李秀成与湘军作战十几年，是最了解湘军底细的知情人，生擒的李秀成成为曾国藩手中的烫手山芋。
太平天国后期，李秀成实际上成为了太平天国的核心，与其说是湘军与太平天国斗，不如说是曾国藩与李秀成斗。势均力敌的对手往往是最理解对方的人，多年的征战，曾国藩对满清多有不实之言，李秀成是最好的人证。
攻克天京，对于湘军最好的结果不是生擒李秀成，而是见到李秀成的尸体。
随着一声震天动地的巨响，天京城墙终被湘军炸塌了一个缺口，想要凭借高大坚固的天京城墙来作为同湘军对峙的条件已化为泡影。李秀成眼见着太平天国经营11年之久的天京，被大火所吞噬，但面对着残酷的事实，何去何从，他还真有些束手无策。此时，幼天王已从天王府跑至忠王府来寻求保护，尽管天王洪秀全一再对他表示不信任，但他仍不忍舍天王的骨血于不顾。
于是，李秀成集合200余骑兵，千余步兵，挥泪辞别母亲、胞弟、侄儿，保护幼天王躲避到清凉山，见幼天王骑着一匹劣马，时有掉队的危险，遂将坐骑让与幼天王，自己骑着劣马。他先后率领人马欲冲出北门、水西门、小南门，均没成功。三更以后，命令大家穿上清军号衣，从太平门倒墙缺口冲出，才出千余人。李秀成一行人马，经孝陵卫向句容大路逃去，沿途驻扎的湘军多半入城参予劫掠，绝少有阻拦。但由于李秀成胯下的这匹劣马已经精疲力尽，渐渐脱离大队，与幼天王相失。无奈李秀成只好逃至方山附近的一座荒山，以寻脱身之法，但在六月十九日即被俘。
赵烈文在日记中记述了如何俘获李秀成的经过，“伪忠酋系方山民人陶大兰缚送伊（即萧孚泗）营内，伊既掠美，禀称派队擒获，中丞（即曾国荃）亦不深究。本地之民一文不赏亦可矣，萧又疑忠酋有存项在其家，派队将其家属全数缚至营中，邻里亦被牵曳，逼讯存款，至合村遗民空村窜匿，丧良昧理，一至于此，吾不知其死所。
由以上材料记载来看，李秀成并非是由萧孚泗亲擒，而是逃到方山以后，由于所携带的财物引起老百姓的争执，起了冲突，李秀成才藏身不住，被两个老百姓缚送萧孚泗营。曾国藩秉奏由萧孚泗亲擒李秀成，无非就是为了报功，这样曾国荃和萧孚泗不仅获得了“擒获敌首”的大功，同时萧孚泗也由纵敌劫财，残虐百姓的罪人，而一跃被封为功臣，后来又居然被封为一等男爵。
7月23日，李秀成被押至曾国荃大营，曾国荃亲自审讯李秀成，当时的场面是曾国荃穷凶极恶，“置刀锥于前，欲细割之。或告余，余以此人内中所重，急趋至中丞处耳识止之。中丞盛怒，于座跃起，厉声言：‘此土贼耳，安足留，岂欲献俘耶？’叱勇割其臂股，皆流血，忠酋殊不功。”
这时的李秀成，在曾国荃惨无人道的行径面前，看到的是死路一条，虽然此时周身被锥刺遍，流血不止，但仍然毫无惧意。然而，当晚上赵烈文探视李秀成时，在曾国荃淫威面前凛然不屈的李秀成，却被赵烈文一番心平气和的话语所感动，明显地流露出“乞活”的想法：
晚同周朗山至伪忠王处，与谈良久……余问：“在伪朝亦知其不足恃耶？抑以为必成也？”曰：“如骑虎不得下耳。”余云：“何不早降？”“曰：“朋友之义，尚不可渝。何况受其爵位，至于用兵所到，则未尝纵杀，破杭州得林福祥、米兴朝皆礼之，官眷陷城者，给票护之境上，君无独所闻乎？”“……又曰：“今天京陷，某已缚君视天下遂无事耶？”“余曰：“在朝政清明耳，不在战克，亦不在缚汝”“……因问：“汝今计安出？”“曰：“死耳。顾至江右者皆旧部，得以尺书遣散之，免戕贼彼之命，则瞑目无憾。”言次有乞活之意。余曰：“汝罪大，当听中旨，此亦非统帅所得主也。’遂俯首不语。”
7月28日曾国藩从安庆顺江东下，到达江宁（太平天国首都天京，今南京市）。从赵烈文处了解到了李秀成有“乞活”想法的曾国藩，在亲自讯问李秀成时，便因势利导，一改曾国荃暴跳如雷的狰狞面目，如同在和老朋友交谈一样地进行讯问，言谈话语中有意流露出对他的赏识，曾国藩审讯李秀成时曾说：“若亦人杰也，不早遇知己，乃至此，可惜！可惜！”
这就使李秀成有了一个错觉，以为曾国藩真的赏识他，于是便对曾国藩产生了感恩思想。当曾国藩要其写下《自述》时，他欣然允命，在囚笼中忍着痛苦，以一天写七千字的惊人速度，奋笔疾书，在短短的九天时间里，写出了长达数万字的《自述》。
铁笼中的李秀成，由于抱着“乞活”的渴望，因此，在《自述》中竭尽奉承之能，一味颂扬，对曾国藩、曾国荃进行了肉麻的吹捧。如：“恩深量广”，“中丞大人量广”，“仁爱惠四方，兼有德行之心”，“满天同歌而颂中堂、中丞大人恩德巍峨”等等，那么曾国藩究竟有什么恩德，能使李秀成进行如此的感激，只因为他没有像曾国荃那样对其进行残忍的肉体摧残吗？还是因为他曾对其抱以惋惜，使之感觉遇到知遇之恩？
当然不是，李秀成的媚词，不过是为了想达到幻想中的目的而已，希望曾国藩、曾国荃真的能“仁爱惠四方”，枉开一面，免其不死。为达到这一目的，将其对天王洪秀全的猜忌所引发的怨恨跃然纸上，骂洪秀全“不修德政”，是“蒙尘之主”，而自己为之奋斗了十年，实是“未逢明主”，为此情愿做洪秀全的逆臣，凭借自己在天国的威望，来招降余部，并提出了“招降十要”供曾国藩进行参考。并提出如若“中堂不信我有此为，仍锁在禁，容我办为，付人我用，可在皖省居中，两岸好办。心虔有余，无二意，如承因（恩）肯纳，具（惧）办齐全，决不负意。”为的就是要表示出自己“先忠于秦，亦丈夫信义；楚（定）肯用人，亦而死报”的决心。
李秀成的乞降言词，对于他一生为之奋斗的事业来说，无疑是一个背叛，在他英雄的一生中，留下了这明显的污点，但这不能导致人们对他应有历史功绩的抹煞，他仍不失为一位为太平天国做出极大贡献的人物。
在李秀成四十年的生涯中，有十五、六年的时间是为太平天国戎马倥偬，日理万机的。他曾带兵转战南北，守桐城，固安庆，进军苏、常，用兵上海，摧毁清江南、江北大营，六解天京之围，两次攻克杭州，虽然在战略思想和军事策略上犯过一些错误，对天国的大局产生了不利的影响，但总的来说，他是忠于太平天国、忠于天王洪秀全的。
天京经事变以后，他受命于危难，力挽狂澜，使趋于岌岌可危的太平天国，在清政府与帝国主义的夹击中又屹立了八年之久。特别是他敢于不顾个人得失，直言相谏，即使是屡受猜忌与打击，仍继续战斗不懈。尤其是当湘军渐趋包围，天京形势异常危殆时，他不顾李世贤的劝阻，毅然率少数随从回到天京，竭力主张“让城别走”，以保存自己，再图发展。当“让城别走”的建议被天王洪秀全断然拒绝时，李秀成依然服从了天王的决定，对孤守天京做出种种努力，直至天京被克。城破之时，他又不顾自己的安危，辞别亲人，护卫幼天王冲出城墙缺口，并将自己的坐骑让与幼天王，终至人疲马乏，不能前进而被俘。
长期以来，李秀成虽然一直效忠天国，但他存在着敌我不分的模糊观念。在他看来，太平天国与清军作战只不过是为了夺取疆土，双方的将帅不过是各为其主，各尽其忠。当太平天国灭亡了，幼天王不知死活时，他以往所忠于的对象不复存在，因此在曾国藩等人的哄诱之下，便产生了苟活下去的思想，结果其写下了失其晚节的《自述》。其内容大致有以下几个方面：
第一，追述了自己的家世及参加太平天国革命的始末；
第二，总结了“天朝十误”，给后人留下了太平天国的经验教训；
第三，承认太平天国革命的失败，为保存余部将士，提出了“招降十要”；
第四，提了“防鬼反为先”建议，力劝曾国藩把反对外国侵略者的入侵放在首位；
第五，在供词中流露出他可以“先秦后楚”的乞降思想。
另外，据考证，李秀成还在《自述》中建议曾国藩反清自代，关于这一点，在现存的供词和原稿中均已见不到。
李秀成被俘后的乞活偷生，不仅与同时代的太平天国将领陈玉成、林启荣、陈坤书等人的大义凛然的英雄气节，形成了鲜明的对照，而且也被敌人所耻笑。当李鸿章获悉李秀成有乞降之意时，曾嘲笑道：“来谕阱虎乞怜，虽狗鼠之不若，殊不嗤也。”其实，曾国藩也未曾想要接受李秀成的乞降，对于他的赏识，只不过是一种哄诱而已。这时困扰曾国藩的一个主要问题是在哪杀掉李秀成。
六月二十五日，也就是李秀成被擒后的第五天，曾国藩向朝廷呈递《奏报攻克金陵尽歼全股悍贼并生俘逆酋李秀成洪仁达折》，详尽叙述了攻克天京的经过，对于李秀成，奏折中写到：
“伪忠王李秀成一犯，城破受伤，匿于山内民房。十九日夜，提督萧孚泗亲自搜出，并搜擒王次兄洪仁达。二十日，曾国荃亲讯，供认不讳。应否槛送京师，抑或即在金陵正法。咨请定夺。”
按理，曾国藩既然在奏折中已向朝廷作了请示，那么就应该专俟圣旨，以作处治。况且，此时李秀成颇有合作的诚意，即使在囚笼之中，仍然赶写《自述》，既非对抗，又非蛮干，曾国藩何以不等皇帝的旨意，竟然匆匆将李秀成“正法”于金陵？如此，先前的请示岂不多余，未有圣旨即行处治，岂不有擅杀之嫌？
在杀死李秀成的第二天，即七月七日，曾国藩在奏折中解释了他杀李秀成的原因：
“日来在事文武，皆请将李秀成槛送京师，即洋人戈登、雅安玛等来贺者，亦以忠酋解京为快。臣窃以圣朝天威，灭此小丑，除僭号之洪秀全外，其余皆可不必献俘。陈玉成、石达开即有成例可援。且自来元恶解京，必须诱以甘言，许以不死。李秀成自知万无可活，在途或不食而死，或窜夺而逃，翻恐逃显戮而贻巨患。与臣弟国荃熟商，意见相同。辄于七月初六日将李秀成凌迟处死，传首发逆所到各省，以快人心。”
可是，当朝廷接到曾国藩六月二十五日的奏折之后，六月二十九日皇帝便发出谕旨：“其逆首李秀成、洪仁达等，均系内地乱民，不必献俘，第该逆等罪恶贯盈，自应槛送京师，审明后尽法惩治，以泄神人之愤。首曾国藩遴派妥员，将李秀成、洪仁达押解来京，并咨明沿途督抚，饬地方文武多派兵役小心护送，毋稍大意。”但曾国藩声称于七月十日才接到此份谕旨，而此时李秀成已经死去四天，而洪仁达已死去六天了。
曾国藩为使自己就地处死李秀成的理由更具有说服力，遂又于七月二十日再次上折申奏：
臣于六月二十三日报捷折内，声明李秀成、洪仁达应否解京，候到金陵后察酌具奏。施于二十五日驰抵金陵，询及李秀成权术要结，颇得民心。城破后，窜逸乡间，乡民怜而匿之，萧孚泗生擒李逆之后，若代李逆报私忿者。李秀成既入囚笼，兹日又擒伪松王陈德风到营，一见李逆，即长跪请安。臣闻此二端，恶其民心之未去，党羽之尚坚，即决计就地正法。厥后鞫讯累日，观者极众。营中文武各员始则纷纷请解京师，断则因李秀成言能收降江西湖州各股，又纷纷请贷其一死，留为雉媒，以招余党，臣则力主速杀，免致疏虞，以贻后患。
冷眼观看，曾国藩前后两次陈明杀李秀成的理由十分充分，可是细细回味，却实在牵强。李秀成的地位虽然不能与洪秀全相比，然而他却是后期支撑太平天国的擎天柱，在情在理，都应押送京师，由朝廷处治。曾国藩以石达开、陈玉成未被解送京师来为自己辩解，但他却忽略了一个细节。石达开、陈玉成被擒之时，太平天国虽非如日中天，但仍保持着相当的实力，长途跋涉，押解京师，稍有疏漏，必定前功尽弃。而李秀成被擒之时，太平天国已告灭亡，余下的太平军自顾尚且不暇，从天京（江宁，今南京）至北京，已完全被清军控制，李秀成或脱或劫，可能性均甚微，速杀李秀成实无理由。
从当时情形来看，朝廷上下均力主将李秀成解送京师，而惟独曾国藩兄弟二人坚持在江宁处死李秀成。其中的隐秘，着实令人难以琢磨。
对于声称迟至七月十日才收到军机处六月二十九日所发出的廷寄，曾国藩做了如下解释：
初十日始奉将二酋解京之旨，扣算日期，臣处应于初六日接到批旨，乃驿由安庆转递江宁，致迟四日之久。臣查军机处封面及兵部火票，皆注明递至江宁字样，不知驿站何处错误？应即行文，挨站查办。
在军机处的要件上，清楚地写着“递至江宁”，是谁居然敢绕至安庆，然后才递送江宁，致使曾国藩迟了四天才收到？照当时情况而言，谁又有使让圣旨绕道而行的必要呢？我们虽不敢断言曾国藩假手其间，但“挨站查办”一事却一直没有结果。如何解释才能令人心悦诚服？有一点是值得肯定的，曾国藩速杀李秀成是有苦衷的。
首先，天京城破之后，曾国荃纵兵劫掠，城内财富抢劫一空，而这批财富确为朝廷上下所瞩目。因为此时，清政府财政上捉襟见肘，传闻太平天国定都天京11年，积蓄了大量财富，清政府迫切希望能从湘军手中分得部分财富，以贴补财政的亏空。可由于曾国荃的纵容，入城的湘军不仅将城内金银衣物搜刮净尽，甚至扒毁房屋，拆下名贵木料，一船船运回湖南。据当时人推算，曾国荃获利最多，自此之后，“老饕”之号遍天下，致使民怨沸腾。
《湘军志》中，也记载了湘军老将对曾国荃的不满，“群言益汹，争指曾国荃，国荃自悲艰苦，负时谤。诸宿将如多隆阿、杨岳斌、彭玉麟、鲍超等，欲告去。人辄疑与国荃不和，且言江宁锱货尽入军中”。
湘军劫掠之后，便纵火以灭迹，天王府即在萧孚泗抢劫之后被纵火烧掉。攻克天京以后，不能上缴任何财物，曾国藩又做何解释呢？
历年以来，中外纷传洪逆之富，金银如海，百货充盈。臣亦尝与曾国荃论及城破之日，查封贼库，所得财物，多则进奉户部，少则留充军饷，酌济难民。乃十六日克复以后搜杀三日，不遑他顾，伪宫贼馆一炬成灰。逮二十日查询，则并无所谓贼库者。
讯问李秀成，据称：‘昔年虽有圣库之名，实系洪秀全之私藏，并非伪都之公帑。伪朝官兵，向无俸饷。而王长兄次兄且用穷刑峻法，搜括各馆之银米。苏州存银稍多于金陵，亦无公帑积贮一处。惟秀成所得银物尽数散给部下，众情翕然。此外则各私其财，而公家贫困。’等语。臣弟国荃以谓贼馆必有窖藏，贼身系有囊金，勒令各营按名缴出，以抵欠饷。
臣则谓勇丁所得贼赃，多寡不齐，按名勒缴，弱者刑求而不得，强者抗令而遁逃，所抵之饷无几，徒损政体而失士心。因晓谕军中，凡剥取贼身囊金者，概置不问。凡发掘贼馆窖金者，报官充公，违者治罪。所以悯其贫而奖其功，差为得体。然克复老巢，而全无货财，实出微臣意计之外，亦为从来罕闻之事。”
曾国藩用“实出意计之外”来为自己辩解，尽管任何人都难以相信，但揣测毕竟是揣测，只有真凭实据才能令人信服。李秀成为太平天国后期的主要领导人，对于天京的财富及天京之战的情况最为了解，在曾国荃大营时，他百般恭维曾国藩兄弟，谁敢保证一旦其被押至京师，他不把曾国荃及其湘军在天京的劫掠情形和盘托出？曾国荃及其部将岂不由“荣获”天京首功而转为纵兵劫掠，玩忽职守的罪人？仅凭这一点，曾国藩、曾国荃就无论如何不能押解李秀成去北京了。
其次，曾国藩长时期与太平军作战，每次战役的结果李秀成均了如指掌，而曾国藩在历次奏报中，多有夸饰，常与事实不符。李秀成被押送至京，必将一一为其戳穿。
仅在天京之战中，曾国藩在奏报中就有多处冒功。
在奏折中，曾国藩为曾国荃遮过冒功。攻破天京以后，曾国荃纵兵劫掠，又疏于防守。攻入天京城的湘军官兵，烧杀劫掠，与盗匪无别，而身为一军统帅的曾国荃，却早早回到大营，高枕无忧，置其职守于不顾，竟然使幼天王、李秀成等太平天国的首要人物冲出城去。这事若被朝廷知道，曾国荃又如何脱得了干系？
天王府是在萧孚泗劫掠之后，为灭迹而纵火焚烧的，天京城内的其他地区的大火也多半是湘军所放，“官军进攻，亦四面放火，贼所焚十之三，兵所焚十之七”，而曾国藩为掩盖曾国荃纵兵劫掠，放火灭迹，竟然在奏折中把放火的责任全部推到李秀成身上，“伪忠王传令群贼，将天王府及各伪王府，同时举火焚烧。伪宫殿火药冲霄，烟焰满城”。可是一旦李秀成活着到了京师，此间隐秘都将暴露无遗。
在李秀成被擒问题上，曾国藩在奏折中将功劳归于萧孚泗，因为攻克天京，最主要的就是要抓住“元凶”，以绝其“后患”。赵烈文对此曾经有过一个形象的比喻：如果捉不到李秀成就如同考生交不上答卷。如果捉到李秀成的不是曾国荃的部下，那他就无处领功。
由此曾国荃以一军统帅的地位，与萧孚泗共得“擒获敌首”的大功，由此“疏虞纵敌”的罪过被冲洗得一干二净。如果李秀成将其间原委一一道来，最先蒙受不利的便是曾国荃，自然他是阻挠押解李秀成进京的最主要力量。
曾国藩平生最以“诚信”自许，可是在李秀成问题上，他不能不面对一个残酷的现实，如果他一味固执“诚信”，那么这件事的危害多半会殃及与其共生死的手足兄弟。另外，二十多年的宦海生涯使他晓得“有夷必有险，有兴必有衰”。现在太平天国已经灭亡，威胁清朝统治的最大势力已被根除，在这功名盖天下之时，稍有不慎就可招致像年羹尧那样的杀身之祸。此前在与沈葆桢问题上，已明显看出朝廷的倾向性，曾国藩实在不敢冒险。
清朝后期，人们提起持身处世，道德文章，无不想到曾国藩成就的卓越。但擅杀李秀成确是他出于私利而为的。
李秀成被俘以后的第三天，曾国荃做了一个大木笼，将李秀成囚禁其间。1864年7月20日，曾国藩从安庆来到了天京，晚上七点钟左右，曾国藩亲自提审了李秀成，并做出了就地处决的决定。次日，他在写给儿子曾纪泽的信中，告诉了他所作的这一决定，“伪忠王曾亲讯一次，拟即在此杀之”。
从第三天日开始，李秀成开始撰写自述，以每天七千字的速度赶写。后来，曾国藩再次提审李秀成，赵烈文在日记中写道：
“中堂甚怜惜之，昨日亲问一次，有乞恩之意，中堂答以听旨，连日正踟蹰此事，俟定见后再相覆。”
铁笼之外，李秀成的命运早已注定，但铁笼之内的他仍对苟活抱有一线希望，他无法想象此时的曾国藩为了自己的私利，必须将其速杀。曾国藩在与赵烈文商谈中的话语，颇能反映出此时的惧怕心态。《能静居日记》记述说：
晚至中堂处久谈，拟即将李秀成正法，不俟旨，以问余。余答曰：‘生擒已十日，众目共睹，且经中堂录供，当无人复疑。而此人其狡，不宜使入都’。
从七月二日的商谈可以看出，此时曾国藩最为惧怕李秀成继续活下去的原因是因其“狡”，换句话说，别看现在供录中谄媚之词俯拾即是，难保到了京师以后不尽述其实情。
七月六日下午，曾国藩将李秀成就地杀害。
李秀成就义以后，曾国藩将其《自述》中不利于自己的地方进行删改，并将后一部撕毁，随即在十一日将改动后的《自述》寄予安庆进行刊刻，十余天之后便印成，曾国藩称其为《李秀成供词》。七月二十九日，曾国藩将《李秀成供词》封送军机处。
曾国藩为何如此急于将《李秀成供词》刊刻印成？这实为曾国藩要通过《李秀成供词》来为自己进行证明。虽然自己堂而皇之地找出诸多理由来为擅杀李秀成进行辩解，但曾国藩心里清楚，仅此并不能使朝廷上下信服，因为僧格林沁已派亲信富明阿至江宁，来寻查李秀成一事。
连僧格林泌都派人来寻查李秀成事件的真伪，这不能不引起曾国藩的恐慌，只有尽快将《李秀成供词》公诸于世，方能消除人们对此的部分疑虑。
从此以后由曾国藩刻本，包括曾国藩的原刻本和照曾国藩原刻本翻刻的《李秀成供词》便流传于世，在日记中曾国藩提到誉写《李秀成供词》的一些情况：
将李秀成之供词分作九、十人缮写，共写一百三十页，每页二百一十六字，装成一本点句画段，并用红纸签分段落，封送军机处备查。酉刻发折。
人们一直对这个版本有着种种猜测，只是一直未能见到《李秀成供词》的原稿，盛传原稿就保存在曾家。
1944年，广西通志馆的工作人员终于从曾家抄录了《李秀成自述原稿》，并拍摄了许多照片，一并交予罗尔纲先生进行考证。1963年曾国藩的曾孙曾约农将《李秀成自述原搞》通过台湾世界书局影印出版。经罗尔纲等诸多学者的考证，《李秀成自述原稿》确系是被曾国藩删改并部分被销毁的真品。
从《李秀成供词》与《李秀成自述原稿》的比较来看，曾国藩主要改动了以下几处：
第一处，关于洪秀全的死因。
原稿中为：“四月将初之候，斯时我在东门城上，天王期时已病甚重，四月廿一日故。此人之病，不食药方，任病任好，不好亦不服药也，是以四月廿一日而亡。”
改为：“因九帅之兵，处处地道近城，天王斯时焦急，日日烦躁，即以五月二十七日服毒而亡。”
经此改动，洪秀全的死不是由于生病，而是曾国荃日日攻城逼迫而死。改动之意不言自明。
第二处，关于李秀成被擒经过。
原稿中为“这邦（帮）百姓密藏于我，那邦（帮）百姓得我宝物，民家见利而争，带我这邦（帮）百姓，去问那邦（帮）百姓，两欲分用……因此我而藏不往（住），是以被两国（个）奸民获拿，解送前来。”
改为：“遂被曾帅官兵拿获。”其后刊印时又改为：“遂被曾帅追兵拿获。”
经此改动，不仅可以与此前上奏的李秀成被“提督萧孚泗亲自搜出”相呼应，同时也可为曾国荃疏于防守之责进行遮掩。
第三处，关于李秀成突围时间。
原稿中为：“是日将夜，寻思无计……不得已，初更之候，舍死领头冲锋，自问带幼主在后而出，冲由九帅放倒城墙〔缺口〕而出，君臣舍命冲出关来。”
曾国藩将“初”字改为“四”字，于是李秀成率队突围的时间便由“初更”改为“四更”，二者相差四——五个小时，遂使曾国藩虚报进城士兵苦战至“见星”才收队有了根据，以减轻李秀成突围成功对曾国荃所带来的不利影响。
第四处，盗改了天朝十误中的第十误。
原稿中为“十、误立政无章。误国误命者因十误之由而起，而性命无涯。”
改为：“十、误不应专保天京，扯动各处兵马。”
此一改动遂将李鸿章、左宗棠分别占领江苏、浙江的原因归之为天京扯动了太平军在江苏、浙江的兵马，以致使李、左很快取得进兵的成功，这样一来为曾国荃久攻天京不下做了辅垫。
正如国学大师陈寅恪先生所说的那样：曾国藩不肯把它（《李秀成自述》原稿）公布，必有不可告人之隐。
现存《李秀成自述》原稿只有74页，全都写满，最末一行的最后一句为“实我不知知也，如知”，然后纸已用尽，文章未完。据此情况进行推测，七十四页以后的内容定是被撕毁了。
是什么内容能使曾国藩难以删改而必须撕毁呢？只有无法删改而不撕毁终将招致杀身之祸的内容。什么内容可使曾国藩遭致如此厄运？据有的学者推测：李秀成建议曾国藩反清自代。
虽然此一推测还有待于进一步证实，但曾国藩为了私利，不惜放弃自己一贯坚持的“诚信”原则，删改、撕毁《李秀成自述原稿》，这确为事实。
生擒李秀成，真的给曾国藩出了一个难题，尤其是李秀成决定投降，更是出乎所有人的意料，成为一个烫手的大山芋。
攻克天京，还有一个关键的目标，就是擒杀太平天国的核心人物，达到斩草除根的目的，以使满清彻底放心。还有一点，湘军一直希望找到太平天国的财富，也只有核心人物才知道。因此于公于私，湘军都必须找到李秀成。
攻克天京之后的湘军，却只管抢劫，致使李秀成和幼天王突围成功。曾国荃攻克天京的功劳也就大打折扣。
谁都没有想到，李秀成居然被两个老百姓擒获，送到了曾国荃的大营。如果李秀成英勇不屈，曾国藩倒也好办，就地杀头，偏偏李秀成英雄一世，糊涂一时，以为投降曾国藩就可以保全自己的身家性命。
投降的李秀成断绝了顺理成章杀死的可能，满清也必然要求曾国藩将李秀成押解进京。曾国藩多年的谎言必然被穿戳，满清将掌握曾国藩和湘军的很多把柄。
本来曾国藩就已经功高震主，满清在平定太平天国之后，下一步就是收拾曾国藩和湘军，满清如果控制了李秀成，曾国藩将十分被动。
面对李秀成潜在的巨大破坏力，曾国藩只有将“诚信”放一边，杀死李秀成，并想方设法收拾擅杀李秀成之后的残局。
其中多有牵强附会之处，成为满清和政敌的把柄，尤其是李秀成的《自述》，多有不利于曾国藩的地方，曾国藩不得不擅自更改，破坏了太平天国历史上最珍贵的原始资料，成为历史的遗憾！
生擒李秀成，攻克太平天国可以说是完胜，断绝了朝野指责湘军没有彻底平定太平天国的可能，以及满清贬低攻克天京功劳的企图。
取得李秀成的合作之后，瓦解了其他太平军的斗志，同时也使湘军最大限度地获得了太平天国所有的财富。
李秀成为了讨好曾国藩，必然在《自述》中尽量抬高湘军和曾国藩的功劳，成为曾国藩的资本。
战争之后，与对手探讨多年征战的细节，正反两方面的资料，可以提高曾国藩的军事素养，也是人生一大快事。
尽管李秀成全力配合曾国藩，但却不可能改变自己的命运。由于李秀成对曾国藩和湘军的潜在威胁，曾国藩必须杀死李秀成。
曾国藩充分利用李秀成之后，抢在朝廷之前，果断杀死了李秀成，以绝后患。
擅杀李秀成之后，曾国藩及时采取各种措施，收拾残局。
首先，证明杀李秀成在前，接到押解上京的命令在后，解脱违抗圣旨的罪名。
其次，罗列各种必杀李秀成的理由，诸如担心路上的安全等。
第三，及时将删改之后的《李秀成自述》刊印公开，为自己正名。
他在给儿子曾纪泽的信中说
十四日接尔十二申刻禀，具悉一切。初十至十二戏酒请客三日。十三日各统领请余兄弟，无戏。酷热如火，沅叔应酬无倦，余则惫矣。李秀成供如尚未刻成，可令书局工匠众手赶到，限三日刻成。分两次付五十本来此，以便分咨各处。余本日寄澄叔信，尔专人送湘。并寄恩旨二道，初七日疏一通。如已刻成，则多寄几份可也。
金陵十日内未得雨，亢热异常，盼泽极矣。余续告。
涤生手示 七月十四日
