯克管辖回城，谁知大、小和卓拒帝拒抚，忘记恩惠平添作乱，遂于平叛之后，加强对回疆的管治，设官驻兵，统辖伯克。乾隆帝根据形势的变化进而采取新的方针、政策，对新疆的开发，起了重大推动作用。
其四，亲理军务。兴兵以来，五年里乾隆帝日夜操劳，军务繁忙时，“运筹
乙夜”，包括用兵与否，征讨方针、政策与策略，将帅的任用，粮饷、马匹、器械的准备工作和运输，等等，他都一一详问和决策。仅《清实录》记载关于用兵的上谕，就有好几百道。《圣武记》总结讨论清帝指挥征战时写道：“前代方略专持本兵，我朝悉禀庙算。羽檄交驰，立时批答，虽午夜必起披览，召见军机大臣，指示曲折，万里如禁闼。”
其五，赏罚分明。五年之中，大批官将浮沉消长，虽然不能说乾隆帝的赏罚完全正确，无一差错，但他的确对此非常重视，敢于惩治劣帅庸弁，敢于运用猛士勇将，基本上做到了赏必信罚必严。绿营兵高天喜，以军功连续升为保宁堡守备，二十二年随参将迈斯汉往援副将军兆惠，风雪道梗，单骑往探，奋欲赴援，为迈斯汉所阻，帝知其情后，诏革迈斯汉职，以高代为参将，第二年升至西宁总兵，授予领队大臣，年底战死黑水营。乾隆帝听闻此事，赋诗悼惜，赞其为绿旗中第一人，图形于紫光阁，亲书附合说：“爪牙之将，用不拘资，感予特达，授命何辞？百战百进，义弗旋踵，怒则血赤，是为血勇。呜乎！听鼓鼙之声，则思将帅之臣；听磐声，则思死封疆之臣。”富德以一贯奋勇冲杀的作风，十余年内，由护军升至定边右副将军，并且兼任都统、尚书、领侍卫内大臣、御前大臣，封一等靖远成勇侯，图形紫光阁。
兆惠因两次被困，坚持到杀出重围，平定新疆，五年之内，由办理粮运的侍郎晋升至定边将军，升为尚书、都统、领侍卫内大臣、协办大学士，封一等武毅谋勇公，并且加宗室公品级，图形紫光阁，后配享太庙，其子扎兰泰娶高宗第九女和硕和恪公主，授其额驸，袭爵。
对怯战畏敌、苟且所循、贻误军机之人，乾隆帝可谓严加惩治。五年内，他先后惩罚定西将军、一等公策楞、参赞大臣玉保、定西将军永常，将定边左副将军、尚书、领侍卫内大臣、二等公哈达哈和定西将军、尚书、协办大学士、二等公达尔当阿革职削爵，罚其披甲，诛死靖逆将军觉罗雅尔哈善，靳令参赞大臣、都统、二等公哈宁阿自尽。这对严明军纪，激励将帅和三军官兵，增强军队战斗力，以及出奇制胜，起到了非常重要的作用。
其六，建树殊勋。乾隆帝极为高兴而且十分得意地说，用兵准、回获得了极大的成功，建立了丰功殊勋。他在《开惑论》中这样写道：“两大部落，不为不强，周二万余里，不为不广，五年成功，不为不速。”他这样说一点也不过分，
辛苦五年，实现了祖上未竟的志愿，安定了西北稳定，消除了产生大的变乱的隐患，扩大了版图，节省了巨量军费，实为全胜，实为奇功。
乾隆皇帝上述关于用兵准、回之成效的叙述，大体上是符合客观历史实际的，清政府统一了天山南北广大区域，为开发大西北、促进多民族国家统一的发展，奠定了不可缺少的坚实基础。但是，事情并没有完，因为这一伟大事业刚刚开始，不能半途而废，因此，随后，乾隆帝又作了长期不懈的努力，花费了大量人力、财力和物力，采取了种种措施，为建设、巩固大西北做出了重大的贡献。
他早在战争进行中，就确定了对待准、回地区的基本政策，那就是要将准、回地区纳入清朝的版图，直接隶属于清政府管辖，最终变成为中华民族的一部分。
对于乾隆帝统一和建设西北地区的雄伟事业，不少大臣很不理解，乱发议论。
他们认为西域二万余里，“沙漠辽远，牧畜调耗，难驻守”。大学士史贻直早在二十二年十月就提出抛弃伊犁的主张。大学士陈世倌特上专门奏折，以“粮饷、马力、将帅”三个难题，反对继续用兵。乾隆帝均予以一一驳斥，坚决排除浅见庸议的无益干扰，选任了几位能臣，来贯彻实施他建设西北的方针，主要是阿桂、舒赫德、明瑞和伊勒图。
舒赫德在乾隆十八年就到西北处理准部，二十三年起，以参赞大臣、尚书、都统的头衔驻阿克苏，连续好几年，先后奏请回城赋税台站，设伯克、阿克苏铸腾格、阿克苏、库车、哈喇沙尔、乌什、和阗置文武官员，政绩卓越、意义显著。
阿桂于二十年以内阁学士身份赴北路乌里雅苏台督台站起，到三十三年止，除短期调离外，基本上在准、回地区担任参赞大臣、伊犁将军等职。他针对创业初期某些大臣畏难主退的不同的议论，奏称“守边以驻兵为先，驻兵以军食为要”，从而建议广开屯田，建置城邑，设台站，移各省有工艺技术之人新域，均被朝廷采纳，并且一一施行，使新城、新村、兵营依次建立，人口逐步上升，田地增多，“一如内地，数千里行旅晏然”。
明瑞在用兵中数次立下奇功，从其二十七年任第一位伊犁将军，直到三十三年。伊勒图很早就以副都统职衔驻扎乌鲁木齐，不久之后移驻阿克苏，三十三年任伊犁将军，三十六年，降至参赞大臣驻乌什，三十八年复任将军直到五十年去世。伊勒图驻边二十余年，“诸所经画，缜密垂久远”，对屯田、筑城、铸钱、采煤、炼铁等，都作出了很大贡献。
乾隆帝依靠这些有才之臣，大力着手进行建设西北的宏伟事业，主要作了以下四方面的事情。其一，设官建置。二十五年八月，命阿桂总管伊犁事务，第二年九月令明瑞赴伊犁代阿桂处理事务。二十七年十月十六日，他以“伊犁为新疆都会，现在驻兵屯田，自然应当设立将军，总管事务”，授予明瑞为“总管伊犁等处将军”，照例颁发赐予敕印旗牌。伊犁将军总管全疆军政财经等一切事务，集所有军政大权于一身，下设都统、副都统、参赞大臣、领队大臣、理事大臣、总管等官，分驻各城。对于天山以南的回疆各城，继续沿用其官名旧制，设阿奇木伯克（总管）、伊沙噶伯克（协理）、噶杂拉齐伯克（掌地亩钱粮）、商伯克（征输粮赋）、哈子伯克（管诉讼）等官“理回务”，大体上以归顺的伯克充任，均由皇帝下令指派，皆听命于本城参赞大臣（或办事大臣、领队大臣），按一定周期轮班至京朝觐。
息兵初期，乾隆帝对重要的回城的阿奇木伯克的人选，非常重视，挑选可靠之人充任。他于二十五年三月初七日明谕军机大臣：授辅国公噶岱默特为喀什噶尔阿奇木伯克，授予贝靳鄂对为叶尔羌阿奇木伯克，贝子品级辅国公色提巴勒氏为阿克苏阿奇木伯克，噶岱默特之子阿布都喇玛为拜城阿奇木伯克，郡王品级贝勒玉素布之弟阿布都拉为乌什阿奇木伯克。这些全部都是早期来归并在征讨霍集占时立功效忠清帝的伯克。
其二，筑城驻兵。军务完成之后，乾隆帝命令留下部分晕队屯驻重要城市，并陆陆续续从陕西、甘肃、北京、东北，佥派八旗满洲、蒙古官兵、索伦、锡伯、达呼尔、察哈尔和绿营兵前来驻防或者换防，形成了较为固定的军事制度，又相继建筑了惠远、惠宁、绥定、广仁、赡德、拱宸、熙春、塔尔奇、宁远（以上称伊犁九城）、绥靖、迪化、巩宁、会宁、庆绥、安阜、永宁、喀喇沙尔、徕宁等城。
伊犁将军所驻扎的惠远城有满洲驻防兵共计四千人，惠宁城满兵二千一百四十名，伊犁河南岸则有锡伯，索伦、达呼尔、察哈尔蒙古、厄鲁特、沙毕纳尔兵六千二百名，绥定等六城有绿营携带家眷兵三千人，天山北路共一万五千二百余名兵士，星拱棋布，与伊犁城环环相扣，另外还有换驻于回疆与塔尔巴哈台之兵二千三百名。天山南路回疆各城，共有番戍兵五千七百余名。包括叶尔羌，喀什噶尔各九百名，阿克苏八百名。天山东路乌鲁木齐，分别设有都统一员，辖驻防
满兵三千四百六十名，并且还有管辖巴里坤、古城驻防兵二千及屯田绿旗兵四千。
乌什还有屯田绿旗兵一千。以上各处兵马，都归伊犁将军调节控制。
其三，屯田移民。天山北路，人烟稀少，准部人员大多不从事农耕，农业生产十分原始，粮食奇缺并且价格昂贵。清政府从康熙末年起，便开始佥兵屯垦田地，派土默特兵一千，于苏勒厄图、喀喇乌苏等处创屯，后陆续增屯叶鲁番、鄂尔坤等地。
乾隆初，回部辟展等城，“多设屯，厚兵力”。用兵准、回期间，尤其是获胜休兵以后，乾隆帝大力推行屯田政策，兵屯、民屯、回屯得到空前发展。二十年，以伊犁西境喀尔喀东陲多闲壤，遣满、蒙、汉兵数千开屯，又赐予额尔齐斯、巴里坤等处派甘肃、凉州、肃州屯兵五百垦种田地。二十三年，于辟展、鲁克察克、乌鲁木齐、托克逊、哈喇沙尔开始大办屯田，置新旧屯兵一万七千名，每人种二十亩。大学士管陕甘总督黄廷桂奏请拨饷作为备屯田籽种之用，他立命户部于附近甘肃的省分发银三百万两，迅速解决陕甘问题，以备供应。
乾隆二十五年起，舒赫德、阿桂、明瑞于伊犁等处大兴屯田，庸懦之臣又开始生发一些异议，妄自称为屯田劳民，乾隆帝为此于二十五年五月初九日特下专谕，批驳了“蚩蚩无识之徒”的“以讹传讹”。他强调指出，大办屯田，不是屯田劳民，而是于民有利，是“惠民”而不是劳民，不管是招募迁移回民到伊犁等处屯垦，还是将免死之犯人遣往种地，都是非常有益于民的。他特别讲了一段兴办屯田的“深意”，极为精彩：
……且朕规划此事，更有深意。国家生齿繁庶，即自乾隆元年至今二十五年之间，滋生民数。岁不下亿万，而提封止有此数，余利颇艰。且古北口外一带，往代皆号岩疆，不敢尺寸逾越，我朝四十八部，子弟臣仆，视同一家。沿边内地民人，前往种植，成家室而长子孙，其利甚溥，设从而禁之，此所谓是厉民矣。
今乌鲁木齐、辟展各处，知屯政方兴，客民已源源前往贸易，茆檐土锉，各成聚落，将来阡陌日增，树艺日广，则甘肃等处许多无业贫民，前赴营生耕作，污莱辟而就食多，于国家牧民本图，大有裨益。……今办理屯种，亦祗园地制宜之举，而无识者又疑劳民，朕实不解，且附之不必解，而天下后世，自有公论耳。
这道谕旨非常有力地表明，乾隆皇帝果然可谓是目光敏锐、高瞻远瞩、英明果断。他不仅把屯田当作“资兵食”解决军粮供应的重要手段，而且还用以改善
战争之后回人的生活，振兴回部，并以此来对付人口危机，克服整个国家由于人口增长过快人多地少衣食艰辛的困难，为内地汉民开拓了广阔的谋生途径。
这一见解非常新颖而且十分高明，根据这一见解实行的移民、容民入疆的政策，是富国利民的好政策。早在康熙五十二年十月初二日，乾隆帝的皇祖父就下谕提及，人多地少使粮价地价越发昂贵的问题。他指出：“先年人少田多，一亩之田，其值银不过数钱，今因人多价贵，一亩之值，竟至数两不等。……今岁不特田禾大收，即芝麻、棉花，皆得收获，如此丰年，而米粟尚贵，皆由人多地少故耳。”第二年六月初六日，他又下旨指责一些官员的条陈徒奏垦田积谷，是“不识时务”，因“今人民蕃庶，食众田寡，山地尽行耕种，此外更有何应垦之田为积谷之计耶”！到了乾隆期，人口开始猛增，矛盾变得更为尖锐。乾隆帝在谕中讲到二十五年内，“滋生民数，岁不下亿万”，并非无根据地浮夸之谈。
乾隆六年，全国在册人口已经达到一亿四千三百四十余万，超过了历史上任何一个朝代，而到乾隆二十五年，二十年中竟达到一亿九千六百八十余万，一下子增加了三分之一。人口增加的数量之多，比例之大，速度之快，实在令人惊叹不已。到乾隆六十年，更增至二亿九千六百九十六万八千九百六十人。内地田土有限，怎么办？显而易见，移民入边疆，容许中原人丁流人边疆垦种田地，是解决人多地少这一矛盾的一个良好计策。
乾隆帝看准了这一点，因此他做出了果断决定，要在西北新域中大力推行屯田政策，哪怕冒着被无识之人讥为“劳民”的风险，也一定要把屯田办下去，因为他自信“天下后世，自有公论”。这项政策的正确性，必然会在历史实践中充分显现出来。正是由于他的坚决果断，才消除了目光短浅之人的干扰，投入了大量财力、人力和物力，新疆的屯田才能大规模地迅速发展，“东自巴里坤，西至伊犁，北自科布多，南至哈喇沙尔”，兵屯、回屯、民屯，旗屯、犯屯、户屯等各类屯田都得到蓬勃发展。
其四，轻徭薄赋。准噶尔汗噶尔丹策零统治回部时，超过回人已有的标准，重征暴敛，剥削回人，大、小和卓返回之后，更是额外科敛，肆意抢掠，严重地破坏了回疆生产，使广大维吾尔族人民生计十分艰难。
清政府统一回部后，实行与内地相同等的轻徭薄赋政策，尤其是在息兵初期，赋税减免更多。乾隆二十四年七月定边将军兆惠奏定喀什噶尔及其所属城村赋役
制度：喀什噶尔大小十城和七村庄，人口数十万，以前噶尔丹策零时定额每年纳钱六万七千腾格（一腾格准清朝制钱五十文或银一两），这其中，种地之鄂尔托什人等纳粮四万零八百九十八帕特码，一帕特码折清官石四石五斗，计十八万四千零四十一石，纳棉花一千四百六十三察喇克，一察喇克折清官秤十斤，计一万四千六百一十三斤，纳红花三百六十五察喇克，折清秤三千六百五十斤，价值总计二万一千余腾格；克色克、绰克巴什人等纳钱二万六千腾格、商贾牧养人等纳钱二万腾格，皆以本色折纳。此外又有商人金、铜税和园户果税。边界贸易回人征税十分之一，外来贸易之人征二十分之一。
现在根据情况减少赋税，种地人每年交粮四千帕特码（折一万八千石）、钱六千腾格，棉花、红花依旧按照以前交纳，征金十两、葡萄千斤交内务府，交易税依旧课收取，其他零星杂税概行蠲免。第二月，兆惠又奏定叶尔羌及其所属二十七城村的赋税。这一地区有三万户十余万人，在以前噶尔丹策零时，年交贡赋十万腾格，此外还有金税、贸易缎布牲畜等税，霍集占人城后又额外科敛，“回人生计非常艰难”，因此，从七月起，止征杂粮一千四百帕特码和一万二千腾格。
在这以后，清政府统一制定了全回疆赋役规格准则，原回人旧制征粮是十分取一，“载在经教”，现减少为二十分取一。买卖牲畜之税，同样按照旧例依次减少，本地回人贸易征二十分之一，外来部落商人贸易征收三十分之一。
阿桂、舒赫德、明瑞、伊勒图等将军、参赞大臣的细心筹谋认真办理，加上广大准、维、汉、蒙、满族人民的辛勤劳动，使乾隆皇帝巩固、建设大西北的政策得到了贯彻，取得了重大成就，从而对全国的政治、军事、经济、民族关系等各个方面产生了强烈的影响。
首先是基本结束了干戈频起战火纷乱的混乱局面，代之以开始安居乐业的和平时期。从康熙初至乾隆二十五年的九十年里，厄鲁特四部陆续互相厮杀，准军侵掠西藏、青海，“烽火逼近畿”，清军六征准噶尔汗，剿捕霍集占，战火连天，“边民寝锋镝”，陕甘困转输，准、回人员死于劫杀病疫，两相比较，实在有天壤之别。故史家称赞乾隆帝用兵及政策之效说，自此“中外一家，老死不见兵革”。
政治上的统一和稳定，为西北地区的开发创造了极其有利的条件。
其次，人丁增加，生产大为发展。清朝官兵的驻防与番戍，陕甘汉民的大量移人，使人口迅速增长，从乾隆二十五年至三十六年的这十一年里，全疆人口急
剧猛增了十倍，为农、工、商业的发展提供了必要的人力。
到乾隆四十年，各类屯丁多达十余万丁，天山南北有犯人兵丁屯田更是高达二十八万余亩，民屯田地多达七十万余亩。伊犁。、塔尔巴哈台、巴里坤、乌鲁木齐等地官营牧场，养殖着数以万计的马、驼、牛，羊。金矿、铜矿兴旺，和阗美玉一亦名扬天下。叶尔羌先前本不产玉，自从更改版图以后，渐生玉石，有玉山、玉河，量多质佳，已经成为全国第二大产玉区。商业也迅速发展起来，伊犁、乌鲁木齐、哈密、塔城、奇台、喀什噶尔、叶尔羌、阿克苏等城，皆发展成为重要的政治、经济、贸易中心。乾隆帝因哈萨克、布噜特、霍罕、安集延、玛尔噶朗等部“贸易之人，络绎不绝”，前来回疆贸易，故允准参赞大臣舒赫德之请，二十五年正月于叶尔羌、喀什噶尔等城又一次减少工商税，“回人买来牲只，暂改为二十分取一，外来商人牲只，暂改为三十分取一”。
其三，交往频繁，互利互助。过去，准、回地区与内地经常发生争端，基本上处于隔离状态，现在同隶清政府管辖，再加上汉民大量移入，满、汉官兵来此驻戍，蒙、维、满、汉各族人员之间，交往日渐频繁，同居共处，互易有无，联姻嫁娶，关系越来越密切。各族人民为建设新疆而辛勤劳动，各自作出了相应的贡献。
其四，减少开支，增加库银。驳斥用兵准、回及开发新疆的官员，经常以粮饷频繁供应艰辛财力亏损为辞，乱发议论，乾隆帝对此也曾多次予以批驳。在数千里之外进行征战，自然要花费巨量银米。
从乾隆二十年二月出兵，到二十一年十一月，在这二十一个月内，军需费用达至一千七百余万两，当月又增拨四，五百万两。到二十四年十月获知霍集占败死巴达克山准、回全平为止，五年之中，共用军费三千三百余万两，大致相当于全国一年所征的田地赋银，数量极为可观。但是，这笔巨费的开支，是完全值得的，不仅因为准、回地区统一于清中央政府，为巩固祖国、开发西北奠定了坚定的基础，在政治上获益亦极大，而且单就费用而言，从这之后清政府的总开支，也减少了许多，库银侵掠得以逐步增加。从雍正七年到十三年，在这短短的七年里，由于防止准噶尔汗的人掠和征讨准部，大量士卒、役夫驻守前线，供应浩大且频繁，共用银五、六千万两，平均每年军费就达到八百万两，为全国田赋总数四分之一。如果这种开支不减免，清政府每年财政收入就会入不敷出，出现赤字，
哪能积存余银？如果加上康熙五十七至六十一年四年用于西北防边的费用，十一年中共用军费七千余万两，使雍正帝尽力积存的六千余万两努银，“动支大半”。
这样巨大的开支，清政府没有办法长期负担。
从乾隆二十四年息兵以后，年耗数百万两的征战用费，便不用付出了。新疆驻兵二万左右的饷银，因其是由内地调遣而来，仍用原来的经制银两拨付，虽驻兵而不增加饷银，况且，因战事结束，自康熙以来陕甘等省为防边而增募的军队，大量减员，又可省下很大一笔费用。
