清代，最高统治者采取重佛抑道的政策。乾隆时，降正一真人的二品官阶到五品，禁止其差遣法员传度；限制天师职权，只准许他统驭本山道众。但是清朝统治者仍然继续利用民间道教，作为维护其统治的补充。所以兰州地区在佛教呈现兴盛局面的同时，民间道教仍然流行，而且涌现出很多宗教高人，其中最著名的为兴隆山道士刘一明。
刘一明（1733—1821年），清代著名内丹家。号悟元子，又号素朴子、披褐子、南台子，祖籍山西曲沃，早岁出家学道，遂成为清代著名道士，是甘肃唯一列入《宗教辞典》和《辞海》中的道教人物。据《中国道教（第一卷）》介绍，刘一明是龙门派第十一代传人。其所著《会心内集》自述云：年十七（乾隆十五年，1750），身患重病，百药不效。次年赴甘肃南安养病，愈医愈重，喜遇真人赐方，沉疴尽除。十九岁外游访道。二十二岁西游陇上，至兰州榆中兴隆山，遇道士龛谷老人，加之爱兴隆山山水之佳，遂皈依而结庐定居，学道修行，著书立说。此后，为求参证，居京师四年，河南二年，尧都（今山西临汾县南旧平阳县，为古之尧都）一年，西秦（今甘肃靖远县）三年，来往不定者四年。十三年间，三教经书，无不细玩。然于疑难处，总未释然。乾隆三十七年，复游汉上，又遇仙留丈人，经其指点，十三年疑团始被解释云云。后半生一直隐居甘肃榆中县栖云山、兴隆山修道，设坛传教，著书立说，成为晋、陕、甘、宁一带颇具影响的龙门派道士。
刘一明幼习儒学，“志图功名”，博览群书，尤好技艺，医卜星相、地理书画，皆在留心。定居兴隆山后，见兴隆山庙宇建筑经明末战乱，已残废败落，于是遍历兰州、临洮，广为募化，在金县（今榆中）把总林启明支持下，筹集资财，于乾隆四十四年（1779年）组织人力修建，历经十余载苦心经营，建成殿、阁、楼、亭62座。又将募化资金购置田地出租，以供寺观修缮之费，并设置义冢地。从此隐居寺中，潜心研究易学、医学和道家经典，著书立说，刻版印刷。其著述均在自己创办的栖云山刻坊刻印。修道期间，经常到金天观等处挂单讲学，阐扬道理，对兰州道教文化发展做出了巨大贡献。
刘一明精通内丹、《易》学，兼通医理，撰著有《周易阐真》《悟真阐幽》《修真辨难》《象言破疑》《修真九要》《阴符经》注等，以发挥内丹之道。后被辑为《道书十二种》，流传颇广，为清代内丹学一大家。又撰有医书《沙胀眼科》行世。其内丹学具有浓厚的三教合一思想。其《指南针序》以中正之道为“贯通三教之理”，谓中正之道“在儒谓之中庸，在释谓之一乘，在道谓之金丹”。他撰《周易阐真》《孔易阐真》，以易学论金丹，以金丹释儒门易学，故其内丹理论中，颇多融合儒释、特别是理学思想的言论。
刘一明对内丹学的阐发颇为全面，主张性命双修，循序渐进。分丹法为上中下三等，分药物为内外，谓内药生于自身，为元性，外药乃虚空中真一之气，为元命，并采理学之说，谓性分天命之性与气质之性。对《参同契》《悟真篇》《阴符经》等的注疏有独到之处，对火候的分别尤称细微，但其说较伍柳一派为隐晦。（引自《中国道教（第一卷）》）在刘一明等宗教大师的推动下，兰州宗教文化有了长足发展。
清代的宗教建筑十分兴盛。兰州现存寺庙道观大多是在清朝时期所建或者重修。如康熙时重建嘉福寺、重修隍庙、普照寺等，新建白云观、白衣庵等。据粗略统计，清末，今兰州市境内建有各类宗教建筑238处，90%以上建于明清时期。
兰州府城隍庙位于今兰州市张掖路中，始建于金承安元年，即南宋庆元二年（1196年），元、明、清历代重修，现为“兰州市第一工人俱乐部”。古建筑群现为甘肃省重点文物保护单位。城隍庙现占地11050平方米，古建筑面积4730平方米。平面布局为典型的中轴线对称型，座北朝南，原一进五院，大门与戏楼之间为第一进，两侧为回廊、花圃，戏楼北望享殿之间为第二进，东、西两侧为看楼、钟鼓楼，享殿后面为正殿，享殿与正殿间构成第三进院落，三进院落两侧为兰州府属六县之城隍木主，并建长廊绘纪信将军荥阳捐躯救刘邦与“地狱、烧、舂、磨”等壁画。正殿后为城隍寝宫，正殿与寝宫间为第四进院落，寝宫与后门构成第五进院落，五进院落两侧为眼光、痘疹祠以及假山、凉亭等。历史上的兰州府城隍庙建筑群是一组气势恢弘、布局严谨的古建筑，原为忠烈侯坊，后为兰州府城隍庙，祀西汉名将纪信为城隍。
白云观，位于旧城廓外西北隅，雷坛河与黄河汇合之东侧，今滨河中路。兰州市级文物保护单位。现为省、市道教协会驻所，亦为兰州市道教最大道场。据陈墉《白云观碑记》载：“嘉庆以来，吕洞宾屡次凌波徐行于白马浪上，以至万目共瞻。”清道光十七年（1837年），陕甘总督瑚松额应世人请求，“卜城西北隅，大河之浒，辟地树宫”，于道光十九年（1839年）完工，名曰“白云观”，又名“吕祖庙”，并列为地方祀典，以祀奉八洞神仙纯阳真君吕洞宾。昔日白云观建筑群规模恢宏，布局严谨。平面呈中轴线对称布局，坐南朝北，与黄河北岸昔日金城关遥相对应。中轴线上由北至南建山门、戏楼、望河楼、钟鼓楼、前殿、中殿、后殿，周建回廊。此外还建有云水堂、八仙阁、潇洒轩、鹤鹿亭、聚仙亭、群仙楼、来仙轩、四照亭、迎仙桥等，形成东、西道院。现存山门、戏楼、钟鼓楼、前、中、后三大殿及部分厢房、道舍。
白衣庵，俗名“稍门寺”，位于旧城通远门外，现兰州市畅家巷。为兰州市佛教协会尼僧住锡使用并保护。现为兰州市级文物保护单位。该寺始建于清道光二十七年（1847年），光绪年间重修。现残存大殿、配殿各一座，厢房四间及部分零散平房，占地600余平方米。大殿内设佛龛，内壁供白衣大士观世音菩萨像，面目慈悲，木雕龛檐，上书“南无阿弥陀佛”，字体斗方，刚劲有力。另有楹联一幅，内容为“夜月千江天地晓，秋花一树镜台空”。
伊斯兰教在中国旧称大食法、天方教、清真教、回教等。7世纪中期，伊斯兰教传入中国。清代是兰州伊斯兰教的兴盛时期，西关、桥门等处的清真寺大多建于清代。
据马通在其《丝绸之路上的穆斯林文化》一文中介绍：清真寺是穆斯林的宗教活动场所和文化艺术标志，也是学习伊斯兰教经学的学校。中国清真寺的建筑形式以宫殿式为主，有些也吸收了阿拉伯的建筑艺术风格，特别以拱顶和尖塔最为显著。清真寺基本上由大殿、经堂和水房三部分组成，大清真寺多建有八角或六角形的飞檐式“邦克楼”，高数层；小寺多为二层拱顶式“邦克楼”。礼拜大殿是清真寺的主体建筑，较大的寺多为宫殿形式，飞檐凌空，雄伟古朴，清净庄严。殿内无任何陈设，正西墙为窑殿，或有一方0.5米深、2米高的“米哈拉布”凹壁，标志着礼拜的朝向，领拜伊玛目站在此处率众礼拜。西北角有一木制小阁楼，称“呼图白”楼，有小木梯，放有一木拐杖。殿内均为木质地板，并置有拜毡或地毯。经堂，就是学习伊斯兰教经典的经文（阿拉伯文与波斯文）学校。水房是净身之地，每个清真寺都有。
西关清真寺位于临夏路中段解放门广场东侧，清康熙二十六年（1687年）建，雍正年间扩建为“海乙寺”。为中国传统的宫殿式建筑，布局严谨，建筑美观。占地面积约7000多平方米，主要建筑有外院大照壁、沐浴室，内院拜克楼、礼拜大殿，北院学房、宿舍等。
寺大门坐北朝南，朱红门，上垒叠数百块大小木坊，四檐飞翘，中脊高起，门顶雕莲花、葡萄等。进大门，西侧为砖照壁，上雕九龙，斗拱屋檐，上布蓝色琉璃瓦，壁座及屋檐雕花纹；花姑、须弥座以及斗拱屋檐上都置砖雕，以之与佛教、道教宫殿建筑多使用黄绿色琉璃瓦与雕刻人物相区别。砖砌大照壁为伊斯兰建筑之精品，是中国伊斯兰教建筑中最大的照壁之一。东侧为三座砖门，与照壁对映。二门更为雄壮，多姿，墙上以阿拉伯文组成圆形、三角形、其他几何线纹及各种石榴、佛手、桃杏之类的集织砖刻。拜克楼与礼拜大殿为中国宫殿式建筑。拜可楼高4层，仿宫廷建筑的“金水河”手法，建有水池与桥，“小桥流水”，颇有园林风味。下层平面方形，兼作大门之用，上层六檐，用6根大柱贯通上下，有4根为垂柱（吊柱），上层不用柱，用厚木坊叠起，中开壶门，枋上安三跳的特殊斗拱，四壁周围栏杆，每层楼上下贯通，形若天井。最上层正前悬挂寸楷书“省心楼”大匾。过省心楼小桥，即为礼拜大殿，单檐，斗拱重昂。显要处悬挂历代名人所题匾额。四间门面皆装雕棂方窗，刻各种图案，殿顶布绿色琉璃瓦，屋脊竖铜制宝瓶3个，置陶塑二龙戏珠，珠为红色，金光耀眼，传为稀世珍宝，日本人曾试图以百万两白银购买，遭当时回教教育促进会会长马麟拒绝，后不翼而飞，下落不明。大殿与拜克楼和二门之间以穿廊相连。大殿北侧跨院，内有小院3个，为阿訇、满拉住所，兼做学习阿文、授课之用。临街建铺面25间，内有水井三眼，俗称“三眼井”。20世纪60年代，甘肃省人民政府公布为省级文物保护单位，“文化大革命”中拆毁。
兰州桥门清真寺始建于清康熙六十一年（1722年），为兰州鲜门拉义布刘伯阳主持修建。桥门寺连卷棚、大殿和后窑殿于一起，全部采用重檐歇山式和带斗拱屋顶，气魄宏大，国内少见，是我国古代建筑中难得的珍贵建筑。卷棚高大华丽，在国内古建筑中罕见。卷棚内大量使用垂莲柱（亦称垂柱），柱头饰以各种花样，富有民间艺术特色。大殿进深5间14檩，为了使内部宽敞，使用“减柱移柱”手法，只用4根金柱承担上部重量，且金柱向左右推移。礼拜殿之后窑殿外部使用周围廊的做法，给人以“余意不尽”之感，同时也显示清真寺礼拜殿内无佛教、道教的建筑内容。大殿隔门、阿訇院楼房栏杆、大殿卷棚及后窑殿内栏杆等，均为我国小木作中难得之精品。
光绪二十八年（1902年），英国基督教内地会在兰州城区山字石修建的基督教堂，占地980平方米，教堂高3层，建筑面积642平方米。砖木混合结构，墙体内部为土坯，内加木柱支撑，外部为青砖照面，木屋架，木桁梁。教堂大门为挑檐式屋面，檐下有砖雕砌筑，半圆大门顶镶砖雕，两开光亮大门。
明清时期兰州的各类宗教建筑，有相当一部分是因地方官员和当地士人捐资、主持、设计建造的。如五泉山的宗教建筑大多是清同治十三年（1874年）后陇上名人募捐所建。尤以刘尔炘为甚，他不仅募集资金，还亲自规划，且将儒家文化引入，使五泉山成了儒释道三教合一的近代园林，保存兰州的宗教思想文化做出了贡献。
士人文化与宗教文化的交融，有力地推动了宗教文化的发展。宋代以后，儒道释为格局的文化思想形成，对兰州社会产生了重大影响。明清时期，兰州士人为了有助地方教化，充分利用宗教场所和宗教建筑这一载体，在阐扬宗教文化的同时，大力宣扬儒家思想。一方面，在募捐资金建设宗教建筑的同时，建造供奉儒家理念上的典范人物的庙宇，如孔子、关公、岳飞、纪信、阿桂、左宗棠、肃王妃等，对文庙和武庙的建筑特别普遍，几乎到了县县有文庙，村村有武庙的状况，而且在很多寺庙里也都塑有关公塑像，以宣扬其忠、信、仁、勇的儒家标准；建岳飞祠以宣扬其忠君爱国的儒家观念；城隍庙以纪信为城隍，以表彰其荥阳舍身救主的忠烈；为肃王妃立庙，以嘉其节烈，这些都是儒家的理想人物，借宗教形式予以宣扬。另一方面，通过在宗教场所和宗教建筑上绘画、题诗、悬挂楹联等方式，在阐扬宗教教义的同时，宣扬儒家思想。如刘尔炘在五泉山望来堂题联：“从图书内察古今治乱兴衰，救世经纶全在道；为天地间衍圣哲精神命脉，后贤责任重如山。”在五泉山太昊宫秦子祠题联：“衍圣门十六字薪传，泗水被春风，同起秦州尊鼎足；辟陇右二千年文化，兰泉流教泽，聿新庙貌壮金城。”（秦子，孔子弟子，名祖，字子南，今天水市人。）唐琏在关帝庙的题联“熙朝帝，汉室王，忠扶万年社稷；大学诚，中庸慎，志存一部春秋。”刘一明在桥门清真寺的题联：“古兰载正道，护国佑民思波远；圣谕劝佳行，正己化人德泽长。”随便举几个例子，就可看出兰州士人文化对宗教文化的渗透。当然，宗教文化对士人文化、民间文化的影响也是很大的，如对兰州地区建筑、绘画、雕刻艺术的影响，对民俗的影响，对地方戏曲的影响，甚至医药、体育、民间文学等，都深受宗教的影响。
