鹤年堂开业于明嘉靖年间。据传说原址位于明代大奸相严嵩的后花园，鹤年堂原本为园中堂名。解放后因道路改建，鹤年堂由今菜市口商场北部的地段略往西移。其昔日的牌匾，确实是严嵩题写的，这成了药店发家致富的最原始的资本。民间谣传“鹤年堂”匾刚挂出时，路人皆夸这三个大字写得气宇轩昂，独有一位外地来的老头细加揣摩后发表了不同意见：“字是好字，出手不凡，可惜笔锋转折处过于圆滑，时时透露出一丝奸气。”他的眼光挺毒，仿佛看出了这是一位将遭到历史唾骂的奸臣。
严嵩的名声太不好听了，所以后来鹤年堂将其手书的匾额移入店内幽暗处，至今仍悬挂在那里。好在明代在东南沿海抗倭、后又调到北京重修长城的民族英雄戚继光，也曾替鹤年堂题写过“调元气”、“养太和”两幅横额，毕竟能镇压住严嵩的邪气。只是，戚将军手书的匾额，在“文革”期间不知被哪位红卫兵小将摘走了，下落不明。
清代菜市口是刑场，鹤年堂就在刑场西侧的马路边上。每当行刑日，监刑官都要到鹤年堂休息、更衣，监刑官的席棚也搭在鹤年堂的大门外。
“到鹤年堂讨刀伤药去！”意思是说要被押到菜市口砍头。鹤年堂解放后仍在原址营业，近年因马路拓宽，店堂亦被拆除。
鹤年堂曾长期保存着嘉靖年间使用的账簿一这部流水账整整流了四百多年一可惜“文革”期间被销毁了。账房先生已换过无数拨了，铁打的营盘流水的兵，那部失传的账簿，相当于鹤年堂纸张泛黄、墨迹摸糊的家谱。鹤年堂在“文化大革命”时期曾改为人民药店，粉碎“四人帮”后，又改回老字号。
“丸散膏丹同仁堂，汤剂饮片鹤年堂。”这句老话是用来形容同仁堂与鹤年堂的双峰并峙。鹤年堂以选料严格、制作精良的汤剂为拳头产品，以此打开了局面，并且一直拥有稳固的地位。
