当时主要有两种不同意见。一种是以1980年9月国务院体制改革办公室《关于经济体制改革的初步意见》为代表，认为我国现阶段的社会主义经济是生产资料公有制占优势、在国家计划指导下的商品经济；我国经济体制改革的原则和方向应当是按照发展商品经济的要求，把单一的计划调节改为计划调节和市场调节相结合、在国家计划指导下充分发挥市场调节的作用。这种主张是1979-1980年许多经济学家进一步研究取得的成果。在这以前，也有人讲过社会主义经济是商品经济，个别学者还讲过是新型的市场经济，但都是作为个人看法提出来的，影响不大。这个《初步意见》，则是作为国务院专职机构的意见，提到1980年9月中央召开的各省、市、自治区第一书记会议上来讨论的，所起作用就很大了。当时许多经济学家给以高度的评价，认为这是“理论上一个很大的进步”。可惜在当时担任实际领导工作的同志中间，这一改革思路尚未成为共识，未能被确定为政府的决策。
另一部分同志则不赞成上述意见。1981年4月，中共中央书记处研究室整理了一份材料，按照对计划和市场的态度，将经济学家划分为四类，我和林子力等人因认为社会主义经济应当是商品经济，强调市场调节而被划在第四类人中。从1981年第二季度起，有的同志公开批评社会主义经济是商品经济的观点，反对把“计划调节和市场调节相结合，在国家计划指导下充分发挥市场调节的作用”作为体制改革的指导方针。他们囿于陈旧观念，强调我国现阶段的社会主义经济是生产资料公有制为基础、存在商品生产和商品交换的计划经济。也就是说，商品生产和商品交换只是在一定范围和一定意义上存在，而从总体上看社会主义经济不能是商品经济而是计划经济。他们说，有计划商品经济的提法也不对，因为它的“落脚点仍然是商品经济，计划经济被抽掉了”。他们强调计划经济的基本标志是指令性计划，指令性计划是社会主义全民所有制在生产的组织和管理指令性计划，同社会主义制度不能相容。他们认为，1979-1980年国民经济调整计划受到冲击，原因就在于过分削弱了指令性计划，动摇了计划经济，过多提倡指导性计划和市场调节。
当时党和政府工作的注意力着重在进一步贯彻经济调整方针上面。1979-1980年，我们在扩大地方和企业自主权的同时，宏观调控未能及时跟上，调整计划连续两年未能真正落实。在这种情况下，中央决定进一步调整国民经济并要求在重大调整措施上加强集中统一的领导。当时规定基建投资要由国家计委统管起来；主要物资调拨计划必须严格执行；加强对银行信贷和企业发放奖金的控制，同时要求严格控制物价。在这种情况下，对于经济体制改革问题，中央倾向于继续以1979年初陈云同志的意见作为体制改革的指导方针。在1981年6月十一届六中全会《关于建国以来党的若干历史问题的决议中》提出：“必须在公有制基础上实行计划经济，同时发挥市场调节的辅助作用”。到1981年11月31日全国人大五届四次会议《政府工作报告》中再次强调，“我国经济体制改革的基本方向应当是：在坚持实行社会主义计划经济的前提下，发挥市场调节的辅助作用”。到这年12月下旬，在全国各省市自治区第一书记座谈会上，陈云同志把1956年在人大的发言和1979年初提出的设想概括为两句话，即“计划经济为主、市场调节为辅”，并在1982年春节重申这一提法。这个概括很快在党内流传起来。
我一直认为，“计划经济为主、市场调节为辅”的改革思路，在我国经济体制改革的初期，是起了积极推动作用的。它在行政指令性计划经济体制上打开了一个缺口，主张允许发挥市场调节的作用，为改革的起步开拓了道路。但是这一方针不应被当作经济体制改革的目标模式。因为它仍以行政指令性计划经济为主体，市场调节被限制在狭小的范围。当时我曾经想建议采纳体改办《初步意见》的改革思路，后来得知我这个意见已受到批评。
我虽然在思想上赞成社会主义商品经济论和计划调节与市场调节相结合、充分发挥市场调节作用的方针，但是，当时一方面我自己的认识还不深入，观点还不很彻底和坚定；另一方面，我是国务院的现职干部，尽管在内部可以提出自己的意见，但在公开场合，我有义务同中央保持一致。因此，从1981年下半年起，直到1984年十二届三中全会以前，凡是我公开发表的文章，都遵守中央的提法（包括《中国社会主义经济问题研究》一书的初版跋和修订本，都是这样做的，只有个别文章在后来发表时作了修改）。我的一些不同意见，只是在中央方针原则允许的范围内，以补充解释的形式提出来。例如我说为了坚持调整，需要加强计划管理，但是加强计划管理的方法需要认真研究，不要一提加强计划管理就又回到老路上去。我认为，过去两年我们的计划管理所以受到冲击，不是由于我们过分强调市场调节，而是由于我们还不懂得怎样利用经济的办法，把地方和企业的积极性引导到国家计划方面来。我强调对计划经济应当有一个正确的理解，不能像过去那样，把计划管理同利用行政手段管理等同起来，把计划调节同指令性计划等同起来。计划调节既可以利用行政手段，更重要的是要用经济手段，利用财政税收、银行信贷、价格等经济杠杆来进行调节。实行计划管理，既可以有指令性计划，也需要指导性计划。我在1981年11月写的《经济体制改革需要解决的几个问题》《计划管理体制改革的重要环节》等文章中，着重分析如何运用经济杠杆进行计划管理及其重要性。在1982年3月写的《关于计划经济和市场调节的关系》、6月写的《对经济体制改革问题的几点意见》中，我认为学会利用经济杠杆，逐渐减少指令性计划，代之以指导性计划，是我们今后计划体制改革的一个重要内容。
在上述认识的基础上，1982年5月我受命组织关于体制改革理论问题的讨论时，感到相当为难。这次讨论要由我来作动员报告，我必须表态，是赞成计划调节和市场调节相结合、充分发挥市场调节的作用呢？还是赞成计划经济为主，市场调节为辅？一方面，我在思想上倾向前一种提法，另一方面我有义务在公开场合遵守中央文件有关规定。这样，在5月4日所作动员报告中，我说过去三年大家在三中全会精神指引下进行的理论探讨，主流是好的，但也存在或多或少的片面性和缺点，主要是对社会主义经济是计划经济这一方面常常有注意不够的地方。报告中我对自己在1980年讲计划调节“大部分要通过市场调节来实现”的观点作了自我批评，表示“这个说法有毛病”。不过，我向大家提出一系列需要讨论的问题，而且强调讨论必须是健康的同志式的切磋。我讲了以后，有的同志私底下有意见，认为在计划经济与商品经济问题上，我不应后退。现在看来他们的意见是正确的。我当时在理论上的后退，有主观原因，当时自己对这一重大理论问题研究得还不深入、认识还不坚定。这次讨论持续四个多月，讨论中部分同志继续认为社会主义经济还是商品经济，指令性计划应大量缩减，改革的方向应是计划调节和市场调节相结合，充分发挥市场调节的作用。但是，这种声音比过去是减弱了。
当时国外不少国际友人和经济学家，对我国体制改革产生了怀疑，认为前两年我们强调商品经济和市场调节，而现在强调计划经济和指令性计划，看来方向是变了，要走回头路了。在1982年5月“中日经济知识交流会”的第二次年会上，以及7月份经济研究中心和国家体改委在莫干山同世界银行邀请的外国著名经济学家合开的“经济体制改革讨论会”上，不少外国朋友提出这类疑问。我在会上针对这类疑问进行了解释（如5月3日我作了关于《计划经济和市场调节》的发言）。我对两个不同的方针在理论上折衷调和，尽力自圆其说，同时我着重强调我国实际改革工作并没有后退，指令性计划范围仍在逐步缩小，指导性计划和市场调节的范围在不断扩大。现在来看，我当时在理论上自圆其说的解释是很勉强的，但是关于改革方向不会变、改革实践仍在继续前进的分析，却是符合实际情况的。
莫干山是我国著名的风景区，有翠竹千顷，景色宜人，剑池飞瀑最为幽胜。我早起散步游剑池，曾赋诗抒情：
幽谷飞瀑涤俗尘，
林泉深处养劳神。
文山会海无已付，
不如偷闲理经纶。
改革开放疑难多，
中外贤哲共琢磨。
莫道胸怀千顷竹，
老马岂能尽识途。
9月1-11日，党召开了第十二次代表大会。在这次代表大会上，邓小平同志在开幕词中阐述了“走自己的道路，建设有中国特色社会主义”的指导思想。大会提出为全面开创社会主义现代化建设新局面而奋斗的纲领，确定了分两步走在本世纪末实现国民生产总值翻两番的宏伟目标和战略部署。这是这次代表大会的重大成就。对于经济体制改革问题，大会强调在坚持国营经济的主导地位的同时，要发展多种经济形式；在总体构思上仍规定要贯彻计划经济为主、市场调节为辅的原则，而在具体设想中则采纳了对许多产品和企业要实行指导性计划的主张。在政治报告中虽然要求在较大范围内保持指令性计划，但同时指出：“由于我国还存在着多种经济形式，由于对社会的各种复杂需求和大量企业的生产能力难以作出精确计算等原因，除了指令性计划之外，对许多产品和企业要实行主要运用经济杠杆以保证其实现的指导性计划。”“至于各种各样的小商品……可以让企业根据市场供求的变化灵活地自行安排生产”。由于大会在计划和市场问题上有所前进，所以十二大以后我国经济体制改革是继续向前发展的。
我们国家从行政指令性计划经济体制转向社会主义市场经济体制，这是一个很艰难的大转变。我们的认识不可能一步到位，必然会有一个过程，有发展也有曲折，有前进也有停滞。但是综观十多年的改革进程，在我们党的改革开放总设计师邓小平指引下，党的领导十分坚强，我们的认识在实践基础上是逐步前进的。尽管认识有先有后、利益调整中有得有失、对改革方法和途径也时有不同意见，但是通过实践探索，能够比较和谐地逐步取得共识，在政治上保持安定团结，这是迄今我国改革开放发展中的一大优点。
十二大闭幕以后，在9月25日，我根据十二大精神，对这次从5月开始的理论讨论会作了总结性发言。我说：十二大胡耀邦同志的报告，实际上对我们前一阶段理论讨论作了总结。作为一般性理论讨论现在可以告一段落，下一步我们要把重点转到专题讨论上来，特别是要着重研究如何推进计划体制以及财政税收、银行信贷、物价和劳动工资等方面的体制改革。因为指导性计划主要是靠财政税收、信贷利率、价格等经济杠杆的运用来实现，在经济杠杆未能正常发挥作用之前，是无法实现指导性计划的。进一步推动改革，要求我们尽快健全间接宏观调控必须运用的经济手段。在十二大以后，我们经济研究中心就把研究的重点，放到计划、财政、银行、物价、外贸等方面体制改革的近期可行措施上。
在1983-1984年，经济研究中心对当时推进计划体制改革的可行措施作了研究。过去，我们全面推行指令性计划，连生产队种植什么、种植多少也由上级指令规定。经过前几年改革，农业生产指令性计划基本上已经停止，扩大了生产队和联产承包农户的自主权；在工业生产方面，指令性计划范围也有所缩小，不但把许多种小商品的生产和流通改由市场来调节，而且其他一部分消费品生产和流通也在逐步放开，部分企业在一定程度上开始面向市场需要自主经营，促进了生产，比过去能更好地满足市场需要。但是在当时，市场价格体系很不合理，税收又不健全，银行停留在旧体制状态，国家间接宏观调控体系基本上尚未建立。针对这种情况，经济研究中心强调，在继续逐步缩小指令性计划范围的同时，要大力加强间接调控体系的建设。我们建议：第一，计划部门不要把主要精力放在下指标、批项目上，而应放到整个国民经济的宏观调控上，着重抓好经济发展的战略部署和主要比例关系的综合平衡，特别是要严格控制积累基金和消费基金的增长，使生产资料和消费品的需求量和供应量保持平衡。计划管理的重点由微观转向宏观。第二，要尽快学会利用经济杠杆、利用经济手段来进行间接调控。要加快财政税收、银行信贷、价格体系的改革，我曾指出：“改革计划管理体制的关键，首先是善于利用价格、税收和银行信贷等各种经济杠杆手段，正确利用价值规律”。第三，要改革条块分割的计划管理体制，加强部门间、地区间横向经济联系的协调工作。旧计划管理体制的特点之一，是按条条（部门）和块块（地区）进行纵向的封闭的管理。它经常人为地切断部门间、地区间传统的经济联系。为了适应发展商品生产和商品交换的需要，计划部门应当站在改革的前列，主动冲破条块分割的障碍，加强横向经济联系的协调工作。以上这些设想，我在1984年4月在福州召开的“全国指导性计划讨论会”上的发言中再次作了论述，强调计划管理体制要改，宏观方面要管好，微观方面要放活。我说：“在把企业放活以后，怎样用新的方法来加强宏观控制？”“关键是抓两条：一条是要善于利用经济杠杆，一条是要加强横向的经济协调”。
在这期间，我们很重视研究当时财政税收体制的改革问题。从1980年开始，财政部推广江苏省财政包干制的经验，实行中央、省、县三级“分灶吃饭”制度。各种税收由地方统一征收，按规定比例逐级上缴。同时去财政收入全部向上缴、财政开支全部向上要、与“吃大锅饭”的制度比较，是一个进步，提高了地方政府收税的积极性。但也有弊病，例如，1981年国务院决定提高烟酒税率，原是“寓禁于征”，结果各产烟叶区反而争办小纸烟厂，很多县也争办小酒厂，使生产名牌烟的大工厂缺乏原料，被迫减产。小纸烟厂用优质原料制造劣质产品，造成很大的浪费。经过调查研究，我指出这是“分灶吃饭”、产品税由地方征收所产生的结果。产品税对调整产业结构、产品结构有着重要作用，需要发展的产业，产品征轻税或免税；需要限制的产业，产品征重税。但是在“分灶吃饭”的情况下，产品税都归地方征收，征税人就是纳税人，重税产品使地方财政收入增加，原想要限制生产，结果反而变成鼓励生产。我认为，为克服这种弊病，高税产品的产品税必须直接上缴中央，否则提高税率不能达到调节生产的目的。1982-1983年经济研究中心邀请财政部的同志来研究这个问题。当时财政部的同志怕取消“分灶吃饭”会影响财政收入，主张财政体制必须改由中央管理为中央、地方分级管理。我指出财政的分级管理，要划分税种（如重要产品的产品税）应当由中央统一征收；有些税种（如所得税）应当归地方征收。同时要划分财政开支的分级管理。这种后来被称为“分税制”的办法，才是正规的财政分级管理制度。过去中央统一征收，地方从中央的从锅里打饭吃是不对的；现在地方分别征收，中央到地方的小锅里打饭吃也是不对的。在实行“分灶吃饭”以后，地方财政收入增加，财政有结余；中央的财政收入减少，有相当大的赤字，这种情况也应改变。经过反复讨论，财政部逐渐采纳我的意见。1983年国务院决定改“分灶吃饭”为划分税收，并实行了“利改税”（因为过去是上缴全部利润，现在改为按税率征所得税）。利改税后，财政体制改革前进了一大步，但因价格没有调整，按同样的税率征所得税，各行业苦乐不均。所以对因价格偏高而盈利多的行业或企业加征调节税。税制改革并未彻底完成。几年后又走回头路，改成逐级承包制度，对此我曾几次提出意见。
