独孤皇后的这种性格和喜好，被他的次子晋王杨广所利用。杨广为夺嫡，先是伪装孝顺、俭朴，得到母亲独孤氏的欢心。而太子杨勇，身边的女人很多，生活也奢侈浪费。独孤氏虽然贵为皇后，但归根到底总是女人，总难免从女性心理去看待国家大事。独孤氏不许文帝另找别的女人，推而广之，也不喜欢自己的儿子和朝中大臣宠幸妻子之外的女人。杨广利用母亲的这一特点，装出仅仅喜欢妻子萧氏，别无所爱的样子来。于是，杨广得到了母亲的支持，得到了宫中的强援。
她对隋文帝说：“广儿大孝，每听到我们派遣的使节到他的守地，他必定出城恭迎；每次谈到远离朝廷、父母，他都悲泣伤感；他的新婚王妃也可怜得很，广儿忙于政务根本无暇顾及她。哪里像勇儿与云氏，终日设宴取乐。勇儿真是亲近了小人啊！”她在抬高杨广的同时，还贬低了杨勇。由于独孤皇后的枕边风，杨勇的太子地位变得岌岌可危了。
偏偏在这时，独孤皇后为太子杨勇娶的元妃去世，而偏妃却生下了小王子。本来元妃的死就让独孤皇后耿耿于怀，如今太子又违反了她所订下的规矩——“后庭有之，皆不育之，示无私宠”。因此，偏妃生子成了太子杨勇的罪孽，使皇后对他大为不满。晋王杨广由他的守地扬州入京晋见母后，心怀叵测的他在独孤皇后面前火上加油，暗暗挑拨道：“太子对儿存有异心，屡次派人刺杀为儿，让儿十分惊恐。”独孤皇后本是一个非常精明的人，本不可能轻信杨广的惑言，但因为她已对杨勇产生了很深的成见，所以不假思索地就听信了杨广的一面之辞。怜爱和气愤的情绪一齐涌上她的心头，于是她坦白地对杨广说明了自己的心意：“勇儿已不成器，抛开正室，专宠云氏，有我在他尚且敢欺负你们兄弟，倘若他成天子之后，太子竟是庶出，你们兄弟还得向偏妃云氏俯首称臣，讨得生路啊！”因此，在开皇二十年十月，隋文帝在独孤皇后主张下，以太子“情溺宠爱，失于至理，仁孝无闻，昵近小人”的罪名而将他废为庶人。一个月后，在独孤皇后的授意下，晋王杨广被立为太子。
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