黄巢起义被镇压后，节度使朱玫又起兵反叛，攻入长安，僖宗不得不再次出逃，神策军将领宋文通陪护僖宗往凤翔避难，并杀退了朱玫的追兵。后来朱玫为部将所杀，宋文通在保护僖宗回长安的中途遭凤翔节度使李昌符军阻拦，宋文通率兵奋力抵抗，将李昌符军全部歼灭。唐僖宗因宋文通护驾有功而封他为节度使，并赐他李茂贞之名，李茂贞自此开始割据称雄。
僖宗病重时，他的儿子年龄尚小，因此朝臣们一致拥护他的弟弟吉王李保为继位国君，只有宦官杨复恭主张封立僖宗的弟弟寿王李杰。寿王即是后来的唐昭宗，他与僖宗是一母同胞，曾多次陪同僖宗出逃，很受僖宗看重。杨复恭以立嗣之事上奏僖宗，这时，僖宗已不能开口讲话，只是微微点头以示赞同。
888年春天，僖宗诏立寿王李杰为皇太弟，监军国事。僖宗死后，李杰遵照遗诏继承皇位，更名为晔，是为唐昭宗。
龙纪元年（889年）昭宗即位，立志削藩。昭宗还是寿王的时候，就对宦官没好感；即位后，政事总是和孔纬、张溶等几个宰相商议。执掌军权的宦官杨复恭倚仗援立昭宗起过很大作用，十分骄横，总是乘坐轿子到太极殿。昭宗和宰相对此虽很恼火，但因他有兵权，怕他造反，不便立刻削权，便提拔杨复恭假子天威军使杨守立，企图通过杨守立削弱杨复恭的权威。
唐昭宗尚未来得及对付杨复恭，河东节度使李克用就擅自扩大地盘，向云州（今山西大同）发起了进攻。与李克用有矛盾的宣武节度使朱温，上表要求讨伐。唐昭宗因李克用在平定黄巢时有大功，犹豫不决，遂令群臣进行讨论。讨论的结果，除了张潜、孔纬之外，竟无人赞同，杨复恭反对尤烈。然唐昭宗终被张潜、孔纬说服，诏令削去李克用的官爵，以张潜为统帅，统领朱温等诸道兵，对李克用兴师问罪。遗憾的是，由于准备不足，加上诸道各怀己见，致使征讨遭到了败局。
李克用得胜后，上表指斥张潜，要求朝廷予以制裁。而杨复恭则乘机挟嫌报复孔纬。最终，唐昭宗不得不将张潜、孔纬贬为外官，恢复了李克用的官爵。张潜、孔纬外放后，向朱温求援。朱温上表为他们洗冤，言下之意罪在杨复恭。
得了朱温的声援，唐昭宗生出了铲除杨复恭之心。他以杨复恭谋反为名，命天威都将李顺节、神策军使李守节率兵，向杨复恭居住地进攻。杨复恭战败，率众逃奔兴元（今陕西汉中），以讨李守节为名，与他的义子们联兵对抗朝廷。唐昭宗用凤翔节度使李茂贞为山南西道招讨使，以其本部兵，向兴元进攻。杨复恭再度失败，逃往间州（今属四川）。
讨伐杨复恭的胜利，使李茂贞的名声得到了大幅度的增长，他居功自傲，上表的言辞极是傲慢无礼，且充满了羞辱性的指责，说唐昭宗“尊极九州，不能戮杨复恭一身”。
唐昭宗怒不可遏，决计征讨。宰相杜让反对，从小不忍则乱大谋的角度出发，劝谏暂不用兵。
然唐昭宗说：“王室日益卑弱，号令不出京师。朕不甘为懦弱之主，浑借过日。”
他强令杜让进行协调，并征调禁军，向凤翔开去。然由于这禁军是新募之兵，且多是长安的市井少年，在遭遇凤翔军后，一触即溃。
李茂贞挥兵向长安扑来，京师震动。唐昭宗不得已，以杜让做了替罪羊，将他赐死，让李茂贞以凤翔节度使兼山南西道节度使，这才阻止了凤翔军的深入。
李茂贞成了长安附近地区最大的诸侯后，派兵向闻州进攻。杨复恭及其义子杨守信、杨守亮等力不能敌，向河中逃窜，途中为华州〔今陕西华县）刺史韩建所获，被押往长安斩首。
在先后经历了对李克用、李茂贞两次用兵失败后，唐昭宗的威信已丧失殆尽，并逐渐沦落为诸侯们随意侮辱的对象。未出多久，邯宁节度使王行瑜会同李茂贞、韩建，各自领兵进入长安，将宰相韦昭度等人处死，并准备废黜唐昭宗，改立吉王李保为帝。陷入绝境的唐昭宗，向李克用求救。李克用出于政治发展的需要，立即率部向长安运动。时李克用部队的战斗力在天下名列前茅，王行瑜等不敢与其争锋，各自领兵退回了本镇。
李克用到达朝邑（今陕西大荔），击败了匡国节度使王行约。王行约退往长安，与其弟左军指挥使王行实大掠西市。李茂贞假子右军指挥使李继鹏，欲劫唐昭宗去凤翔。神策军中尉刘景宣与王行实闻讯，欲劫唐昭宗去邻州（今陕西彬县）。为争夺天子，左军与右军相互攻战，长安大乱。幸有勇悍的盐州（今陕西定边）六部兵驻扎在京师，为左右两军所惮，唐昭宗急令前来护驾，方将两军分别逼去了邻州和凤翔。
王行瑜、李茂贞各自领兵，复逼近长安外围，准备劫持唐昭宗。唐昭宗逃往南山莎城镇，催促李克用进兵。李克用进至梨园寨，击败王行瑜。李茂贞向李克用求和，并向唐昭宗上表请罪。由此，唐昭宗方得以在李克用的护卫下，返回长安。
待李克用返回河东后，李茂贞卷土重来，攻进长安，放火烧毁宫室、坊市。唐昭宗再度流亡，途中被韩建所得。韩建逼唐昭宗解散禁军，伙同宦官枢密使刘季述杀死了十一个宗室王。然后，韩建将受尽凌辱的唐昭宗送回长安。
然屡经患难的唐昭宗，其英气仍未被磨灭，与宰相崔胤密谋，诛灭以刘季述为首的宦官。可刘季述等人闻得风声，捷足先登，发动禁军进行政变，废了唐昭宗。有朱温为后台的崔胤，扶了太子李裕登位。崔胤表面与宦官妥协，暗中支持左神策指挥使孙德昭，进行了反政变，杀死刘季述及其党羽，再拥唐昭宗复位。
唐昭宗复与崔胤密议，欲诛尽宦官。枢密使韩全诲早有防备，拉拢李茂贞以固其势。崔胤为弥补力量，调朱温入京。朱温进入关中后，韩全诲挟持唐昭宗西往凤翔，投靠李茂贞，并向李克用求救。朱温击败李克用，兵围凤翔。李茂贞在强大的攻势下，被迫杀了韩全诲等宦官，与朱温议和。和议达成，朱温护送唐昭宗回长安，自己返回了汁州（今河南开封）。
从此，唐昭宗落到了朱温的手中，在他的遥控之下，成了傀儡皇帝。崔胤为让唐昭宗摆脱朱温的控制，在长安招募数千兵，重建禁军。朱温密令他在长安的代理人其子朱友谅，诛杀了崔胤及其集团成员。
随即，朱温亲自率兵进抵河中，强请唐昭宗迁至洛阳。已彻底成了孤家寡人的唐昭宗，听凭朱温摆布，离开了长安。
与此同时，朱温为摧毁唐帝国的象征，令部将张廷范拆除了长安的宫殿、衙门、民居，并用所得材料营造了舟船，载着唐廷的财货沿渭水顺流而下，占为己有。
到了洛阳的唐昭宗，英气犹存。朱温为杜绝后患，令心腹蒋玄晖予以解决。蒋玄晖得到指令，唆使牙官史太下手。史太领百人夜入宫内，杀死了在醉中惊醒，穿着单衣绕柱逃避的唐昭宗。
