在《复活》创作的最后阶段，托尔斯泰身体状况不佳。1899年秋天和冬天的日记里常可见到这样的话：“一直病着。没有病的日子很少。”“常闹病，病的日子比好的日子多。”就在记下“完成了《复活》”的12月18日的日记中同时写着：“患了重病，白天和黑夜都很难受，需要休息，感到虚弱。”而这时，托尔斯泰早已处在沙皇当局和教会的严密监视之中。他患病的消息很快由密探呈报给了当局。为此窃喜的官方教会，决定至死也不放过托尔斯泰。1900年4月5日，沙俄东正教最高会议作出了一个秘密决定。“决定”称托尔斯泰“是东正教基督教会的敌人”，在历数托尔斯泰的所谓“亵渎上帝，毁谤教会”的罪行以后，下令：“列夫·托尔斯泰伯爵去世时若不作忏悔，不与教会和解，则取缔其追荐与安魂弥撒之仪式。”那年上半年，托尔斯泰的病情不仅没有恶化，反而有所好转，加上这一“决定”又是秘密作出的，所以此事在社会上没有引起波动。但是，当局显然已经加快了迫害托尔斯泰的步伐。迹象越来越多，在此前不久，托尔斯泰关系密切的朋友和助手切尔特科夫已被逐出国境，比留科夫等人则被处以流放。
与此同时，托尔斯泰的声望与日俱增。1900年1月，他被推选为科学院文学部名誉院士。活跃于文坛的一批优秀作家纷纷前来拜访托尔斯泰。当时，与托尔斯泰交往最密切的是契诃夫和高尔基。托尔斯泰对契诃夫的小说颇有好感，甚至称他是“散文中的普希金”。托尔斯泰认为契诃夫具有很高超的写作技巧，每次读他的小说总能得到“极大的快感”，而契诃夫的《孩子们》、《渴睡》、《在法庭上》、《宝贝儿》、《第六病室》等作品堪称“真正的珠玉之作”。托尔斯泰还在日记中谈到了契诃夫的小说《在峡谷里》对他的影响：“我第一次明白了大胆投上的阴影能给典型人物带来多大的力量。我要照此处理哈吉穆拉特和玛丽亚·德米特里耶夫娜这两个人物。”自从1895年夏天两位作家相识以后，契诃夫常常前去探望托尔斯泰。托尔斯泰对契诃夫的为人也颇为赞赏，他多次在人前提到契诃夫说：“啊，一个多么可爱，多么美好的人呀：又谦逊，又温和，简直像一位小姐！”“他很有才华，心地一定很善良。”不过，托尔斯泰对契诃夫的剧作却不感兴趣，认为“尽是一些神经衰弱的知识分子无休止的谈话”。有一次，托尔斯泰风趣地对契诃夫说道：“你是一个非常好的人，我非常喜欢你，你知道我受不了莎士比亚，但是他确实写出了几出比你写得好的剧本。”契诃夫虽然对托尔斯泰的某些宗教道德学说持有异议，但是托尔斯泰在他的心目中占有极为崇高的地位。1900年1月，他在致缅希柯夫的信中写道：
“当文学中有托尔斯泰在的时候，做一个文学家是既轻松又愉快的，甚至当你意识到自己什么也没有做，什么也不做的时候，都会显得不那么可怕，因为托尔斯泰正在代替所有的人做着。”
托尔斯泰与高尔基相识于1900年初。那年1月13日，高尔基第一次踏进了托尔斯泰在莫斯科的寓所。托尔斯泰见到这位有才气的青年作家十分高兴，他仔细询问了高尔基的生活和创作的情况，并坦率地谈了对高尔基小说的印象，称赞有些小说写得“朴素、真实”。在16日的日记中，托尔斯泰写道：“高尔基来过了，谈得很投机。我喜欢他，一个真正来自人民的人。”几天后，他收到了高尔基的一封来信，信中说：
“感谢您对我说的一番话，衷心感谢您，列夫·尼古拉耶维奇！我很高兴见到了您，并且非常以此为荣。我一向知道您待人朴实诚恳，可是，说老实话，我真没想到您对我竟然这么好。”
托尔斯泰在回信中写道：
“我非常非常高兴认识了你，并且我高兴的是我很喜欢你。阿克萨柯夫说过，有的人比他自己写的书好（他说的是——聪明），有的人比他写的书坏。我喜欢你写的东西，我觉得你这个人比你写的东西好。瞧我对你说了些什么样的恭维的话，这番话的好处主要在于它是真心实意的。”
那年秋天，高尔基还应邀到雅斯纳亚·波良纳作客，与托尔斯泰一起度过了一段难忘的日子。尽管托尔斯泰与高尔基在许多问题上有不同的认识，但是高尔基始终对托尔斯泰怀有真诚的敬意，而托尔斯泰也曾给予高尔基以有力的帮助。1901年4月，高尔基因参加反政府活动而被当局逮捕。5月6日，托尔斯泰获悉后立即给内务大臣写信，要求释放高尔基。他在信中写道：“我个人了解并喜欢高尔基，这不仅仅因为在欧洲他是有才能的、可贵的作家，而且因为他是一个聪颖的、善良的和富有同情心的人。”同一天，托尔斯泰又写信给他熟悉的奥尔登布斯基亲王，请求他帮助高尔基获得自由。半个月后，亲王通知托尔斯泰，高尔基已获释，现改为在家软禁。高尔基写信向托尔斯泰表示感谢。同年7月，托尔斯泰大病初愈，他就收到了一封由高尔基执笔、33人签名的信，信中写道：
“我们为您的疾病的顺利康复感到由衷的高兴，我们热烈地祝愿你——伟大的人——为了真理在大地上的胜利而健康长寿，并且一如既往地用你强有力的语言不倦地揭露欺骗、伪善和恶。”
1900年5—9月，托尔斯泰又创作了一部重要的文学作品——六幕正剧《活尸》。这部剧本也是在一个真实的案件的基础上加工而成的。莫斯科高等法院曾审理过一起希默尔夫妇的诉讼案，检察官达维多夫将案情告诉了托尔斯泰，引起了作家浓厚的兴趣。经过一段时间的酝酿，托尔斯泰突破了原案情节的单纯的婚姻悲剧范畴，赋予它全新的内容和主题，并塑造出了富有时代气息的艺术形象。《活尸》中出现的三个主要人物是费加、丽莎、卡列宁。费加和卡列宁是当时贵族知识分子的典型，前者厌恶上流社会的生活，后者则是符合上流社会道德规范的所谓“正人君子”。费加与他的妻子互不相爱，丽莎早已偷偷爱上了常来他家的友人卡列宁。费加终于无法继续忍受周围的生活方式和虚伪道德，离家出走了。他来到下层社会中，在吉卜赛人的歌声中寻求安慰，在酗酒中抹去内心的苦闷。同时，为了使自己和妻子都获得自由，并又能避开必须通过向宗教法院行贿才能办妥的离婚手续，他假装自杀了。消息传来，丽莎与卡列宁结为夫妻。但是一次偶然的机会，事情败露。法庭宣布丽莎的第二次婚姻无效，费加必须与丽莎复婚。面临着将重新在他所深恶痛绝的虚伪中度日的命运，费加举起枪，真的自杀了。
剧作通过主角费加的命运，深刻揭露了上流社会的道德准则的虚伪，以及维护这种准则的沙俄专制制度和东正教教会的罪恶。托尔斯泰笔下的费加·普罗塔索夫是19世纪末期俄国既不愿在上流社会的污泥浊水中沉沦，又不会作出真正的反抗的那一部分贵族知识分子的典型形象。费加性格真诚善良，他厌恶周围虚假的生活，觉得他所处的环境中的一切都“可耻极了”，可是除妻妹萨莎外没人理解他，而他本人又是软弱的“没出息的人”。他有革新生活的愿望，却没有革新生活的勇气，他摆脱内心痛苦的唯一办法是逃避现实。正如费加自己所说的：“在我们这个社会里，只有这三条路：第一就是做官，攒钱，使我们生活在其中的丑恶更加丑恶。这是我最憎恨的……第二就是消灭这种丑恶，这非得英雄不可，而我却不是英雄。第三就是忘却一切——饮酒、作乐、唱歌，我干的也就是这个。”正因为这样，费加的悲剧是注定了的，那是专制制度危机时代处于深刻的思想矛盾中的贵族知识分子的精神悲剧。不过，在剧作的最后一幕，作家让忍无可忍的费加以激烈的抗议者的姿态出现在专制制度和官方教会的工具——那些“浅薄无聊”、“对人作威作福”的法官老爷面前。尽管费加的自杀只是一种消极的反抗，但是这呐喊，这枪声，也是对黑暗势力的一次有力冲击。
《活尸》的艺术成就相当高。作者运用他描写人物心灵的精湛手法，把人物的精神世界的变化与生活的矛盾冲突紧密地联系起来，为俄国社会心理剧的发展作出了自己的贡献。主角费加是一个“具有不同于一般的心灵”（托尔斯泰语）的知识分子，内心世界比较复杂，他的感情具有紧张性和爆发性的特点。为了刻画费加丰富的内心世界，托尔斯泰调动了对话、独白、动作、环境和人物相互烘托等各种戏剧表现手法来达到这一目的。如第三幕第二景第四场，阿勃列兹科夫公爵受卡列宁等委托前来拜访费加。在这一场景中，费加时而对公爵大段陈述，时而断断续续、词语重复地自我独白；时而讽刺、揶揄，甚至打断公爵的谈话，时而又久久地默默静坐。这些都生动地揭示了费加内心的矛盾、痛苦和感情的变化起伏。作者还采用了戏剧冲突的内在紧张性与人物心理的复杂性交织的方法来揭示主题和刻画人物。如剧中女主人公丽莎是以上流社会“无可指责的人”出场的。她对丈夫费加的出走感到痛苦。而当她得知费加“自杀”时，她表露了心迹，原来她早就钟情于“规矩”的卡列宁。这时丽莎似乎对费加充满怀念和感激，并自责为“不道德的女人”。剧情发展到第五幕，当费加没死的消息传来时，丽莎霎时“脸色发白”，号叫道：“我真恨死他了！”随即又呜咽、怒骂，而后冲出门外。作者在剧情突转时，以几个连贯的动作将丽莎真实的内心世界淋漓尽致地展现在人们面前。
《活尸》的初稿完成后，托尔斯泰像以往一样，开始反复修改。就在这时，托尔斯泰手稿的缮写员伊万诺夫竟把这部剧作的情节给泄露出去，许多报刊纷纷加以报导。这使托尔斯泰很气愤，他拒绝了不少找上门来的出版商的要求，也不同意著名导演涅米洛维奇·丹钦柯将它搬上舞台。他认为剧作还有待进一步修改。一天，托尔斯泰在接待了一个衣衫不整的客人后，走出书房，大声对家人说道：“你们无论如何也猜不到，谁来了我这儿？‘活尸’来过了！”原来找上门来的正是获悉此事的剧作原型希默尔。托尔斯泰很同情他，并通过柯尼帮助他找到了一份工作。不久，希默尔的儿子也来了。托尔斯泰在对友人戈利杰韦泽的谈话中说：“儿子代表他妈妈请不要发表这本剧作，因为这件事使她很痛苦。同时，她也担心再次将这件事公诸于世会招来祸端。我当然答应了。”尽管剧作与原案迥然不同，但是托尔斯泰还是把它搁置了起来。直到托尔斯泰去世后，它才于1911年9月首次刊载在《俄国言论》上，次年元旦又被搬上了莫斯科艺术剧院的舞台。《活尸》上演后也遭到过诸如“推翻各种准则”、“嘲笑沙皇法律和教会信仰”之类的攻击，但是它所受到的欢迎却不同寻常。仅以上演头一年前九个半月的统计，它就在243家剧院演出9.000场之多。因此，涅米洛维奇·丹钦柯认为，《活尸》的上演“应当用金字来记载”。
年逾古稀的托尔斯泰在世纪之交完成的重要作品还有论著《什么是艺术》和《当代的奴隶制度》。长达20章的《什么是艺术》完成于1898值的东西，如艺术是社会生活的必要条件、真正的艺术必须创新、艺术是劳动人民生活的反映、内容的重要与形式的和谐、艺术家创作态度的真诚，以及艺术应该属于人民，并为人民所理解，等等。但是，托尔斯泰在尖锐地抨击那些脱离人民的艺术理论和艺术作品时，有时则走向了极端；他还错误地认为艺术的内容决定于宗教，并以此来分析艺术发展的一般过程。这部论著反映了托尔斯泰艺术观念的深刻矛盾。当然，瑕不掩瑜，论著坚持的艺术的写实主义原则，以及它对艺术与人民关系的高度重视，表现出作者不为潮流所动的卓识。托尔斯泰晚年艺术描写重心的移位、风格特征的变化和批判力度的加强，与他的美学思想也是紧紧联系在一起的。
《当代的奴隶制度》于1900年8月完稿，同年全文刊载在伦敦的《自由言论》上。论文的写作起因是一位名叫阿盖耶夫的铁路过磅员告诉托尔斯泰，在他供职的货栈上铁路装卸工总是一连工作36个小时以上，这使托尔斯泰大为震惊。经过实地调查，亲眼所见的景象比耳闻更为严重。托尔斯泰原想写一篇报导，以引起社会对此事的关注，但是随着构思的深入，文章很快由短评发展为长篇政论。在这篇文章中，作家真实地描写了工人悲惨的劳动和生活的情景，并且满腔激愤地写道：
“被认为是自由的人们，为了挣得仅够他们糊口的几个钱，不得不去从事这样的劳动。就是在农奴制时代，任何一个最残酷的奴隶主也未必会迫使自己的奴隶这样劳动。”
“当代的一切人划分为奴隶和奴隶主，不仅是所有的工厂工人，几乎所有的农民也都是奴隶。”
“如果说，当代的奴隶主没有奴隶伊万可以供他驱使去茅厕为他清扫粪便，他却有3个卢布，这是成百的伊万所需要的，当代的奴隶主就可以从成百的伊万中挑选任何一个，对他开恩，使他比别人优先爬到茅坑里去。”
“俄国和美国刚刚废除奴隶制度。实际上，废除农奴制和蓄奴制只是废除了陈旧的、不必要的奴役形式，而代之以更巩固的、掠取奴隶数量更多的奴役形式。”
它“类似克里木的鞑靼人对待俘虏的那种方法。他们割开俘虏的脚掌，塞进一些剁碎了的鬃毛，然后给他们解下足枷和锁链。”
“人民贫困状况的主要原因也就是少数人对大多数人的这种奴役。”
“任何人民也没有用战争威胁我们，而只是你们这些统治者们，在保卫自己人民的幌子下相互打起仗来，就像现在你们对爱和平的中国人所做的那样。你们维护土地私有制的结果是使全部土地转到或者正在转到不劳动的公司、银行家、富人们手里，而大多数的人却失去了土地，受着不劳动者的统治。”
“只有消灭政府，才能把人们从奴隶制度下解放出来。”
当这篇论文的片断侥幸在《俄国新闻》上发表后，如此深刻而大胆的揭露和抨击引起了人们热烈的反响，尽管托尔斯泰未能为摆脱当代奴隶制度找到切实可行的途径。
托尔斯泰的艺术作品和政论作品对专制政权、官方教会和土地私有制度的猛烈抨击，深深地触痛了以沙皇为首的大贵族大地主的要害，他们终于按捺不住内心对这种“异端邪说”的极度仇恨，决定公开对托尔斯泰实行制裁。托尔斯泰已经预感到这一点，他曾对友人说：“我感到惊奇的是，他们为什么直到现在还不把我关进某个地方去？”此话说后不久，1901年2月，东正教最高会议公开宣布开除托尔斯泰的教籍。《教会公报》于2月24日刊登了2月20日至22日官方教会作出的裁决。裁决称：托尔斯泰“受其高傲的智能之蛊惑，竟胆敢反抗我主耶稣及其神圣教义，公然弃绝哺育与教养其人之母亲，即东正教会，其将文学活动及上帝赐予此人之天才用于在民众中散布反基督与反教会之学说，在世人之头脑与心灵之中破坏对祖国与教会之信仰，而此信仰业已确立全宇宙之和谐，我辈之祖先赖此信仰以为生而得救，神圣的俄罗斯赖此信仰至今仍屹立寰中而坚不可摧。”在历数托尔斯泰的所谓“罪状”后，裁决宣布：“教会不承认他是教会的一员，在他未表示忏悔并恢复同教会的联系之前，都不能承认。”以圣彼得堡总主教安东尼为首的七个主教在此文告上签了字。根据这一裁决，所有的俄罗斯教堂的神父都必须每年在一个星期日做礼拜时，郑重其事地诅咒：“邪教徒和叛教分子”托尔斯泰。
显然，沙皇政府尚不敢监禁或流放托尔斯泰，但企图通过这样的制裁，煽动信教者的宗教情绪，来达到打击作家本人和削弱他的崇高威望和巨大影响的目的。2月25日，所有的报刊都报道了托尔斯泰被革出教门的消息。这一消息激起了轩然大波，但其结果却与当局的希望恰恰相反。一小撮卑劣之徒欣喜若狂，他们幸灾乐祸地辱骂托尔斯泰是“人形的魔鬼”，“被革出教门、遭世人诅咒”乃罪有应得，甚至还有人向托尔斯泰发去了恐吓信。然而，所有的进步人士和广大的群众则对作家表示了最热烈的同情和支持，并强烈谴责当局和教会的倒行逆施。人们称这是“20世纪初年的历史制造的一件怪事”，是“俄罗斯的耻辱”。
2月25日，成千上万的莫斯科工人和大学生拥上街头，举行游行示威。人们郁结已久的不满情绪汇成了抗议的巨浪，抗议对托尔斯泰的迫害，抗议将1月里参与基辅大学学潮的学生强行送去当兵，抗议政府腐败和教会黑暗……那天，托尔斯泰像往常一样，散步时经过卢比扬斯基广场，人们认出了他。几千名正在广场上的工人和学生围拢上来，向他欢呼起来：“万岁！列夫·尼古拉耶维奇！”“您好，列夫·尼古拉耶维奇！”“向伟人致敬！”许久，托尔斯泰才坐上一位大学生找来的马车离开。那天晚上，一群大学生又来到托尔斯泰寓所，听取他对学潮的看法。托尔斯泰建议他们“要集合在一起，团结在一起，因为只有团结一致，才能给政府以回击”。他在当晚致切尔特科夫的信中谈到了这件事，并说：风潮已变得“更为迅猛，特别是全社会和许多群众都参加到了这一风潮之中。局势很严峻”。
次日，索菲娅就此事写信给当局掌管东正教事务的头目波别多诺斯采夫和七个在裁决书上署名的主教。信中说：“我极为悲愤的并不是因为这份文件会使我的丈夫在精神上被毁灭，这不是人所能做到的，只有上帝才行。但是从我所皈依的，并且绝不会放弃的宗教的观点来看，我已无法理解东正教最高会议的裁决。它不会引起人们的同情（除了《莫斯科新闻》之外），而只能引起大众的愤怒和对列夫·尼古拉耶维奇的热爱和同情。我们已经收到来自全世界的对这方面的声明，而且这些声明正方兴未艾。”托尔斯泰获悉此事很不以为然，认为不可能“用一封信来开导他们”。半个月后，安东尼总主教在复信中称：“把您丈夫革出教会这件事做得并不残酷无情，您得到全世界的同情，本人对此并不感到惊奇。但是我想从这里您得不到安慰。有人的光荣，也有上帝的光荣。”索菲娅对这封冷酷的信感到气愤，而托尔斯泰连读也不愿读它。
在2月底的几天里，无数的信件、电报和鲜花等飞向托尔斯泰那里，还有许多人上门来表示慰问和支持。如索菲娅就收到了作家柯罗连科从波尔塔瓦寄来的这样一封信，信中写道：
列夫·尼古拉耶维奇的许多读者请求我向他表达深深的爱戴和敬意，报上的消息使他们感到不安，他们祝愿他健康。如果无数的人的爱会使他感到轻松的话，那么列夫·尼古拉耶果被逐出彼得堡。这一事件也引起了托尔斯泰的关注。他在致切尔特科夫的信中说：“在这次运动中最值得注意的是，人民站在大学生一边，或者不如说站在表示不满的一边。”3月里，托尔斯泰分别起草了致维亚泽姆斯基公爵和作协的两封信。在致公爵的信中，托尔斯泰赞扬他那“勇敢、高尚和人道的行为”，并向他表示了“敬意和感谢”。在致作协的信中，托尔斯泰认为尽管协会被查封，但是“你们的活动不仅不会被削弱，反而会得到加强”，因为“协会在优秀的俄国作家中间始终享有声誉”。许多知名人士在这两封信上签了名。与此同时，托尔斯泰又在3月26日发出了《致沙皇及其大臣们》的公开信。信中说：“即使目前的骚乱被镇压了下去，它也不会熄灭，而将在黑暗中越来越猛烈地燃烧，迟早将会不可避免地以更大的力量爆发出来，造成更大的痛苦和罪恶。”作家强烈要求当局停止镇压人民，给人民以平等的权利、教育和宗教信仰的自由。
当局及其御用的教会所采取的制裁措施不仅没有削弱托尔斯泰的威望，而且也未能对托尔斯泰本人产生任何损伤。作家坦然地面对这一迫害，并以犀利的锋芒加以回击。4月初，托尔斯泰完成了《我对2月20至22日主教公会所作的裁决和我收到的一些涉及此事的来信的回答》一文。作家在文章中写道：
“我信仰我所理解的作为精神、博爱和万物之源的上帝。我相信，上帝在我心中，我在上帝心中……而人们把基督当成上帝并向他祈祷——我认为这是最大的亵渎行为。开始时我爱我们的东正教甚于自己的安宁，后来我爱基督教甚于我国教会，现在我爱真理远甚于世界上的一切。对我来说，直至今日，真理跟我所理解的基督教是相吻合的。在我信奉它的这个范围之内，我平静地、快乐地生活并将平静地、快乐地死去。”
与作家的坦然相比，当局和教会的头目则显得忐忑不安。波别多诺斯采夫承认“裁决”激起了巨大的“愤怒的浪潮”，而人们又把他指为革除托尔斯泰教籍的罪魁，因此他不能“待在莫斯科，那里不可能有藏身之处”。文人苏沃林在日记中对此有段绝妙的评论，他说：
“我们有两个沙皇：尼古拉二世和列夫·托尔斯泰。他们两人中谁更有力呢？尼古拉二世对托尔斯泰束手无策，他不能动摇后者的宝座，而托尔斯泰却毫无疑问地正在动摇尼古拉的宝座和他的皇朝。试试看，谁敢碰托尔斯泰。全世界都会大声地发出抗议，而我们的行政当局只好夹起尾巴。”
孩子们都已完成学业，托尔斯泰决定结束近20年的断断续续的莫斯科生活。5月8日，托尔斯泰全家返回雅斯纳亚·波良纳。许许多多的人拥进车站为托尔斯泰送行，并向他致敬。在雅斯纳亚·波良纳，托尔斯泰继续收到来自国内外的大量信函。一封从德国寄给索菲娅的信中写道：“倘若您得知列夫·托尔斯泰在国外的声望有多高，那就好了！到处一样，在各城市的商店的橱窗里都陈列着托尔斯泰的著作和肖像。全都在谈论他。整个文明世界一如既往地跟他站在一起，作他的后盾。”马尔采夫玻璃工厂的工人还送来了一块绿色的大玻璃砖，上面镌刻着金色的题辞：
“最尊敬的列夫·尼古拉耶维奇！您也遭到走在时代前列的许多伟大人物同样的命运。过去这些人曾被处以火刑，投入监狱，遭受流放。就像‘最高主教’把法利赛人开除教籍一样，让他们尽其所能地把您开除吧。俄国人民把您看作伟大的、高贵的、可爱的人，并且为此而感到自豪。”
这件礼品至今仍放在托尔斯泰故居的书桌上。
