有效市场理论在被众多的学者追捧的同时，也遭到理论与实践两方面的挑战与质疑。
2.2.1 理论上对EMH的挑战
有效市场理论是建立在三个逐渐放松的理论假设之上的，首先，投资者被认为是理性的；其次是投资者的证券交易是随机进行的、彼此无关的；最后即使存在非理性的投资者，由于他们会在投资中犯同样的错误，在市场中受到理性投资者的套利行为，从而保证市场有效。理论上对EMH的挑战主要围绕三个方面：
1.对理性人假说的挑战。
即使它没有违反贝叶斯法则和其他概率最大化理论，他也无法进行精确计算，因为投资者的计算能力是有限的。其风险态度和行为经常会偏离预期效用论的最优行为模式，人在决策过程中不仅存在直觉偏差，还存在框架依赖偏差，经常会在不同的时候对同一问题做出不同的相互矛盾的选择。因此，投资者的决策并非是理性的。
2.对投资者交易是彼此无关的挑战。
凯尼曼和托夫尔斯基的研究表明，人们并不只是偶然偏离理性，而是经常以同样的方式偏离。入市不深的投资者在多数情况下是按照自己的投资理念来买卖股票的，他们的买卖行为之间有很大的相关性。他们之间的交易也并非是随机进行的，而是在大致相同的时间，大家都试图去买或卖同样的股票。
3.对套利有效性的挑战。
表面上看来完美的套利实际上存在着很大的风险，因此也是有限的。有效市场假说认为回报率与风险息息相关的。那么套利者和噪声交易者都承担了风险，他们的回报就由市场对不同风险的补偿所决定。噪声交易者由于错误判断可能承受更大的风险，他们应该得到更大的回报。那么在长期中，噪声交易者并不一定就是蒙受损失而被淘汰出局的人。长期的市场中仍然可能有大量的噪声交易者存在。
另外，在实际市场中，套利行为，尤其是卖空行为受到严格的限制，在一些不发达市场中，基本上不允许卖空。即使在发达市场上，对卖空行为也有很大限制，一般的交易商是将自己或顾客的股票交给卖空者的，如果这些顾客需要使用这些股票，卖空者不得不将卖空的股票买入，会严重影响卖空的效果，同时交易费用也进一步限制了套利。
2.2.2 经验中的质疑：金融市场的“异象”
EMH的经验分析主要有两类，第一类经验分析认为当影响资产价值的消息在市场中公布，价格应该快速、准确地反应并将信息融入价格，即在最初的价格调整后不应再存在价格的趋势性变化或者价格的反转；第二类经验分析认为如果没有关于基础价值的信息，某种资产的供给和需求量的改变本身不能改变价格。但自20世纪60年代起，特别是进入80年代后，随着金融市场的不断发展，当研究者通过大量的实证研究证明市场有效的同时，传统金融理论和金融市场的实证研究结果也不断发生着冲突，大量的实证研究也发现，投资者在投资过程中会表现出各种偏激和情绪化特征，在证券市场上则表现为股票价格的各种“异常现象”（anomalies）。
1.股票价格对基础价值的长期偏离。
格雷厄姆和多德在《证券分析》一书中对股票价格波动的本质进行了分析，说明了“股票内在价值”对于投资的重要性。他们认为，股票价格的波动是建立在股票内在价值基础上的，股票价格会随着各种非理性原因偏离内在价值，但随着时间的推移会得到纠正而回到内在价值，因此股票价格的未来表现可通过与内在价值的比较来加以判断。但令人吃惊的是，股票市场价格长期偏离其基础价值。
凯恩斯早在《就业、利息和货币通论》中就提到了噪声信号造成市场价值对于基准价值的偏离。席勒（1981）对股市波动的研究是早期重要的具有历史意义的挑战性成果。他比较了股票的基础价值和价格后发现，股价波动的幅度远不是简单模型所谓的“价格由未来红利的预期净现值而决定”所能解释的。他发现1929年和1973年之前，股票价格线是远离价值线的，那些年之后，股票价格又掉到基础价值之下了。由此可以看出，股票价格可能在很长一段时间内偏离基础价值，特别是1994年之后，股票价格更是直线上升，远高于基础价值。
柏林纳德等（M。D。Brainard et al。，1990）对1963～1985年间美国证券市场NSDQ上市公司股票和债券的基准价值和市场价值关系的分析表明市场价值并非如传统金融理论所分析的那样，认为其波动由于各种非理性的原因偏离基准价值，但随着时间的推移这种偏离会得到纠正而回到基准价值，故证券市场价值的未来表现可以通过与基准价值的比较来加以判断，事实上，股票市场价格长期偏离基准价格，且其波动远较基准价值波动剧烈得多。这也从一个侧面指出了市场的非有效性。
2.价值投资策略与市场理性。
有趣的是，许多研究结论来自于美国、日本等所谓成熟的资本市场，而价值投资策略可以打败市场的实证结果显然并不支持有效市场假说。
3.封闭式基金折价。
在金融市场，很少有像封闭式基金折价之谜那样让人困惑不解的问题。封闭式基金折价之谜是指每份封闭式基金的市场价格并不等于每份基金的净值（开放型基金申购赎回价格和净值是一致的），尽管封闭式基金有时也会按照高于净资产值的价格转让，但绝大多数时候，它们都是以低于净值10%～20%的比例贴水转让的。目前不论是中国还是西方的资本市场上封闭式基金都存在持续的高折价现象，这难以用传统的有效市场理论加以解释。
中国在1998年封闭式基金刚刚开始成立时候，市场对新产品极度关注，基金基本上处于供不应求的状态，在最初的近1年中，一直处于溢价交易的状态，平均溢价率曾高达100%。但随着市场上投资者对基金的认识越来越理性，其溢价率开始逐步下降，且自1999年下半年开始，封闭式基金处于一个全面折价交易的状态，近年来一直都维持在40%的高折价率状态。
封闭式基金折价之谜包括四个子谜团：
那么为什么在有其他折价交易的封闭式基金可供选择，而且明知新发行的基金在一段时间后同样要出现折价交易的情况下，投资者还愿意购买新基金，这是封闭式基金折价交易谜团中的第一个谜。
（2）在封闭式基金开始交易后的120天后，封闭式基金的折价交易成为普遍现象，而且折价幅度高达10%～20%，这是第二个谜。
（3）封闭式基金之谜的第三个问题是，为什么封闭式基金的折价幅度会随着时间而波动？
当宣布基金解体时，随着贴水幅度的缩小，原基金持有人就会获得大部分的直接收益，但即便如此，基金仍将维持一个小幅的贴水差额，直到最后的清算日或开放日。
4.日历效应。
20.
5.规模效应。
在班兹之后，许多学者更深入的研究发现大多数规模效应发生在1月份。如凯姆发现规模效应所产生的收益率差额中在1月份产生的大约是全年的一半，这表明规模效应与1月份效应高度相关。
不同的学者在发现公司规模效应后对此现象做出的解释也不尽相同。有的解释支持有效市场假说，有的解释并不支持有效市场假说。无论这些解释对“有效市场假说”提供正面的支持还是反面的质疑，对这些解释的理解和掌握将有助于我们更深入地了解“有效市场假说”的论断依据。
6.赢家-输家效应。
7.股票溢价之谜。
从短期来看，投资于股票的风险较大，但是从长期来看，是固定收入的长期债券具有更高的购买力风险，因为消费价格指数尽管每月变动很小，但在长时间间隔里的变化却是很大的，因而，从风险角度无法解释股票溢价之谜。
8.其他有效市场假说难以解释的“异象”。
除上述的一些主要“异象”外，证券市场中还存在公告效应（Announcement Based Effect）、处置效应（Disposition Effect）、羊群效应（Herd Effect）、股利之谜（the Puzzle of Dividend）等多种异常现象。所有这些“异常现象”都很难用“有效市场假说”进行合理的解释。显然，存在违背“有效市场假说”的非理性因素在影响着金融市场中投资者的行为。
实证研究中发现的这些“异象”，引发了学者们对传统金融理论特别是有效市场假说的质疑，也激发了许多学者对交易者风险偏好、信念的反思和修正。这时，以心理学对投资者决策过程影响的研究成果为基础，重新审视整体市场价格行为的行为金融学逐渐得到重视、发展与完善。
