1805年，随着挚友席勒的逝世，歌德常常把自己关在一个狭窄的房间里，用思考的眼光审视自己的一生，寻找今后的努力方向。
他回顾从意大利旅游归来后的这一个时期的情况：认识好友席勒后，在他的鼓励和鞭策下，自己在文学创作上有了不少成绩。但是现在好友去世了，他是应该沉沦下去呢，还是继续创作？
歌德突然意识到，人的一生真是太短暂了，他不能再耽误下去了，他必须立即将全部的心思投入到创作中去，利用自己剩下的生命去创造出其他人不可能创造出来的东西。
从失去好友的悲痛中醒来的歌德，所做的第一件事就是辞掉了肩上的所有职务。没有任何工作琐事打搅的他觉得一身轻松。
第二年4月，歌德顺利地完成了早就想写完的《浮士德》第一部，当他正计划着继续第二部构思的时候，战争的阴影笼罩了他的国家。
1806年7月12日，拿破仑强制德国72个邦成立了“莱茵联盟”。各邦军队共有63000人，与奥地利和普鲁士两大邦形成鼎足之势。法军20万人集结在莱茵河两岸。在拿破仑的指挥下，54000法军开赴耶拿，于10月14日打响了耶拿战役。结果，普鲁士军被打得大败而逃。这次战役一举歼灭普军40000人。
歌德因是名人，受到法军司令的保护，但是指定住在歌德家的奥热罗元帅没有来投宿，却来了16名阿尔萨斯骑兵。他们疲惫不堪，吵吵嚷嚷，要吃要喝，再加上有些失去家园的本地居民来寻求大臣的庇护。歌德的家里简直是闹翻了天，幸亏克里斯蒂安娜善于应付，才将他们的食宿安排妥当。
耶拿战役之后，拿破仑也来到魏玛，下榻在皇宫里。11月16日，他接见魏玛枢密院人员，但只见到枢密顾问沃伊克特和沃尔措根。歌德借口身体不适，写了便条请假，未参加谒见。公爵不在，只有公爵夫人留守魏玛。拿破仑盛怒之下，要消灭魏玛公国。多亏公爵夫人多方周旋，说她丈夫因系普鲁士国王姻亲，不得不尽义务参战，拿破仑才息怒。他提出的条件是：卡尔·奥古斯特不再参加普鲁士军务，并向法国交纳高达22万法郎的军费。后经过俄国沙皇说情，魏玛公国才保住。
但是，战争终究是残酷的，魏玛城在大火和抢掠的双重摧残下，不几天就面目全非，体无完肤了。歌德深深地感到痛心。
1808年，耶拿战役过去两年了。拿破仑在进军西班牙之前来到埃尔福特。这时的拿破仑声威显赫，原神圣罗马帝国领土上的4个国王和34个公爵都来这里向他表示朝贺。已被迫加入了莱茵联盟的卡尔·奥古斯特公爵当然也得到场，他给在魏玛的歌德发来了请柬，说拿破仑要召见他。
此时，歌德刚接到母亲去世的消息，他非常不愿意会见这位法国皇帝，但经过思索以后，他还是去了埃尔福特。
这年10月2日，歌德第一次会见了法国皇帝拿破仑。拿破仑当时正在前总督达尔贝格的宫殿里处理公务，歌德穿着燕尾服，走上台阶，进入皇宫等候接见。关于这次的接见，歌德在16年后亲自口授了大致经过：
我走入宫内。皇帝正坐在大圆桌旁进早餐。他右侧，离桌子稍远处，站着塔列朗，他左侧，近处站着达鲁。皇帝正同他谈赔款的事情。皇帝示意要我过去。我走了过去，在他面前的适当地方停下来。
他注视我一会以后，说：“您真是一位人物。”我鞠了一躬。
他问道：“您多大年纪了？”
“60岁。”
“您保养得很好。”
“您写过悲剧。”
我回答了最必要的话。
这时达鲁接过话头。他为了向他得罪了的德国人讨好，提到了德国文学，还说他精通拉丁文，甚至编辑出版过贺拉斯的著作。
他谈论我，就好像我在柏林的恩主谈论我一样，从他的话里至少我看出他们的思想方式和想法。接着他补充说，我也从法文译过些东西，具体地说，译过伏尔泰的《穆罕默德》。
皇帝说：“这不是一个好剧本。分析过于烦琐，对这个征服世界的人作了这样不出色的描写，很不合适。”
然后他把话题转到《少年维特之烦恼》上来。想必他彻底地研究过这本书。他发表了许多完全正确的意见，然后提到某一个地方，说：“您为什么这样写呢？这样写是不合情理的。”他对此作了详尽的分析，并且完全正确。
我面带笑容倾听他的论述，微笑地回答说，我虽然不知道是否有人也同样指责我，但是我觉得他的意见完全正确，承认检查起来这一段确实有些不真实。我又说，只是，如果一个诗人使用一种不容易发现的技巧，以便产生用淳朴自然的方法达不到的某种效果，那也许应该原谅他。
皇帝对此似乎是满意的，他又回到了戏剧的话题，并且提出了十分重要的意见，有如一个人像刑事审判官那样全神贯注地观看一出悲剧，同时深深感到法国的戏剧既不自然，又不真实。
他还谈到命运剧，他说，它们属于黑暗的时代。他说，现在什么是命运呢？政治就是命运。
然后，他又转向达鲁，同他议论起征收军税的大事来了。我则稍稍后退，刚好站到窗户的旁边。
等了好一会儿，皇帝起身向我走来，打手势叫我离开我站的那一排人。
这里我必须说明一下：在这整个谈话中，我不得不对皇帝的话表示赞赏，因为他听我讲话时很少是面无表情的，他要么沉思地点点头，要么说“是的”或“这很好”之类的话。同时，在他说完话时，通常还要加一句：“歌德先生的意见呢？”
最后，我抓住了一个机会，用一个手势向负责礼宾的官员询问，我是否可以告辞了。他肯定地回答后，我便立即告辞了。
这次会见持续了一个多小时，当歌德走出房间时，拿破仑对身边人说：“这真是个大人物！”
4天以后，拿破仑来到魏玛城，为了向他表示敬意，魏玛宫廷举行了盛大舞会，剧院里还演出了《恺撒之死》，歌德被邀出席。
10月14日，在耶拿战役两周年之时，拿破仑向歌德和另一个德国诗人维兰德颁发了法国荣誉军团勋章，这是拿破仑送给他们的临别礼物。
拿破仑如此看重歌德，让歌德有些吃惊。当然，歌德心里明白，坐在拿破仑对面的歌德，是文学家歌德，而不仅仅是魏玛公国的有职无权的大臣。
拿破仑走后，歌德对占领军及占领军统帅的态度遭到了舆论界的指责，人们谴责他在关键时刻既没有拿起武器，也没有发挥一个知名诗人呐喊的作用，而德国人民一直进行着反法斗争，并于1831年10月将拿破仑最终打败。
在反法斗争中，许多德国作家，如寇尔纳、莫里茨、艾辛多夫等都走上前线，参加战争。寇尔纳还血洒疆场，牺牲在前线。有人说，如果席勒活着，他也一定会参军的。但是，歌德却做了一个旁观者，他不仅自己不去参军，而且还命令自己的儿子不许进入战场。
歌德的这些行为受到了德国人的指责，他们说他缺乏“爱国心”和“民族感情”。那么，真的是这样吗？当然不是，只不过歌德对法国革命的态度是冷淡的，因为他反对暴力。
歌德之所以没有去参加反法战争，是因为他对拿破仑战争持有不同的看法。客观地说，拿破仑入侵德国，在破坏的同时，也给德国带来法国革命开明的思想和制度，对落后的德国起到一定的促进作用。歌德从德国人民的长远利益出发，认为即使解放战争取得了胜利，人民也仍会受封建统治的压迫，而拿破仑的战争反而能使人民摆脱封建压迫，得到较大的自由。
因此，歌德对反法的“解放战争”始终抱着冷漠旁观的态度。
