胡惟庸一案被牵连的人全部被处死后，朝野之上人心惶惶。可当人们还没等喘过气来时，新的“大屠杀”又来了。朱元璋原本寄予全部希望的年仅38岁的皇太子朱标，于洪武二十五年（1392年），一病身亡。这对于65岁的朱元璋来说，不啻当头一击。他左右权衡，最后选定了16岁的皇太孙朱允炆为接班人。朱元璋担心皇太孙势孤力单，便下定决心再进行一次大清洗。这就有了蓝玉案。
蓝玉，凤阳定远人，洪武后期的主要将领，多次领兵打击元朝残余势力，在明朝统一中国的过程中作出了重要贡献。
他是常遇春妻弟，隶属常遇春手下，作战勇敢，所向披靡。常遇春在朱元璋面前经常夸奖他，因此被朱元璋器重，起先叫他管军镇抚，后升武德卫千户，不久改任亲军千户，积功至武德卫指挥使。
洪武二年（1369年），常遇春北征开平，暴死在南归的途中。当时的政治形势是：平定了中原与东南，但元朝势力仍据守北方广大地区，甘宁一带常与明廷有战事，夏的割据势力占领四川，云南梁王忠于北元，誓不附明。洪武三年（1370年），蓝玉被擢为大都督府佥事，从而进入了明朝的最高军政机构。次年，朱元璋派傅友德、汤和领水陆军伐蜀，蓝玉跟从傅友德，经过几战，夏主明升（明玉珍子）投降，使元末形成的最后一个割据政权得以平定。
扩廓帖木儿（王保保）也在元末的政治军事舞台上异常活跃，这时退入西北，徐达曾和他展开过激烈战斗，但未将其击垮，所以还经常会由西北方面对新建立的明朝滋事进犯。洪武五年（1372年），朱元璋命徐达、李文忠、冯胜统兵去讨伐，徐达出中路，都督蓝玉为前锋，在山西境内的野马川，将其游骑击败，再进败王保保于土剌河。但王保保后退拒明军于岭北，明军再攻失败，死伤有一万多，只好退兵。两年以后，蓝玉再度领兵北击，攻下兴和，俘获一些残元要人，却只是解除了眼前的威胁，并未从根本上清除。洪武八年扩廓帖木儿死去，基本消除了从西北方面对明构成的威胁。
洪武十一年（1378年），蓝玉等率兵出征甘、青，次年获胜。朱元璋命置洮州卫，设官领兵驻守。还师以后，蓝玉被封为永昌侯，食禄二千五百石，从而成为明初新贵。
大体平定甘、青以后，朱元璋向西南和东北遣兵，在这些战争中蓝玉发挥了很大作用。云南梁王在灭掉匝剌瓦尔密以后，顽冥不化，始终不接受明朝招降，最后竟然杀掉了明使，为此朱元璋决定派兵征讨。洪武十四年（1381年）9月，作为左副将军的蓝玉，跟右副将军沐英一起，和征南将军傅友德率30万兵征讨云南。“自9月朔出师，迄下云南，仅百余日”。次年闰2月，蓝玉、沐英率兵西攻大理，再次获胜，其他的民部地区被招抚。奉诏班师后，蓝玉因功加禄五百石，他的女儿被册封为蜀王妃。
朱元璋是在马背上得到的天下，所以他一向很重视对军权的掌握。开国以后，朱元璋陆续剥夺了许多旧将的兵权，让自己的几个儿子直接掌握。对那些在外带兵打仗的将领，朱元璋则把他们的妻儿家眷接到京城。名义上是保护这些将领的家眷，实际上则是把他们扣留在京城当做人质。
其实在完成对开国老将的“清理”之后，该死的已经都死了，活着的也都知趣地躲得远远的，对朝廷已经构不成威胁。可是有一人却始终让朱元璋不能放心，这个人就是蓝玉。他带兵多年，在军中威望甚高，而且现在拥有兵权。
在开国以前，蓝玉就已经战功赫赫，开国以后更是南征北战，几经生死。蓝玉的军队纪律严明、作战勇敢、所向披靡，敌人只要听说是蓝玉的部队到了，都不战先怯，有的甚至望风而逃。蓝玉也从当初的侯爵变成了如今的凉国公。蓝玉性格豪爽，喜欢结交朋友，光干儿子就有几百个，具体有多少连他自己也记不清了。
树大则必然招风，本来蓝玉带兵多年，朱元璋就对其不放心，圣恩之下蓝玉又昏了头脑，变得飞扬跋扈起来。朱元璋每想起徐达临死之前那个生日上蓝玉的表现，就火冒三丈，还没有谁敢对他朱元璋如此无礼过。
这一日，刑部递上来一道折子。说定远有一人当街行凶，官府派人前去捉拿，没想到那人竟派来家丁抵抗，打死官府数十名兵士。朱元璋看完了折子很是纳闷，于是便招来刑部侍郎询问。
“你说说看，我大明律法如此严格，却为何还有这般刁民如此霸道？”朱元璋实在不解。
“皇上，臣之所以把这案子呈上圣裁，就是因为它太棘手了。”刑部侍郎说道。
“这是为何啊？”朱元璋更加不明白了，这案子虽说性质恶劣，但极为好判，确实用不着呈给我啊。
“皇上您注意到没？这件案子发生在定远，定远是凉国公蓝玉的家乡，这案件中行凶之人正是蓝玉的义子。蓝玉维护手下义子是出了名的，臣怕处理不当会引起凉国公的不满，所以才交给皇上裁决。”刑部侍郎说道。
“蓝玉好大的胆子。他的义子犯案你们都不敢办，那要是他蓝玉自己犯案呢？朕令你把蓝玉这个义子缉拿归案，斩立决。蓝玉要是敢横加阻拦，你就让他来找我。”朱元璋道。
刑部办案效率还真高，不几日便擒获蓝玉那个行凶的义子。但他们并没有按皇上说的那样斩立决，而是擒获后立即差人通知了蓝玉，并告诉蓝玉要求情得去皇上那里。
蓝玉是个极讲义气之人，得知后立即前去向皇上求情。
“皇上，末将请求皇上放了我这义子。”蓝玉开门见山。
“蓝玉，你好大的胆子。你这义子行凶伤人，还打伤官兵。我还没追究你管教不严之罪，如今你却还敢来替他求情！”皇上激动地说道。这蓝玉胆子也真是大。
“皇上，我这义子虽然行凶伤了人，但他在战场上可是勇猛无比。攻打云南时，我因不慎被敌箭所伤，是他杀出一条血路把我救回军中，攻打北元时他更是失去一臂。他可是为大明江山立下大功的人啊。”
朱元璋越听越生气，就算你有了功劳，你就可以胡作非为了？义子尚且如此，你蓝玉还不知道猖狂到什么程度。本想下令立即处决蓝玉这义子，可转身一看却看到了蓝玉那双坚毅的眼睛。朱元璋很快想到，对付蓝玉这种骄兵悍将绝不能以暴制暴，得动点心思。
于是朱元璋立即变得和颜悦色起来，对蓝玉说道：“蓝玉啊，我念在你陪我多年南征北战的分儿上，今天就答应了你的要求。但你以后可要好好管教你的这些义子，下次再犯，定斩不饶。”
蓝玉立即跪地谢恩，说道：“多谢皇上，我就知道皇上不会杀了他的。”
其实，这个时候的朱元璋已经决定要除去蓝玉了，他继续问道：“都说你蓝玉带兵百战百胜，你可有什么秘诀啊？”
蓝玉本就是个骁勇之人，根本不懂的揣摸人心理，便完全放松了对皇上的警惕，笑道：“皇上，末将带兵之所以攻无不克、战无不胜，主要是因为末将的军队纪律严明，将士们绝对服从命令。”
“那你说你战无不胜，现在如果把你的军队平分我一半，你认为我们谁会赢啊？”朱元璋开玩笑似的说道。
“皇上，不是末将夸口，如果真如你所说，那败的那个人肯定是皇上。”蓝玉极为自信。“是吗？还没打，你怎么就那么自信你一定能赢？”朱元璋不解地问道。
“皇上有所不知，末将的军队只会听从未将的调遣。皇上你的命令，恐怕他们也未必肯听。”蓝玉自豪地说道。
“是吗？那我真要好好见识一下。”朱元璋将信将疑，同时蓝玉的话也勾起了他的好胜心。他决定要亲眼看看蓝玉的军队到底有多厉害。
第二天一早，在蓝玉的陪同下，朱元璋早早便来到了点将台。台下早已集结了若干士兵，他们一字排开，个个精神抖擞，枪明戟亮。一阵鼓声之后，蓝玉高居点将台挥动手中军旗。再看台下的那些士兵，无论怎样左右游走，前冲后突，阵形丝毫不乱。朱元璋看了心中不禁暗叹，怪不得蓝玉的军队谁见谁怕。蓝玉带兵果然不同凡响，自己亲自训练也不过如此。
操练完毕，蓝玉又领着二十多人来见朱元璋。“皇上，这几个都是我蓝玉的义子。看看不错吧？上了战场，他们个个可都是骁勇无比啊。”蓝玉笑道。
朱元璋忽然想起昨天蓝玉曾说起他蓝玉的军队只听蓝玉的命令，今天刚好见证一下这话的真假。于是对蓝玉的义子们说道：“诸位将军都是好样的，你们为我大明的江山出血流汗，我不会亏待你们的。你们先退下，我和蓝将军还有些话说。”
等朱元璋说完，再看蓝玉的义子们却丝毫没有动静。蓝玉也觉察出了不对，连忙大声说道：“退下！”
众义子得令，赶忙退到一旁。蓝玉赶紧向皇上说道：“皇上莫怪，这些将士听惯了末将的命令，一时不慎，还请皇上恕罪。”
“哈哈，看来我如果分你一半军队，果真和你交起手来，那我必败无疑啊！”朱元璋佯笑道，心中却是暗惊。这蓝玉的军队果然只听从他蓝玉的命令，有朝一日蓝玉若反，那可是太危险了，便更加坚定了要除掉蓝玉的决心。
洪武二十六年（1393年），锦衣卫指挥蒋献告蓝玉“谋反”，说他与景川侯曹震等公侯企图趁朱元璋出宫举行“藉田”仪式时，发动兵变。
于是，刑部在朱元璋的暗示下开始网罗蓝玉的“罪证”。当初乡里的一个染匠张仁孙供到，他们出征回家，前去拜见蓝玉，蓝玉对他们说，要举兵反明，让张仁孙等备好兵器，准备接应，如日后事成，都封他们大官。
一时墙倒众人推，状告蓝玉谋反者每天都络绎不绝。
在如山的“事实”和大刑面前，蓝玉不得不承认准备伙同景川侯曹震、鹤庆侯张翼、吏部尚书詹徽等在皇上举行“藉田”仪式时发动兵变，刺杀皇上，趁机谋反。
“我冤啊，我要见皇上。皇上最清楚我了，是你们私用大刑我才不得不招的。”蓝玉狱中一直不停地在喊。
吏部尚书詹徽喃喃自语道：“古往今来，冤死的人比活着的还要多。欲加之罪，何患无辞。君要臣死，臣不敢不死，只可惜我们临死才能真正明白这个道理啊。”
“朱元璋，你这个小人！我出生入死替你打天下，如今你坐稳了天下，就把我送进这大牢里来。老天不公啊！”蓝玉喊道。
朱元璋怕在行刑的路上出现差错，命人在狱中处死蓝玉，并灭其九族。
蓝玉一案牵涉一公、十三侯、二伯，连坐、族诛达一万五千人，史称“蓝狱”。朱元璋牢牢掌握了朝廷的军政大权，为了彰显君威，震慑世人，朱元璋特地下手诏，颁布了《逆臣录》，这一年朱元璋六十六岁。
胡惟庸案和蓝玉案被后世合称为“胡蓝之狱”。至此，朝廷之上的功臣们几乎被斩杀殆尽。
蓝玉死后，洪武二十七年（1394年）11月，朱元璋又找借口杀了宋国公冯胜，二十八年（1395年）2月，又杀了颍国公傅友德。这样，终洪武一朝，在明初开国功臣中，身为公侯而得以幸存的人仅有长兴侯耿炳文、武定侯郭英二人。
