1626年初，努尔哈赤率军与明军在宁远（今辽宁兴城）激战，后金军队伤亡惨重。
努尔哈赤撤回沈阳，又气又恨，伤势越来越重，没过几天就死了。他的第八个儿子皇太极继承汗位。袁崇焕为了探听后金的虚实，争取时间修复宁远、锦州等城池，便派使者去沈阳为努尔哈赤吊丧，并祝贺皇太极即位。皇太极虽然对袁崇焕充满仇恨，可后金刚打败仗，需要休整；同时，他也想征服朝鲜，解除将来进攻明朝时的后顾之忧，这样，皇太极不但接待了袁崇焕的使者，还派使者到宁远城去答谢。双方表面上缓和下来，可实际上都在加紧备战。
第二年夏天，皇太极整顿完内部后，就亲自率领大军，进攻明朝。后金军队分兵三路南下，先把锦州城包围起来。这时候，袁崇焕正在宁远，接到后金进攻锦州的消息后，立即给守城将领写信。信中说，锦州城火器兵马足够防守，敌军冒着炎热的天气冒险深入，坚持不了多久，锦州一定能守得住。袁崇焕又派祖大寿率四千骑兵前往救援。锦州官兵英勇作战，后金军队伤亡惨重。皇太极见久攻不下，决定改变战略，留下部分兵力继续困城，自己率领大部人马，绕过锦州，直扑宁远。
袁崇焕固守宁远，利用枪炮的火力优势，多次打退后金的进攻，后金士兵死伤无数。当时，正值暑热，尸体腐烂，疾病流行。后金军队士气低落，皇太极只好下令撤军。袁崇焕打了一个大胜仗。可是，阉党魏忠贤却把功劳记在自己的名下，反而责怪袁崇焕没有亲自去救援锦州是失职。袁崇焕知道魏忠贤有意和他为难，只好辞职。
1627年，明熹宗死去，他的弟弟朱由检即位，即明思宗，也叫崇祯帝（崇祯是年号）。崇祯帝即位后很想有所作为，决心整顿吏治，他下令惩治了魏忠贤的“阉党”，给杨涟、左光斗等人平了反，并且任命袁崇焕为兵部尚书，负责整个河北、辽东的军事。袁崇焕统率重兵镇守宁锦防线，成为后金军队南下的一大障碍。
皇太极打了败仗，深知袁崇焕有胆有识，如果不除去这个劲敌，就无法达到进军关内的目的。考虑了很长时间，皇太极想出了一条毒计。
1629年十月，皇太极统率几十万大军，避开防守严密的宁锦防线，绕道向西，从龙井关（今河北遵化东北）、大安口（今河北遵化西北），跨过长城，直逼北京城。皇太极的这一招，完全出于袁崇焕的意料之外。他得到情报后，立即回师北京，驻扎在广渠门外。于是，两军在北京郊外展开了激战。
龙井关和大安口本不在袁崇焕的防区之内，他率军救援京师，表明袁崇焕以国事为重。不料，北京城内魏忠贤的余党，这时竟然大肆散布谣言。他们诬蔑袁崇焕“拥兵不救，纵敌入京”；金军绕道而来，是袁崇焕引来的；甚至捕风捉影地说，袁崇焕过去和皇太极有过多次书信往来，谣言传得神乎其神。崇祯皇帝是一个猜疑心很重的人，袁崇焕刚刚来到北京时，他非常高兴，曾经召见他，但听了这些谣言之后，就开始怀疑起袁崇焕来。袁崇焕虽然率军驻在广渠门外，多次打退后金军队，但崇祯皇帝还是猜疑他，不许他的军队进城休息。袁崇焕只好驻在京城东南。皇太极有意命令部队靠近袁军驻地扎营，然后把刚到北京城下时抓到的两个明朝太监押到军中。半夜的时候，皇太极让副将高鸿中、参将鲍承坐在靠近关押太监的地方，故意小声说：“今天撤兵是计谋，和袁督师早有密约，这回大事可成了。”太监们假装睡觉，把二人的谈话全记在心里。后金军队故意放走太监，让他们回城报信。两个太监跑回皇宫，向崇祯皇帝上奏袁崇焕“通敌”的情报。
崇祯皇帝得到这个报告，认为完全证实了自己的猜疑，于是立即召令袁崇焕进宫，不容分辩，便令锦衣卫把他捆绑起来，押进大牢。崇祯哪里知道，这都是皇太极安排的圈套。
皇太极听说袁崇焕已经被捕入狱，知道反间计大功告成。为了置袁崇焕于死地，他下令撤兵，返回沈阳。
袁崇焕被捕后，他的部下祖大寿十分害怕，率领军队逃出了山海关，其余的袁军也跟着走散了很多人。这更加深了崇祯皇帝的疑虑。明朝的大臣中，有人深知袁崇焕向来尽忠国事，觉得这件事很蹊跷，就上书请求皇帝要慎重处理这件事。可是，崇祯皇帝根本听不进去，魏忠贤的一些党羽又趁机诬陷袁崇焕，第二年八月，崇祯下令处死袁崇焕。袁崇焕死后，尸骨被友人安葬在广渠门内的广东义园里，他的兄弟妻子被流放到三千里外的边疆。
袁崇焕的死为后金剿灭明朝，攻入北京，除去了一个极大的障碍，为了与明朝作战更加名正言顺，皇太极于1636年在盛京（沈阳）称帝，改国号为清，皇太极被称为清太宗，清朝建立后，积极准备军马，准备消灭明朝，坐拥天下。
