太平洋战争爆发后，日本陆海军在南方各个战场上频频得手，取得了巨大胜利，1942年春季以前，提前一半的时间完成了战前拟定的太平洋战争第一阶段作战计划。英、美军实力在作战中遭到严重削弱。相比之下，日军的损失却很小。
日本初期作战形成的有利态势，导致陆军和海军在整体战略指导及具体作战目标上都产生了分歧。在今后战争全局指导上的分歧主要表现在两个方面：是继续发展大规模战略进攻，还是按照原计划采取战略守势，以确立长期不败的战略态势；是以美国及太平洋正面的作战为主，还是以英国、中国及印度洋、亚洲大陆方面的作战为主。
陆军认为，第一阶段作战的巨大战果，使日本在今后两年内可以称霸西太平洋，太平洋正面的持久不败的态势已基本形成，而且日本也不具备直接攻击美国本土的能力和手段。
因此，在占领南方资源和战略要地之后，应利用美国海上力量一时难以恢复的有利时机，立足于战前确定的持久战方针，迅速转入对日本本土、“满洲”、中国以及南方占领区的战略调整，培植国家战争力量，从根本上确立长期持久的战略态势。
根据这一持久战方针，陆军设想下一阶段的军事战略应该是，对东正面太平洋方向的美国，采取旨在确保已占领区域的抑制作战；同时，将陆海军主力转用于西正面的印度洋和中印缅大陆地区，通过控制印度洋、击败中国以及与德意相呼应强行打通印度和西亚等行动，首先击败美国的盟友英国和中国，达成孤立美国的目的。尔后，再转向东正面与美国进行海上决战。
日本海军则认为，战前确定的“第一阶段攻占南方的资源与战略要点，第二阶段消灭来犯的美国海军主力”的战略指导方针已经不适应战争形势发展的需要。由于开战初期重创了美国海军，原定第二阶段歼灭美海军主力的任务已经完成一半，因而，第二阶段的作战任务应该是，在美国的实力恢复之前，在太平洋与美国展开积极作战，尽可能缩短战争时间。
海军内部鼓吹这一观点的最大势力，是以山本五十六为首的联合舰队。早在战前山本就认定，与拥有雄厚战争潜力的美国进行持久战，对日本不利，应该采取连续不断的积极进攻，迫使美国在物质和精神两方面都难以恢复。初战的胜利，更加坚定了联合舰队以美国为直接打击对象、在太平洋方向实施连续主动进攻的决心。
联合舰队认为，拖延时间，不仅将丧失以往战果，而且会使美国增强实力，使日本陷于束手待毙的被动地位。虽然应认识到长期战争的可能，但主动追求长期战争是愚蠢的……消灭了美国舰队和英国海军，就可以随心所欲地干任何事情，这是结束战争的最佳捷径。
为了协调陆、海军在战略上的分歧，1942年3月4日，日本陆、海军召开双方作战部长会议。三天后，又召开了大本营与政府的联络会议，在对陆、海军的意见进行折衷的基础上，制定了《今后应采取的战争指导大纲》。
这个指导大纲的要点，一是为迫使英国屈服，使美国丧失战争意志，继续扩大既得战果，不断整备长期不败的政治军事态势，并趁机采取积极对策。二是努力确保占领地区的主要交通线，促进重要国防资源的开发和利用，确立自给自足的体制，并增强国家的军事力量。三是更加积极的战争指导具体方案，在研讨国力、战况的演变、德苏战况、美苏关系、重庆的动向等各种形势之后再确定。
这个指导大纲是在陆、海军基本战略设想严重对立的情况下形成的，内容抽象，措辞含糊，陆海军双方都可以从中找到有利于自己的解释和依据，因此，对今后战争起不到统一指导的作用。
日本陆海军在第二阶段的主要战略方向、重点作战对象以及打持久战还是速决战等重大问题上的分歧，导致他们在具体作战目标的选择上意见不一。
海军部提出两个方案，一是西进，攻占锡兰（即斯里兰卡）和印度，以歼灭印度洋的英国舰队，前提是需要德意军事行动的配合；二是南进，攻占澳大利亚以及新喀里多尼亚、斐济、萨摩亚诸群岛，目的是摧毁同盟国的反攻基地，切断美澳间的联系，同时诱出美舰队将其歼灭。
海军中的强硬派联合舰队则提出更为激进的方案：东进，进攻中途岛，向夏威夷方向扩大战果，促使美国丧失作战意志。因为美国的痛处在于丧失舰队势力及夏威夷被占。
陆军基于在太平洋转入战略守势的观点，反对任何大规模进攻。因为这样一来，它就不得不将亚洲大陆急需的大量地面部队投入海上岛屿争夺战。据估计，进攻澳大利亚的兵力不能少于12个师，运输船舶总吨位不能少于150万吨。陆军根本无法抽调这么多的人力和物力，除非它大幅度缩减对苏战备和中国战场的兵力，而这样会使整个战略态势陷于极大的不利。因此，陆军仅仅同意以海军力量为主，对上述目标实施有限的封锁战和压制战。
1942年4月，日本大本营海军部确定了海军第二阶段的作战计划：
在印度洋方面，寻求迅速歼灭英国舰队，并与德、意在西亚的作战进展相呼应，趁机攻占锡兰。
在南太平洋方面，以澳大利亚为目标，加强旨在切断澳、美之间交通线的作战，消灭澳大利亚方面的舰队，促使澳大利亚屈服。为此，应摧毁澳大利亚东岸和北岸要地的兵力和军事设施，消灭澳舰队，破坏其海上交通线，并与陆军协同攻占新喀里多尼亚、斐济及萨摩亚诸群岛，切断美、澳间的海上和空中联系，在解决中国事变和对苏关系缓和的情况下，趁机攻占澳大利亚。
在中部和北太平洋方面，攻占中途岛，以限制美国海军的机动袭击；依靠突袭进攻，努力削弱和破坏夏威夷等地的美军兵力和作战基地；尽快破坏并攻占美军在阿留申群岛的作战基地，挫败美国在北太平洋方面的作战企图。
等到印度洋和澳大利亚方面的作战告一段落后，全力指向东正面，强行与美国舰队主力决战并将其消灭。为此，应攻占夏威夷的外围要地约翰斯顿岛和巴尔米拉岛，趁机对夏威夷实施大规模突袭，消灭该地的美国航空兵力；同时捕捉美海上兵力，极力迫使其主力决战；如情况允许，与陆军协同攻占夏威夷。
4月16日，日本陆军明确表示同意参加旨在封锁澳大利亚、攻占新喀里多尼亚、斐济、萨摩亚诸群岛的作战。至于对夏威夷、澳大利亚、印度等地的作战，陆军部表示视今后的情况决定。
也就是说，除了封锁澳大利亚的作战之外，陆军不同意海军拟定的其他作战目标。
促使陆军让步的一个重要因素，是美国海军在太平洋的机动作战。
从2月1日开始，美国太平洋舰队出动航空母舰特遣舰队，在宽阔的太平洋海域实施打了就跑的奇袭战，先后攻击了马绍尔群岛的夸贾林岛和吉尔伯特群岛的马金岛，进而袭击威克岛、南鸟岛、新几内亚东部的莱城和萨拉马瓦。对莱城和萨拉马瓦的袭击击沉日军运输船4艘，重伤9艘，击伤日军巡洋舰2艘、驱逐舰1艘，迫使日军暂停对莫尔兹比港的进攻。
促使陆军进一步同意海军观点的另一个重要因素，是日本本土首次遭到美机空袭的事件。
4月18日，美国航空母舰特遣舰队通过数道日军警戒线，进至距东京1200公里的海域。舰载飞机于中午轰炸了东京、神户等地。
由此，陆军不得不承认日本在太平洋的防御存在严重缺陷，美国海军依然具有很大的威胁力。为了加强太平洋防御，稳定局面，消除美国的威胁，4月20日，日本陆军部改变初衷，向海军提出愿意派部队参加阿留申群岛和中途岛作战。
双方遂在第二阶段作战计划上达成一致：5月上旬实施对新几内亚南部莫尔兹比的进攻战；6月上旬实施中途岛及阿留申群岛作战；7月中旬实施新喀里多尼亚、斐济、萨摩亚诸群岛的作战。
上述三个方面的作战目的分别为：确保珊瑚海及其沿岸的制空权；诱出美航空母舰予以歼灭，以防其空袭日本本土，为攻占夏威夷作准备；切断美澳交通线。
至此，尽管日军统帅部未能明确对澳大利亚本土、夏威夷等地的大规模进攻战，对印度洋、锡兰的作战也仅局限在海军袭击的范围，但日本第二阶段的作战重点显然已转向太平洋战场，而且是实施一场进攻战，不过其目标有限。
