1942年5月，希特勒要求邓里兹出席讨论全面战争情况的定期元首会议，以使他亲自报告潜艇战的进展。邓里兹立即抓住这个机会，在雷德尔比较现实地作出评论之后，他就大谈其对于最后胜利的信心，这立即赢得了希特勒的赞许。所以当1943年1月雷德尔辞职时，邓里兹就越过了其他资历较深的海军将领而接任海军总司令。
1945年11月20日～1946年10月1日，欧洲国际军事法庭在纽伦堡开庭审判德国主要战犯，被告席中第一排左起：戈林、赫斯、里宾特洛甫、凯特尔和罗森贝格；第二排左起：邓尼茨、雷德尔、希拉赫、绍克尔和约德尔。雷德尔之所以辞职，是因为希特勒在戈林的唆使下下令把所有大型军舰都报废，舰炮改为岸上炮，人员则用来扩充潜艇部队或补充陆军。雷德尔遂愤而辞职。邓里兹最初同意希特勒的命令，但几星期之后，他弄清了海战的全盘情况，又要求希特勒收回成命。
就潜艇战的指挥而言，邓里兹的确成就卓越，但他似乎不能胜任海军总司令的职务。他对于地中海战役的处理，尤其是在非洲的撤退和联军进攻西西里岛时，就显得不太高明。他本人在当时确信问题的关键在于陆军的补给，他坚决主张使用所有德国和意大利的军舰，从巡洋舰到潜艇，来运送补给而不参加战斗。这一错误导致轴心国部队在突尼斯大批投降，联军在西西里岛顺利登陆。
为了控制并挫败“狼群”的攻击，英、美海军开始全力实施反潜作战。随着强大的护航舰队的建立，严密的空中、海上监视网的形成，特别是用于反潜作战的新型雷达和新型深水炸弹投入实战，盟军大西洋上布下了围捕“狼群”的天罗地网。1943年5月之后，所有德国潜艇都撤出北大西洋。
到此时，邓里兹似乎已经知道海上的战争是输定了，2年多以来，他一直都在用新型潜艇的神话来欺骗希特勒，甚至也可以说他在自欺欺人。
邓里兹使出浑身解数，力图挽回败局。他下令建设使用通气管的XI1型潜艇，但新潜艇的建设受盟军战略轰炸影响，直到1945年4月才正式服役出航。此刻，邓里兹已不能有所作为了。
当海战地点已经接近德国本土时，邓里兹又赶造了大批小型潜艇以求扭转劣势，结果是不仅损失惨重，而且也毫无成效。
当联军迫近柏林时，所有的纳粹要人中，只有邓里兹和戈倍尔还真正效忠于希特勒。
1945年4月26日，戈林企图接管政权，希特勒大怒，命令立即将他拘捕正法。希姆莱也私自想和同盟国接触。所以希特勒在自杀前，留下遗言任命邓里兹继任德国元首。
邓里兹于5月1日就职，起先他还希望和西方同盟国达成单方面的停战，他以为西方国家将会利用他来对抗苏联并控制战后的德国。
这种梦想只维持了3个星期就破灭了，5月22日他被捕，和其余的德国领袖们一同在纽伦堡接受战犯审判，并被判处了10年徒刑。在被捕前夕，根据邓里兹的指示，德国陆海空三军放下了武器。但是，被击败的“狼群”比它们的主人更为顽固！——自行击沉了残剩下的220艘潜艇。
第五章 凯瑟林
