苏辙出使辽国回来后不到半年，升为龙图阁直学士、御史中丞。自元佑初朝廷废除王安石变法而推行了新的政令，到此时已经5年的时间了，人心已初步稳定了下来，但元丰时期的旧党不安分守己，在各地无中生有攻击时政，以异端邪说摇撼在位者。朝中执政大臣吕大防、刘挚以为心腹之患，准备引用一些元丰旧党以清除其怨气，当时叫做“调停”。调停之议一出，大臣们意见不一，高太后也迟疑难决。苏辙强烈反对这种所谓的调停，当面驳斥其非，并上疏提出自己的见解：
臣近面论，君子小人不可并处，圣意似不以臣言为非者，然天威咫尺，言词迫逮，有所不尽，臣而不言，谁当救其失者！亲君子，远小人，则主尊国安；疏君子。任小人，则主忧国殆。此理之必然，未闻以小人在外，忧其不悦而引之于内，以自遗患也。故臣谓小人虽不可任以腹心，至于牧守四方，奔走庶务，无所偏废可也。若遂引之于内，是犹患盗贼之欲得财，而导之于寝室，知虎豹之欲食肉，而开之以炯牧，无是理也。且君子小人，势如冰炭，同处必争，一争之后，小人必胜，君子必败，何者，小人贪利忍耻，击之则难去，君子洁身重义，沮之则引退。古语日：“一燕一获，十年尚犹有臭。”盖谓此失……而议者惑于说，乃欲招而纳之，与之共事，谓之“调停”。此辈若返，岂肯但已哉？必将栽害正人，渐复旧事，以快私忿。
宣仁后见了这份奏疏以后，命执政宰相读于帘前。她说：“苏辙怀疑我们君臣是邪恶小人和正人君子兼而用之，他所说的极为有道理。”大臣们都随声应和，“调停”的说法再也没人提起了。
苏辙还就把黄河引人故道失败后的遗留问题，驻守在与西夏交界处的将吏挑起边界冲突、因弊修法、恢复免役法等四项事情上奏皇帝，希望“伏乞宣谕宰执，事有失当，改之勿疑，法或未完，修之无倦，苟民心既得，则异议自消”，但是，“大臣耻过，终莫肯改”。
元佑六年（1091）二月，苏辙被任命为尚书右垂，成为朝中执政的重臣。
此时熙河守将上奏朝廷说：“西夏十万军队在通远一带边境挑掘有争议的崖峻，杀人三日而退。请求趁西夏退兵的机会，急速将堡寨移近边界，抓住有利的时机行动，不需要再讲什么诚信。”当初西夏使者来祝贺哲宗登基后，又紧接着派使者来议地界。朝廷当时答应还给西夏土地，并且许诺每年赐给钱物，但很长时间没有实施。第二年西夏袭击径原，杀掠弓箭手数千人，朝廷容忍了这种行为。元佑四年，西夏使者来议地界，朝廷给了岁赐的财物，没有归还土地，西夏又在边境侵扰生事。熙河将佐范育、种谊无法忍受，违背两国协议侵人西夏地界，修筑了买孤、胜如两座城堡，西夏随即把城堡荡平。范育等人又准备招降西夏将领赵醇忠，并擅自招收了赵的部下千余人。朝廷不允许接收西夏降兵，边界处于骚动不安之中。苏辙曾上疏请求罢免范育、种谊，另换老将守熙河。宣仁太后感到苏辙言之有理，但因许多大臣反对而没有采纳罢免之议。苏辙面奏说：“人君与人臣，事体不同。人臣虽明见是非，而力所不加，须至且止；人君于事，不知则已，知而不能行，则事权去矣。臣今言此，盖欲陛下收揽威柄，以正君臣之分而已。若专听所谓，不以渐制之，及其太甚，必加之罪，不免逐去。事至如此，岂朝廷美事？故臣欲保全大臣，非欲害之也。”现在熙河将吏要求“乘利而往，不须复守诚信”，以报复西夏10万骑兵的侵扰，使大臣们在会议上议论不休。苏辙说：“应当先议论决定用兵还是不用兵。”吕大防说：“如果应当用兵，就不得不用了。”苏辙说：“凡用兵，先论理之曲直。我若不直，兵决不当用……今欲于宁西城于陇诺堡一抹取直，所侵夏地凡百数十里，陇诺祖宗旧疆，岂所谓非所赐城寨耶？此则不直，致寇之大者也。”刘挚说：“不用兵虽然好，但形势发展到必须用兵的时候，就不得不用了。”苏辙奏道：“夏兵十万压在熙河境上，不在其他地方而专在有争议处杀人、掘崖峻，其用意十分明显。这不是西夏的罪过，皆朝廷不直之故。如果熙河守军再敢生事，不守信用，我就要洁责这里的帅臣。”后来，边境士兵屡次深人西夏的领地，挑起边界战事，宣仁后于是听从了苏辙的建议。
苏辙接到了苏轼的来信，信中告诉了其到达京城的时间。苏辙欣喜非常，盼望与哥哥再次团聚的那一天快点到来。然后，苏轼还在赴京途中，就听说，因“党人嫌忌”，“弟辙为台谏所攻，搬出解宇（官舍）待罪。又蒙陛下委曲，照见情况，方获保全”（《杭州召还乞郡状》）。这个事件的发生，使苏轼“不免有远祸全身之意”。
早在去年五月，给事中范祖禹上疏说：“苏轼名重海内，忠义许国，请早赐召还。”后来又在其他数人的请求下，朝廷于正月以吏部尚书召还，苏轼因弟弟苏辙刚任命为尚书右丞，为避嫌而上疏要求取消任命，让他仍然当个地方官。朝廷为此改命苏轼任翰林学士，知制浩，兼侍读。苏辙在《颖滨遗老传》中说：先生召还，本除吏部尚书，而以我的缘故，改翰林学士；这使我很恐惶不安，请求朝廷给我改派别的官职，与兄长一样当个不重要的一般官员。但朝廷没有准许。
三月上旬，苏轼离开杭州，恋恋不舍地写诗道：“在郡依前六百日，山中不记几回来。还将天竺一峰去，欲把云根到处栽。”（《别南北山作三绝句》）他幻想把天竺山栽遍各地，就能常感到身处杭州了。苏轼两次出任杭州，“有德于其人，家有画像，饮食必祝，又作生祠以报”（《亡兄子瞻端明墓志铭》）。一个叫马城的同僚在送别诗《木兰花令》中写道：“欲知遗爱感人深，洒泪多于江上雨。”这虽是马城个人的心声，但也表达了当地人民对苏轼的留恋之情。
还在赴京途中的苏轼，于五月十九日写了《杭州召还乞郡状》。这是他第四次请求当地方官的上疏。他在这篇奏状中回顾了乌台诗案的悲惨遭遇及洛党人物四次诬陷打击的经历，得出的结论是“窃谓人主之待臣子，不过公道以相知，党人之报怨嫌，必为巧发而阴中”。所以“反覆计虑，莫若求去。非不怀恋天地父母之恩，而衰老之余，耻复与群小计较短长曲直，为世间高人长者所笑”。奏状最后要求，“所有今来奏状，乞留中不出，以保全臣子”，希望皇帝、太皇太后“特赐指挥执政检会累奏，只作亲嫌回避，早除一郡”。这篇奏状充分表现了苏轼自知“刚蝙”的性格难以在朝中自处，而对朝廷中勾心斗角、政治攻击十分畏惧的心情。
六月，苏轼带着全家人到达京城，寓居在苏辙所居的东府。东府是中书省、掌文事官员居住的地方，苏轼兄弟自然一同住在这里。朝中执掌权力的人物对苏轼回朝很不高兴，指使洛党政敌贾易制造事端，采用乌台诗案的手法，诬告苏轼在宋神宗逝世时有欣幸之感，根据是苏轼数年前曾在僧寺题诗《归宜兴留题竹西寺》，诗中有“山寺归来闻好语，野花啼鸟也欣然”这两句诗。其实这是元丰七年苏轼从黄州量移汝州，途经泅州时住了几天，这时常州友人的信来了，信中告诉他已为他在常州宜兴买下了一户曹姓人家的田地，苏轼当时很高兴，就准备在常州宜兴隐退，“闻好语”本来是指买田一事有了好消息。在苏轼的辩驳下，朝廷派人去调查，因刻在石头上的诗句注有时间，知道“谓公闻讳而喜，乞加深谴”的谏官是妄言，“皆逐之”。这种陷害使苏轼有了畏惧感，无意留在朝廷，以弟嫌为由请求出京当地方官，不久就以龙图阁学士知颖州。
八月，苏轼离京赴颖州任。这年是元佑六年，他进京仅任职两三个月，又被迫离京而去。临行前，他感慨万端，想到“元佑六年”与“嘉佑六年”仅一字之差，中间已相距30年；嘉佑六年他与苏辙参加制科考试住在怀远骚，那时他26岁，苏辙仅23岁；此后他赴凤翔“初从政”，有天晚上秋风秋雨起，孤独中“始有感慨离合之意”；以后宦游四方，兄弟俩常不相聚。“每夏秋之交，风雨作，木落草衰，辄凄然有此感，盖三十年矣”；这时“复出领汝阴，时予年五十六矣”。于是，写《感旧诗》一首，“留别子由而去”。诗中回忆了以前与苏辙身处两地时的思念之情：“新秋人梧叶，风雨惊洞房。独行残月影，怅焉感初凉。一往三十年，此怀未始忘。”对弟弟在朝中刚正不阿忠心为国表示说：“怜子遇明主，忧患已再尝”。而他自己的心情则是“报国何时毕，我心久已降”，对仕官生涯十分厌倦。
