粉碎第一次反法联盟以后，惟有英国继续与法国处于战争状态。为了打击英国，1798年夏，法国督政府派遣意大利战役的胜利者拿破仑·波拿巴远征埃及，试图通过控制英国通往东方的航路来动摇这个海上强国的地位。但是，这个庞大而冒险的计划却因英国海军上将纳尔逊在阿布基尔湾全歼法国舰队而化为泡影。法国遭受的这一挫折立即鼓舞了所有憎恨法国的国家加人英国所策动的第二次反法联盟（1798-180 年）。除了英国、奥地利、俄国、葡萄牙、那不勒斯这些旧有的成员之外，奥斯曼土耳其也因拿破仑占领它的埃及属地而站在英国一边。179 年春天，欧洲的战争在对法国极为不利的形势下重新爆发。在联盟合围下，法国在先后丢失了米诺卡岛和马尔他岛之后，又在瑞士和意大利为俄奥联军所败。陷在埃及的拿破仑不能获胜，一筹莫展。
国内督政府的统治，由于战时经济生活的紊乱和强敌压境，变得风雨飘摇、岌岌可危。法国革命再次处于命运效关的危急关头。时代呼唤一个能够保证资产阶级内外秩序的强有力的政府。
179年8月，一份载有法国内外形势恶化消息的报纸落在法国东征军总司令拿破仑的手上。他怀着攫取政权的野心，立即决定启程回国。经过 47天的艰难航行，身带少数随从人员的拿破仑于10月9日在法国南海岸登陆。当时法国资产阶级正在策划建立一个强有力的政权，拿破仑的归来使他们如获救星。经过三个多星期的周密准备，在179年月9日（共和历雾月18日）拿破仑发动政变，推翻督政府，建立了以他为第一执政的执政府，在法国出现了军人独裁者的军事统治。
5 年后，随着拿破仑加冕称帝，这个政权被称作法兰西帝国，亦称第一帝国或拿破仑帝国。
拿破仑政权的实质是大资产阶级****。这个政权一方面保卫了大革命以来资产阶级和自由农民争得的主要民主成果；另一方面又消除了大革命时期形成的激进的资产阶级民主成就。因此，这是一个具有两重性的政权。这种两重性反映在对外关系方面，表现为它既有捍卫和推广革命原则、打击反法联盟的一面，又有殖民扩张和大国争霸的另一面。由于这个强有力政权的崛起，毗邻的德意志无论在政治形势还是在领土状况上，都受到这双重因素的冲击。
当拿破仑在雾月政变后登上法国政治舞台的时候，法国同第二次反法联盟依然处于战争状态。由于督政府的腐败，法军在前线继续失利。针对这种形势，拿破仑决定通过外交途径争取俄国、分化同盟，并集中力量打击奥地利。俄国沙皇保罗一世（1796-1801 年）是一个反复无常、感情用事的人。这时他正因马耳他岛和北意大利事务同英、奥发生了深刻矛盾，拿破仑乘机与俄国言和，答应以后把马耳他割让给俄国（当时英国已从法国手中夺取了马耳他），并对俘获的俄军予以体面的释放。保罗一世遂与拿破仑结成秘密同盟，甚至在1801年1月命令一支顿河哥萨克军队取道布哈拉和希瓦汗国，直下印度河，配合拿破仑发动对英国的印度战役。但是 1801 年 3 月日，保罗在宫中被亲英势力谋杀，使拿破仑的印度计划化为饱影。尽管这样，新沙皇亚历山大一世（1801-1825年）还是在1801年10月退出了反法联盟。
俄军一撤退，法军就以雷霆万钧之势全部冲向奥地利人。180年6月14日，拿破仑在上意大利的马伦戈取得对奥军的决定性胜利；6 个月后，又在巴伐利亚的霍亨林登战役中再创奥军。战败的奥地利被迫再次求和。1801年2月9日，双方签订《吕内微尔和约》，依据这个和约，法国获得在坎波福米奥和约中早已确认并进一步扩大了的帝国莱茵河西岸地区，奥地利放弃比利时和列日，并承认法国在东部边境从北到南所建立的一系列卫星藩属共和国，作为法国的屏障。它们是巴达维亚共和国（荷兰）、海尔维第共和国（瑞士）、利古里亚共和国（******）、南阿尔卑斯共和国（伦巴底一米兰）。奥地利再次失去意大利和莱茵地区的统治，这是它所不甘心的。吕内微尔和约实际上结束了第二次反法联盟。英国也于 1802 年 3 月同法国签订《亚眠和约》，进人惟一的暂时休战时期。
第二次反法联盟的失败和法奥间和约的签订，对德国政治现状和领土布局产生了深刻影响。首先，由于奥地利以德意志帝国的名义放弃了莱茵河西岸地区，德国丧失了 150 平方英里的土地和近 40 万居民（占全德人口的七分之一），莱茵河从此成为法兰西共和国和德意志帝国之间的国界。其次，和约所规定的，对从莱茵河西岸地区被赶走的德国世俗诸侯所受损失将在帝国内部用教会土地加以补偿的原则，导致了德国领土的重新分配和帝国政治体制的深刻变化。为澄清后一问题，在累根斯堡召开了全帝国代表会议。会议在拿破仑和亚历山大一世的监督下，并以法、俄两国在 1802 年 8 月提出的计划为基础，于1803年2月25日通过了《全帝国代表会总决议》。总决议规定取消帝国内部 12 个邦，以小邦并人大邦的方式把德意志邦国的数目缩减至共约30几个；绝大部分教会诸侯邦国实行了教产还俗；150个帝国骑士领地和45个帝国直辖市失去直属帝国的地位，被分别置于世俗邦国之下；汉堡、不来梅、卢卑克、奥格斯堡、法兰克福和纽伦堡这6个帝国城市仍保持独立地位。巴伐利亚、符腾堡、巴登等中等世俗邦国通过兼并小邦扩大了领土。奥地利得失相抵，势力相对有所削弱。普鲁士因退出汉诺威，失去48平方英里的土地和 13.7 万人口，但却从补偿中获得 235 平方英里的土地和60万人口。由于获得希尔德斯海姆、帕德博恩、艾希斯费尔特、爱尔福特、明斯特的东部及其城市，大修道院领地黑尔福特、魁特林堡、埃尔滕、埃森、韦尔登、卡彭贝格，以及帝国城市米尔豪森、诺德豪森和戈斯都拉等地，普鲁士在西北德的地位得以大大加强。
德国领土变动是反法战争失败的产物，它无疑贯穿着法国的战略意图，即通过大量缩减小邦、扩大中等邦国的势力，以对抗奥、普两大邦；同时，适当照顾普鲁士的利益，以集中削弱和打击奥地利。但是，这种领土变动方式改变了德意志长期以来小邦割据分裂的局面，客观上为德意志未来的统一消除了障碍。另一方面，由于教产还俗和一些天主教诸侯领地被废，德国天主教势力遭到沉重打击，这又为德国政治生活世俗化的发展创造了前提。此外，随着信奉天主教的邦国的数目大大减少，人们可以预见的是奥地利哈布斯堡家族可能被推选为德意志皇帝的机会也在变小。对于这些既成事实和潜在可能，奥地利是不甘心接受的。因此新的战争仍然是不可避免的。
1805年8月，奥地利加人由英、俄两国策动的第三次反法联盟，德意志同法国的战争再度打响。拿破仑原计划法军登陆不列颠作战，但因法国舰队在特拉法加海战中遭受英军重创而放弃。在陆上，10月中旬法军在乌尔姆击败奥军，以后长驱直人，于n月攻下奥京维也纳。12月2日，法俄奥三国在维也纳东北 120 公里的奥斯特里茨举行了有名的“三皇会战”，法军一举歼灭俄奥联军3万余人。这一辉煌的胜利迫使俄军残部退人波兰，奥地利被迫再次议和，依据 12 月 26 日签订的《普勒斯堡和约》，奥地利放弃在意大利仅存的威尼西亚，承认拿破仑为意大利国王；割让蒂罗尔和福拉尔贝格给巴伐利亚，其余它保留的南德领地分别让与巴登和符腾堡。此外，它还被迫赞同将巴伐利亚和符腾堡升格为王国。第三次反法联盟至此又宣告瓦解。
普勒斯堡和约以把奥地利完全排挤出意大利和德意志、并扩大亲法的中等邦国势力再次实现了法国的战略意图。但拿破仑并不以此为满足，他在1806年7月，策动西、南德16个邦国组成“莱茵联邦”，脱离德意志，进一步肢解了德国。莱茵联邦以拿破仑为保护人，作为对抗奥普两大邦的“第三德意志”，在事实上宣告了神圣罗马帝国的灭亡。1806年8月6日，德意志皇帝弗兰茨在宣布自己是奥地利皇帝的同时，正式宣布帝国皇位已不复存在，于是形式上延续近850年的德意志神圣罗马帝国就此终结。
帝国的瓦解和奥地利的衰落，使普鲁士成为拿破仑在德国扩张的新目标。自1795年签订巴塞尔和约以来，普鲁士与法国之间的和平维持了10年之久。现在，随着奥地利的军事失败，他急于充当德意志霸主的心情日益迫切。但是，拿破仑要全面控制德意志的计划也已变得越来越清楚，莱茵联盟的不断扩大（最后达到21个邦），不仅使他的权力深入到德国的心脏，而且直接威胁到普鲁士的领土完整；汉诺威曾作为使普鲁士保持中立的许诺，现在又被用作同英国讨价还价的筹码，被一笔勾销。对于这些欺骗和公然侵犯，普鲁士国王怒火中烧、愤愤不已。他因绝望面产生了勇气；因为他确信，不管他怎样卑躬屈膝，拿破仑还是要进攻的。1806年9月，普鲁士参加了由英、俄两国策动的第四次反法联盟。在举国一片愤怒的主战声中，头脑发热的普鲁士政府甚至在盟友尚未一致行动的情况下，便昏头昏脑地单独对法宣战。10月9日，两军在什列茨相遇，普军初战失利，损失约70人。第二天，在扎尔费尔特的交火中，普军再败，丧失150人。这两场小战的消息传至柏林，所有的人都为之震惊，过分的自吹自擂消失了，很快地为张皇失措、胆战心惊的心情所取代。10月14日，在耶拿和奥埃尔施塔特两场战役中决定了普鲁士的命运：全军覆没，士兵成千成百地向法军投降，到处弥漫着最绝望的惊慌心情。10月27日，即战争开始后第19天，耶拿之战以后13天，拿破仑以胜利者的姿态穿越普鲁士的凯旋门—勃兰登堡门进人柏林，并命令法军继续追击仓皇东逃的普鲁士残军。至月8日马格德堡投降，拿破仑在一个月的时间内，就消灭了他曾认真加以考虑的欧洲四大强国之一，并且是他从未有过的绝对优势的全胜。这个曾经拥有为人称颂的弗里德里希二世传统的军队和最完善的行政机构的国家，突然间崩溃，不禁使整个欧洲为之震惊。对此，拿破仑在告法军书中得意扬扬地写道：“不久前曾致力于要求我们屈辱投降的欧洲最重要的强国之一被消灭了。我们先人用了七年的时间未能穿过的森林、弗朗科尼峡道、萨勒河、易北河，我们七天内穿过了·。然而，我们当中有将近一半人由于还没有放过一枪而感到遗憾。到奥得河为止的普鲁士君主国的所有省份现在都在我们支配之下”在全歼普军主力之后，法军持续向东追击，普鲁士国王和他的朝廷一直逃至东普鲁士的边境小城梅默尔，希望在那里与沙皇的军队会合得到俄国的帮助。但所向披靡的法军已越过波兰西部，进人东普鲁士，准备同俄军开战。1807年2月8日，相遇的两军在艾劳发生了一场血战，双方损失惨重，但胜负未决。四个月后，在弗里德兰举行的会战中，俄军被法军击败。乘胜追击的法军抵达涅曼河畔，与渡过河的俄军残部隔河相望。沙皇亚历山大一世不愿把战争引人俄国，他担心本土遭到侵略可能会触发普加乔夫。式的叛乱，因而愿意与拿破仑讲和。拿破仑也因战线漫长，不愿再深人俄国腹地。双方在6月日签订了停战协定；25日拿破仑与亚历山大在涅曼河的一座浮桥上举行了会晤。经过一番“谅解”，于 7 月 7 日签订了《提尔西特和约》，沙皇承认拿破仑对欧洲的实际占领，拿破仑则同意俄国在东方自由行动。和约实际是对法俄各自在欧洲势力范围的划分：维斯杜拉河以东的地方归亚历山大，以西归拿破仑。和约没有使俄国失去一寸土地，相反，在沙皇的坚持下还获得普鲁士的波兰属地比亚威斯托克地区，并拥有在瑞典和土耳其行动的权利。
和约对普鲁士极为苛刻。除了“旧普鲁士”、波美拉尼亚、勃兰登堡和西里西亚，普鲁士丧失了其余东部和西部的全部领土，其面积约占总面积一半以上。易北河以西的全部领土被划人由拿破仑之弟热罗姆为国王的威斯特伐利亚王国；东部瓜分被兰所得地区被拿破仑组成华沙大公国，由其附庸萨克森国王兼领。“这是征服者楔人旧普鲁士王国喘息未定的两胁中的两根锋利的踢马刺”，它使残破的普鲁士变得更加易攻难守。由于失去上述地区，普鲁士的人口从10万骤减至493万，军队被缩减到4.2万人。此外，和约还责成普鲁士承担反英义务，参加大陆封锁体系。7月12日在柯尼斯堡签署的补充协定要求普鲁士支付战争赔款 3.1 亿法郎，在未付清赔款前领土继续由法军占领。这样，随着耶拿战役的惨败和提尔西特和约的签订，一个经过多年惨淡经营、拥有30多万平方公里土地、10多万人口和25万军队的德意志强邦，连同它那自称为欧洲最强的军队，以及称颂一时的开明****主义精神一道，陷于破产崩溃的境地。普鲁士这种史无前例的、闪电般的溃败，说明历史上较为先进的资产阶级制度战胜了过时的封建****制度。也正是到这个时候，被驱赶到涅曼河畔的普鲁士统治者“终于模糊地理解到，依靠经常处于被逐出自己家园的威胁之下的服摇役的农奴的子弟，是无法战胜自由的、占有土地的法国农民的子弟的”（恩格斯）。
普鲁士的大溃败和提尔西特和约对德国的宰割，激发了德意志的民族自尊心，正是以此为标志，他们进人了一个民族复兴的转折时期提尔西特和约是拿破仑统治进人极盛时期的开端。
经过1805，1806和1807年的连年征战，他先后打败奥地利军队、普鲁士军队和俄罗斯军队；他的战马踏遍整个欧洲古老的文化圈，通过征服德意志而达到了胜利事业的最高峰为了把这个广裹的地区组织起来，使得它的政治、军事力量和物质资源能够用来扩大和保卫他的大帝国，拿破仑依照不同的隶属关系在德意志推行了一系列改革。
首先，对于从1794年起逐渐纳入法国控制范围的莱茵河西岸地区而言，直接实行拿破仑式的中央集权管理制度。由于封建制度较早废除，一切贵族特权和教会特权遭到取缔，资产阶级自由民主制度很快在这里开始实行。1797年10月，法国政府把这一地区划分为4个行政区，即以亚w为中心的鲁尔区、以特利尔为中心的萨尔区、以科布伦茨为中心的莱茵一摩泽尔区和以美因茨为中心的唐纳斯山区，实行统一的法国民政管理，实施典型的资产阶级制度。1804年后，随着拿破仑法典的全面推广，这里成为法国革命原则渗透最强的地区。
但是法国的统治并不能消除这里鲜明的德意志性质，当地居民对因扩大占领所增加的义务，一般地采取抵制或不合作态度。
法国控制的莱茵河以东地区，情况不尽相同。在莱茵联盟（包括莱茵河东岸地区和西南德意志各邦），法国式的资本主义改造保持着较大的影响〕作为“保护人”，拿破仑直接废除了这一地区的封建领主制度，取缔了农民的代役租、摇役劳动和各种封建贡赋；在法律上领主丧失了对他的农民的一切合法的管辖权，农民变成国家属下的人民，获得活动、迁移和结婚的自由。在莱茵河以西，农民无偿地摆脱了封建义务；在莱茵河以东，农民缴纳一定赎金即可获得上述权利。结果在莱茵地区和西南德意志各邦逐步造成了一个人数众多的、牢固的小土地所有者农民阶级。在西部德意志资本主义经济关系较为发达地区，还出现了一种以大块土地出租或租佃给农场主经营的资本主义大地产制形式。同法国一样，《拿破仑法典》公布以后，在莱茵联邦各邦广泛推行，资产阶级法权关系开始取代等级关系，使当地居民感受到前所未有的自由和平等；一些新的司法概念，如陪审制度、公开审讯等也开始进人当地居民的新生活。
为了给法国资产阶级社会在欧洲大陆上创造出一个符合时代要求的新环境，拿破仑进一步以法典精神为指导，强化了对这一地区的改革，其力度不下于法国本土。改革的内容涉及行政、司法、农业、手工业行会及财政等方面，除了除旧还贯穿着布新的原则。随着封建领主制度被基本废除，农民的人身依附关系的解除，教会的特权受到沉重打击，一个世俗国家的原则开始被普遍接受；古老的各不相同的法律制度到处为法国民法典让路；世袭官职和弩卖官职的腐朽制度为职责分明、权力集中、并有着固定薪傣的政府机构所取代。在经济领域，行会制度、国内关卡被无情地取缔，一切阻碍资本主义发展的因素基本被消除；国界内的自由贸易受到鼓励；起源于中世纪的杂乱的度量衡制度让位于公制的笛卡尔规则；捐税和财政得以革新，直接收税取代了税收承包制；新的会计和统计方法也逐步推广开来。最后，随着对传统的歧视犹太人政策的废除，一个具有宗教信仰自由的宽松环境，首先在德意志西部形成。这样一来，伴随着拿破仑改革的深人，法国革命的原则首先在莱茵河两岸生根开花，茁壮成长，并最终使这一地区成为德意志资本主义最发达的地区。
拿破仑的改革对受法国控制的所有附庸国都有影响。在意大利，在华沙大公国，甚至在俄国都有程度不同的共鸣和回应。对于受拿破仑战争冲击最深的奥、普两国而言，莱茵地区的资本主义改造为他们提供了可资效法的榜样。在奥地利，由于多次反法战争的失败，已出现要求进行现代改革的政治呼声，一些具有自由主义思想的责族，像菲力浦·施塔迪昂（1763-1824年）、查理大公等，曾试图延续 18 世纪末玛丽亚·特莱西娅和约瑟夫二世的开明****主义传统，对国家制度进行民主化改革，以吸引臣民积极参与政治生活。但是哈布斯堡王朝统治下多民族国家的分散性、落后性、以及为维持这个统一体对农奴制度所持的谨慎态度，都成为改革家难以逾越的障碍。不久后，改革派只能把目标局限于反对拿破仑的军事领域。虽然在实行义务兵役制、改组奥地利军队方面取得一定成效，但由于不敢触动神圣的农奴制度，改革未能引发全面的社会变革。随着 1809 年施塔迪昂被推翻，继任者梅特涅伯爵又使奥地利退回旧有的****主义轨道。同一年，由于在瓦格拉姆遭受的军事失败，宣告了英、奥组建的第五次反法联盟的瓦解，奥地利被迫在维也纳和约中把更多的土地割让给巴伐利亚和拿破仑，彻底放弃了领导德意志反对拿破仑的打算。
与奥地利改革失败恰成对比的是普鲁土。自 1806 年大溃败以来，仅保有半壁河山的普鲁士面临着较之奥地利更为严峻的生存危机，领土被分割包围，财政因战争赔款陷于破产，外贸因参加大陆封锁急剧萎缩，人民大众对容克贵族统治的旧秩序日益不满，这一切都表明普鲁士国家已陷人山穷水尽的境地，它呼唤着一场彻底的深刻的内部改革。此外，一些德意志民族主义者也把对法国依附性较少的普鲁土视为争取德意志民族自由的中心，他们为爱国主义所驱使，纷纷来到这个在过去看来德意志特性最少的地方，希望通过变革旧制度，为全德的民族解放和政治统一树立起一面旗帜。正是在这内外因素的相互作用下，普鲁士的改革从一开始就突破了救亡图存的一般目的，能够在深人的社会变革层面上进行。因此，普鲁士的改革虽仅限于残存的半壁河山，但它的深度和影响却具有全新的意义。它带来的不只是普鲁士的恢复与重建，而且标志着德国历史一个重要转折时期的到来。
