北伐军攻克两湖之后，战略重点转向江西和福建，消灭由直系军阀分裂出来的军阀孙传芳。在北伐初期，孙传芳指望北伐军与吴佩孚两败俱伤，以坐收渔人之利，所以打出了“保境安民”的旗号，保持中立。但当看到北伐军节节胜利，便担心北伐军势力壮大后威胁自己，于是在8月调集五个方面军在江西进攻北伐军。当时孙传芳在江西的部队有十万之众，孙传芳企图进犯湘鄂以切断北伐军的后路，使北伐军腹背受敌。当9月7日北伐军占领汉口时，孙传芳便不自量力地向北伐军发出通电，限令北伐军24小时内退回广东。
鉴于这一情况，解决江西、福建孙传芳部便转而成为北伐军的主攻方向。在江西作战的北伐军以朱培德为前敌总指挥，初期参战的有第二、三、六军和第一军之第一师及第五军之第四十六团等。敌军主力集结在江西萍乡、万载一带，余部在吉安、莲花、修水、铜鼓等地。9月6日北伐军第二、三军由湖南醴陵进攻萍乡，第二军之一部由湖南茶陵进攻莲花，第六军由湖北通城进攻修水，第一军由湖南浏阳进攻铜鼓。此前，9月5日，总参谋长李济深为牵制赣北之敌，已先期向赣南发起进攻并于9月6日攻克赣州。此时第二、三军则攻占了萍乡、安源。在此役中安源工人在共产党的组织领导下，罢工并火烧赣西镇守使衙门，里应外合协助北伐军攻占了萍乡和安源，而后又顺利攻占了宜春、上高、分宜、新余、清江。在攻占新余的战斗中，当地农民积极配合、支援北伐军，牺牲200多人。第六军由通城出发，10月攻克修水。第一军第一师9月12日攻克铜鼓。第六军和第一军第一师18日攻克高安。第六军攻克修水后在程潜的指挥下，星夜兼程直奔南昌，在南昌工人、学生和警备队的策应下，9月19日全歼守敌，第一次占领南昌。
北伐军在江西初战捷报频传，使孙传芳大为震惊，9月21日孙传芳由南京亲临九江前线督战，敌军分兵三路企图对北伐军进行反攻：北路由湖北武穴攻阳新，中路由武宁攻湖北通山，南路以优势兵力攻南昌。北伐军第六军攻占南昌后，由于友军未能及时增援，致使第六军力单势薄。9月24日南路敌军由九江南下增援南路敌军，在敌南北夹击下南昌复被敌军夺回。敌军再占南昌后便向赣西追击北伐军。北路敌军自武穴渡江，9月中旬占领阳新，大冶、鄂城。尔后，李宗仁第七军在若溪与孙传芳精锐部队谢鸿勋部遭遇，9月30日激战一天，北伐军俘敌万人，敌将谢鸿勋受重伤后死于上海。第七军从俘敌中得知第六军攻取南昌后，得而复失，为牵制敌人，第七军继续东进袭取德安城。德安关隘险要，敌军三四万精锐部队在此构筑工事严密防守。10月3日第七军向德安发起猛烈的攻击，敌军居高临下以猛烈炮火射击，北伐军久攻不下，第七军官兵伤亡达2000多人，这是自北伐以来国民革命军伤亡最大的一战。其第九团除团副、连长和排长各一人生还外，团长陆受祺和其他官兵全部阵亡。但第七军将士仍前仆后继，奋勇冲杀，最终击溃敌军占领德安，截断敌南浔铁路交通线，使南昌与敌指挥部九江失去联系。此战歼灭敌军1000多人，俘敌1000多人。
孙传芳见德安失守，大惊失色，急调九江、南昌各路军马反攻德安，而北伐第七军孤立无援，于是决定迅速回撤若溪，转战王家铺。12日向王家铺发起攻击，歼敌数千，俘敌数百，第七军也有重大伤亡。此时，北伐第三军经高安逼近南昌，第二军沿赣江北上一部已攻至德安、吉水一带，另一部攻占樟树逼近南昌。
9月下旬，蒋介石经萍乡、宣风，来到新余督战，10月上旬布置第二次攻打南昌：第六、七军攻德安，第三军攻牛行车站，第二军和第一军第二师直攻南昌。10月12日发起总攻，但由于指挥和调度不力，再次受挫，团长三人及其他官兵数百人阵亡。
此时湖北北伐军已攻下武昌，整个北伐军士气大盛，湖北战场的北伐军迅速挥师乘船东进，从武昌驰援江西。第四军大部经大冶。10月28日进抵若溪，叶挺独立团则进抵鄂城一带监视九江、瑞昌之敌，并封锁长江防敌西窜。这样江西战场便发生重大变化。北伐军分三路进攻：左翼由李宗仁指挥第四、七军和独立二师主攻德安；右翼由朱培德指挥第二、三、十四军和第五军之一部，主攻蛟桥和牛行车站中路军由程潜指挥第六军，主攻乐化车站，然后与左翼军并力夹击涂家埠。11月2日各路军发起总攻，当日左翼第七军攻占德安，4日第四军攻占马回岭，南浔铁路被切断，于是南昌四面被围，敌军无计可施，孙传芳乘舰沿江逃回南京。同日，左翼贺耀祖独立第二师胜利攻入九江，中路第六军经过庐坑激战，乘胜攻占乐化车站。而后第六、七军和总预备队第一军第一师会师于涂家埠，第六、七军直指南昌，6日占领牛行，7日追敌至马口，将逃敌3万多人全部俘获，第二军将南昌城外敌军6000多人歼灭。南昌守敌见大势已去，弃城而逃，被第三军追杀缴械。11月8日北伐军再次攻占南昌，至此，孙传芳主力被歼灭，江西全境光复。
在北伐的胜利进军中，帝国主义处心积虑地妄图阻止中国革命形势的发展，他们竭力以军事力量援助其走狗北洋军阀，对中国人民进行挑衅。1926年7月，当北伐军进攻汉口时，英国在长江的军舰公然炮击北伐军。9月英国军舰竟然闯入珠江，派兵占领广州码头，逮捕工人纠察队，威胁革命政府。尤其是9月5日英国兵舰对万县人民的轰炸屠杀，炸死平民和官兵五六千人，引起了全国人民的愤怒。
1927年1月3日，武汉人民举行北伐胜利庆祝大会时，有人在英租界附近的广场演讲，英国水兵即用刺刀蛮横地驱赶人群，致使刺死一人，刺伤数人，激愤的群众在共产党人刘少奇等人的领导下，解除了英租界巡捕的武装，收回了英租界。1月6日，由于英帝国主义枪杀中国工人，九江各界人民收回了英租界。武汉、九江收回租界地有力地打击了帝国主义的气焰。
孙传芳在福建的守敌约三万余人，见江西失守，孙传芳北逃，福建敌军纷纷倒戈，被北伐军所改编，这就为北伐军顺利占领福建创造了条件。10月9日北伐军向福建推进，10日占领永定城，13日占领松口，而后陆续占领汀州、漳州，12月18日进军福州。至此福建全境光复。
