清初顺治和康熙两位皇帝，都是幼年登基，并且处于明清易代、清朝在中原立足未稳的非常时期。扶助幼帝、安定朝野上下，不能不归功于孝庄太后。
孝庄太后姓博尔济吉特氏，出生于蒙古科尔沁草原，她的父亲寨桑是一个大部落的首领。这时努尔哈赤领导后金（清朝前身）与明王朝争夺对蒙古草原各部落的控制权，鼓励后金贵族与蒙古贵族联姻，并且亲自为儿子皇太极挑选了寨桑的妹妹为妻。这位博尔济吉特氏命运不佳，因为多年不育受到皇太极的冷淡。皇太极练兵路过寨桑部落，无意中发现寨桑十三岁的女儿品貌俱佳，游牧民族没有严格的通婚限制，他不顾自己身为女孩姑父的事实，马上派人送上聘礼，明天启五年（1625）二月，小博尔济吉特氏正式以妾的身份嫁给皇太极，不久，皇太极夫人病逝，她被扶为正室。明崇祯九年，（163），皇太极称帝，年号由天聪改为崇德，是为清太宗，博尔济吉特氏被封为庄妃。
皇太极是一个雄才大略的人物，他仿效明朝的政治体制设立六部、大学士，翻译汉文典籍，模仿科举制考试实行满、汉、蒙古三族的考秀才制度，依靠武力臣服蒙古部落和倾向明王朝的朝鲜王国，解决了与明朝作战的后顾之忧。正当他与明军作战屡获大胜，志在夺取天下时，在崇德八年（1643）突然去世。皇位继承人选成了大问题，满族与汉族习俗不同，立弟立子均可，因此皇位争夺战更为激烈。
皇太极有兄弟十六人，又有十一个儿子，长子豪格，勇猛善战，颇受宠爱，皇太极曾命其与自己的三个同父异母兄弟郑亲王济尔哈朗、睿亲王多尔衮、武英郡王阿济格共同处理国家事务。继位人选虽多，最有实力的是睿亲王多尔衮，他手中握有正白、镶白两个旗，同时争取到正黄和镇黄两旗的支持。奇怪的是，他本人没有继承皇位，转而扶立皇太极年仅六岁的幼子福临为帝，即清世宗，改元顺治，多尔衮成为摄政王。不久，豪格因被控告在背后咒骂多尔衮，被废为庶人。
多尔衮之所以立福临为帝，恐怕与福临的母亲庄妃有很大关系。多尔衮在父亲努尔哈赤过世、母亲被逼自杀殉葬时，由皇太极接进宫中抚养，年仅十五岁，而庄妃年仅十四，两人相处融洽。顺治帝即位后，庄妃旋即晋升为孝庄太后。顺治六年，多尔衮王妃、孝庄太后的妹妹博尔济吉特氏去世，此后，他便在摄政王的头衔上加上“皇父”二字，自称“皇父摄政王”，死后，顺治帝尊其为成宗义皇帝。其中种种费解之处难免启人疑窦，关于此事的合理解释是孝庄太后下嫁多尔衮。明末遗臣张煌言闻知此事，讥笑清廷悖德乱伦，作有《建州宫词》，其中三首专记此事：上寿称为合卺樽，慈宁宫里烂盈门。
春官昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。
清楚表明孝庄太后下嫁多尔衮确有其事。第三首“椒殿梦回云雨散，错将虾子作龙儿”一句，暗示顺治帝不是龙种，极尽讪笑。但在当时，太后下嫁的确是稳定当时朝政的最好办法，何况兄死弟娶嫂是游牧民族的风俗，本不足为怪。但随着清朝统治者的汉化程度日渐加深，此事因违背中原礼俗遭到耻笑，乾隆帝销毁了有关此事的所有官方材料，从此人们讳莫如深、三缄其口。清末宣统年间，内阁储藏档案的大库围墙倒塌，大臣刘启瑞奉命检库藏，“既得顺治时太后下嫁皇父摄政王诏，遂以闻于朝”。
若是仅止于下嫁亲王，此事便仅止于皇宫轶事，事实上，孝庄太后在以后的漫长岁月中，成为清初政坛举足轻重的人物。顺治一朝，她基本居于幕后，偶尔出谋划策。顺治十八年（1661）正月初三，年仅二十四岁的皇帝不幸染上当时的不治之症天花，临终前讨论继位人选，孝庄太后坚持立顺治帝年仅八岁的第三子玄烨，也就是后来的康熙帝。顺治帝极其信任的西方传教士汤若望支持这一建议，以玄烨出过天花、今后不会有生命之忧的理由打动了顺治皇帝。正月初七日，顺治病故，玄烨即位，改元康熙，孝庄太后承担起教育、抚育幼孙的重任。为避免出现朝臣专权局面，顺治帝规定，军国大事经四位辅政大臣议定后，必须由孝庄太后最后裁决。四位辅政大臣，以鳌拜权势最重，野心最大，他排挤掉其余辅臣，独断专行，对小皇帝构成极大的威胁，康熙帝唯一可依赖的人便是祖母孝庄太后，在重要关头，她教给小皇帝处置方略，每每奏效。
康熙六年（1667）七月，康熙帝举行亲政大典，两年后，他用宫廷游戏的办法一举消灭鳌拜集团，十六岁的少年皇帝真正“亲政”。孝庄太后正式退出政坛。康熙二十六年（1687），太后身体不适，她立下遗嘱，要求葬在顺治、康熙祖孙两人的陵旁：“太宗（皇太极）奉安久，不可为我轻动，况我心恋汝父子，当于孝陵（顺治帝陵）近地安居，我心始无憾。”
雍正二年，她的愿望得到满足，孝庄太后的灵柩被正式安葬于清东陵，称为昭西陵。她的儿子顺治帝和她的孙子康熙帝长眠在她的身旁。
