1198年1月，年迈体衰的教皇凯莱斯丁三世逝世，罗马教廷枢机团迅速地全体一致地选出他们成员中最年轻的枢机助祭、37岁的洛旦里·德·康提·迪·塞涅为圣彼得的继承人——罗马教皇。当他接受选举结果时，枢机团中一位资历最深的枢机助祭把一件紫色斗篷披在他的身上并对他说：“我授予你罗马教皇尊号，以至于你有权统治这个城市和整个世界。”洛旦里继续做了六周枢机助祭，1198年2月21日被祝圣为枢机神甫，次日被祝圣为枢机主教并加冕为教皇（至1216年），选用英诺森三世的称号。
洛旦里1161年出生于意大利阿纳尼城，是富裕而有权势的贵族塞涅家族特莱蒙特伯爵的儿子。教皇克力门三世与枢机主教奥克塔维安是塞涅家族的亲戚与知交。洛旦里在罗马学习期间，教廷不在罗马。教皇与皇帝之间的冲突在他幼小心灵中留下深刻的印象。他曾在巴黎学习神学、哲学，在博洛尼亚学法学。当时著名教会法学家乌戈奇渥是他的法学教师，对他有较深的影响。乌戈奇渥对他的评价是：英诺森的才能不是作为一个深思熟虑的思想家或热情洋溢的布道师，而是作为一个目的性明确，有坚定的原则性和敏锐的判断力的法学家所体现出来的。
约1187年11月，洛旦里受任副助祭。1189年12月，教皇克力门三世（洛旦里的保护人）将不到29岁的洛旦里召进枢机团，任命他为枢机助祭。但在凯莱斯丁三世（塞涅家族世仇）任教皇时，洛旦里实际上退出教廷机构的活跃部门，在家闭门写作。1197年皇帝亨利六世（1190—1197年在位）去世，帝国在意大利势力崩溃。枢机团的重要任务是选择一个人，他能够最好地利用历史的关键时机、有利的形势，同时善于避免教廷卷进危险之中。年轻的洛旦里因有世家贵族的背景，受过良好的教育和优秀个人品质而成为当然人选。他目光远大、精力充沛、头脑清晰、处理问题有条不紊，对教会危机有深刻的洞察力和克服危机的非凡才干，尤其他善于敏锐地抓住事物的本质。英诺森三世一当选就着手将他的纲领付诸实施。他承袭教皇格里高利七世（1073—1085年在位）的教权至上的观念，并创立所谓“两把刀”理论，把《圣经·新约》中耶稣要门徒“卖衣裳买刀”的故事引申出，其中所说的两把刀是指世俗权力和宗教权力，而这两种权力都属于耶稣亲自掌握。他进一步发挥，罗马教皇作为圣彼得的继承人，乃是耶稣基督的在世代表，也继承耶稣所掌管的这两种权力。英诺森认为教皇犹如太阳，世俗君主则如月亮，月亮之所以明亮乃借助太阳的光辉。教皇亲自掌握神权而通过加冕形式暂时把政权交给皇帝、国王掌管。因此皇帝和国王应臣属于教皇，由教皇授予世俗权力，教皇能够随意废立他们。英诺森还充分利用教皇禁谕的威力，使其成为一种可畏的道德、经济和政治的武器。当然英诺森三世也是幸运的，他所处的有利形势是他的前后任的教皇所未遇到的，德国缺乏像亨利四世和腓特烈一世那样有才干又很活跃的皇帝。
1197年，皇帝亨利六世死去，其继承人西西里国王腓特烈年仅3岁，亨利六世的皇后于次年临终前嘱托英诺森为她儿子腓特烈的保护人和监护人。当时，德国诸侯分成以霍亨斯陶芬家族的士瓦本公爵腓力（亨利六世之弟）为一方与以韦尔夫家族的布伦瑞克公爵奥托为另一方，双方为争夺帝位展开激烈争战。英诺森利用机会提出给皇帝加冕的条件：承认教皇对西西里拥有实际统治权，承认教皇据有意大利本土上的皇室领地。他属意奥托，因奥托表示答应条件。然而几年后腓力实力超过奥托，他又不得不与腓力谈判，未几腓力突然被暗杀，于是英诺森为奥托加冕，称奥托四世。不久奥托自食其言，蓄意吞并西西里王国，英诺森于是宣布绝罚奥托，转而支持西西里国王腓特烈，但要求后者许诺德国与西西里分离，1212年英诺森宣布腓特烈为皇帝，称腓特烈二世。腓特烈则发布诏书把西西里的统治权完全移交给年幼的儿子亨利。1214年，腓特烈在法国国王腓力二世帮助下于布汶战役中打败了政敌奥托及其同盟者英国国王约翰，统一了德国。英诺森则保持意大利的实际统治权，还使皇帝听命于他。
莫诺森三世在与英国国王约翰的较量中获得更大的胜利。1205年英国坎特伯雷大主教空缺，坎特伯雷神职人员与国王在继任人选上有分歧，约翰试图安插自己的亲信。这场争执提交教廷处理，英诺森利用机会选派自己巴黎大学时的同学、枢机主教斯蒂芬·兰顿出任，并亲自于1207年6月在维泰博（意）为兰顿祝圣授职。约翰忿而拒绝，禁止兰顿入境。教皇发出停止英国圣事谕令，约翰则以没收教会财产，驱逐反对他的神职人员相对抗。于是英诺森惩罚约翰，废除其王位，宣布对他进行讨伐。一面煽动英国贵族反叛，一面驱使法国向英国开战。双方僵持了5年，约翰在内外交困、众叛亲离的形势下被迫屈服，接受兰顿为坎特伯雷大主教，恢复教会财产，赔偿教会损失，并把自己的王冠投于教皇脚下，表示自己作为教皇封臣，每年向教皇纳贡1000马克。
英诺森三世在制服其他国家君王上也同样成功。在法国国王腓力二世于1199年离弃他原配妻子英吉波而与艾格尼丝结婚的事件中，英诺森毫不容情，他下令停止法国圣事，迫使实力强大的腓力就范，于1200年与英吉波复婚。艾格尼丝于次年抑郁而死。同样，当阿拉贡国王彼得二世试图通过把自己国土变成教廷的封地而使教皇批准他与妻子玛利亚的离异，英诺森也没有允许。但英诺森却拆散了莱昂国王阿丰索九世同他的近亲妻子的婚姻。
此外，英诺森先后使匈牙利、波兰、葡萄牙、丹麦、捷克和卡斯提尔等国臣属于教廷。
英诺森在位期间曾发动过两次十字军战争。一次是规模宏大的十字军东侵（第四次，1202—1204），另一次是血腥镇压异端的十字军讨伐。十字军东侵是西欧封建主在罗马教廷的鼓动下，打着夺回圣地的旗号向东方发动的劫掠财富、土地的侵略性远征。至英诺森在位前已进行过三次，曾掠夺了耶路撒冷等城市，建立起以西方封建制模式的国家，后被阿拉伯伊斯兰国家所驱逐。第四次十字军为英诺森所发动，原计划攻打埃及，但协助十字军海运的威尼斯商人却另有打算，它企图利用十字军达到打击自己商业竞争对手的目的。因此，当十字军集合于威尼斯后，威尼斯总督借口十字军欠付兵员运输费，十字军应帮助威尼斯先攻打其在亚得里亚海上的商业劲敌萨拉城，1202年11月攻占萨拉。接着十字军借口应拜占庭皇太子阿列克塞的邀请，进军君士坦丁堡。1204年，十字军攻陷君士坦丁堡，洗劫全城，图书馆、宫殿和浴场化为瓦砾场，无数艺术珍品被毁坏、劫掠。十字军在君士坦丁堡建立起拉丁帝国（1204—1261）。英诺森在对十字军抢劫行为稍作谴责后，又说君士坦丁堡的陷落是对背叛罗马教廷的东方教会的惩罚，并派出教廷代表和拉丁神甫试图迫使东正教会臣服罗马和东正教徒改宗罗马教会。12—13世纪在法国南部和意大利北方流传与罗马正统教派不同教义的异端派别，他们以阿尔比城为中心（史称“阿尔比异端”），发展很快，严重威胁罗马教会的势力，英诺森于1208年与法国国王联合组织十字军讨伐，历时4年，烧杀劫掠。当攻陷其中比塞埃城时，教皇随军特使竟指示：“只管把他们统统杀光，让上帝去分辨，谁是他的子民。”
英诺森在以武力镇压异端的同时，扶持多明我会和方济各会，以清贫、乞食的名义侦查异端、宣传正统教义，在信徒中有较大影响。
在教会事务方面，英诺森采取大权独揽的神职人员任免与教区变更的政策。英诺森主持召开第四次拉特兰宗教会议，标志着教廷在整个基督教世界的胜利。
英诺森自称“万王之王，万主之主”，在西欧政权教权两元体制斗争中，教权一度占优，欧洲许多君王臣服于他。英诺森派出十字军对内镇压异端，对外攻占君士坦丁堡，扶持拉丁帝国，大有使基督教世界一统之势。在天主教会内部，他随意设置教区、任免主教，他颁布教会法典、强化宗教法庭，召开拉特兰宗教会议整顿教会。罗马教廷处于西欧封建势力国际中心地位，教皇的权威登峰造极。但也为以后的衰落伏下契机，英诺森为战胜皇帝，曾加强欧洲王族，如法国加佩家族等，这些国家王权的强大，为以后打败教廷作了准备。
