国民党在新疆的人员，分为两派，大部分反对盛世才，但也有个别人与盛世才等拉拢关系，想方设法跻身其中。省党部委员林伯雅，就认为盛世才在新疆可以长治久安；为了在新疆谋求长久的利禄，他首先通过“邱家”门路与邱毓熊过从甚密，沆瀣一气，并经常到“明园”探望邱宗浚，拜邱宗浚为“干爹”，与邱毓熊拜干兄弟。4月4日儿童节，林伯雅在《新疆日报》发表《告小朋友》一文，其中写道：“你们要拥护盛督办建设新新疆，把盛督办当做你们的父亲，把邱院长当做你们的母亲。”“末署”你们的大兄弟大朋友林伯雅。
林伯雅与邱毓熊的来往也为邱毓熊所乐意接受，因为邱正好可以从林伯雅这一来往，使林受到国民党人普遍的讽刺挖苦、引为笑柄，尤其遭到张志智的攻击，使其内部矛盾日趋激烈。但这种攻击，反而更增加林伯雅与邱毓熊之间的往还。在林伯雅看来，只要得宠于盛世才，就可以在新疆扎下脚跟；别人叫嚣，在盛世才的严密控制之下，都将无济于事。可是，盛世才一切以维护个人统治权益为前提，勾结，拉拢，倚重，都不过是适用于某种形势下的权术而已。当他逮捕和严刑逼问国民党人时，林伯雅也没有免遭皮肉之苦。
“程东白案”发生后，黄如今等更感到新疆局势日益严重，忧心忡忡，但是，谁都没有想到，盛世才早已布置好圈套，要把他们一网打尽。
1944年夏，苏德战场上，苏军反攻胜利。斯大林格勒不但没有失陷，而且红军将德军驱至东欧。在中国战场上，日军跨过湘桂，直捣贵州，国民党军队不战而退。“由国际局势之发展而中国局势之发展而新疆局势之发展”，这是盛世才观察时局的三段连环逻辑；他认为苏联又将强大，国民党又将削弱，于是反复无常的本性又和盘暴露。
盛世才本想借国民党的势力维护其封建割据统治，但自国民党入新后，人数逐渐增多，势力日渐强大，与其部下的矛盾日益尖锐。他知道，国民党对他是表面笼络，暗中排斥，最后是取而代之；因而当国民党直接威胁到他的政权时，就又拿出制造阴谋暴动案以排斥异己的故伎，把国民党人拨入“阴谋暴动”的大排挡而要施行手术。他首先制造“程东白案”，利用严刑逼供，迫使这些人承认与黄如今勾结，推翻新疆政权，在口供齐备以后，接着制造了“黄、林阴谋暴动案”，开始了对国民党人的大逮捕。
1944年8月11日。盛世才指使警务处长李英奇，出动黑色汽车至省党部委员宿舍，以“督办请你们召开紧急会议”为名，将黄如今、张志智、童世荃“请”到监狱，同时又逮捕了林继庸、林伯雅、周明。汽车到外交特派员公署“请”苏联科科长丁慰慈时，丁感到可能是逮捕他，于是对特务说：“我打电话问问督办，是不是真找我去开会！”盛世才这时正坐在新大楼里等待李英奇的汇报，当即答复说：“你来吧！”
8月12日，黑色汽车继续出动，忙前忙后，满城飞奔。迪化县党部书记长邱明诚，携带毛巾牙刷准备就捕，四处乱跑，旋亦入狱。
盛世才还准备逮捕预七师师长李禹祥，以打击国民党在新疆的武装。他打电话邀约李禹祥前去谈话，李禹祥早已有了准备，答复“有病”，避而不见，并且在老满城加强了戒备。
中训分团指导员余航，看到同伙纷纷被捕，一时气愤，直接打电话给盛世才，严词责问为什么将这些人逮捕，并说：“要抓也把我抓去。”盛世才不予答复，旋即驶来一辆小汽车，将余航逮捕。
国民党人共计被捕100余人，几乎被一网打尽。其他国民党人员，有的逃往老满城预七师师部，有的藏于监察使署。
督办公署参谋长汪鸿藻携带盛世才的亲笔信，前往监察使署，会见监察使罗家伦。罗以为是来逮捕他，吓得惊慌失色。汪鸿藻出示盛世才的信札，告以一批国民党人中的共产党分子企图阴谋暴动，推翻新疆政权，已予逮捕，并出示名单，称：此事有关监察部门，因此必须向监察使说明备案。
国民党人根据汽车出动的迹象，知道情势严重，纷纷以电话联络，问：“某人在否？”对方回答：“不在”，就知道已经被捕。国民党人自知盛世才控制严密，插翅难飞，人人自危，各自焚毁来往信件，整理行装，随身携带狱中用品，准备随时入狱。未被逮捕的国民党人和已被逮捕者的家属，群龙无首，惶恐终日，纷纷前往监察使署探听消息。罗家伦自己也毫无主张，徘徊左右，张皇失措，似乎大难临头，唯有坐以待毙。迪化全市，人心惶惶，风声鹤唳。一般人士看到盛世才连这些国民党中央派来的要员都敢逮捕，预示着盛世才将会与国民党决裂，新疆的前途未卜，也可能发生一场战争，传说纷纷，莫衷一是。
接着，盛世才又逮捕了属下一二八师师长柳正欣、暂三师师长汤执权、骑十一师师长吴熙志、骑一师师长崔颖春，以及省直机关负责人、各区专员和县长、警务处的特务等等，总计约有1500余人。
8月12日当天，盛世才通知迪化各机关负责人到西大楼开会。会议由汪鸿藻主持，伪称盛世才有病不能出席。汪向会议报告迪化发现“大阴谋暴动案”，已予破获逮捕，并宣读被捕人员名单，嘱咐各机关人员，安心工作，提高警惕。
国民党人刚到新疆时，对盛世才制造的“阴谋暴动案”都深信不疑，到1944年6月在督办公署大院内逮捕大批学生时开始半信半疑，等到“黄、林案”发生时才恍然大悟，原来这些所谓阴谋暴动案就是这样制造出来的。
盛世才控制着全疆的电讯，中央通讯社迪化分社乃将事件的详细经过报告总社。重庆顿时盛传迪化发生政变，重庆派往新疆的工作人员悉数被捕，但对盛世才的意图，却茫无所知。盛世才在一切布置停当以后，也电告蒋介石，称黄如今、林继庸等均系共产党，勾结苏联和地方不法分子，于1944年起即展开秘密活动，企图阴谋暴动，夺取新疆政权。暴动的主谋是黄如今、林继庸二人，张志智负责组织策划，童世荃负责宣传，印币厂厂长祁化成负责经济，与苏联领事馆的联络人是外交特派员公署苏联科科长丁慰慈，现已将人犯全部逮捕。蒋介石获电后，即召集智囊会商，但因对新疆情况无从了解，遂派第八战区司令长官朱绍良和中统局负责人徐恩曾（公开职务为交通部长）前往新疆处理。
盛世才制造假案的办法从来都是：先拟好全部案情，然后以严刑逼供，叫一些“胁从”角色按案情写出口供，再以这些口供为“人证”，按图索骥，用严刑叫“首要分子”按案情写出口供。这样就构成一个完整的假案，口供一致，“铁证如山”。
黄如今等入狱后，立即遭到刑讯。开始，他们当然不会承认是共产党，但在严刑之下，黄如今被伤了腿骨，林继庸被折断了指头，林伯雅被戴过铁头箍，丁慰慈的手掌被打烂后又遭到刀剪，最后都不得不“屈打成招”。张志智当然成为主要打击对象，因其是反对盛世才的强硬派；但是，张志智在狱中态度依然强硬，与审判官口辩舌战，虽屡受酷刑仍然拒绝写出口供，因而当时被称为是“有气节的硬骨头”。
8月中旬，朱绍良自兰州飞抵迪化。行前，他已知道迪化对外电讯中断，所以携带电台一部，可随时与蒋介石直接通报。朱绍良，徐恩曾下榻于督办公署东花园。盛、朱、徐三人会审，除张志智一人外，其他人都不敢翻供。朱绍良经常徘徊到深夜，冥思苦索，可知与盛世才之间的分歧与谈判的棘手。
朱绍良返回重庆，带去盛世才给蒋介石长达19页的亲笔函件，及“黄、林案”的全部案情和口供。罗家伦害怕大难临头，借故和朱绍良同机飞往重庆。
盛世才在给蒋介石的长函中，历述其为“保障新疆永远为中国领土”的苦心，然而黄如今等共产党人竟勾结苏联进行阴谋暴动，将他们逮捕，实出于万不得已。黄如今等的阴谋，经过长期调查和审讯，证据确凿，无可讳言。
蒋介石看了盛世才的信，当然不会相信黄如今等是共产党。他知道这是空穴来风，是盛世才制造的借口，目的是将国民党势力挤出新疆，他也知道盛世才是一个反复无常的野心家，早有取而代之的打算，这也是他对所有军阀的一贯态度。如果让盛世才继续留在新疆，那么他只有将黄如今等这批人调回重庆，暗中释放。这样，以后就没人再敢到新疆去了，而新疆则仍然为盛世才所盘踞，再打进去就十分困难。唯一的办法是借此机会将盛世才调走，其他问题都可以迎刃而解。于是，蒋介石一面让朱绍良返回新疆与盛世才谈判，一面自河西抽调部队源源西进，以政治和军事的双重力量，内外夹攻，迫使盛世才离开新疆。
8月底，朱绍良再抵迪化，携带蒋介石给盛世才的复信。信中对盛世才的一番“苦心”倍加慰勉，为顾念其在新疆的多年劳苦，准备将其调往内地，任农林部长，并嘱与朱绍良商谈。盛世才接到此信，大出意外。
盛世才制造“黄、林案”不是一时冲动，而是经过了长期酝酿与周密布置。过去，他感到联共威胁到他的专制统治，打算排除他们，就给他们栽上“托派”的罪名，报告斯大林，结果斯大林就把这批人撤回苏联。这次，他又利用这种手法，把黄如今等说成是共产党，以为蒋介石也会把他们押解重庆，那么就可以借机把国民党势力扫出新疆。可是，他没有想到，蒋介石来了个调虎离山之计，把他调往内地。
盛世才当然不会轻易放弃在新疆的地盘。他知道回到内地，不论担任什么职务，都是徒有虚名，而且他在新疆杀了那么多人，一旦手里无权，这些人的亲属必然要对他进行报复。因此，他又打算以排除国民党人为条件，再度依靠苏联，派汪鸿藻携带他的亲笔密函与苏联驻迪化总领事馆联系，希望能得到苏联政治和军事的援助，同时命令粮服处准备一年的粮米，必要时不惜与国民党兵戎相见。但是斯大林对盛世才的反复无常已深恶痛绝。苏联驻华大使潘友新曾对蒋介石秘密表示，苏联不会再支持盛世才。因此蒋介石以胡宗南的部队驻扎河西走廊，以实力为后盾，决心把盛世才调出新疆。盛世才的部队将领柳正欣等都已经入狱，其余左右又不敢和国民党较量。他陷于众叛亲离，进退失据，四面无援，手足无措的孤立境地。前有压力，后无退路，如果再顽抗下去，恐怕连个农林部长的下场也将会被断送。盛世才权衡轻重，只有走是唯一的出路，还可以落得一个比较圆满的下场，不至于狼狈不堪。
盛世才作出最后决定，接受蒋介石的命令。蒋介石撤销新疆边防督办公署，任命吴忠信为新疆省政府主席。
国民党中央社公布了中央任命盛世才为农林部长，由朱绍良暂代新疆省政府主席的消息。《新疆日报》电讯室抄到这份电讯，忽然接到盛世才亲自打来的电话，叫电讯室主任张汝明携带此项电报立即去督办公署。盛世才面示张汝明：“未经我的许可，不得告诉任何人，否则你要负全部责任！”张汝明吓得一身冷汗，把电讯藏在身上，不敢给任何人看。9月1日，盛世才再来电话，告张汝明，是项消息，务须明日见报，并嘱写一社论。9月2日，《新疆日报》以大字标题刊载了这一重大新闻，还发表了一篇官样文章的迎新送旧社论，把盛世才在新疆的政绩吹捧了一番。
新疆人民听到盛世才下台的消息，噩梦初醒，惊喜若狂。盛世才在新疆的权势，瞬息之间，一落万丈。十余年来，新疆人民在盛世才残酷统治之下的敢怒不敢言如乌云散尽，现在都敢于讲话了。迪化全市都纷纷谈论盛世才的阴险狠毒，被害者的家属在街头公开怒骂哭诉，畏避逮捕的各族人民也出头露面。人们将多年淤积的愤怒宣泄出来，泼洒出来。盛的妹夫彭吉元就在街上被人狠狠地揍了一顿，盛的亲信以及潜伏在各机关的警务处特务纷纷遭到攻击。
盛世才在离开迪化之前，焚毁文件，杀人灭口，处决了狱中人犯100多人。盛命令李英奇以部队包围第二监狱，然后浇些汽油，将第二监狱全部焚毁，如有人犯逃跑，则以机枪扫射。其弟盛世骥说：“这批人必须斩尽杀绝，否则他们出狱，都将是我们的死对头。”李英奇准备下手之时，被狱中的工犯苏上达发觉，设法以电话报告驻老满城的预七师师长李禹祥。李禹祥电话警告盛世才：“如果火烧第二监狱，你盛世才也要遭到火烧。”盛世才慑于国民党的势力，而调任农林部长的消息业已公布，因而未敢火烧第二监狱。
盛世才在《新疆日报》发表《告新疆同胞书》，历述帝国主义的野心与新疆多次的阴谋暴动案，为了保护新疆永远为中国领土，十余年来，与帝国主义及其走狗斗争，费尽心机，今因多年劳苦，身心憔悴，不克胜任如此重任，乃辞卸各职，赴首都听命，唯愿新疆同胞，仍继续提高警惕，保卫神圣的领土，建设富强的国家。邱毓芳也发表《告新疆妇女同胞书》，内容略同。
