资本结构的控制权理论着重研究了企业控制权与企业资本结构之间的关系。该理论认为，资本结构的选择不仅规定企业剩余索取权的分配，而且也规定企业剩余控制权的分配。这些研究中，主要有威廉森（Williamson）的交易成本理论、哈里斯（Harris）和雷维吾（Raviv）模型，以及艾米华德（Amihud）等人的控制权稀释理论。
Williamson（1987）运用交易成本和资产专用性分析工具指出，不同的融资手段代表了不同的治理结构。他认为：债务融资是较为简单的治理结构；而股权融资是一种较为复杂的治理方式，允许较高程度的处置权，组织成本较高。他得出的结论是：资产专用性较低的投资项目应通过举债来进行融资，而对于资产专用性较高的投资项目，股权融资是更适宜的金融工具。
1988年，美国的Harris and Raviv（1988）考察了投票权的经理控制，提出了控制权理论，认为资本交易不仅会引起剩余收益的分配问题，还会引起剩余控制权的分配问题。此模型通过最大化其收益流量和控制权来导出有效的融资形式，从财务及其控制权的角度解释了为什么股票和债券会成为最重要的融资工具。
Amihud、Lev and Travlos（1990）考察了公司控制权与公司收购融资方式的关系，并提出假设：注重控制权和拥有显著企业股票份额的经营者不愿意通过发行股票进行项目融资，以避免其持有股份的稀释和控制权丧失的风险，他们更有可能选择内部融资或债务融资方式为新项目融资。他们的实证结果支持了上述假说：并购企业的经营者持有股份份额越大，内部融资、债务融资方式就越有可能被使用。
控制权理论对再融资的理论意义是：如果企业发行足够多的股票，新股东就有可能掌握公司的控制权。但是如果大量发行债券，债券的持有者对企业的控制比正式的规章更强，控制权同样会受到损失。
