神宗熙宁二年（1069），王安石出任参知政事，提出“变风俗，立法度”为当务之急，着手变法。熙宁三年，王安石出任宰相，设立制置三司条例司，全面实施变法。当苏轼为苏洵守丧期满，第三次回到京城时，正赶上这场变革兴起。
苏轼从青年时代起就热切关注现实，力主改革。仁宗末年，他在其《进策》中就提出过不少好的见解。但他强调“得人”而忽视“法制”；主张渐变而不赞成突变；主张“节用”却不重视理财，这就使他对王安石的变法产生了尖锐的矛盾。出于忠心和为国为民，苏轼写下了著名的《上神宗皇帝书》，洋洋万言，针锋相对地全面批评新法，并阐述了自己的政治见解。
在这封万言书中，苏轼开宗明义提出了自己的政治建议：“臣之所欲言者三，愿陛下结人心、厚风俗，存纲纪而已。”在谈到“结人心”时，他说道：“人主所恃者，人心而已。人心之于人主也，如木之有根，如灯之有膏（油脂），如鱼之有水，如农夫之有田，如商贾之有财。”并指出：当今人心之不悦者就在“制置三司条例”，“复人心而安国本，则莫若罢制置三司条例司”，“罢之而天下悦，人心安，兴利除害，无所不可。”否则的话，“臣恐陛下赤子，自此无宁岁矣。”就是说，不罢去制置三司条例司，天下百姓将无宁日。接着又指出农田水利法“甚非善政”，两税之外另收庸钱，会使百姓“必怨无疑”；青苗法所谓“不许抑配”（强行摊派）之说，亦是“空文”，其结果必定会“亏官害民”；均输法是朝廷投入很多，而“所损必多”。他举了一个很有意思的例子：“今有人为其主牧牛羊，不告其主，而以一牛易五羊。一牛之失，则隐而不言；五羊之获，则指为劳绩。”极言青苗法、均输法等之得不偿失，并且质问神宗：“陛下以为坏常平而言青苗之功，亏商税而取均输之利，何以异此？”最后又语重心长地劝神宗，不要听信那些“贪功之人”的“侥幸之说”，“若陛下信而用之，则是循高论而逆至情，持空名而邀实祸”，民怨必起。
在谈论“厚风俗”时，他明确提出：“夫国家所以存亡者，在道德之深浅，不在乎强与弱；历数之所以长短者，在风俗之厚薄，不在乎富与贫。道德诚深，风俗诚厚，虽贫且弱，不害于长而存；道德诚浅，风俗诚薄，虽强且富，不救于短而亡。”强调道德之深，风俗之厚，乃是国家长治久安之根本。“惟陛下以简易为法，以清净为心，使奸无所缘，而民德归厚。”
在谈论“存纲纪”时，他明确指出要加强御史台和谏院，因为“台谏所言，常随天下公议。”他提醒神宗：“臣恐自兹以往（从今而后），习惯成风，尽力执政私人，以致人主孤立。纲纪一废，何事不生？”一定要加强监察工作，不可让宰相集权过重，否则，纲纪已坏，后患无穷。
此文除向神宗皇帝献三言之外，又重申了自己过去已经给神宗提出过的意见，即作为人主，“不患不明，不患不勤，不患不断，但患求治太速，进人太锐（快），听言太广。”即是说神宗用王安石变法是“求治太速”，急于求成，而欲速则不达；“进人太锐”，提拔官员太快，难免鱼龙混杂；“听言太广”，什么人的话都听，难免偏听偏信，其矛头仍是指向王安石变法。
这封给神宗皇帝的上书，和当时神宗竭力支持并实际推行的“熙宁变法”大唱反调，全面论述了王安石变法的种种弊端，反对急功近利，提出了自己的变革主张，把“结人心，厚风俗，存纲纪”作为治国的根本之道。这是苏轼对王安石变法最集中、最系统、也最激烈的批判，是苏轼一生政治见解的集中体现。
平心而论，苏轼此文的确看到了王安石变法的一些弊病，这表现了他的政治敏感和认识问题的深刻；但他全盘否定新法，也自有其片面和保守之处。这封上书本身并未直接给他带来灾难，但他此后的一系列坎坷和挫折，根源确在这里。随着时间的推移，在社会实践和新旧两党的激烈斗争中，苏轼对新法的认识也产生了一定变化，如肯定新法中的某些举措，反对旧党全盘废除新法等。他在晚年与朋友滕达道的信中曾说，过去自己对新法虽也是“此心耿耿，归于忧国”，但“所言差缪，少有中理”。（《与滕达道书》）说明他已认识到虽然自己的出发点是“忧国”，但有些话说的不在理。这也充分体现了苏轼诚恳坦率、光明磊落的政治品质。
