诸葛亮来到刘备军中，深受刘备的器重，刘备把他当作良师益友来对待，朝夕相处，两人的关系越来越亲密。这不禁引起长期跟随刘备的关羽和张飞的不满，甚至在刘备面前发起牢骚来。刘备觉察之后，坦率而又严肃地对关、张说：“诸葛孔明卓有识见，我有了他，就好像鱼儿有了水。今后你们不要再说长道短了。”这充分说明，刘备已经意识到诸葛亮对他的事业所起的作用了。
游说吴主共同抗敌诸葛亮出山之后，第一件事，就是帮助刘备扩大军队。当时刘备手下只有几千人马，这么少的武装力量肯定是难以抵御强敌的。诸葛亮建议把荆州一带没有户籍的游民加以选拔训练，刘备依照他的办法去做，果然从中选拔了不少壮丁，使军队扩充到几万人。这支军队经诸葛亮加以训练，成为刘备开创基业的核心武装力量。
诸葛亮为刘备扩充实力，目的是想借机夺取荆州，但是这些事情还来不及做，曹操的大军就压境了。
汉建安十三年(公元208年)秋天，曹操率军南征荆州。不久刘表病死，其次子刘琮任荆州牧，听说曹军到来，吓得不战而降。屯兵樊城的刘备，向江陵撤退时，在当阳长坂坡被曹军打得大败。刘备和诸葛亮等突围到夏口，接着又退到樊口。
在强敌曹操的进逼之下，孙权、刘备双方都有联盟抗曹的愿望。孙权派鲁肃去见刘备，希望和刘备联盟。鲁肃跟着刘备退到樊口后，诸葛亮对刘备说：“事情已经很紧急了，我愿亲自前往东吴，向孙将军求援。”刘备也感到形势紧迫，立即派遣诸葛亮随鲁肃去柴桑(今江西省九江市西南)见孙权。
孙权在柴桑密切地注视着局势的发展，战火即将燃烧到自己身上，使他感到有同刘备联合的必要，但能否战胜曹操的进攻，他还缺乏信心，态度有些犹豫不决。
诸葛亮会见孙权后，针对孙权思想上的疑虑从分析天下大势着手。说：
“现在天下大乱，孙将军起兵占据了江东，刘将军也招募部队在汉南(汉水之南)，和曹操争夺天下。现在曹操已经平定了河北，战胜了不少对手，又攻下荆州，威震四海。刘将军无力挡其兵锋，英雄无用武之地，因此迁到此地。这就是摆在我们面前的严重情况。”
接着诸葛亮又故意反激孙权说：
“情况如此紧迫，我希望将军根据自己的力量，考虑相应的对策。如果能以江东之众与曹操抗衡，就应该趁早和他断绝关系，争取时间早定战守之策；如果不能这样，为什么不投戈卸甲，向曹操投降呢？现在将军表面上服从曹操，而内心却犹豫不决、举棋不定。在这紧急关头不能当机立断，恐怕大祸就要临头了。”
孙权听了，很是恼火，他万没想到诸葛亮会这么小看他，不禁生气地反唇相讥道：“既然像您所说的那样，那么刘将军为什么不投降曹操呢？”
诸葛亮理直气壮地回答：
“汉初的田横，不过是齐地的一位壮士，他尚且能守义而不屈(注：田横为秦汉间田齐的宗族，汉高祖刘邦称帝后，他不愿称臣，率领徒属五百余人，入居海岛；刘邦使人召请，他不从，最后自刎而死)，何况刘将军是王室的后代？他的英雄才气，盖世无双，天下的士人都仰慕他，就像水归大海一样。若真的大事不成，那也只是天意，哪能够屈辱投降曹操呢？”
这一来，孙权可真的是被激怒了，他再也忍耐不住，勃然变色地说：“我也不能以江东之地和十万之众，受制于人，我决心抗击曹操了。”
孙权的话虽然说得很硬气，但他清楚自己一方的兵力，而刘备又刚刚在当阳吃了败仗，又有多大的能耐呢？他不禁又怀疑地对诸葛亮说：“固然现在除了刘将军，没有人能够和我共同抵抗曹操。但刘将军战败之后，还能抵挡得住曹操吗？”
针对孙权的怀疑，诸葛亮满怀信心、胸有成竹地向孙权分析了敌我双方的力量对比，他说：
“刘将军虽然在长坂战败，但现在部下陆续归来的，以及关羽、刘琦率领的江夏之军，总共不下两万人。曹军兵力众多，但远道而来，长途跋涉，为了进行追击，一日一夜行军三百多里，早已疲惫不堪，像一支飞到尽头的箭，连穿透一层薄薄绸子的力量都没有了。况且北方人不习水战，更是曹军的一大弱点，还有，荆州的民众暂时归附曹操，那是迫于兵势，并非心服。”
最后，诸葛亮鼓励孙权说：
“现在孙将军您真能派出猛将，带领数万大军和刘将军联合起来，同心协力作战，那就一定能够打败曹操。曹操兵败之后，必然向北方撤退。这样，荆州、江东不但都能安然保全，而且势力大大增强，那么天下鼎足而立的局面就形成了。成败的关键，在于今日，孙将军您切不可坐失良机。”
诸葛亮的分析清楚透彻，说得孙权满心欢喜，愁眉顿展，增强了他战胜曹操的信心。但当时的孙权集团内部，主战派与主降派的斗争非常激烈，尤其是主降派的代表人物张昭，在曹军气势汹汹的威逼下，更是吓破了胆，力主不战而降，而当时主战派的代表人物之一是周瑜，他正奉命去鄱阳调集水军，不在柴桑，主降派的呼声更是甚嚣尘上，这种情形，使孙权感到无所适从。
在鲁肃的建议下，孙权迅速从鄱阳召回周瑜。周瑜回来之后，力排众议，并信心十足地对孙权说：“请将军给我精兵数万，进屯夏口，我一定为将军击破曹操！”周瑜坚决抗曹的态度，感染了孙权，孙权下定决心迎击曹操。在召开江东文武大臣的会议上，孙权毅然抽出宝剑，砍掉奏案上的一角，斩钉截铁地说：“如果有谁再敢说向曹操投降，就和这个木案一样！”
在此期间，由于鲁肃的引见，周瑜会见了诸葛亮。诸葛亮向周瑜提醒说：“孙将军虽然下了决心，恐怕还有反复，因为此处主张投降的势力还很大。依我之见，公瑾(周瑜字)还得再向孙将军说说，主要是把曹军兵马多寡的实际情况再说清楚明白，让孙将军放心。”
周瑜很重视诸葛亮的意见，当天夜晚立即进见孙权说：“据诸葛先生了解，曹操所称80万水军完全是恫吓之词，实际兵马超不过20万，并且已是疲惫不堪，而荆州降兵，对曹操尚存狐疑之心。这样看来，曹军人数虽多，一点儿也不可怕。只要与刘备将军联合起来，打败曹操是没有问题的。”
周瑜一席话，更坚定了孙权抗击曹操的决心。就这样，孙、刘联合抗曹的局面正式形成了。
孙、刘联盟的实现，是由当时的政治军事斗争形势所决定的。在敌强我弱的情况下，孙、刘联盟是双方与曹操争存亡的共同愿望。孙、吴联盟局面的出现，不能不归功于诸葛亮、鲁肃、周瑜的卓越识见。而诸葛亮在这关键时刻前往柴桑，向孙权反复陈说利害，促进了孙、刘联盟的实现，这对战争的结果起了非常重要的作用。在出使柴桑、游说吴主这场活动中，诸葛亮显示了他作为一个政治家、军事家的远见卓识，也表现了他出色的外交才能。
孙权和刘备结盟后，他们的军队在赤壁(今湖北省蒲圻县西北)大败曹军。这场战争的实践，充分证明了诸葛亮、鲁肃、周瑜等的分析和论断是科学的、英明的。诸葛亮在赤壁大战前后，还有过哪些活动，史书上没有记载，因而无法查考。但作为刘备一方的主要决策人物诸葛亮，他不可能不参与一些联军作战问题的讨论和协商，提出作战的主张和建议，比如战争的主要形式是利用进行火攻等等，诸葛亮很可能参与了计谋。至于像《三国演议》上所描写的“舌战群儒”、“草船借箭”、“披发仗剑”、登坛借东风等等带有传奇色彩的故事，那就完全是小说家的艺术创造罢了。
以法治蜀令出必行赤壁之战后，刘备占有荆州不少地方，以后又从刘璋手中夺得益州，从曹操手中夺取汉中，力量发展非常快。此间，诸葛亮为刘备镇守后方，安抚民众，供给军备粮草以及兵源，为蜀汉政权的建立，作出了很大贡献。
刘备死后，刘禅继位，诸葛亮被封为武乡侯，领益州牧，蜀汉的政事，不论大小，都由诸葛亮一手处置，实际上诸葛亮已成了蜀汉政权的主持者。
“内修政理”是诸葛亮在《隆中对》中提出的策略步骤，在刘备集团跨有荆州、益州、汉中，诸葛亮负责治理西蜀之后，这个问题就提到了议事日程来了。
为了维护刘备集团在益州的统治，为了蜀汉政权的长治久安，诸葛亮首先把实行法治摆在“内修政理”的首位。这是针对益州当时“乱”的局面而采取的强有力措施。
益州原来的政治状况很不稳定。在刘焉、刘璋统治益州时期，法令松弛，政治腐败，地主豪强和官僚专横自恣，侵夺百姓，鱼肉人民，因而阶级矛盾非常尖锐。在公元188年，即刘焉担任益州牧之时，就曾经发生了以马相等为首的农民起义。起义虽然被镇压，但阶级矛盾并没有缓和，纵容豪强官僚欺压、侵凌百姓的局面还是愈演愈烈。
这种严重的“乱”的局面，势必大大不利蜀汉政权的稳固。严厉打击豪强的不法行为，就是诸葛亮解决“乱”的一个重要手段。而益州地方的土着豪强，正是诸葛亮要着力打击的对象。
诸葛亮以法治蜀的思想内容，具体体现在他主持制订的《蜀科》的法典上(今丢失)。在《蜀科》上的相应条文，规定了对蜀土着豪强采取抑制并打击的措施。而在实践上，诸葛亮也执法严明，依法行事，不避权贵，不徇私情，刑罚有准，轻重比较适当。如对破坏法纪的蜀中豪强彭羕，坚决镇压，毫不留情；对以私废公、放肆专权的李严、廖立等，绳之以法，该罢官的罢官，该刑罚的刑罚；对挑拨是非、妖言惑众的来敏，坚决予以革职。这些典型事迹，显示了诸葛亮执法如山、铁面无私的政治家作风。相反，对于严明奉法、法廉自持的官吏，如蒋琬、费祎等，则大加褒扬、提拔。
正因为诸葛亮实行法治、打击豪强的政策，因而引起了地主豪强的不满和反对，他们攻击诸葛亮“刑法太严”，吵吵嚷嚷地要诸葛亮“减轻刑法”。时为蜀郡太守、扬威将军的蜀中代表人物法正，对诸葛亮这么雷厉风行地打击蜀中豪强也不甚理解，并且站出来替他们说话。他引用汉高祖入关“约法三章”实行宽民之治的事例，写信给诸葛亮。信中说：“从前汉高祖入关，除去秦朝严刑苛法，约法三章，宽禁省刑，关中老百姓，都感念高祖的恩德。如今我们刚刚用武力占据益州，还没有给地方上带来恩德，就施用刑禁权威，这是很不好的。按照主、客的关系，我认为应该多施行点恩德，把刑罚、禁令放宽些，以慰藉他们。”
法正的信，引出了诸葛亮着名的反映他的法治指导思想的文章——《答法正书》，书中这样说：
先生您只知其一，不知其二。秦代的情况是实行暴政，虐待人民，因而逼得人们不得不起来造反。针对这种情况，汉高祖采用了宽刑弛禁的办法，来减轻人民的负担，这是对的。现在益州的情况和秦代大不相同。刘璋暗弱，自从刘焉以来，就放纵地方豪强官僚，使他们专横跋扈，任所欲为，因而德政不举，威刑不肃，君臣之道也就逐渐被破坏了。给这些官僚们以高官，宠爱他们，他们地位高了，反而不觉得可贵；服从他们，施以恩惠，恩惠达到顶点，他们反而傲慢无礼。这就是政治弊病的来源。现在我们以法来威胁他们，法行之后，人们才能够知道什么是恩德；限之以官爵，官爵提升之后，人们才能够知道爵位的尊贵。行法和恩宠相辅并行，上下的次序才能够维持正常，政治才能够得到清明(原文见《三国志·蜀书·诸葛亮传》裴注)。
这封书信批评了法正看问题的片面性，批驳他生硬地套用汉高祖“宽禁省刑”的做法。诸葛亮指出：秦时跟现在不同，关东和益州的情形不一样，现在就是要严明赏罚，严格按法制办事，才能彻底纠正刘焉父子遗留下来的邪恶风气。诸葛亮在这封书信中强调了一切从实际出发的观点，拒绝了法正的建议，这是很有见地的。
据《三国志》注引《魏氏春秋》及《伊籍传》等书记载，诸葛亮为了整顿吏治，还亲自撰写了《八务》、《七戒》、《六恐》、《五惧》等法律条例，一条一款罗列分明，使蜀汉大小官员知道务其所“务”、戒其所“戒”、恐其所“恐”、惧其所“惧”，使大家勤于职守，这种“先教后诛”的做法受到当地及后世众多的颂扬和称道。
正因为诸葛亮赏罚分明、执法如山，因而即使被诸葛亮惩处过的人，对他还是感恩戴德，口服心服，以至当他去世以后，竟如丧考妣，痛不欲生。比如李严与廖立二人就是如此。
李严(后改名李平)，是刘备临终前与诸葛亮同受遗诏辅佐刘禅，地位仅次于诸葛亮的蜀汉高级官员。在诸葛亮北伐时，他负责供应军需物资，在军粮供应不上时，他假传圣旨要诸葛亮退兵。这种贻误军机、弄虚作假的行为被诸葛亮发觉，上书刘禅将他免官为民，流徙梓潼郡。李严服罪之后，诸葛亮并不搞诛连家人的做法，还是让他的儿子李丰照常为官，并且一直做到朱提太守的职位。李严听到诸葛亮病死的消息，不禁悲痛万分，情急之下，他也发病身亡。
廖立在刘备在世时就担任长沙郡太守。这个人自命不凡，口出狂言，肆意攻击蜀汉的朝政，指责诸葛亮，挑拨群臣不和。诸葛亮上表罢了他的官，流放到汶山郡。诸葛亮病死，廖立痛哭叹息地说：“我没有希望了，恐怕要老死在这边远地区了。”
诸葛亮的厉行法治，使蜀汉文武官员大都能兢兢业业、勤于职守，而力戒弄虚作假，干犯法纪之事，蜀汉政权的工作效率也大大提高了。吏治逐渐得以清明，封建统治秩序逐步稳定，蜀汉的社会经济得到繁荣，而人民生活也得到了安定。史书上记载，说是当时蜀国“道不拾遗，强不侵弱”。史书上的说法当然有夸大的地方，但在三国时期，蜀汉政府是一个较好的政府，这一点是有目共睹的，而诸葛亮治蜀的做法也是卓有成效的。在这里，我们还可以举出与诸葛亮同时代及稍后的两位人物的言论来予以证实。
一位是蜀汉官员张裔。张裔原先是刘璋的谋臣，蜀汉之时，官至益州郡太守。此人虽精明能干，但他自以为是，总认为别人不对。诸葛亮多次对他进行批评教育，使他受到感动，他由衷地叹道：“诸葛亮公正严明，赏罚不分亲疏远近，无功者不能得赏，贵势者不能免罚，这是人人奋勉的重要原因啊！”(原文见《诸葛亮文集》卷2《与张裔教》)。
另一位就是大名鼎鼎的《三国志》作者陈寿。陈寿是西晋时代的史学家，他的父亲曾被诸葛亮判处髡刑(剃去头发)。但他在《三国志》中写诸葛亮时，还能秉持公心，去除个人恩怨的成见，以公正的史笔评价他。
由此可见，诸葛亮用法治蜀深得人心！
举贤授能任人唯贤在推行法治政策的同时，诸葛亮非常重视人才的选拔和任用。他说：“治国之道，务在举贤。”(《诸葛亮文集》卷3)认为选用贤能是治理好国家的关键，是关系国家兴亡的大事。在举贤这一方面，和厉行法治一样，他做了大量艰苦而细致的工作。他选拔一些很有才能并忠于蜀汉政权的文臣武将，让他们担任郡守、都督、将军等重要职务，发挥他们的作用。这里有一个统计数字，很能说明诸葛亮在选拔人才方面的成效：
