公元1620年，万历四十八年，是明朝历史上的多事之秋。
万历做了近半个世纪的皇帝，丢下一个臃肿溃烂的庞大国家，在与朝臣的冷漠隔阂中死去。那位曾经被大臣们争论长达十五年的皇长子朱常洛，终于可以名正言顺登上帝位了，是为泰昌帝，天下大赦，万民瞩目，人们迎来新的希望。
可是，大臣们很快发现自己错了。泰昌帝刚刚登极，就纵情声色之中，大肆享乐，再加上以前身体不好，仅仅一个月后，就纵欲过度病倒。宫人和大臣忙得团团转，急忙请太医，掌管御药房的太监崔文升向皇帝进了一济泻药，认为皇上火气过旺，岂料服药过后，当晚泰昌皇帝就腹泻三十次，陷入虚脱，身体立刻垮了下来。
此时的首辅大臣是方从哲，受先帝托付，掌管朝政大事。在皇帝允许下，方从哲推荐了另外一名宫人李可灼的药方，据说是民间灵丹妙药，配制成红丸，可令人起死回生。
泰昌皇帝急不可待吃下一粒，似乎觉得神情清爽了不少。大臣们也非常高兴，首辅方从哲决定重赏宫人李可灼。到晚上，皇帝又服用了一粒红丸，沉睡过去，谁知第二天早晨，宫内就传来消息：皇帝驾崩了！
所有人脑子里一片空白……
万历帝逝世的悲痛尚未消去，新即位的泰昌帝竟也在一个月后死亡，这对于为“国本之争”努力十多年的朝臣来说，无疑是晴天霹雳。人们纷纷质疑，一定有人背后捣鬼，这其中东林党人杨涟、左光斗言辞最为激烈，要求严查那两位进药的宫人崔文升和李可灼，抓出幕后指使，但首辅大臣方从哲从当时大局考虑，淡化此事，并嘉赏了二人进药之功。此事被搁置下来，遂成为明朝著名的疑案“红丸案”，也为后来东林党争埋下伏笔。
一个月时间死了两个皇帝，泰昌帝十六岁的儿子又仓促登极，年号天启。这一年的明朝皇宫里，故事跌宕，扑朔迷离，各派政治力量也随之粉墨登场。
九月初一的清晨，已有瑟瑟秋风的凉意。泰昌帝刚死，他的宠妃李选侍与心腹太监魏忠贤就蠢蠢欲动，想控制泰昌帝的儿子——天启皇帝，作为以后飞黄腾达的资本。两人把小皇帝约束在乾清宫里，与大臣们讨价还价，尤其是李选侍，作为泰昌帝身前宠爱的妃子，一直想被封为皇太后，享受荣华富贵，坚持不把小皇帝交给群臣，一定要条件谈妥才行。
大臣们在乾清宫外焦急等待，找不见新皇帝天启，于是愤然大呼：“谁敢隐匿新天子！”殿内一个太监偷偷将小皇帝带出来，抱起就跑，想交给群臣，这时控制乾清宫的李选侍急了，命令其余太监冲出去抢夺小皇帝，东林党人杨涟、左光斗等朝臣立刻冲上来，与太监们撕扯争抢，一场皇宫闹剧上演。
大臣们抢得了小皇帝，就拥有了控制权，强烈要求李选侍移出乾清宫，不得与小皇帝住在一起。御史左光斗是东林党人，性格执拗，言辞刻薄，上书谴责道：“李选侍既非皇长子嫡母，又非生母，没有名分，却至今不早做决断，搬出乾清宫。这是借抚养皇长子之名，行干政专制之实。武后之祸，将再见于今日，将来之后果，不忍道出！”
但首辅大臣方从哲认为不必操之过急，先立新帝要紧。这引起了东林党人的强烈反对，杨涟等人又上书，其他内阁大学士也纷纷加入进来，在宫门外抗议，大有逼宫之势，终于逼迫这个想当皇太后的妃子搬离了乾清宫，此乃同时期的“移宫案”。
天启帝即位后，因为在之前的“红丸案”、“移宫案”中东林党出力颇多，支持新皇，所以大力提拔东林党人，任用他们为内阁、六部重臣，一时间，东林党在跃然上升，控制朝廷言论，成为当时最重要的政治势力。
东林党的称号源起于江苏无锡的东林书院，最早是万历年间的大臣顾宪成，因政治斗争辞官回乡，在家乡讲学，吸引江南地域众多学子前来，“讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物”，其言论被称为清议。朝廷上的各种政治代表人物也纷纷慕名而来，“朝士慕其风者，多遥相应和”，杨涟、左光斗等人就是这个派别，久而久之，这些聚集在东林书院的人士成为一个具有极强政治意味的政治团体，时人称为“东林党”。
明朝内部不止东林一党，早在万历时期，文官群体就已分裂，他们不仅仅是向皇帝发难，指责、漫骂铺天盖地，也相互攻讦，大打口水战。除东林党外，还有以沈一贯为代表的浙党，以亓诗教、韩浚为首的齐党，以官应震、吴亮嗣为首的楚党。古人称“党”乃朋党，是为贬义，朋党之争，是文官们最热衷内斗的方式之一。
这些名目繁多的党派大多以地域关系形成，无所谓正义与不正义，齐党、浙党、楚党、东林党……明争暗斗，水火不容。他们连皇帝都敢攻击，对同僚就更无所顾忌了，为的只是自己派系的利益和声名。
相比较其他群体，东林党内部有许多“君子”，也称“君子党”，他们以清流自命，自认为是道德的最高准绳，维护至高无上的天理和皇权——这在传统文化中，是受褒扬的。
然而也正是这样一群“君子”，承接了昔日方孝孺、海瑞之风，不顾现实，只讲仁义道德，为了追求纯洁的信念，常常采取极端做法。
天启皇帝刚刚上台，东林党人就旧事重提，开始以“红丸案”、“移宫案”打击那些在他们眼中不是“君子”的人，其中内阁首辅方从哲成了首要目标。
方从哲不是东林党人，他把持朝政六七年，政策观念也与东林党不同，尤其在“红丸案”、“移宫案”中，方从哲主张不应操之过急，对进献丹药的宫人、软禁小皇帝的妃子都采取淡化方式，这正好与慷慨激昂的东林党人观点截然相反。在东林党看来，首相方从哲是非不分，善恶不辨，包庇奸邪，绝非君子，于是群起而攻之，指责“红丸案”中的宫人崔文升、李可灼罪大恶极，要求将二人斩首示众。一时间，给事中魏应嘉、太常寺卿曹珍、光禄寺卿高攀龙、主事吕维祺等东林党人士连番上书，更称方从哲本人有“十大罪状，可杀三次”。
礼部尚书孙慎行也开始发难，甚至直接指责方从哲就是幕后操纵的黑手，难逃弑君之大罪，左都御使邹元标也上奏说方从哲不仅不惩罚恶贼，反而维护包庇，即使不是一伙，也无法向世人解释。孙慎行和邹元标都是东林党的骨干人物，加上上面这么多东林党人，像一支支利箭射向首辅方从哲。
朝廷上下吵得沸沸扬扬，方从哲的集团予以还击，但辩解乏力，很快被东林党的口水淹没。随着事态逐渐升级，几乎已经衍生为谣言四起，若干种猜测的阴险谋逆大帽子扣在方从哲头上，他本人已是战战兢兢，无奈之下，只好被迫辞职，告老还乡去了。
方从哲倒台后，东林人士叶向高升任内阁首辅，朝廷上下官员们纷纷加入东林党，皆称“君子”。
只是，这群自我标榜道德的所谓君子们，一个个心高气傲，按照他们自己的原则设立君子规范，凡是与他们政见不一、观点不同的人，一律排斥称为“小人”，在对待首辅方从哲的态度上，他们是抱着“痛打落水狗”的心态，动用大批言官御史，猛烈弹劾，直至最后逼迫首辅下台。
事实言之，首辅方从哲本人性格懦弱，倾向于做“和事佬”，也正因为如此，他才能在万历皇帝和文官群体之间平衡，谁也不得罪，遇事皆是“大事化小，小事化了”。东林党人则都是一副“不怕事情闹不大”的慷慨模样，他们一个个正义过了头，得理不饶人，他们的信念或许值得赞扬，但他们的行为总是成事不足败事有余——中国儒家传统文化里这种二元世界观，动辄把人分为“君子”、“小人”两种，非此即彼，非好即坏，到明朝理学思想的扭曲下，更是把人格分裂为极端“圣人”、“禽兽”，只此二者，别无其他。既然东林党都是“君子”，那方从哲等人就肯定是“小人”了，双方发生激烈冲突，也就在所难免。
随着原首辅集团的倒台，东林党掌握了朝廷政权。楚党、浙党、齐党等诸多党派也再难以有所作为，朝臣纷纷倾向东林，此时应该是团结一切可以团结的力量、忘记过去重塑未来的大好时机。但是，东林党人抱着极强的“正义感”，世上似乎只有他们是最纯洁的，开始对其他政治派别进行打击，大有“斩草除根”之势。
1623年，天启三年，东林党人赵南星掌管了吏部，也就掌握了任免全国官员的大权。赵南星这个人是个极端的工作狂，他是一位清官，也是一位酷吏，他疾恶如仇，使用起铁腕手段来可谓是“六亲不认”，连自己的亲戚也不放过，更是把许多原本与他无接触的官员得罪了。所谓“自古清官多酷吏”，此言在赵南星身上不虚也。
赵南星执掌吏部后，按照东林党人一贯的作风，打击齐党、浙党、楚党。事实上，此刻朝廷已经是东林党的天下，其他诸党接近瓦解之势，不成气候，许多官员都纷纷求自保，东林党人大可不必睚眦必报，应该抓住时机团结一切应该团结的力量才对。可赵南星不这么看，他要把事情继续闹大，心存报复嫌疑地写了篇《四凶论》，指责给事中亓诗教（齐党）、赵兴邦（浙党）、官应震、吴亮嗣（楚党）几年前曾经“结党乱政”，并将这些非东林党人士都降职、罢官、外放。
诸党残余人士惶惶不安，他们想屈服于东林，却不被接受，陷入迷茫无助。三党派系主要以地域为划分，浙、楚、齐党中也有不少正人君子，更有许多介于君子和小人之间的普通常人，他们并未与东林党人为敌，但只因为他们的籍贯家乡原因，就被东林党一并打倒。（“中立者类不免蒙小人之玷。核人品者，乃专以与东林厚薄为轻重”）
东林党人“痛打落水狗”的群体性格建立在他们“自命君子”的信念上，并不是一件好事。东林人不知道，这种极端做法不久后就招来更大的还击报复，他们很快陷于孤立无援的境地。就连最敬佩东林人士的黄宗羲也承认：“东林中亦多败类，及攻东林者，亦间有清操之人。”他们过分严于君子小人之辨，以自我为中心，看待别人动辄就是“君子”、“小人”二元世界观，不能容忍丝毫瑕疵，缺乏大度胸怀。
在皇宫内院的某个阴暗处，另外一股势力已经趁机悄然崛起，将在后来决定朝廷力量的对比，这股势力的领袖就是——太监魏忠贤。
魏忠贤是天启皇帝最得宠的太监，又与天启的奶娘客氏关系甚好。虽然天启皇帝一度信任东林党人，但毕竟大臣们与皇帝有距离，比不得身边的太监、奶妈那样关系融洽，尤其天启帝喜好玩乐，不理朝政，每天在皇宫后院做木匠活乐此不疲，渐渐把批复奏章、草拟圣旨的大权丢给了太监，魏忠贤就这样崛起了。
朝廷上党争不断，东林党正为“痛打落水狗”忙得不亦乐乎，但俗话说“狗急了也要跳墙”，齐党、浙党、楚党残余人士面临绝境，被逼之下，纷纷走向反面，投向魏忠贤以寻求庇护。有了魏公公的支持，就等于有了皇权的支持，于是形成明代势力最大的阉党集团。
前面提到过魏忠贤，这个太监心思狠毒，工于心计，他本是一个市井混混，自阉入宫，为的就是有朝一日能飞黄腾达。魏忠贤唆使天启皇帝玩乐嬉戏，乘机从中弄权，勾结了外廷一批失意官员，利用他们对抗东林君子党，渐渐占了上风。
东林党人的弱点成了他们的致命伤，他们一个个心高气傲，攻讦其他派系，这种做法得罪了不少同僚，也在自身内部酝酿了许多隐患，而当“君子党”遇见“阉党”时，高唱道德仁义的君子自然不是阴险奸诈的太监的对手。
从天启三年开始，“阉党”与“东林党”成为朝廷上两股相互斗争的势力，在明王朝这个变异的朝廷里，内阁官员自然敌不过一个深受宠信的太监的权力大，阉党一派在魏忠贤的大力开拓下蒸蒸日上，逐渐占据上风。同是这一年，魏忠贤受到了天启帝的重用，掌管东厂，兼任锦衣卫，两大特务恐怖机关都在他的手里，阉党人士顾秉谦、魏广微等大臣进入内阁，开始排挤东林党人的位置。
山雨欲来风满楼，大明王朝的上空已是乌云密布，一场雷鸣电闪即将开演。
天启四年，东林党人感到情势越来越不对头，他们猛然发现自己的真正对手不是那些落败的诸党，而是那位若隐若现、藏匿宫殿后院的太监魏公公。这年的六月，东林党首先发难了，东林骨干杨涟最先上书弹劾魏忠贤，言辞激烈，杀气腾腾，列数魏忠贤迫害朝臣、迫害妃嫔、蓄养内兵、罗织狱案等二十四条罪状，并建议皇帝把这个太监千刀万剐，凌迟处死，“寸磔忠贤，不足尽其辜”。
紧接着，东林党其他大臣也纷纷加入进来，讨伐魏忠贤，声称扫除阉党，奏折达上百余条。
只是，这些奏折统统落到了魏忠贤手里，他利用天启帝喜好玩乐的特点，遮掩视线，留中不报，截断了文官进言之路，皇帝几乎没有得到多少真实消息。
魏忠贤倒是“先礼后兵”，他先力图缓和局势，让自己的手下劝说东林党人，不要把事情闹大。当然，君子们是绝对不会放过任何小人的，魏忠贤的劝说无效，他也开始出招了。小人发起狠来，从不按套路出牌，魏忠贤首先用阴谋诡计侮辱首辅叶向高，迫使叶向高愤而辞职，又逼迫赵南星、高攀龙等东林高官辞职，一步步削弱他们的力量。这些东林党人都心高气傲，自命清流，受不得半点侮辱，动辄就闹辞职、要求罢官，以此表明自己的纯洁，岂料这个弱点被魏忠贤掌握，屡试不爽，个个击破。
从这些行为来看，我们不得不惋惜地承认：东林党的政治手段实在太天真，根本不是市井混混出身的魏忠贤的对手，与其说东林党是政治团体，不如说他们是一群意气用事的书生。
随着事态升级，阉党与东林党斗争日趋白热化。杨涟、左光斗等人被削职为民，然后被锦衣卫抓入大牢，诬陷贪赃受贿，严刑拷打，最后惨死于狱中；魏大中被缉拿，路过苏州，群众聚集乞命，与阉党、锦衣卫发生冲突，引起骚乱，死伤多人；同时兵部尚书，那位威震辽东的熊廷弼，也因得罪阉党，被言官弹劾，下狱处死，传首九边，并被诬陷与杨涟、左光斗勾结行贿。
天启年间，阉党对东林党的反扑是极为凶狠的。鉴于之前赵南星对三党人士的报复行为，在魏忠贤的一手策划下，三党人士又重新清洗东林党人，弹劾、罢免大量东林官员，杨涟、左光斗、魏大中等被杀，赵南星、高攀龙、叶向高等罢官，朝廷上遍植阉党人士，这些昔日的齐、楚、浙党终于翻身重见天日，但今天他们统称为一个名字——阉党。阉党骨干顾秉谦提升为首辅，崔呈秀成为工部尚书，田吉为兵部尚书，李夔龙提升为左副都御史……
后来魏忠贤又借助吴楚浙党之手，打击迫害东林党人士左光斗、黄尊素、周顺昌等人，以之前的“三案”为借口，毁东林书院，齐楚浙党大肆打击报复，又造天鉴诸录，加东林以恶名，并列党人榜于全国，每榜少则百人，多至五百余人，凡列名者，生者削籍，死者追夺，朝中善类为之一空。
明朝末年的党争激烈，以东林党和阉党之间发展到极端。相比较之下，东林党内君子颇多，遭遇更惨，更得到人们同情。但客观评价，东林党人孤傲清高，在得势之时对异己势力打击，同样不缺乏狠毒，两方不过是“五十步笑百步”罢了。著名的明清史家谢国桢对明末党争有很客观的评价：“天启三年的京察，赵南星未免做的太辣，但后来魏忠贤的残戮，又未免太毒了。”
党同伐异，朋党之祸，自古以来就是政治一大毒瘤。东汉有“党锢之祸”，晚唐有“牛李党争”，虽然酷烈，但时间不长；两宋有文人“新旧党争”、“战和党争”，虽说时间较长，但出发点还是在于国家社稷，不在个人恩怨；而到了明朝这里，从万历朝开始，一直延续到泰昌、天启、崇祯乃至南明，时间不仅漫长，而且党争目的早已变成个人恩怨、政治利益的攻讦，中国封建社会的后期发展到这个样子，实在不忍观看。
明朝士大夫们经受了朱熹注解的四书五经的思想灌输，从方孝孺到海瑞，从嘉靖文官到万历、天启朝东林党，他们几乎都是一个模子里刻出来的，思想简单化，自认为是道德楷模，缺乏包容宽容之心。
所谓“风水轮流转”，随着天启皇帝的去世，崇祯皇帝登极，魏忠贤倒台，东林党人又开始执政。只是，大明江山已在风雨飘摇中摇摇欲坠，内忧外患，灾荒四起，边境大地，土地沦丧，再也无法挽回败局了。
