你若想获得知识，你该下苦工；你若想获得食物，你该下苦工；你若想得到快乐，你也该下苦工，因为辛劳是获得一切的定律。——牛顿
在当时，英国的综合性大学都是由多个学院组成，剑桥大学在牛顿入校时增加到了16个学院。每一所学院的创始人和学院的教学目的和管理方法都不是相同的，它们分别为独立的学院。牛顿入学的三一学院，是圣父、圣子、圣灵三位一体的意思。
三一学院因为宗教色彩比较浓厚，再加上统治者的骄傲专横和愚蠢至极，英国教育界的学术氛围几乎没有受到哥白尼等人开创的科学革命的影响，亚里士多德仍然像神一样受到膜拜，古代史、古文、逻辑和语法成为学校的支柱性学科。
在内战期间，王党与共和党经常因学校的教育问题吵个不停，有一批崇尚科学的教师被王党赶了出来。后来，在克伦威尔的掌权下，对剑桥大学进行了改革，所有保守没有新思想的教师被逐出校门，一时间，科学活动盛行，那些崇尚科学的名人志士便向剑桥靠拢。
三一学院是剑桥大学中规模最大、名声最响亮、财力最雄厚的学院之一，拥有全剑桥大学中最优美的建筑与庭院。它是由英国国王亨利八世于1546年修建的，其前身是1324年建立的迈克尔学院以及1317年建立的国王学堂。学院中依然保留着最古老的建筑，可一直追溯到中世纪时期国王学堂所使用的学院钟楼。三一学院的教堂是由亨利八世的女儿玛丽·都铎于1554年修建的，虽然整个教堂的内部装潢要到18世纪才能全部完成。
伦敦的繁华有些令牛顿应接不暇，车水马龙的街道，更令他感觉有些不适，他感觉有些茫然，城市的喧闹不免使他留恋起家乡小镇的清幽。
清幽的小镇里确有不少值得留恋的记忆，那里有克拉克夫妇、斯托克校长，还有舅舅、母亲，更有他生活了五六年的克拉克先生家阁楼上自己的安乐窝，在屋中有自己的各式工具，多年积攒的手工作品，还有自己闲来无事创作的只有自己欣赏的绘画杰作，好像走时墙上的作品还没收起来呢。
牛顿提着他的旧皮箱，站在剑桥大学的门口。
三一学院的大门是1518～1535年建造的，显得雄伟壮观，令人肃然起敬。站在门前，牛顿下意识地觉得自己要开始一种全新的生活，顿时有些紧张起来，一阵凉飕飕的感觉从脊背直透脚尖，不知未来的生活会是怎样的。
牛顿来到剑桥大学的第一天，就被这里独特的气息所倾倒。
校园中繁花遍地，绿草如茵，各种风格的古老建筑隐没于各种绿荫之间。石阶路旁绿树柳荫，不远处幽静的湖面上有几只戏水的白天鹅。一贯喜欢观察的牛顿被这美景深深地吸引了，呆呆地望了好一阵。
在那草地中央有一个很大的喷水池，水柱喷得很高，在阳光的照射下显得非常明亮，有时还闪着亮光，草地上有许多学生在看书、聊天。
但看到学校的校舍时，给人一种古典、幽雅的感觉，校舍是用茶色砖建成的，在屋顶上，还有许多高低不同的小塔。
牛顿沿着铺满碎石子的小路，四处观赏校园的美景，不知什么时候来到了一座礼拜堂的门口，门前还塑有许多雕像，每座雕像的下方都有块牌子，上面有一些文字介绍。牛顿看了上面的文字，才明白凡是从这所大学毕业后，在社会上有伟大贡献的校友，学校就会为他塑造一座大理石像，作为纪念。
牛顿望着那些雕像出了神，不觉责任感和荣誉感涌上心头。他暗下决心，自己也要成为有出息的人！
牛顿是以自费减费生的身份进入三一学院的。所谓“自费减费生”就是靠做一些服务工作，得到一些费用后，依靠这些费用来维持生计的学生，服务对象有研究员，也有与研究员同桌吃饭的大学生和自费生。
“校助减费生”和“自费减费生”是剑桥大学司空见惯的专用词，在牛津大学而被称为“工读生”，这使得学生的地位非常明了。三一学院的章程规定：他们是减费生中比较困难的学生，在对他们进行规定时主要依靠基督教徒资助穷人的要求。章程规定同时还可以招13名校助减费生，其中3名主要为院长服务，另外10名为研究员服务。
章程还规定：自费减费生与校助减费生录取方法是相同的，所遵守的规矩也是一样的，但他们要付费听课，伙食也是自理。也就是说，自费减费生和校助减费生同样要为别人服务，但是如果没有校方的资助，是为研究员服务，还是为与研究员同桌吃饭的大学生和自费生服务，完全由别人来决定。两种减费生的地位其实是相同的，都在剑桥的底层，这是英国社会差别的体现。
牛顿又是如何成为减费生的呢？原来他母亲是不同意让他继续学习的，后来学校给他免去了40先令的学费，这才送他回学校；现在虽然她母亲能够供他上大学，但又舍不得出钱。虽然她的年收入也许超过了600英镑，但牛顿每年只收到10英镑的生活费。
大学四年里，牛顿只交了一个朋友，名叫约翰·威金斯。威金斯是1663年1月进入三一学院的，他的性格和牛顿十分相像，并且也有伟大的抱负。
开始，他们两个被分别安排到和其他富家子弟共处的寝室，每个寝室住三四个人。这些富家子弟大多数是不太看书的，他们到这里来完全是为了捞文凭镀金，寻找步入上流社会的踏脚石。
因为寝室里经常是摸牌赌博、酗酒吵嚷，毫无学习氛围。于是，威金斯和牛顿商量了一个建议，两个人向校方提出调换寝室申请，结果把爱吵闹的学生调开，让他们在一块。
牛顿和威金斯同窗共读了四年。在这里，他就只有这么一个好朋友，他和少年时代一样，还是特别喜欢独来独往。
除威金斯外，牛顿与其他同学没有建立起任何友谊，尽管他与其他同学共同在三一学院生活到1696年，就连他与威金斯的关系也不是特别密切。
因此，在牛顿成为英格兰最有名的哲学家时，没有一个同学留下有关牛顿的学术研究或者生活方面的片言只语。
威金斯也是个自费生。三一学院并不像其他学院一样把减费生区分开，院方也不给他们规定独特的校服，因此，减费生与自费生同室居住也有可能。
这种情况下，牛顿也许会在其他减费生中寻找到很好的朋友。一般来说，这些学生都比较严谨。尽管进入剑桥的自费生中只有三分之一继续读学位，可减费生五个之中大约就有四个开始攻学士学位。
从整体上来看，他们这个群体显得单调乏味，观点狭隘务实，这些下层青年都希望得到基督式的宠爱，以此来作为进步的阶梯。
牛顿18岁时进入三一学院，要比平均年龄大一两岁，这也是使牛顿与同学隔离的一个因素。
像牛顿这样的天才，无论在什么样的社会中，任何年龄的人群中，都不是那么容易找到朋友的。格兰瑟姆那位沉默冷静、喜欢思索的少年牛顿，成了剑桥大学的孤独者。
