从最底层变身的一方诸侯
历来有远大志向、独立见解的人，多不会长久寄篱人下。因为依附他人，势必受人钳制，不利于贯彻主张，实现抱负，发展自我。明王朝的开国皇帝朱元璋就是这样一个人。
朱元璋最早依附于红巾军首领郭子兴，当时郭子兴注于濠州小城，五帅共主，没有一个强有力的权力中心。郭子兴本人能力有限，缺乏长远战略眼光，不是朱元璋可以长期依靠，共谋大事之人。于是他毅然出走定远，打开局面，从而开辟出一片新的天地。
要想发展，必须立足长远，重视根据地和政权的建设，是朱元璋策略思想的一大亮点。因此，朱元璋率军攻占应天，并称吴国公，很快组建起属于自己的江南政权，逐渐夯牢了江浙这个补充兵员和军需物资的富庶基地。
元朝末年，统治黑暗。各地相继爆发红巾军大起义，广大农民纷纷响应。朱元璋因生活无望而当和尚，这时也到濠州城参加了郭子兴领导的红巾军，这是他一生中的重要转折。
朱元璋参加起义军后，作战英勇机智，深得郭子兴赏识，很快被提升为亲兵和夫长。郭子兴见其才能出众，年轻有为，又把养女马氏嫁给他。贾鲁攻围濠州，朱元璋受命拼力拒敌。至正十三年五月，贾鲁死，元兵解围撤去。但濠州城内郭子兴、孙德崖、彭大、赵均用、张天佑五位正副元帅互不团结，而且郭子兴割据思想浓重，只想占据滁阳称王，并无远图。朱元璋觉得难与共图大业，必须发展自己的势力。于是他回到家乡去募兵，得徐达、周德兴等700余人，郭子兴大喜，提升他为镇抚。至正十四年六月，朱元璋挑选徐达、汤和、吴桢、花云、费聚、耿再成、唐胜宗、陆仲亨、郭英、周德兴等24员体己将士南略定远。在攻打定远中，他又用计降服张家堡驴牌寨民兵3000人，并在横涧山夜袭元将张知院，收编缨大亨的义兵2万余人，势力大增。
攻克定远后，当地儒士冯国用、冯国胜兄弟带着乡兵前来投附，并向朱元璋献进取天下之计。冯国用认为金陵（江苏南京）龙盘虎踞，是帝王建都立业之地。建议朱元璋先攻取金陵作为根据地，然后四出征伐，倡仁义，收人心，勿贪子女玉帛，天下不难平定。朱元璋听后大喜，当即把兄弟俩留在军中，参议军机大事。继而又在进军滁州（安徽滁县）途中遇儒士李善长，李善长建议他仿效汉高祖刘邦灭秦之法，朱元璋听毕连声称善，又任李善长作幕府掌书记，协助他出谋划策，协调诸将。在这些儒士的谋划下，朱元璋逐渐注意整饬军纪，严明赏罚，为统一天下打基础。随着队伍的扩大，其成分也越来越庞杂，部卒中既有投诚的元朝官兵，又有收编的各种地主武装，因而不少士兵沾染了抢掠奸淫的恶习。至正十五年春正月，郭子兴用朱元璋计，派大将张天佑攻取和州（安徽和县）传檄朱元璋统领诸将。朱元璋看到将士掠人妻女，下令把军中所掠妇女全部放回，百姓大悦，元兵10万反攻和州，朱元璋坚守三月，城中一度缺粮，遂严禁军士饮酒，大将胡大海的儿子触犯禁酒令，准备依法处置，有人提醒说胡大海正在浙江前线统兵作战，杀子恐怕不妥，朱元璋却斩钉截铁地说：宁可使胡大海叛我，也不可坏我军法！说完亲手将其杀掉。由于执法严明，注意安抚百姓，因此很快就打破元军的重围，遁使元兵渡江逃窜。至正十五年三月，郭子兴病死，朱元璋事实上已成为这支起义军的统帅。
其时刘福通已把韩林儿迎到亳州（安徽亳县）立为皇帝，国号称宋，年号为龙凤，并任命郭天叙为都元帅，朱元璋为左副元帅，张天佑为右副元帅。朱元璋愤然说道：“大丈夫宁能受制于人耶！”意不欲受封。但他的部下将领和谋士提醒说，韩林儿势力尚可借为声援，于是朱元璋才接受了任命，军中纪年文告仍称龙风，遇事则皆不受龙凤政权节制。同年五月，朱元璋收附了巢湖水师廖永安、俞通海的战船千艘。不久，猛将常遇春、邓愈也归附了朱元璋。于是舟楫具备，军威大振。这以后，朱元璋先后攻下太平、集庆、法南行口并在应天称吴国公，置江南行中书省，朱元璋兼总省事，置僚佐参议、左右司郎中、都事。并设行枢密院、理问所、提刑按察司、营田司等机构，分别掌管军政、刑狱、司法、监察、屯田、水利等事宜。朱元璋在应天很快组建起一整套军事、政治、经济机构，显然标志着江南政权已正式建立。
群雄逐鹿智者胜
元末，刘福通领导红巾军北伐，元军主力无法南顾，处于长江中下游的各路起义军都趁机扩大自己的地盘，从而逐步形成朱元璋、陈友谅、张士诚三大势力。经过红巾军起义的打击，元朝主力已严重消弱。战争已由推翻元朝统治转为群雄逐鹿，争夺新的统治权。占领的地盘越大，则兵源、粮草就越丰裕，谁的实力雄厚，谁就有成为新王朝统治的可能。
当初反元起义的红巾军演变至此，早已无“义”可言，在老百姓眼中，是一群争食的虎狼。谁的军队对百姓好一点，百姓就盼望他早日争赢，尽快结束这战祸的恶梦。
朱元璋正是顺应了这一历史潮流才成就帝业。
公元1356年三月，朱元璋攻占应天，占有两浙，建立并巩固了以应天为中心的江南根据地，兵精粮足，人才济济，实力大增，和周边其他割据政权的矛盾日益尖锐。
此时，其东北有张士诚，西面有陈友谅，东南有方国珍、陈友定。很显然如不尽快消除这些敌对势力，就无法继续发展进而统一全国。在众多割据势力中，张士诚最富，陈友谅最强。但张士诚狡而懦，陈友谅剽而轻。因此，许多将领都建议先除掉懦弱的张士诚再攻打陈友谅，惟独刘基主张先消灭陈友谅，认为攻陈则张必不敢动，而先攻张则陈必乘机来犯，致我于两面与敌交战的不利境地。最后，朱元璋依据刘基的分析力排众议，确定了先陈后张的战略方针。
陈友谅出身于沔阳渔民家庭，本姓谢，因其祖赘于陈氏，故从陈姓，元末在县里当帖书，后参加了徐寿辉领导的蕲黄红巾军。他最初充当天完政权的丞相倪文俊的簿掾，不久因战功升为领兵元帅驻黄州。至正十七年八月，倪文俊想于汉阳谋杀徐寿辉未成，便率部分军队到了黄州，结果反被陈友谅所杀。至此，天完政权的大权转到陈友谅手中。至正二十年，陈友谅挟徐寿辉东下，向朱元璋的统治区进攻。同年五月，攻占太平，接着驻兵采石矶。陈友谅满以为应天指日便可攻下，一心想当皇帝的他，于是派人击杀徐寿辉，自称皇帝，国号汉，改元大义。但他杀徐自立的行径不得人心，造成众叛亲离，外强内弱的结果。陈友谅称帝后即遣使约张士诚一道来攻，准备顺流而下，东西夹击南京。朱元璋和刘基分析了形势，决定先集中兵力打垮陈友谅，并利用康茂才与陈友谅曾是老朋友的关系，设计诈降，把陈友谅诱至龙湾伏击，一举将他打败，俘获所部2万多人及巨舰百余艘，乘胜收复太平，攻克安庆、信州（江西上饶）、袁州（江西宜春）等地。张士诚果如刘基所料，始终未敢出兵助战。第二年，陈友谅进行反扑，派兵攻夺信州、安庆，朱元璋亲率舟师溯江西上，直捣陈友谅的老巢江州，陈又惨败，逃奔武昌。其部将及江西郡县也相继降附。
正当朱元璋和陈友谅在江南争战不休之际，江北的局势陡变。刘福通派出的三路北伐军相继失败，元军反攻山东、河南，小明王韩林儿退保安丰。至正二十三年二月，张士诚派大将吕珍攻打安丰。刘福通不断派人向朱元璋求援，应天的文官武将多反对派兵增援，认为大兵一去，陈友谅若乘虚来攻，便进退无路。但朱元璋认为安丰是应天的屏障，救安丰便是保应天。因此，他亲自带兵救援安丰，东退吕珍，将小明王迎至滁州。四月，陈友谅果然乘救援安丰之机，大举出兵围攻洪都（江西南昌）。七月，朱元璋回兵救洪都，双方在鄱阳湖恶战36天之久，战斗十分激烈，最后陈军几乎全部覆没，陈友谅也在混战中因流矢贯睛及颅而丧命。其将张定边乘夜以小舟载友谅尸及其子陈理奔还武昌，立陈理为帝，改元德寿。朱元璋虽大获全胜，伤亡也很大，将领宋贵、张志雄、韩成、陈兆先、丁普郎等皆战死。至正二十四年正月，朱元璋于应天即吴王位，建百司官属，置中书省左右相国。二月，朱元璋因常遇春久围武昌未下，亲往督战，陈理遂率其太尉张定边等请降，汉亡。陈友谅势力彻底灭亡，朱元璋将其地设湖广行中书省进行管辖。
朱元璋消灭了陈氏父子后，回师东进，决定一举扑灭张士诚。张士诚建立大周政权，打败来攻元军，奠都隆平府（江苏苏州）后，便与朱元璋邻接，双方为争夺势力范围不断发生战争。不久，朱元璋攻占长兴、江阴等地，堵住了张士诚西进之路。南面又有苗军元帅杨完者驻守，无法南进。至正十七年八月，张士诚投降元朝，被封为太尉，每年自海道往大都输粮11万石。张士诚名义上接受了元朝政府的官爵，但实际上专擅甲兵土地如故。至正二十一年七月，张士诚乘元江浙左丞相达识帖睦尔与杨完者的矛盾，派兵袭取杭州，进一步扩张势力。至正二十三年，社会上流传着“但看羊儿年（公元1367年），便是吴家国。”的民谣，张士诚遂自立为吴王。第二年正月，朱元璋为迎合民谣，也称吴王。因此，当时人们便以金陵（朱元璋）为西吴，子江（张士诚）为东吴。东吴盛产粮米鱼盐，兼有蚕桑之利，物产丰富。张士诚全盛时期，势力南抵绍兴，北逾徐州，达于济宁之金沟，西距汝、颍、潦、泗，东临海，地跨2000余里，有军甲数十万。但张氏政权外强中干，张士诚的三弟张士信及参谋黄敬夫、蔡彦文和叶德新诸人朋比为奸，贪污无能，所以朱元璋在剪除陈友谅后很快将兵锋指向东吴。朱元璋对东吴的进攻分三个步骤：首先是扫除张士诚在淮水流域的据点。至正二十五年十月起，徐达相继攻取了通州、兴化、盐城、高邮、淮安、徐州、宿州、邳州、安丰等苏北和淮河下游地区。接着于至正二十六年五月，传檄声讨张士诚的八条罪状。十一月，大将军徐达、副将军常遇春、率师20万攻占了湖州、嘉兴、杭州、绍兴等外围之地，对苏州形成包围之势。张士诚几次想突围逃走，均被朱元璋的军队堵回。第三步于至正二十七年九月南北夹击，一举将平江攻克。徐达破葑门，常遇春破阊门，张士诚仓皇归府第，自缢未成被俘，解至金陵死，东吴灭亡。朱元璋得城中兵民20余万，改平江路为苏州府，命何质任知府。
消灭了陈友谅、张士诚，朱元璋就摆脱了东西两侧受敌夹攻的困境，可以放心地收拾盘踞在浙东的方国珍了。早在至正十八年，朱元璋攻占婺州与方国珍接壤后，就曾派使去诏谕方国珍。方国珍看到朱兵势强盛，难与为敌，便向其奉送金银绸缎，表示愿合力攻张士诚，又讲明朱元璋攻下杭州，就献出温州、台州、庆元。但当朱元璋攻取杭州后，方国珍怕被并吞，就暗地里北通扩廓帖木儿，南交陈友定，图谋顽抗。并连夜运珍宝，治船具，准备万一抵挡不住时就潜逃海上。至正二十七年九十月间，朱元璋调兵遣将，分三路进攻方国珍。一路由征南将军汤和、副将军吴桢攻庆元（浙江宁波），一路由参政朱亮祖率军攻台州，另一路由水师将领廖永忠从海道进袭，截断方国珍窜逃海上的退路。同年十一月，汤和进占庆元，方国珍逃入海岛，又被廖永的舟师击败。方国珍计穷势屈，只好投降。
至此，南方群雄中实力雄厚的割据势力已被消灭，朱元璋控制了南中国的大部分地区。
尽诛功臣毫不手软
朱元璋出身贫苦农民，凭他的出身都可以当上皇帝，那么谁不可以做皇帝。因此，朱元璋对身边那群深知自己出身底细，不再迷信皇权天授而又颇有才干的文臣武将很不放心。这一点与汉高祖刘邦颇为类似。深怕有一天这些开国功臣们会夺取他的皇位，所以对他们大肆杀戮。“狡兔死，走狗烹；飞鸟尽，良弓藏；敌国破，谋臣亡”这个由汉代韩信用生命悟出的君王立国规则，在大明王朝建立后再一次得到体现。
为了巩固新生的政权，为了让朱家统治继续下去。朱元璋什么都可以付出，什么都可以抛弃，什么都可以不顾忌。
明朝初年，统治集团基本为淮西势力控制。淮西集团多为朱元璋的乡里故旧，这批人跟随朱元璋南征北战，为明王朝的建立立下了汗马功劳。淮西集团的中心人物是左相国李善长，继承其位的是胡惟庸。
这些从赤贫摇身变得有权有势，发达显赫的人，在生活中奢靡淫乐，贪婪横暴，欺压百姓，鱼肉地方；政治上独断专行，排挤他人，欺上瞒下，贪赃枉法。当时的另一政治集团浙东集团对淮西人的所作所为很是不满。浙东集团以刘基为首，多是精于宋儒理学的士人。淮西集团和浙东集团的对立，为朱元璋利用彼此互相牵制，从中掌握实权提供了条件。然而，淮西集团的势力还是出乎想象地难以控制。
1379年末，占城国派使来朝朝贡，胡惟庸将此事隐瞒不报。朱元璋发现真情后大为震怒，将胡惟庸的左右膀汪广洋处死，同时惩处了中书省中有关的一批官吏。这已暗示了清理胡党的先声。朱元璋早已对胡惟庸与罪臣陆仲亨、费聚关系密切不满，另外胡党势力在军队中也渗透颇深。1380年，利用中书涂节状告胡惟庸勾结蒙古、日本，试图弑君叛乱，处死了胡惟庸，并进行了整个官僚机构的大清洗。清洗扩大到全国，连坐族杀，从中央到地方，各级机构中大量官员被处死，其中包括李善长。
李善长对朱元璋当上皇帝起着至关重要的作用。李善长是朱元璋的淮西老乡，他比朱元璋大了十几岁，在朱元璋还寄人篱下的时候，他便看出这个年青的将领器度非凡，是汉高祖刘邦一类的人物，毅然投奔其麾下，在早期那松松散散、军纪不严的义军队伍中，他协调诸将、整顿军纪，为增强义军的团结，提高其战斗力，作了许多卓有成效的工作，但他更大的贡献还是在筹饷、理财、供应等后勤工作方面。在那些战乱频繁、饥荒连年的时代，他以其杰出的理财能力、管理能力和组织能力，将粮饷和兵员源源不断地输送到前方，使部队总是保持着充沛的战斗力，对朱元璋的胜利起了决定性的作用。而当大局已定，又是他带头劝进，请求朱元璋及时称帝，并主持了登基大典。
朱元璋在策封功臣时，李善长名列第一，封为银青荣禄大夫、上柱国、录军国重事、中书左丞相、宣国公，成为开国的第一位丞相。后来，又将自己的大女儿临安公主下嫁给李善长的儿子李棋，这是朱元璋的第一个女婿。二人在君臣关系之外，又成了一对亲家翁。
但几乎就在同时，朱元璋已对李善长戒备起来。原因很简单，李善长的种种能力、本事，在打天下时固然可以为我所用，而在自己坐天下以后，却可能是一种威胁，因此，在当上皇帝后的第三年，利用李善长受党祸牵连之机，他便毫不顾情面地将李善长从丞相的位置上拉了下来，赶回了凤阳，从此再也没有给他任何实权。可是，李善长老而不死，这不能不使朱元璋忧虑，于是，在胡惟庸一案已经过去10年以后，却以李善长是胡惟庸一党的罪名，将这个已经77岁的老战友逮捕入狱，同时被株连的还有妻女弟侄70余人。临刑的那一天，李善长手捧皇帝在开国之初赐给他的免死铁券悲愤地高呼：“免死！免死！谋逆，谋逆！欲加之罪，何患无辞！”
1388年，朱元璋命令编撰了《昭示奸党录》，公布胡党罪状。淮西集团的政治势力从此大为削弱。
1393年，又发生了蓝玉党案，早在吴王时期，就发生过邵荣谋反，谢再兴投敌的事件，对这桩旧案，明末史家谈迁道：“渡江勋旧，俱鱼服之侣，臣主未定，等夷相似，见兵柄独握，未免为所欲为耳。”建明后，虽然君臣名分早定，朱元璋又分设兵部、都督府，并委派封王执掌重兵，然而对执掌军权、拥有嫡系、威信早立的大将仍然深以为忌。
蓝玉案起于锦衣卫蒋谳的揭举，蒋谳指控蓝玉密谋兵变，并列举了其他罪状：滥用职权、非法惩处官兵、私自蓄奴、对皇帝心怀不满等。蓝玉被判肢解，株连人员达到15000人。几乎所有执掌军权的功臣战将都受到了清洗，被解除兵权，其中有朱元璋少年同伴徐达。
徐达，被视为明朝的韩信。就军事指挥才能、战功，他与韩信完全可以相提并论，但就与帝王的关系而言，韩信可就不能望其项背了。
他不同于韩信中途入伙，他是朱元璋同乡邻居，童年伙伴，小时候一块放牛、做游戏与朱元璋同时投身义军，真可谓情同手足，异姓兄弟。关于他的战功，实在难以一一备述，他几乎参加了朱元璋义军所有重大战役，从江南打到漠北，元朝的末代皇帝是被他逼逃的，元朝的首都北京是被他收复的，元军的主力是被他最后消灭的，绵亘在祖国大地上的万里长城，是在他的督建之下，才变得像今天所见到的那样坚固和宏伟的。
他不但战功卓绝，而且品德高尚，平时，他与士卒同甘共苦，打起仗来，冲锋在前，他不贪财，不贪色，沉稳大度，少言寡语，一心一意指挥打仗，对军中朝中大事，从来也不说长道短，更不参与大臣之间的派系之争。朱元璋对他十分赞赏，说：“受命而出，成功而旋，不矜不恃，妇女无所爱，财宝无所取，中正无疵，昭明乎日月，大将军一人而已。”
像这样的大功臣，想找一个杀害的借口都不好找，但朱元璋依然不放过他。公元1385年，一辈子鞍马劳顿的徐达背上长了脓疮，这也是由于他常年衣不解甲，皮肤磨破，汗水浸渍所致，只要敷药调养，并不难好。可当朱元璋得知这个消息以后，却命令正驻防北京的徐达立刻回南京就医。试想千里迢迢，舟船鞍马，风餐露宿，对一个有病在身的人有什么好处呢？可是，徐达不能不遵旨，待回到南京后，病更加沉重了。
据说得了这种背疮的人，最怕吃蒸鹅，一吃蒸鹅必死。可朱元璋偏偏赐给徐达一只蒸鹅，并命他立刻吃下。徐达知道，这是皇帝对自己在下毒手，可他不能不吃，否则会给家人带来更大的灾难。于是他含泪谢恩，食鹅而死。
朱元璋就以这样卑劣的手段，杀害了他的童年伙伴，开国功臣。只有汤和及早交回兵权，得以幸免，安享晚年。蓝党案发后，又编纂了《逆臣录》，军队将领也彻底地大换血。朱元璋清除了军政两界的绊脚石。
废除丞相加强集权
皇权的至高无上是实现皇帝独裁、大臣辅政的先决条件。元朝时于中央设中书省以总理全国政务，中书省的大权实际是在左右丞相手中掌握，中央权力必然会过分地集中于中书省，造成左、右丞相权力的膨胀，因而丞相虽然起到了辅政的作用，可同时又起到了限制政权发展的作用。而在地方设置行中书省，从建制上仿效中书省，掌握了各地的政、法、军权，号称“外政府”。正缘于此，元朝后期各自为政，往往擅权自专，不听朝廷调度，形成了分裂割据的局面。
朱元璋渡江后建立的江南行中书省，也仿效了元朝这种政体，因此一应军国大事均不需向小明王奏请，朱元璋得以江山坐大。因而可以说元制的种种弊端，是朱元璋亲历亲闻，所以他既然在前期从这种行政制度中得到了好处，后期自然担心部下起而仿效。
明朝建立以后，臣僚越礼非分、违法通制的事件层出不穷。有鉴于此，朱元璋已经感觉到改革行政机构势在必行。
洪武三年，朱元璋指出：“夫元氏之有天下，固由世祖之雄武，而其亡也，由委任权臣，上下蒙蔽故也。今礼所言不得隔越中书奏事，此正元之大弊也。君不能躬览庶政，故大臣得以专权自恣。”他所谓的“躬览庶政”，就是指皇帝要亲预朝政。本来如完全遵照元制，各种政事的处理在中书省便已基本定案，至皇帝处批准就行了。而将政事公文直接递交皇上，越过中书省，也就违背了元制逐级奏请的定制。朱元璋在这里提出要亲预朝政，就意味着他允许这种逾制，将一部分本由中书省处理的政事揽在身上，这标志着他着手削弱中书省的权力职能，进一步扩大皇权的开始。
至洪武九年六月，经过6年的准备之后，他下令改行中书省为承宣布政使司，废除行省平章政事、左右丞等官职，改参知政事为布政使，以“掌一省之政”。主要管民政和财政。布政使是皇朝派驻地方的使臣，朝廷的政策、法令和派给地方的多种任务，通过他们下达各府、州、县的地方官员。全国除南京为京师直辖外，分为浙江、江西、福建、北平、广西、四川、山东、广东、河南、陕西、湖广、山西十二个布政使司，随着云南的平定，又增设云南布政使司，共为十三个布政使司。各布政使司的管辖范围与元朝行中书省相仿，但不包括各处的卫所。相较而言，布政使司的职权比元朝的行中书省大大缩小，性质也发生了改变，布政使司的长官是朝廷分派各地的使臣，凡事皆需秉承皇帝意旨，使地方的权力集中于中央，有效地避免了各地的擅自专权。
在承宣布政使司之外，各行省还设提刑按察使司，以按察使为长官，掌一省刑名按劾之事；又设立都指挥使司，以都指挥使为长官，管辖所属卫地，掌一方军政。都指挥使司与布政使司，提刑按察使司同为朝廷设在地方的派出机构，合称“三司”。三司互不统属，在地方三司分立行使各自职权，均由皇帝直接指挥。凡遇重大政事均需由三司会议，上报给中央的部院。这样不仅削弱地方的权力，强化了中央集权，而且各地方机构职能专一，互相牵制，既加强了统治效能，又便于皇帝直接控制。对布政使司之下的地方政治机构，朱元璋也加以极大地简化。将元朝的路、府、州、县归并为府、县二级，除府、县外，个别保留州的建制，分府属州和直隶州，地位分别等同于县、府。这样，地方政权的层次简化减少，皇帝命令的逐级下达也就通畅起来。
接着，朱元璋又回过头来对中央机构进行进一步的改革。由于洪武初期先后发生的李善长为代表的淮西集团把持朝廷事件和胡惟庸党案，朱元璋感觉到元朝丞相制度是君主专政的障碍，为此他说：“昔秦皇去封建，异三公，以天下诸国合为郡县，朝廷设上、次二相，出纳君命，总理百僚。当是时，设法制度，皆非先圣先贤之道。为此，设相之后，臣张君王威福，乱自秦起。宰相权重，指鹿为马。自秦以下，人人君天下者，皆不鉴秦设相之患，相人而命之，往往病及于君国者。”及至洪武十三年正月，左丞相胡惟庸因“谋危社稷”被处死，朱元璋对大臣们宣布道：“朕欲革去中书省，升六部，仿古六卿之制，仰之各司所事，更五军都督府，以分领军卫。如此则权不专于一司，事不留于塞蔽。”接着便废除了中书省和丞相，将中书省的权力分属于吏、户、礼、兵、刑、工六部，将各部尚书由原先的正三品升至正二品，侍郎由正四品升为正三品，下属郎中、员外郎。
六部职权加重，同时又分司政务，取代中书省成为全国最高行政管理机构。至此，中国历史上相沿已久的丞相制度被彻底废除，皇权空前扩大了。后来，朱元璋经过十几年的政治实践，认为这一改革取得了成功，并足以法之万世，便作为遗训教诫后世子孙，道：“自古三公论道，六卿分职，并不曾设立丞相。自秦始置丞相，不旋捷而亡。汉、唐、宋因之，虽有贤相，然其间所用者多有小人，专权乱政……以后子孙做皇帝时，并不许立丞相。臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，将犯人凌迟，全家处死。”
丞相制度废除后，天下大事皆取决于朱元璋一人，日理万机，政务繁重。尽管他勤勉不怠，可仍感力不能支，遇到棘手之事时，又苦于无人商量，因而作为补充，于洪武十四年又设四辅官，以四季为号，用来协理政事。四辅官的职责是为朱元璋讲座治道，与部院官共同处理某些重大事务：“刑官议狱，四辅及谏院复核奏行。有疑激，四辅官封驳”和谏院官一起审查各地荐举的人才，“凡郡县所举诸科贤才至京者，日引至端门庑下，令四辅官、谏院官与之议论，以观其才能。”但是，这些四辅官多是来自山野的老儒，没有政治经验，起不到协助的作用，对此做了一年尝试后，朱元璋又觉无益于事，便下令予以废除。不用四辅官，政务繁重的压力又至，于是仿效宋制，置殿阁大学士，名义上的职责是辅导太子，实际上则是“授餐大内，常待天子殿阁下，避宰相之名，又名内阁”，“内阁”之称自此而来。不过，内阁只起参谋顾问作用，至于决策权，则仍然掌握在皇帝的手中。后来，经过建文、永乐洪熙、宣德诸朝的发展，内阁制度初步完善成熟起来。
在废除中书省的同时，朱元璋又撤销大都督府，改设前、后、左、右、中所谓的五军都督府，以分散中央军事机构的权力。并规定五军都督府管兵籍，掌军政，但无调动军队之权，兵部掌军官控选和军令，但无直接指挥军队的权力。“征伐则皇帝命充总兵官，调卫所军领之；既旋则上所佩印，官军各回卫所”，“兵部有出兵之令，而无统兵之权；五军有统军之权，而无出兵之令……合之则呼吸相通，分之则犬牙相制”，这样，军权也就会完全掌握在了皇帝手中。
御史台本是中央的监察机构，但在洪武十三年，朱元璋宣布废除，而于洪武十五年改置都察院，并赋予更大的职权，代表皇帝对行政和军事系统实行监督。都察院的长官为左、右都御史，负责“纠劾百司，辨明冤枉，提督各道”，凡“大臣奸邪，小人构党，作威福乱政者”、“百官偎葺贪冒，坏官纪者”、“学术不正，上书陈言变乱成宪，希进用者”，均可举发弹劾，遇有朝勤、考察，还可“同吏部司贤否陟黜。”朱元璋说：“以六部为朕总理庶务，都察院为朕耳目。”
都察院的监察职能扩大，更进一步地限制了朝臣擅权、结党营私的可能，扩大和强化了皇权。都察院以都御使为正二品，时称“台职”，与部职并重，故都御史与六部尚书合称“七卿”。都御史下设十三道监察御史，分散于全国十三布政使司，每道设七至十一人，共一百二十人，是朱元璋用以控制大官，“主察纠内外百司之官邪，或露章面劾或封章奏劾”，负监视与纠举职责的官员。都察院与六部分权并立，又互相牵制，更进一步产生了良性之效，有力地维护了皇权。
洪武十四年，朱元璋又置大理寺，长官为大理寺卿，“掌审理平反刑狱之政令”。刑部、都察院、五军断事官所推问的狱讼，均需将案牍和囚徒移交大理寺复审，“凡狱具，未经本寺评允，各司勿得发遣”。它与刑部、都察院合称三法司，组成了一个纠举、审理、复核的完整司法过程。这样，司法部门也被分散了权力，并互相牵制，利于皇帝操纵。
君主专制的强化固然巩固皇权，但弊端也显而易见：一方面，集权造成政务繁重，压于皇帝一身，若是明君尚能勤政，昏君则会造成延误；另一方面，社会风气受到影响，民主之风无法在中国兴起。所以，即使明中期在中国出现资本主义萌芽，但专制皇权的存在使中国没有像西方那样出现资产阶级革命。
花大力气整肃吏治
明初整肃吏治的斗争是朱元璋出于集权专制的目的进行的，因而带有残暴特征。打击面大，处死极多，非刑酷刑屡见不鲜，因此有时也不难产生一些先入为主的冤假错案，枉杀了许多无辜官吏。由于官吏被杀极多，甚至造成了一些地方州县一时竟无人办公的尴尬局面。
朱元璋自幼生长于民间，对元代官吏压榨百姓了如指掌，也认识到元末吏治的腐败是农民大起义爆发的原因之一，认识到要保证他所建立起的政权不重蹈元代覆辙，就一定要整肃吏治，杜绝贪污受贿行为。他因此为贪官污吏设立了严法酷刑，而且由于他秉性狠毒，在实际实行过程中，还专门为贪官设立了一些法外非刑，以此来警戒天下官吏奉公守法。
对于官吏的公务性错误，朱元璋一般只是采用罢官、贬官、调职等办法来惩戒，即使处刑，一般也都较轻，很少以杀戮手段来处置。但是对贪赃舞弊行为，他则绝不轻饶。朱元璋认为，吏治之弊莫甚于贪虐，而庸鄙者次之，所以他说：“朕于廉能之官或有罪，常加宥免，若贪虐之徒，虽小罪亦不赦也。”
官吏犯赃的，罪行较轻，朱元璋处以谪戍、屯田、工役之刑。如徐州丰县丞姜孔在任时，借口替犯人交纳赃款，挨家挨户敛钞，结果全都塞进了腰包。朱元璋查知此事，将姜孔发配去修城。
洪武九年，“官吏有罪者，答以上悉谪之凤阳，至万数”，其中绝大多数是犯赃官吏。而对罪行严重的，则处以挑筋、挑膝盖、剁指、断手、刖足、刷洗、称杆、抽肠、黥刺、蜚、劓、阉割、锡蛇游、斩趾枷令、常号枷令、枷项游历、条首、凌迟、发配广西拿象、全家抄没发配远方为奴、株连九族等重刑。户部尚书赵勉夫妻贪污，事发后夫妻二人同时被杀。工部侍郎韩铎上任不到半年，伙同本部官员先后卖放工匠二千五百五十名，得钱一万三千三百五十贯，克扣工匠伙食三千贯，盗卖芦柴二万八千捆，得钱一万四千贯，盗卖木炭八十万斤，私分入己，事发被杀。
同历代封建专制制度的通病一样，明代贪污受贿的官员腐败案并不少见。如：大名府开州通判刘汝霖，追索该州官吏代犯人藏匿的赃款，逼令各乡村百姓代为赔纳，被判枭首；凤阳临淮知县张泰、县丞林渊、主簿陈日新、典史吴学文及河南嵩县知县牛承、县丞母亨、主簿李显名、典史赵容安等收逃兵贿赂，使令他人代充军役，案发后两县官吏尽行典刑；福建东流江口河泊所官陈克素勾结同业户人，侵吞鱼课一万贯，又勾结东流、建德两县官吏王文质等，验了敛钞数万，被杀身死；进士张子恭、王朴奉命到昆山查勘水灾，接受昆山教谕漆居恭、酋径巡检姚诚宴请，收受缎匹、衣服等物及钞币一千三百贯，将他们的二万二千六百亩已成熟田地谎报为受灾农田，朱元璋查知后，命锦衣卫给他们送去兵刃、绳索，勒令自尽。当时官贪污到银六十两以上者，均处以枭首示众、剥皮楦草之刑。行刑多在各府州县及卫所衙门左首供祭祀的土地庙举行，因而当时土地庙得名为皮场庙。贪官被押至土地庙，枭首挂在旗杆上示众，再剥下尸身的皮，塞上稻草，做成皮人，摆在公座之右，以警戒后任。
在洪武年间，除了一些小型的惩贪案外，还有几次大规模的对贪官污吏的集中清洗，其中以空印案和郭桓案最为著名，声势也最为浩大，两案连坐被杀人数也最为惊人，累积共达七八万人。
空印案发生在洪武八年。当时规定各布政司和府、州、县每年都必须派计吏到户部报告地方财政的收支账目，县报府，府报布政司，布政司报户部，层层上报，经户部审核，数字与各布政司收支款项总和的数字相符，各布政司数字则需与所辖各府上报数字总和相符，才能结账。有分毫出入，整册驳回，重新填造。布政司和府离京师远的有六七千里，重造表册要加盖原衙门印信，来回跑一趟得花几个月甚至一年时间，就会错过报账日期。为了节省时间，各地计吏都随身带上已加盖官印的空白表册，以备表册被驳回时重新填造。这种空白表册，盖的是骑缝印，除了供报账之用，并无其他用途，因此谁也不认为这里面会有什么问题。各地计吏年年都这么办，已成惯例。部官也知道这种情形，因而也并不以为意，没有向朱元璋反映这种情况。到了洪武八年，被朱元璋知悉，他疑心部官与天下布政司勾结，伙同起来骗他，于是大发雷霆，道：“如此作弊瞒我，此盖部官言私，所以布政司敢将空印纸填写，尚书与布政司官尽诛之。”于是发生了一场明代官场的空前灾难，“系郡国守相以下数千百人入狱，判以死罪”。户部尚书周萧及各地衙门长官全部处死，佐贰官杖一百充军边地。
郭桓案发生在洪武十八年。御史余敏、丁廷举告发北平布政使司。按察使官吏李或、赵全德等与户部侍郎郭桓、胡益、王道亨等通同舞弊、侵盗官粮。朱元璋下令将他们逮捕审讯，牵连到礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麦王德等。于是赵瑁等主犯被判弃市，六部左右侍郎以下皆被处死，追回赃粮七百万石。犯人的供词不仅牵连了许多六部高官，而且也牵连到各布政司无数官吏，朱元璋概不轻恕，一日入狱被杀者竟达数万余人。御制《大法》中宣布郭桓等人罪状时说：“其所盗仓粮以军卫言之，三年所积卖空。前者榜上若欲尽写，恐民心不信，但略写七百万耳。若将其余仓分并十二布政司通同盗卖见在仓粮，及接受浙西四府钞五十万张，卖米一百九十万石不上仓，通算诸色课程鱼盐等项及通同承运库官范朝宗偷盗金银、广惠库管张裕妄支钞六百万张，除盗库见在宝钞、金银不算外，其卖在仓税粮及未上仓该收税粮及鱼盐诸色等项课程，共折米算，所废者二千四百余万石粮。”此案规模极广，盗粮极多，牵连至巨，一时被杀者数万人，遍及天下各布政司、府州县及中央六部官员，引起明初官场极度恐慌，各地官僚地主为保性命，倒打一耙，纷纷攻击告发审案官员，埋怨朝廷，说朝廷用法太严，罪人玉石不分，一时全国哗然。为了防止矛盾扩大，朱元璋一面下诏公布郭桓等人罪状，一面将原审法官右审判吴庸等人牵出做了替罪羊，处以死刑，以平众怨。郭桓案至此终于告一段落。朱元璋同时下诏：“朕诏有司除奸，顾复生好抚吾民，今后有如此者遇赦不着。”
明初整肃吏治的斗争前后延续二三十年之久，打击面极广，甚至一些皇亲国戚，若是贪赃枉法，也在劫难逃。为了达成吏治清明的政局，朱元璋六亲不认。开国功臣华云龙、朱亮祖便因以权谋私、贪污受贿死于整肃吏治的斗争中。朱元璋的亲侄儿朱文正，在与陈友谅的战争中曾孤军坚守洪都八十五日，拖住了陈友谅，使朱元璋得暇做战争准备，为最终击败陈友谅立下了大功。但朱文正因不满朱元璋的赏赐过少，心存怨恨，朱元璋知道后心中不喜。后朱文正镇守江西，骄侈荒淫，搜罗强抢民女，淫乐数十日后，将女堕井淹死，毁尸灭迹。朱元璋欲将朱文正杀死，但因朱文正是马皇后从小看着长大的，待之如同己出，因为马皇后出面求情，才免朱文正一死，罢官安置凤阳守卫先人坟墓。后来朱文正逃跑，朱元璋终于将他杀了。驸马都尉欧阳伦是马皇后所生安庆公主的夫婿，指使家奴走私茶叶，牟取暴利。所谓“宰相门前七品官”，他的家奴个个狐假虎威，胡作非为，连封疆大吏也要怕这些家奴三分。洪武三十年，欧阳伦强迫陕西布政司发文叫下属州县派车替他贩运私茶，家奴周保所到之处，强迫地方官吏派车，官吏不敢不从，共索车五十辆。当时正值春耕大忙时节，车马紧缺，周保至兰县河桥巡检司，一时无法征集车辆，周保便肆虐打巡检司小吏，小吏不堪其虐，首告朝廷，顿时捅了马蜂窝，朱元璋下令：“布政司官不言，并论赐死，欧阳伦、周保等皆伏诛，茶货没入于官。”欧阳伦虽高攀为皇亲贵胄、玉叶金枝，终于还是保不住性命，和很多布政司官员一起身首异处，周保等家奴也烟消云散。
一个特务横行的朝代
朱元璋为加强皇权、控制群臣可以说无所不用其极。放着对他忠心耿耿的满朝文武不用，非要信任大批的特务，以至自他以后几百年的明王朝，倍受特务、太监之流的蹂躏。可以说这是明白人办的又一桩糊涂事。
锦衣卫本是皇帝亲军中十二卫（后增至二十六卫）之一，不隶都督府，直属皇帝。它的设置早于东西厂。其前身是仪鸾司。明太祖于开国之初设拱卫司，不久改为亲军都尉府，下隶仪鸾司。洪武十五年罢府及司，改仪鸾司为锦衣卫。锦衣卫的禄物名号无异诸卫，统军亦与诸卫同。其与诸卫不同的是增设了北镇抚司，改原镇抚司为南镇抚司，时间在洪武十五年。于是北镇抚司专理诏狱，成为由皇帝亲自处理和管辖的重大刑狱。
秘密侦察大小官吏的活动，随时向朱元璋报告社会上的不公不法之事；同时，还授予锦衣卫以侦察、缉捕、审判、处罚罪犯官员的一切大权，在锦衣卫内设立了特殊的法庭和监狱，将锦衣卫变成了正式的特务机构。
朱元璋在位的30多年间，特务多如牛毛，遍布街巷路途，严密监视着朝野内外、文武官员的活动。吏部尚书吴琳已经告老回乡，但朱元璋对他仍不放心，便派锦衣卫特务到吴琳家乡去侦察其活动。特务来到稻田，只见一个农民模样的老人从小凳上站起来，便上前问道：“这里有个吴尚书吗？”老人回答：“敝人便是。”朱元璋听了特务的这一报告后非常高兴。
大学士宋濂一次在家设宴招待客人，第二天朱元璋问他：“昨天请客，喝酒了吗？做的什么菜？”宋濂如实作了回答。朱元璋笑道：“说得对，没骗我。”
国子监祭酒宋讷一天在家暗生闷气，偷偷监视他的特务竟把他这时的样子画了下来，上报皇上。朱元璋见了宋讷问道：“昨天你在家生什么闷气呀？”宋讷很吃惊，照实做了回答，又问朱元璋如何知道此事。朱元璋将画像递给他，他展图一看，方才醒悟，慌忙磕头谢罪。有一个在外省任职的大官，身边有名仆人，做事聪明，勤快，善解人意，多年来任劳任怨，从未做错过一件事。主人对他也日见倚重，诸事都征求他的意见。忽然有一天，仆人来向主人告辞，主人极力挽留，并问他为什么坚持要走，仆人见主人挽留意诚，被逼无奈，才说明真相。原来他本不是仆人，而是锦衣卫派来的密探。主人万万想不到多年来一直倚重的奴仆竟然是潜伏在身边的特务要员，吓出了一身冷汗，庆幸并没有说过什么不妥的言语，也没有得罪这个仆人。从中可见，朱元璋后期任用的锦衣卫，特别为他倚重，权势极大，分布极广，行动也极为隐秘。
锦衣卫的成员都是小人物，本身没有社会地位可言，而授予他们某种特权，这就使他们足以扳倒大人物，这种成就感使他们受宠若惊，自然会摇尾邀功忠于君王。虽然，他们要整什么人，归根结底还得由朱元璋点头才行。但其行径卑劣、权愈三司，百官自危，民怨难伸，锦衣卫充当了明朝统治者超越司法的特殊工具。
